اوضاع اصفهان از سقوط اصفهان تا برآمدن قاجار(1135 -1210 ق )و حوادث مربوط به آن از زوایای مختلف دارای اهمیت و قابل بحث و بررسی می باشد. اصفهان پس از هجوم افاغنه غلزایی و ادامه آشوب های سیاسی در دوران پس از آن، با پدیده مهاجرت علما و فقها به عتبات و سایر کشورها مواجه گردید. این احتمال وجود داشت که اوضاع سیاسی پر هرج و مرج این دوره زمینه فروپاشی کامل جریان های فکری برجسته روزگار صفویه در دوره پس از سقوط راموجب شود. اگر حضور علما، ادبا، فقها و حکمای برجسته در اصفهان این دوره نبود، این خطر وجود داشت که با شروع دوره قاجار میراث گرانبهای دوره صفویه به دوران قاجار منتقل نگردد. توجه به احوال، آثار و اندیشه های بزرگان اصفهان این دوره موضوع اصلی پژوهش این رساله است. جریان های فکری اصفهان این دوره در واقع حلقه ارتباطی جریان های فکری عصر صفویه به دوران قاجار است. بر این اساس پس از شرح حوادث و رویدادهای سیاسی که در اصفهان این دوره گذشت، به بررسی سه جریان فکری مهم اصفهان قرن دوازدهم ق. پرداخته می شود. جریان فقهی این دوره به دوران تسلط مکتب اخباری گری بر فقه اصولی شناخته می شود. بررسی ویژگی های هر دو مکتب اخباری و اصولی طی قرن دوازدهم و بزرگان فکری این دو مکتب در اصفهان این دوره؛ آثار و اندیشه های آنان؛تأثیرات فکری هر دو جریان به تفصیل در جریان فقهی اصفهان مورد بررسی و تشریح قرار می گیرد. فراز و نشیب و سرنوشت مکتب فلسفی اصفهان پس از سقوط صفویه ازدیگرجریان های فکری این دوره است. بهترین دستاورد مکتب فلسفی اصفهان ایجاد و شکل گیری حکمت متعالیه است که توسط ملاصدرا مرحله تدوین اصول و مبانی آن انجام گرفت. اما این جریان فلسفی مهم در دوره حیات ملاصدرا و تا پنجاه سال پس از فوت وی همچنان در انزوا و رکود باقی ماند. این انزوا و عدم توجه به اندیشه های صدرایی و حکمت متعالیه به لحاظ تاریخی از اواخر عصر صفویه تا دوران حکومت کریم خان زند ادامه می یابد. در این دوره توسط آقا محمد بیدآبادی ( فوت 1198 ق) اندیشه های حکمت متعالیه مورد توجه قرار گرفته و توسط بزرگ ترین شاگرد او ملاعلی نوری که معاصر با آغاز عصر قاجار است، این اندیشه فلسفی به عنوان جریان فلسفی مسلط و غالب، در حوزه فلسفه اسلامی مطرح می گردد. شرح حیات تصوف که از ارکان اصلی تشکیل دولت صفویه بود و در اواخر این سلسله مورد کم لطفی شاهان صفوی قرار گرفت، ازدیگرجریان های فکری این دوره است. این جریان پس از سقوط صفویه می توانست از این فرصت تاریخی برای احیای خود استفاده کند. اما شرایط سیاسی زمانه به خصوص نظام حاکمیت این مجال را به جریان تصوف نداد.