نام پژوهشگر: سعید امین زاده

غربالگری، جداسازی و بررسی خصوصیات بیوشیمیایی آنزیم کیتیناز مقاوم به دما حاصل از باکتری های بومی کشور
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  نسرین علی آبادی   سعید امین زاده

کیتین n(c8h13o5n ) دومین پلیمر مهم از نظر فراوانی درجهان است. کیتین از پیش ساز فعالudp-n- acetylglucoseamine به وسیله آنزیم کیتین سینتاز، سنتز می شود. مقدار کیتین از سخت پوستان در کل محیط های دریایی 1560 میلیون تن تخمین زده شده است. اسکلت خارج سلولی سخت پوستان (پوسته خرچنگ، لابستر ومیگو) به طور متداول از اصلی ترین منابع زیستی کیتین می باشد. میکروارگانیسم ها اولین تجزیه کننده های کیتین در طبیعت می باشند که دارای منابع با ارزشی از آنزیم هایی با ویژگی های مطلوب و جدید برای استفاده های کاربردی از کیتین، کیتوالیگوساکاریدها و کیتوزان هستند. خالص سازی و تغییر شیمیایی کیتین مشکل می باشد از این رو شناسایی آنزیم های میکروبی تغییردهنده کیتین و توضیح فعالیت این آنزیم ها در تولید محصولات خاص از کیتین می تواند تسهیلاتی ایجاد کند. باکتری ها و قارچ ها سیستم هایی هستند که برای دپلی مریزاسیون، انتقال و متابولیسم کیتین و کیتوالیگوساکاریدها گسترش یافته اند. بنابراین غربالگری و جداسازی باکتری های تولید کننده آنزیم کیتیناز موجود در استخرهای پرورش میگو منجر به شناسایی باکتری cohnella sp.a01گردید. بهینه سازی محیط کشت باکتری در راستای افزایش تولید آنزیم کیتیناز با استفاده از روش آماری تاگوچی انجام گرفت. در این روش با آرایه متعامد l27 هشت فاکتور در سه سطح مطالعه شد. نتایج مطالعه نشان داد که هشت فاکتور دما، ph، inoculation، trace element، nh4no3، k2hpo4، nacl، chitin در سه سطح از آرایه متعامد l27 روش آماری تاگوچی استفاده شد. با توجه به 27 آزمایش انجام شده، اطلاعات بدست آمده با نرم افزارهای minitab 14 و spss آنالیز شد. آنالیز واریانس ( anova ) داده ها توسط نرم افزار spssنشان داد که سه سطح فاکتورهای inoculation، trace element، temprature و nacl در سطح احتمال 1% اختلاف معنی دار داشتند که نشان دهنده فعالیت-های متفاوت سه سطح فاکتورهای inoculation، temprature ، trace element و nacl نسبت به هم بودند. در شناشایی بیوشیمیایی آنزیم کیتیناز ph و دمای بهینه آنزیم 5 و 70 درجه سانتی گراد بدست آورده شد. آنزیم کیتیناز تولید شده به وسیله این باکتری .زمانیکه از کیتین کلوئیدی به عنوان سوبسترا استفاده گردید km محاسبه شده برای این آنزیمmg/ml 024/0 و vmax آن unit/min 67/4 بدست آمد.

هماهنگی عملکرد تپ چنجر قابل عمل زیر بار (ultc)و جبران کننده استاتیکی توان راکتیو (svc)جهت افزایش مارجین بهره برداری svc برای کنترل اضطراری
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده مهندسی 1389
  سعید امین زاده   علی سعیدیان

