با گسترش روزافزون صنایع و استفاده از فلزات سنگین، امکان آلودگی محیط زیست و نیز خطر ورود فلزات سنگین به زنجیره غذایی افزایش پیدا کرده است. همجنین در راستای افزایش سطح زیرکشت محصولات کشاورزی استفاده بی رویه از علف کش ها، نه تنها موجب پیدایش گونه های مقاوم علف هرز می شود، بلکه باقیمانده علف کش ها در محیط و در محصولات کشاورزی و ورود آنها به زنجیره غذایی انسان اثرات جبران ناپذیری بر سلامت باقی خواهد گذاشت. از آنجا که کشت ذرت به جهت مصارف خوراکی، دامی و صنعتی بسیار مورد توجه می باشد در این پژوهش اثر فلز سنگین کادمیم بر گیاه ذرت و تأثیر تیمار گیاه ذرت با عنصر سیلیکون، سالیسیلیک اسید و عنصر کلسیم در کاهش تنش کادمیم از طریق تأثیر بر فرایندهای مختلف بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی گیاه مورد مطالعه قرار گرفته است. همچنین اثر علف کش های پاراکوت و گلیفوسیت و تأثیر تیمار گیاه با سالیسیلیک اسید در کاهش تنش علف کش های فوق از طریق تأثیر بر پاسخهای فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی بررسی گردید. جداسازی ژن گلوتاتیون – s – ترنسفراز(کلاس tau) و القاء آن توسط کادمیم انجام گرفت. همچنین اثر فلز سنگین کادمیم بر آسیب dna نوک ریشه گیاه ذرت و ایجاد پلی مورفیسم dna با استفاده از تکنیک rapd بررسی گردید. کشت ذرت رقم 704 سینگل کراس در محلول غذایی هوگلند، در محیط کشت پرلیت و در شرایط گلخانه انجام گرفت. اثر غلظت های مختلف سیلیکون، سالیسیلیک اسید و کلسیم بر تنش کادمیم از طریق اندازه گیری میزان کلروفیل، کاروتنوئید، آنتوسیانین، پرولین، پراکسیداسیون لپیدهای غشا، قندهای محلول، درصد آب نسبی برگ، وزن تر و خشک اندام هوایی و زیرزمینی و مقدار جذب کادمیم در اندامهای هوایی و زیرزمینی بررسی شد. نتایج نشان داد که در تنش فلز کادمیم، مقدار کلروفیل و کاروتنوئید، وزن تر و خشک و درصدآب نسبی برگ به طور معنی داری در سطح 05/0 ? ? کاهش می یابد. همچنین مقدارآنتوسیانین، پرولین، پراکسیداسیون چربی، قندهای محلول در برگ و مقدار جذب کادمیم در اندامهای زیرزمینی و هوایی به طور معنی داری در سطح 05/0 ? ? افزایش یافت. تیمار گیاه با سیلیکون، سالیسیلیک اسید و کلسیم موجب کاهش تغییر در متغیرهای فیزیولوژیکی ذکر شده در سطح معنی داری نسبت به گیاه تحت تنش گردید. نتایج مولکولی نشان می دهند که بیان ژن گلوتاتیون – s – ترنسفراز(کلاس tau) در برابر تنش کادمیم القا می شود. همچنین با افزایش مقدار کادمیم، مقدار پلی مورفیسم و آسیب dna در ریشه افزایش می یابد. تأثیر غلظت های مختلف سالیسیلیک اسید بر تنش پاراکوت و گلیفوسیت، از طریق اندازه گیری مقدار کلروفیل، آنتوسیانین، پرولین، پراکسیداسیون چربی، درصد آب نسبی برگ، وزن تر و خشک اندام هوایی و زیرزمینی و فعالیت آنزیم کاتالاز بررسی گردید. تنش علف کش ها موجب کاهش کلروفیل، کاروتنوئید، آنتوسیانین، درصد آب نسبی برگ، وزن تر و خشک گیاه و همچنین باعث افزایش مقدار پرولین، پراکسیداسیون لپیدهای غشا و فعالیت آنزیم کاتالاز گردید. تیمار برگی با سالیسیلیک اسید تغییرات در متغیر های ذکر شده را نسبت به گیاه تنش در سطح معنی داری کاهش داد.

