تولید شیر حاکی از تحقیقات ژنتیکی گسترده مربوط به مکانیسم تولید شیر و پستان سالم در گذشته است. در سال های اخیر آزمایشات زیادی روی نواحی مختلف ژنی که در گاوها صفاتی مثل مقاومت به ورم پستان را متأثر می کنند صورت گرفته است. به منظور کمک به توسعه مارکرهای ژنتیکی نوین برای ایجاد مقاومت به ورم پستان، در تحقیق حاضر از روش های بیوانفورماتیکی مقایسه ای برای شناسایی آلل های ایجادکننده مقاومت به ورم پستان از بین تعداد زیادی از چندشکلی های ژنتیکی درون ناحیه ای شامل 219 جفت باز اگزون شماره 9 ژن brca1 گاوی به عنوان یک ژن کاندید استفاده شد. بدین منظور تعداد 60 رأس گاو هلشتاین گاوداری صنعتی دشت آذرنگین آذربایجان شرقی بر اساس سوابق بیماری این واحد گزینش شده و نمونه شیر و نمونه خون آن ها جمع آوری شد. میزان scc نمونه های شیر اندازه گیری شد و با استخراج dna ژنومی از نمونه های خون در نهایت ناحیه ژنی موجود در اگزون 9 ژن brca1تعیین ژنوتیپ گردید. الکتروفورز محصولات pcr بر اساس روش pcr-rflp و توان عملیاتی بالای تکنولوژی توالی یابی منجر به شناسایی الگوهای باندهای متفاوت در جمعیت گاوهای مورد مطالعه گردید. با شناسایی جهش های تک نوکلئوتیدی(snps) در این ناحیه ژنی فراوانی های آللی برای آلل های k وl این جایگاه ژنی به ترتیب برابر با 48/0، 52/0 و فراوانی های ژنوتیپی kk، kl وll به ترتیب برابر 27/0، 44/0 و 29/0 با نرم افزار popgene32 برآورد شدند. آنالیز خطی ارتباط ژنوتیپ های حاصل از snps و شکم زایش با شمار سلول های سوماتیک به روش رگرسیون لجستیک نرم افزار sas تفاوت معنی داری را بین ژنوتیپ kk با کاهش شمار سلول های سوماتیک شیر نشان داد. مقایسه میانگین اثر ژنوتیپ نشان داد که افرادی که دارای ژنوتیپ kl و ll هستند شمار سلول های سوماتیک شیر بیشتری داشتند. مقایسه میانگین شکم زایش با شمار سلول های سوماتیک شیر نیز حاکی از آن بود که افراد شکم زایش چهارم و پنجم و ششم و هفتم شمار سلول های سوماتیک بیشتری در مقایسه با افراد شکم زایش اول داشتند(05/0 p<)و(01/0 p<). مقدار هتروزیگوتی مشاهده شده و مورد انتظار برای این جایگاه به ترتیب 43/0 و 50/0 به دست آمده است. آزمون مربع کای نشان داد که بین فراوانی های ژنوتیپی دوگروه سالم و بیمار اختلاف معنی دار وجود دارد که نشان دهنده رد فرض وجود تعادل در این جامعه است. نتایج ارتباط بین شکم زایش و شمار سلول های سوماتیک نشان داد که شکم زایش پنجم و ششم و هفتم با شمار سلول های سوماتیک مرتبط بود(01/0>p). با انجام آنالیزهای بیوانفورماتیک نیز آشکار شد که جهش تک نوکلئوتیدی تبدیل آلل k به l بالقوه باعث فقدان ایجاد فاکتورهای رونویسی و در نتیجه اختلال در نقش تنظیم چرخه سلولی و بازسازی صدمات وارده به dna می شود.