ترانسفورماتورهای قدرت مجهز به تپ چنجر قابل قطع زیر بار(ultc) , ابزاری مکانیکی با عملکردی کند هستند. در عوض جبران سازهای استاتیکی توان راکتیو(svc) ظرف چند میلی ثانیه به تغییرات ولتاژ پاسخ می دهند . اگر جبران ساز استاتیکی توان راکتیو به باسباری با وجود ترانسفورماتور مجهز به تپ چنجر قابل قطع زیربار متصل باشد ,آنگاه در هنگام کاهش یا افزایش ولتاژ ،جبران ساز استاتیکی به سرعت به حد نهایی خود می رسد و فرصت به تپ چنجر برای تصحیح ولتاژ را نخواهد داد. این موضوع باعث عدم آمادگی جبران ساز استاتیکی برای پذیرش تغییرات دینامیکی بعدی خواهد شد و در واقع جبران ساز استاتیکی همواره به صورت خازن یا رآکتور ثابت در مدار باقی خواهد ماند. در واقع سیستم های کنترل هر تجهیز مجزا بوده و هیچ ارتباطی با یکدیگر ندارند. در نتیجه این دو سیستم نمی توانند بطور همزمان و در ارتباط با یکدیگر در کنترل ولتاژ همکاری کنند. لذا ممکن است عملکرد svc به منظور خنثی کردن تغییرات ولتاژ، مانع تغییرات تپ ultc برای همان منظور شود. بنابراین برای حفظ بازه کاری svc در مواقع ضروری،این دو سیستم باید به شکل قابل قبولی در کنترل ولتاژ مشارکت کنند. در این تحقیق می خواهیم با استفاده از نتیجه تحلیل عملکرد، یک روش کنترل مناسب هوشمند بر پایه منطق فازی برای این مسئله ارائه دهیم و آن را با کنترل کننده های کلاسیک و همچنین با حالت بدون هماهنگی مقایسه کنیم.

جداسازی و شناسایی باکتری های بومی تجزیه کننده سلولز
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1390
  رضا عصاره   سعید امین زاده

میکروارگانیسم ها جهت تجزیه ترکیبات کمپلکس و پیچیده در شرایط سخت محیطی تکامل یافته اند. و می توان آنها را در شرایط انتخابی غنی سازی کرده جهت تجزیه این مواد بکار برد. زیست توده سلولزی در بحث انرژی های پایدار بسیار مورد توجه می باشد. گونه های باکتریایی، قارچی و پروتوزوآ ظرفیت سلولیتیک را در شرایط مختلف محیطی نشان داده اند. مطالعه حاضر جداسازی و شناسایی باکتری های ترموفیلیک (oc60) و مزوفیلیک (oc37) تجزیه کننده سلولز را از خاک نشان می دهد. 12 سویه ترموفیل و 12 سویه مزوفیل پس از غنی سازی محیطهای رشد در حضور میکروکریستالین سلولز به عنوان تنها منبع کربن و تست غربالگری در پلیت جهت شناسایی سویه های سلولیتیک، جداسازی شدند. از طریق مقایسه باکتری های سلولیتیک ایزوله های برتر انتخاب، و این سویه ها بر اساس توالی ژن 16s rdna شناسایی شدند. سویه ترموفیل متعلق به جنس geobacillus و سویه مزوفیل متعلق به جنسbacillus بود. شرایط بهینه تولید آنزیم برای دو سویه بررسی و ماکزیمم تولید برای سویه ترموفیل در ph 5/6 و دمای oc50 و در حضور 5/0 درصد کاه به عنوان تنها منبع کربن برابر u/ml 50/143 بدست آمد. افزودن tween 80 تا غلظت 1/0 درصد باعث 16 درصد افزایش در فعالیت آنزیم شد. ماکزیمم تولید برای سویه مزوفیل در ph 5/8 و دمای oc37 در حضور 5/0 درصد کاه به عنوان تنها منبع کربن برابر u/ml81/65 بدست آمد. افزودن tween 80 تا غلظت 2/0 درصد باعث 36 درصد افزایش در فعالیت آنزیم شد. آنزیم بدست آمده از سویه ترموفیل از طریق کروماتوگرافی تعویض یونی خالص و از طریق زایموگرام وزن مولکولی آنزیم kda 54 تعیین شد. شرایط بهینه فعالیت آنزیم بررسی و ماکزیمم فعالیت در ph 5/6 و دمای oc70 بدست آمد. پایداری دمایی آنزیم مورد بررسی قرار گرفت و آنزیم پس از یک ساعت انکوباسیون در دمای 80 درجه سانتی گراد 40 درصد از فعالیت خود را حفظ کرد.