باکتری های تولید کننده بیوسورفکتانت به دلیل استفاده زیاد در برداشت نفت، همیشه مورد توجه محققین مهندسی نفت بوده اند. مواد فعال سطحی تولید شده توسط این ریز موجودات، می تواند کشش بین سطحی آب و نفت به تله اقتاده در درون حفره های سنگ مخزن را کاهش داده که به افزایش بازیافت از مخازن می انجامد. بدین منظور، تعدادی نمونه از نفت و آب نمک مخازن مختلف ایران به منظور بررسی حضور باکتری های تولید کننده بیوسورفکتانت تهیه شد. در این نمونه های سرچاهی، تعداد ده نوع باکتری با توانائی های مورد نظر جدا سازی شده و توانائی امولسیون کنندگی و کاهش دادن کشش بین سطحی توسط آنها مورد بررسی قرار گرفت. این آزمایش ها در شرایط سخت محیطی از جمله شوری و دمای بالا و نیز در غیاب اکسیژن (تحت شرایط بی هوازی) مورد بررسی قرار گرفتند. تاثیر رشد و تولید متابولیت های مختلف توسط گونه باسیلوس ترمودنیتروفیکانس که پتانسیل بیشتری در تولید بیوسورفکتانت نشان می داد، بر روی خصوصیات ترشوندگی سطح کانی میکا و نمونه سنگ ماسه سنگی مورد بررسی قرار گرفت. اندازه گیری زاویه تماس روی صفحات میکا نشان دهنده افزایش نفت دوستی در اثر قرار گیری نمونه ها در سه محلول باکتریائی متفاوت شامل باکتری تولید کننده بیوسورفکتانت، محلول بیوسورفکتانت بدون باکتری و یک نمونه ضعیف شده از همان باکتری که توانائی تولید بیوسورفکتانت را ندارد بوده است. بررسی سطح نمونه های میکا با استفاده از دستگاه afm، نشان دهنده تغیییرات قابل ملاحظه ای بر روی سطح این کانی های قرارگرفته در محلول های باکتریائی بود. تغییر تر شوندگی از آب دوستی به سمت نفت دوستی بیشتر در نمونه سنگ ماسه ای که با محلول بیوسورفکتانت و محلول باکتری ضعیف شده آمیزش داده شده نیز مشاهده گردید. نتایج نشان دهنده تغییر ترشوندگی به سمت آب گریزی بیشتر در حضور محلول بیوسورفکتانت و رشد باکتری است که تغییرات در اثر رشد باکتری در غیاب بیوسورفکتانت خارج سلولیبیشتر میباشد. که این تفاوت به دلیل چسبیدن بیشتر باکتری ها به سطوح مورد بررسی است که با آزمایش های میکروسکوپنیروی اتمی مورد بررسی قرار گرفت. امکان تحریک باکتری های تولید کننده بیوسورفکتانت در درون محیط متخلخل، جهت ازدیاد برداشت از مخزن مورد بررسی قرار گرفت. تلاش در راستای فعال سازی باکتری های طبیعی موجود در مخزن با اضافه کردن مواد مغزی طی فرآیند تزریق آب به درون محیط متخلخل صورت پذیرفت. به نظر می رسد که این عمل باعث کاهش درصد نفت به تله افتاده در این مرحله و آسان سازی برداشت در مراحل ثالثیه می گردد. نمونه نفت مورد استفاده از یکی از مخازن ایران انتخاب شد که قبلا وجود باکتری های تولید کننده بیوسورفکتانت در درون آن به اثبات رسیده بود. آزمایش های بازیافت در درون ستون پرشده شنی و مغزه انجام پذیرفت تا توان افزایش بازیافت طی این روش مورد بررسی قرار گیرد. از یک محلول نمک های معدنی ساده و ملاس ایران در این مرحله به عنوان ماده مغذی استفاده گردید. نتایج آزمایش های بازیافت نشان می دهد که باکتری های مقیم مخازن که درون نمونه نفت استفاده شده موجود بود، پتانسیل بالائی در افزایش بازیافت نفت دارند.

