در تحقیق حاضر، ساختار ژنتیکی مرغ‎های بومی یزد در دو بخش ژنتیک کمی و مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. در بخش اول، پارامترهای ژنتیکی صفات اقتصادی و کیفیت تخم مرغ با استفاده از 19000 رکورد صفات اقتصادی و 1200 تخم مرغ با استفاده از نرم افزار asreml تخمین زده شد. وراثت پذیری صفات با استفاده از مدل حیوانی تک صفتی و همبستگی های ژنتیکی و فنوتیپی بین صفات با استفاده از مدل حیوانی دو صفتی برآورد گردید. وراثت پذیری وزن 8 و 12 هفتگی، سن بلوغ جنسی، تعداد و وزن تخم مرغ به ترتیب 32/0، 37/0، 21/0، 14/0 و 24/0 برآورد شد. همبستگی ژنتیکی وزن 8 و 12 هفتگی با سن بلوغ جنسی به ترتیب 21/0- و 28/0- برآورد گردید. روند ژنتیکی طی 6 نسل انتخاب نیز برای اوزان 8 و 12 هفتگی، سن بلوغ جنسی، تعداد و وزن تخم مرغ به ترتیب 55/9 گرم، 35/15 گرم، 03/0- روز، 031/0 عدد و 037/0 گرم تخمین زده شد. وراثت پذیری شاخص تخم مرغ، مقاومت پوسته، وزن پوسته، ضخامت پوسته، ارتفاع سفیده، وزن سفیده، واحد هاو، شاخص سفیده، وزن زرده، ارتفاع زرده، قطر زرده و شاخص زرده به ترتیب 18/0، 21/0، 23/0، 57/0، 6/0، 38/0، 53/0، 57/0، 24/0، 37/0، 17/0 و 27/0 تخمین زده شد. همبستگی ژنتیکی ضخامت پوسته با وزن و مقاومت پوسته به ترتیب 84/0 و 55/0 برآورد شد. همبستگی ژنتیکی ارتفاع سفیده با وزن سفیده، واحد هاو، شاخص سفیده، ارتفاع زرده و شاخص زرده به ترتیب 52/0، 96/0، 98/0، 72/0 و 57/0 برآورد شد . همبستگی ژنتیکی وزن 8 و 12 هفتگی و وزن بلوغ جنسی با وزن تخم مرغ مثبت (به ترتیب 42/0، 55/0 و 43/0) و با مقاومت پوسته تخم مرغ منفی (به ترتیب 36/0-، 49/0- و 25/0-) برآورد گردید. در بخش دوم، به منظور تعیین چند شکلی پروموتور ژن پرولاکتین و انترون 3 تا اگزون3 ژن فسفوانول پیروات کربوکسی کیناز سیتوزول ((pepck-c و ارتباط آنها با صفات اقتصادی از 159 مرغ خونگیری شد. 24 جفت باز ایندل (حذف – اضافه) در ژن پرولاکتین شناسایی گردید، اما برای ژن pepck-c چند شکلی مشاهده نشد. افراد دارای ژنوتیپ ii یا idبرای ژن پرولاکتین، از تولید تخم مرغ بالاتری در مقایسه با ژنوتیپ dd برخوردار بودند (01/0>p). بر اساس نتایج این تحقیق، انتخاب برای افزایش رشد در دوره پرورش که منجر به وزن مناسب در بلوغ جنسی می شود، می تواند شرایط بدنی لازم برای افزایش تولید تخم مرغ با کیفیت بالاتر را فراهم نماید. همچنین انتخاب افرادی که ژنوتیپ مطلوب برای ژن پرولاکتین را داشته باشند نیز باعث افزایش تخمگذاری خواهد شد.