بیان پروتئین نوترکیب izumo اسپرم سگ(canis familiaris) در سیستم بیانی اشرشیاکلی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  زهرا وثاق همدانی   ناصر فرخی

غشای پلاسمایی سر اسپرم محل اصلی بر هم کنش با اووسیت است و پروتئین های عملکردی مهمی در این فرآیند نقش دارند. اهمیت و نقش قطعی پروتئین های سطحی اسپرم با استفاده از رده های موش های مهندسی شده که فاقد پروتئین های طبیعی اسپرم هستند، فراهم شده است. در بسیاری از موارد فقدان این پروتئین ها منجر به کاهش یا از دست رفتن کامل باروری می شود، زیرا باعث نقص در برهم کنش اسپرم- اووسیت می-شوند. مطالعه بیولوژی مولکولی اسپرم تا حد زیادی به منظور پایه گذاری مدل هایی برای ناباروری جنس نر صورت می گیرد. به طور معمول برای شناسایی زیر واحد های پروتئینی از دو رویکرد مکمل هم استفاده شده است: شناسایی محتوای پروتئینی کل اسپرم از طریق تولید ایمنوگلوبولین های ضد اسپرمی و شناخت ژنهای اسپرمی از طریق مشخص نمودن موتاسیون های ژنی و یا ناک اوت کردن ژن که مورفولوژی و عملکرد اسپرم را تغییر می دهد. آنتی بادی های ضداسپرمی (asa) به عنوان عامل اصلی ناباروری ایمنولوژیکی شناخته می شوند و به عنوان هدفی برای غیر فعال سازی اسپرم ها نیز کاربرد دارند. از آنجا که آنتی بادی ها در اسپرم زنده قادر به نفوذ به غشای سلولی خارجی نیستند، بنابراین آنالیز آنتی ژنی باید محدود به آنتی ژن های غشای خارجی اسپرم باشد. از این رو در این پژوهش پروتئین غشایی اسپرم به نام izumo انتخاب و پس از استخراج rna آن، cdna ساخته شد و ژن ایزومو با استفاده از آغازگرهای خارجی و داخلی به شیوه nested pcr تکثیر شدند. قطعه مورد نظر پس از تکثیر در ناقل تکثیری ptz57/r کلون شد و در باکتری e .coli سوش dh5? ترانسفورم شد. سپس این قطعه با آنزیم های bami و ncoi برش یافته و در ناقل بیانی pqe60 کلون شدند. کلونی های مثبت حاوی ژن مورد نظر با iptg القا شدند و پروتئین تولیدی پس از جداسازی از غشاهای باکتریایی توسط ستون کروماتوگرافی نیکل- سفارز خالص سازی شد. چنین انتظار می رود این پروتئین خالص شده تولید آنتی بادی های ضد اسپرمی را در بدن خرگوش القا کند.

همسانه سازی و بیان ژن کیتیناز حاصل از یک سویه باکتریایی بومی ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده کشاورزی 1390
  مهدی مرتضوی   سعید امین زاده