پروتئین ها نقش مهمی در بسیاری از فرآیندهای حیاتی ایفا می کنند. پروتئین ها مولکول های پیچیده ای هستند که از توالی بیست آمینواسید مختلف تشکیل یافته اند. ساختار اول در پروتئین ها همین توالی خطی آمینواسید های خاص در آنها می باشد. دانستن ساختار و کار پروتئین ها دارای کاربرد های مختلفی نظیر طراحی دارو، تشخیص بیماری و حتی بهبود کیفیت محصولات و سوخت های حیاتی مصنوعی می باشد. امروزه با پیشرفت های اخیر در زمینه ی ترادف یابی شاهد رشد نمائی در اطلاعات دنباله های پروتئینی بوده ایم. ساختارهای پروتئینی عمدتا توسط پراش پرتو ایکس و طیف بینی تشدید مغناطیسی هسته تعیین می شوند. اما این روش ها وقت گیر، پرهزینه و غیرقابل کاربرد در مورد تمامی پروتئین ها می باشند. در غیاب اطلاعات ساختاری در مورد پروتئین ها تحلیل دنباله های پروتئینی، منبع اصلی اطلاعات در مورد بسیاری از پروتئین های جدید می باشد. در بسیاری از موارد شباهت دنباله های پروتئینی منجر به عملکرد مشابه یا مرتبط می شود. در طول سال های گذشته الگوریتم ها و روش های یادگیری ماشین مختلفی برای دسته بندی پروتئین ها پیشنهاد شده است. از جمله این روش ها، روش های کرنل می باشند. ایده اصلی در روش های کرنل نگاشت داده های ورودی به یک فضای برداری با ابعاد معمولا بالاتر و سپس یافتن یک جداساز مناسب در این فضا می باشد. روش های کرنل جز روش های دنباله محور در دسته بندی پروتئین ها می باشند. به این معنی که الگوریتم مورد نظر به طور مستقیم بر روی توالی خطی آمینواسیدهای تشکیل دهنده ی یک دنباله ی پروتئینی عمل می کند. رهیافت دیگری که برای دسته بندی پروتئین ها می توان در نظر گرفت، استفاده از یک نگاشت برای انتقال دنباله های پروتئینی به یک فضای برداری و سپس اعمال یک الگوریتم دسته بندی در این فضای جدید می باشد. روش مبتنی بر استفاده از ترکیب شبه آمینواسیدی برای دنباله های پروتئینی، جز روش های این دسته می باشد، که در نگاشت به فضای برداری از خواص بیوشیمیایی آمینواسیدهای تشکیل دهنده ی دنباله ی پروتئینی استفاده می کند. در این پایان نامه به مسئله ی دسته بندی پروتئین ها با استفاده از روش های کرنل و همچنین استفاده از خواص شیمیایی آمینواسیدها به عنوان ویژگی جهت یادگیری ماشین پرداخته شده است. از بین روش های کرنل موجود در زمینه ی دسته بندی پروتئین ها چهار روش کرنل طیفی، کرنل عدم تطبیق، کرنل شکاف دار و نیز کرنل ترازیابی محلی پیاده سازی شده اند. روش مبتنی بر استفاده از ترکیب شبه آمینواسیدی نیز به طور کامل پیاده سازی و نتایجش با روش های کرنل مقایسه شده است. جهت ارزیابی روش های مورد بررسی، از چهار خانواده ی پروتئینی استفاده شده است. نتایج بیانگر کارایی هر دو روش کرنل و نیز روش مبتنی بر استفاده از ترکیب شبه آمینواسیدی، بسته به خانواده ی مورد بررسی می باشد. به عبارت دقیق تر از بین روش های کرنل، کرنل ترازیابی محلی دارای کارایی بهتری نسبت به سایر روش های کرنل می باشد. روش مبتنی بر استفاده از ترکیب شبه آمینواسیدی نیز، در مورد دو خانواده پروتئینی نتایج بهتری از کرنل ترازیابی محلی داشته است.

