در عصر حاضر دانشگاه ها نقش مهمی در توسعه اقتصاد دانش کشورها دارند و به این دلیل استفاده بهینه از منابع موجود، موضوع مهمی برای مدیریت دانشگاه ها می باشد. هدف اصلی پایان نامه ارایه الگوی ارزیابی جامع برای دانشگاه ها از دیدگاه اقتصادی است که کارایی و تغییرات بهره وری و اجزای آن را تفکیک نموده و همچنین عوامل موثر بر آن را ارایه نماید. سوال اصلی اینست که تحولات کارایی و بهره وری دانشگاه ها طی دوره مورد بررسی 1381 الی 1386 چگونه بوده است؟ جامعه آماری تحقیق شامل کلیه دانشگاه های بزرگ وزارت علوم تحقیقات و فناوری می باشند که بررسی آنها در دو گزینه 33 دانشگاه بزرگ و 24 دانشگاه خیلی بزرگ انجام شده است. برای اندازه گیری کارایی و بهره وری، روش های مختلف پارامتری و ناپارامتری وجود دارند، در این تحقیق به دلیل نامشخص بودن تابع تولید و خصوصیات چند محصولی دانشگاه ها از روش ناپارامتری تحلیل پوششی داده ها برای ارزیابی کارایی و از شاخص مالم کوئیست برای تغییرات بهره وری استفاده شده است. انتخاب متغیرهای اصلی برای اندازه گیری کارایی و بهره وری با روش مطالعه میدانی ( نظرات متخصصین مربوطه) و همچن‍‍ی‍ن تجربیات کشورهای مختلف در مطالعات ارزیابی دانشگاه ها مورد توجه بوده است. در گزینه بررسی33 دانشگاه از شش ورودی (1 - تعداد دانشجویان معیار شده 2- تعداد اعضای هیات علمی معیار شده 3- معدل ورودی ها در کارشناسی 4- میانگین رتبه کنکور ورودی ها 5- فضای سرانه کالبدی 6- بودجه هزینه ای (آموزش و تحقیقات)) و پنج خروجی (1- تعداد فارغ التحصیلان معیار2- تعداد مقالات و کتب معیار شده 3- تعداد قبولی در کارشناسی ارشد 4- میانگین نمره معدل قبولی ها در کارشناسی ارشد 5- درآمد اختصاصی) استفاده شده است. نتایج بررسی نشان می دهد که ماهیت ستانده محور مناسبترین الگو برای اندازه گیری کارایی دانشگاه های دولتی می باشد. م‍یزان کارایی نسبی دانشگاه های مورد بررسی همانند مطالعات دیگر کشورها در ارزیابی نظام های آموزشی از سطح بالایی برخوردار می باشد. دانشگاه های مورد بررسی براساس کارایی نسبی بدست آمده در پایان نامه به سه گروه با کارایی بالا، متوسط و متوسط به پایین تقسیم شده اند که مشخص گردید، دانشگاه های تهران، کاشان، فردوسی مشهد، شهید چمران اهواز، شهید بهشتی، سیستان و بلوچستان، شیراز، شهید باهنر کرمان، یاسوج، الزهرا، گیلان، محقق اردبیلی بالاترین کارایی نسبی را داشته اند. از بررسی شاخص بهره وری دانشگاه ها در طی پنج سال متوالی مشخص شد که در بهره وری کل آنها تغییرات و پیشرفت محسوسی اتفاق نیفتاده است. با توجه به اینکه ب‍ین تغییرات بهره وری کل با تغییرات کارایی تکنولوژی دانشگاه ها همبستگی زیادی وجود دارد، پیشنهاد می شود برای ارتقای بهره وری دانشگاه ها در سرمایه گذاری های تجهیزات و امکانات به عوامل نرم افزاری همچون آموزش های لازم جهت استفاده موثر از آنها توجه شود. در نهایت راه اندازی چرخه مدیریت بهبود بهره وری (اندازه گیری، ارزیابی و تحلیل، برنامه ریزی، اجرا) در دانشگاه ها برای ارتقای بهره وری آنها ضرورت زیادی دارد.