مقاومت میکروبی به آنتی بیوتیک ها نگرانی در حال افزایشی در میان متخصصان مراقبت از سلامت می باشد که آن ها را وادار به جستجو برای درمان های جایگزین می نماید. در سال های اخیر پپتیدهای ضد میکروبی توجه زیادی را به عنوان جایگزینی برای آنتی بیوتیک های سنتی به خود جلب نموده اند. پپتیدهای ضد میکروبی طیف گسترده ای از فعالیت را دارا می باشند و می توانند به عنوان داروهای ضد باکتریایی، ضد ویروسی، ضد قارچی و گاهی اوقات حتی به عنوان داروهای ضد سرطانی و ضد توموری عمل نمایند. پپتیدهای ضد باکتریایی با وجود داشتن ویژگی های مشترک معمول، از نظر توالی، همولوژی پایینی دارند. از آنجایی که نیازی برای گسترش یک روش محاسباتی برای پیشگویی پپتیدهای ضد باکتریایی وجود دارد، در مطالعه ی حاضر، ما مفهوم ترکیب سودوآمینواسید چو و روش های یادگیری ماشین را برای دسته-بندی پپتیدهای ضد باکتریایی استفاده نمودیم. سپس روش اعتبارسنجی زیرنمونه ای را برای به دست آوردن پارامترهای صحت، ضریب همبستگی متیو و ناحیه ی زیرمنحنی برای ارزیابی عملکرد پیشگو استفاده نمودیم. نتایج ما نشان داد که با استفاده از مفهوم سودوآمینواسید و بکارگیری ماشین بردار پشتیبان می توان اطلاعات مفیدی برای پیشگویی پپتیدهای ضد باکتریایی فراهم کرد. همچنین ما پپتیدهای پروتئین p24 ویروس hiv-1 را با این روش دسته بندی نمودیم. در نهایت، خاصیت ضد باکتریایی این پپتیدها را با استفاده از روش انتشار دیسک مورد آزمایش قرار دادیم. خاصیت ضد باکتریایی این پپتیدها علیه دو باکتری گرم مثبت شامل باسیلوس سوبتیلیس و باسیلوس سرئوس و دو باکتری گرم منفی شامل سودوموناس آئروجینوزا و سودوموناس پوتیدا تست شد. نتایج بررسی های محاسباتی و تجربی نشان داد که این پپتیدها فاقد اثرات ضد باکتریایی می باشند.

فاکتور رشد گرانولوسیتی-مونوسیتی انسانی(gm-csf)، گلیکوپروتیینی با وزن ملکولیkd 477/14 می باشد. ژن gm-csf بر روی کروموزوم شماره 5 انسانی (5q31.1) قرار دارد. این پروتئین باعث تحریک تکثیر و تمایز سلولهای زاینده گرانولوسیت و ماکروفاژ می شود. پروتئین gm-csfانسانی دارای 144 اسید آمینه می باشد که 17 اسید آمینه آن نقش سیگنال پپتید را برای پروتئین ایفا می نمایند. و تعداد 127 اسید آمینه آن به عنوان پروتئین دارویی با نام مولگراموستیم شناخته می شود. gm-csf دارویی است که با تحریک تولید و تکامل سلول های خونی تاًثیر قابل توجهی در احیاء سلولهای خونی دارد. gm-csf توسط سلول های اندوتلیال، منوسیت، فیبروبلاست و سلول های لنفوسیت t تولید می شود. در این مطالعه برای بیان gm-csf از حاملی موسوم به pet-32(b) محصول شرکت novagen استفاده گردید. این حامل ???? جفت باز اندازه دارد و برای کلون نمودن و بیان بالای پروتئین های متصل شده به تیوردوکسین مورد استفاده قرار می گیرد. همچنین پروموتور این حامل از نوع t7 است و دارای توالی های قابل شکست his tag و s tag است. در این تحقیق از سویه باکتریاییrosetta-gami (de3) e.coli به عنوان میزبان استفاده شد و به علت وجود توالی پلی هیستیدین متصل به پروتئین مورد نظرمان از کروماتوگرافی تمایلی نیکل جهت خالص سازی استفاده شد. در مرحله اول، cds ژن gm-csf به صورت سنتتیک ساخته شد و در وکتور pet-32(b) قرار داده شد. پس از انتقال به باکتریrosetta-gami (de3) e.coli، در 4 زمان 2، 4، 6 و 8 ساعت و سه دمای 30، 34 و37 درجه سانتی گراد بهینه سازی بیان پروتئین انجام گرفت. محلول حاصله به وسیله page -sds آنالیز شد. همچنین جهت خالص سازی پروتئین مورد نظر از آنزیمی به نام انتروکیناز استفاده شد که این آنزیم کاملا تخصصی برش در جایگاه توالیasp-asp-asp-asp-lys? ایجاد می کند و در نتیجه پروتئین مورد نظرمان به صورت جدا از پروتئین تیوردوکسین با استفاده از page -sds مشاهده شد نتایج این مطالعه نشان داد که بالاترین غلظت پروتئین gm-csf برابر lµg/µ 9/0 مربوط به دمای 34 درجه سانتی گراد و زمان 4 ساعت بود. در مطالعات قبلی غلظت پروتئین gm-csf بین 3/0 تاlµg/µ 8/0 اندازه گیری شده است که پس از بهینه سازی در این مطالعه غلظت بالاتری نسبت به تحقیقات گذشته مشاهده شد.

سرطان در سراسر جهان به عنوان یکی از مهم ترین دلایل مرگ و میر مطرح می باشد. روشهای درمانی سنتی و عمومی مثل پرتودرمانی و شیمی درمانی دارای اثرات جانبی هستند و هزینه های بالایی دارند. اخیرا طراحی پپتیدهای ضدسرطانی به عنوان یک راه موثر درمان عنوان می شود. بنابراین توسعه ی یک روش کامپیوتری برای پیش بینی پپتیدهای ضدسرطانی ضروری است. در این مطالعه دو روش برای پیش بینی پپتیدهای ضدسرطانی با استفاده از روش یادگیری ماشین به عنوان یک الگوریتم قدرتمند استفاده شده است. طبقه بندی ها با استفاده از ترکیب شبه اسیدآمینه و کرنل ترازیابی محلی انجام شده است. از آنجایی که در مطالعات پیشین تعدادی از پروتئین های ویروس hiv-1خاصیت ضدسرطانی را نشان دادند، در این مطالعه خاصیت ضدسرطانی پپتیدهای پروتئین p24 ویروس hiv-1 با روشهای کامپیوتری پیش بینی شد. پس از پیش بینی، خاصیت جهش زایی 2 پپتید ضدسرطانی و 2 پپتید که خاصیت ضدسرطانی ندارند با تست ایمز بررسی شد. نتایج نشان می دهند که صحت و اختصاصیت روش کرنل ترازیابی محلی به ترتیب 7/89 و 68/92 درصد هستند. هم چنین صحت و اختصاصیت روش بر مبنای pseaac به ترتیب 82/83 و 36/85 درصد هستند. با آنالیز های کامپیوتری از 22 پپتید پروتئین p24، 4 پپتید خاصیت ضدسرطانی را نشان دادند و 18 پپتید این خاصیت را نشان ندادند. در نتایج تست ایمز به وضوح مشخص است که پپتیدهای ضدسرطانی در غلظتی که به عنوان پپتید ضدسرطانی استفاده می شوند جهش زا نیستند. بنابراین نتایج به طور کلی نشان می دهند که روشهای کامپیوتری برای پیش-بینی پپتیدهای ضدسرطانی موثر هستند و پپتیدهای ضدسرطانی نام برده بدون خاصیت جهش زایی می توانند به عنوان گزینه های جدید ضدسرطانی استفاده شوند.

ویروس پاپیلومای انسانی (hpv)، یک عامل بیماری زای مهم است که می تواند باعث ایجاد مشکلاتی در سلامتی گردد. hpv به خانواده پاپیلوماویریده تعلق دارد. این ویروس دارای ژنوم dna دو رشته ای می باشد که این ژنوم توسط پروتئین های کپسیدی حفاظت می شود. تا به حال، بیش از 200 تایپ hpv مختلف شناسایی شده است. hpvها به دو گروه جداگانه ی پرخطر و کم خطر دسته بندی می شوند. تایپ های کم خطر مانند hpv6 و hpv11 باعث ایجاد زگیل های خوش خیم تناسلی می گردند اما تایپ های پرخطر مانند hpv16 و hpv18 می توانند باعث ایجاد عفونت های مزمنی گردند که منجر به ایجاد سرطان می شود. ژنوم hpvمجموعه ای از پروتئین های اولیه (e1 و e2 و e4 و e5 و e6 و e7) و تأخیری (l1 و l2) را کد می-کند. پروتئین های تایپ های پرخطر و کم خطر hpv عملکرد متفاوتی را دارا می باشند؛ بنابراین یافتن روشی کامپیوتری برای پیش بینی این دو گروه ویروسی مورد نیاز به نظر می رسد. در مطالعه ی حاضر، خصوصیات فیزیکوشیمیایی پروتئین های اولیه و تأخیری و ویژگی های ژنومی تایپ های پرخطر و کم خطر hpv مطالعه گردید. هم چنین، به منظور ارزیابی اثری که فلاونوئیدها بر ضد hpvهای پرخطر دارند، مطالعاتی به صورت داکینگ انجام گرفت. نتایج نشان می دهدکه محتوای اسیدآمینه ای، خصوصیات فیزیکوشیمیایی و ساختمان دوم پروتئین e2 به طور معناداری بین دو گروه پرخطر و کم خطر hpv متفاوت اند. هم چنین، مشخص شد که میزان دی نوکلئوتید gc1 و میزان استفاده از کدون های agu، uau، uguو aaaدر بین این دو گروه متفاوت است. نتایج داکینگ با استفاده از نرم افزار نیز حاکی از آن است که ترکیبات catechin 5,4-di-o-gallate، luteolin 7-sambubioside، kaempferol-3-glucoside، cyanidin 3-(6-acetylglucoside) ، cyanidin 3-galactoside، eugenol، amyloxy iso-eugenol، eugenol benzoate، eugenyl phenylacetate، o,o-dimethylphosphonothionate of eugenol، luteolin 7-galactoside و kaempferol-7-o-glucoside کاندیداهای خوبی برای بلوکه کردن ناحیه ی pdz پروتئین e6 در تایپ پرخطر hpv16 به شمار می آیند. داده های این پژوهش نشان داد که ویژگی های بیوانفورماتیکی می تواند اطلاعات مفیدی را برای پیش بینی تایپ های پرخطر و کم خطر hpv فراهم آورد.

چکیده همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری های بیماری زا و غیر بیماری زا ترشح می شود. امروزه قارچ های ترشح کننده همولیزین نیز شناسایی شده اند. این سم از طریق تجزیه گلبول های قرمز خونی در شرایط آزمایشگاه شناخته شده است. سطح فعالیت آنها غشای پلاسمایی گلبول های قرمز خون می باشد. بسیاری از همولیزین ها، جزء سموم ایجاد کننده ی حفره درغشاء می باشند که به سطح سلول متصل و اولیگومریزه شده و ساختار های حفره ای شکل را در غشاء پلاسمایی سلول های یوکاریوتی ایجاد می کند. اتصال به غشاء غلظت موضعی سم را افزایش داده و باعث تغییر پیکربندی و در نتیجه تسهیل در اولیگومریزاسیون آن می گردد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می شود پس از اتصال مونومر های سم به غشاء، اولیگومریزاسیون مونومرها به صورت حفره های تراغشایی انجام می گیرد که باعث تسهیل نفوذ کنترل نشده ی آب، یون ها و مولکول های آلی کوچک، خروج سریع مولکول های حیاتی مانند atp، از بین رفتن پتانسیل غشاء و شیب یونی، تغییر پتانسیل اسمزی و در نهایت تورم و تجزیه گلبول های قرمز خون میزبان می گردد. اهدافی که در این تحقیق دنبال می شوند عبارتند از: بررسی باسیلوس های تولیدکننده ی همولیزین و شناسایی آن ها به روش-های بیوشیمیایی و مولکولی، بررسی باسیلوس هایی با قویترین همولیزین ها و جداسازی بهترین سویه ها، زایموگرافی آنزیم استخراج شده، تعیین وزن مولکولی آن، بررسی خصوصیات فیزیکوشیمیایی با استفاده از وبگاه های بیوانفورماتیکی، تعیین جایگاه اتصال این سم با غشاء و شناسایی اسید های آمینه درگیر در این اتصال با استفاده از نرم افزار اتوداک و استفاده از این پروتئین در پایداری لیپوزوم های حامل دارو با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی. در هنگام غربالگری باسیلوس ها، سویه m3 بهترین سویه تجزیه کننده ی خون در محیط آگار خون دار شناخته شد. سپس همولیزین تولیدی توسط این باکتری استخراج گردید و با استفاده از زایموگرافی خصوصیات لیز کنندگی آن در محیط آگار خون دار بررسی شد و در نهایت با استفاده از ژل sds-page وزن مولکولی آن تعیین گردید. از آنجا که توالی کامل سویه ی m3 شناسایی نشده است و ژن همولیزین آن مشخص نمی باشد، برای انجام کار های بیوانفورماتیک سویه ای به نام باسیلوس پامیلوسsafr032 با شباهت 99% انتخاب گردید و بر روی همولیزین این سویه در محیط in silico مراحل بعدی این پژوهش انجام گرفت. اسید های آمینه درگیر در اتصال همولیزین و کلسترول، تعداد پیوند هیدروژنی و بهترین شکل فضایی در این اتصال با استفاده از نرم افزار اتوداک شناسایی و معرفی گردید و برای شبیه سازی این پروتئین در غشا های زیستی از نرم افزار گرومکس استفاده شد. هدف از این شبیه سازی بررسی پایداری این پروتئین در غشا های زیستی و همچنین مطالعه پایداری غشاء لیپیدی بعد از ورود این پروتئین به داخل غشاء می باشد. نتایج شبیه سازی مولکولی نشان داد در اثر برهمکنش های بین همولیزین و لیپید های غشاء این شبیه سازی بر روی ساختار همولیزین هیچ تاثیری ندارد و می توان از همولیزین به عنوان عاملی در پایداری غشاء لیپیدی استفاده کرد.

عفونت های ویروسی در سراسر جهان گسترده هستند. از آنجا که داروهای ضد ویروسی رایج دارای اثرات جانبی زیاد بوده و همچنین دسترسی به آنها محدود بوده و پر هزینه می باشند لذا طراحی دارو های ضد ویروسی جدید دارای اهمیت هستند و پپتیدهای ضد ویروسی از بهترین کاندیدا برای این منظور هستند. سمیت پائین، اثرات جانبی کم، حذف سریع از بدن میزبان و عملکرد اختصاصی باعث ارجحیت این ترکیبات نسبت به سایر ترکیبات ضد ویروسی می شود. اکثر این پپتیدها از پروتئین های ویروسی مانند کپسید ویروس hiv-1 جدا شده اند، این پروتئین تشکیل دهنده هسته ویروس hiv بوده و در بر گیرنده ژنوم ویروسی است و البته نقش بسیار مهمی در بلوغ و گرد هم آیی اجزای ویروسی دارد. به دلیل اهمیت پپتیدهای ضد ویروسی، ایجاد و توسعه یک روش محاسباتی دقیق به منظور پیش بینی فعالیت ضد ویروسی این پپتیدها ضروری است. در مطالعه حاضر از مفهوم ترکیب آمینو اسیدی کاذب و روش یادگیری ماشین جهت طبقه بندی و شناسایی پپتیدهای ضد ویروس استفاده شده است. در نهایت از الگوریتم طراحی شده جهت پیش بینی فعالیت ضد ویروسی پپتیدهای مشتق شده از پروتئین p24 استفاده شد. دقت روش پیش بینی با استفاده از کیت تشخیص آنتی ژنی الیزا ارزیابی شد. تطابق روش آزمایشگاهی با نتایج حاصل از پیش بینی توسط الگوریتم حاکی از بر مفید و کارا بودن روش طراحی شده است.

چکیده انگور به دلیل داشتن انواع مختلفی از ترکیبات فنولی همچون فلاوونوئیدها دارای خصوصیات آنتی اکسیدانی و ضد سرطانی است. با این وجود چندین مطالعه، خاصیت ژنوتوکسیسیتی برخی ترکیبات موجود در آب انگور همچنین تاثیر منفی بعضی از ترکیبات فلاوونوئیدی را بر تکثیر سلول های لنفوسیت نشان داده اند. در این پژوهش اثر جهش زایی عصاره ی متانولی بخش های مختلف هسته، پوست، برگ پیر، برگ جوان و آب 8 رقم انگور کشت شده در ایران، شامل: بیدانه سفید، شاهرودی، حلوایی، یاقوتی کاشان، یاقوتی سنندج، عسکری، فرخی و قرمز یاقوتی درشت از طریق آزمون ایمز مورد بررسی قرار گرفت. بررسی در غلظت های 1000، 2000 و 3000 میکروگرم بر میلی لیتر و با استفاده از سالمونلا تیفی موریوم سویه 98ta انجام شد. همچنین اثر عصاره ها بر رشد و تکثیر سلول های لنفوسیت در غلظت های 100، 1000، 2000 و 3000 میکروگرم بر میلی لیتر با استفاده از سنجش mtt مورد ارزیابی قرار گرفت. بنابر نتایج به دست آمده، در تمامی ارقام انگور عصاره ی متانولی هسته و برگ پیر بیشترین و عصاره ی تام آب انگور کمترین اثر القایی را بر تکثیر سلول های لنفوسیت دارد که ممکن است در نتیجه وجود ترکیبات فنولی بیشتر در هسته و برگ پیر و کمتر بودن این ترکیبات در آب انگور باشد. نتایج حاصل از آزمون ایمز نیز نشان داد عصاره ی متانولی هسته، پوست و برگ انگور در هیچ کدام از ارقام بررسی شده اثر جهش زایی ندارند. اما عصاره ی تام آب انگور تمامی ارقام، در غلظت 3000 میکروگرم بر میلی لیتر دارای اثر جهش زایی است. ممکن است ترکیبات فنولی موجود در آب انگور منشا این تاثیرات باشند اما بررسی های بیشتری جهت تائید جهش زایی آب انگور همچنین یافتن ترکیب موثر در آن باید انجام گیرد.

چکیده ندارد.

سالیکورنیا گیاهی است شورپسند و خودرو که به دیل خصوصیات منحصر به فردی چون مقاومت زیاد نست به شوری و استفاده از آب شور برای آبیاری، مصارف خوراکی ، دارویی و صنعتی به عنوان گیاهی استراتژیک در کشورهایی چون آمریکا ، عربستان سعودی و مکزیک درآمده است. با وجود اینکه ایران یکی از موطن های اصلی این گیاه با پراکنش بالا می باشد مطالعات انجام شده در این باره در کشور ما بسیار محدود می باشد در تحقیق حاضر مجموعها 36 فرد که از نقاط مختلف ایران جمع آوری گشته بود مورد بررسی قرار گرفت 17 آغازگر با گیاه مزبور تولید باند نمودند که از میان آنها پنج آغازگر تولید باندهای اختلاف بیشتری کردند انتخاب شد. در حالی که بر اساس مطالعات سیستماتیکی دانشمندان این رشته معتقد به وجود دو گونه از این گیاه در ایران هستند گروه بندی خوشه ای بر اساس باندهای حاصل از تکثیر دی ان آ به روش ‏‎upgma‎‏ با استفاده از ضریب شباهت ژاکارد افراد حاصل را به هفت گروه طبقه بندی نمود. نتایج پژوهش نشان داد تنوع ژنتیکی بین سالیکورنیا های ایران بسیار زیاد بوده و ایران حاوی گنجینه ارزشمندی برای مطالعات فیزیولوژیکی و ژنتیکی آن محسوب می گردد. مطالعات عمیق تر روی این گیاه به گونه هایی زراعی از این گیاه را باهدف استفاده در صنعت تامین می کند.