کیتین از لحاظ فراوانی پس از سلولز دومین پلی ساکارید در طبیعت می باشد حضور این پلی ساکارید در ساختمان بدن بسیاری از جانوران از جمله پوست بدن سخت پوستانی چون خرچنگ و میگو، پوست بدن ماهی، کوتیکول حشرات، دیواره سلولی قارچ ها و بسیاری دیگر از جانداران موجب شده است که هر ساله مقادیر بسیار زیادی از این ماده به صورت ضایعات وارد طبیعت شود که این امر علاوه بر آلوده کردن محیط زیست موجب هدر رفتن سرمایه با ارزشی شده است همین مسئله موجب شده است تا در سال های اخیر دانشمندان زیادی به فکر استفاده مجدد از این ماده ارزشمند بیافتند و مواد با ارزشی را از کیتین به دست بیاورند که در صنایع مختلف از جمله پزشکی، داروسازی، کشاورزی، پارچه بافی،کاغذ سازی و ... کاربرد های فراوانی دارند علاوه بر این، حضور کیتین در کوتیکول حشرات و دیواره سلولی قارچ ها سبب شده است تا دانشمندان به فکر کنترل زیستی آفات و بیماری ها از طریق تجزیه کیتین موجود در ساختمان بدن آنها بیافتند، امروزه به طور معمول برای کنترل آفات و عوامل بیماری زا از سموم شیمیایی استفاده می شود، مصرف بیش از اندازه مواد شیمیایی می تواند اثر نامطلوب و نگران کننده ای بر روی محیط زیست و موجودات زنده بگذارد. همچنین باقی ماندن این مواد در محصولات غذایی ناشی از مصرف مکرر آنها، سلامت مصرف کننده را به خطر می اندازد.با توجه به مطالب گفته شده کیتیناز که یک آنزیم هیدرولیزکننده کیتین است به علت توانایی در تجزیه کیتین و تولید فرآورده های باارزش از آن همچنین اثرات موثر در کنترل قارچ های پاتوژن و حشرات آفت از طریق تخریب کیتین موجود در دیواره سلولی و کوتیکول آنها دارای ارزش فراوانی است. در این تحقیق ژن کیتیناز از یکی از سویه های باکتری paenibacillus جداسازی و توسط ناقل بیانیpet26b به باکتری e.coli منتقل شد و سپس بیان آنزیم کیتیناز در e.coli مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفت. توالی یابی ژن کیتیناز همسانه سازی شده و مقایسه آن با توالی نوکلئوتیدی سایر ژنهای کیتیناز ثبت شده در بانک ژن نشان داد که این کیتیناز از لحاظ همولوژی دارای تفاوت هایی با کیتیناز های گزارش شده قبلی می باشد. این مسأله از این جهت که این سویه بومی ایران بوده و برای اولین بار ژن کد کننده کیتیناز از آن جدا گردیده ، حائز اهمیت فراوان است.

بررسی امکان دست یابی به باکتریوسین مهارکننده رشد باکتری عامل بیماری شانکر مرکبات
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه سیستان و بلوچستان - دانشکده علوم پایه 1391
  داریوش غلامی شیتاب   سعید امین زاده

بیماری های باکتریایی باعث کاهش چشمگیری در محصولات گیاهی می شوند. حفاظت گیاهان علیه این پاتوژن ها، توسط ترکیبات مسی و آنتی بیوتیکهاست که هر دو مورد جزء ترکیبات آلوده کننده محیطی می باشد و در چندین مورد، گزارششده است که این ترکیبات به تولید نژادهای مقاوم باکتری های پاتوژن گیاهی منجر شده اند. بیماری باکتریایی شانکر مرکبات یکی از مخرب ترین بیماری های مرکبات می باشد و ازجمله بیماری های قرنطینه ایاست کهخسارت شدیدی برتولید مرکبات درایران وارد ساختهاست.باکتری عامل این بیماریxanthomonas citri subsp.citri(xcici) میباشد. علی رغم وجود این بیماری در کشور ایران، تاکنون مطالعه دقیقی در جهت کنترل بیولوژیک آن انجام نگرفته است. درسالهای اخیر تلا ش های زیادی برای پیدا کردن آنتی بیوتیک هایی معطوف شده که باکتری نتواند در برابر آن مقاوم شود. پپتیدهای آنتی میکروبیال تولید شده توسط موجودات مختلف، برای این کار مناسبمی باشند که در اکثر منابع همچون پستانداران، دوزیستان، حشرات و گیاهان یافت شده و نقش موثری در سیستم دفاعی میزبان و مصونیت داخلی بعهده دارند. باکتریوسین ها، پپتید ها یا پروتئین های آنتی میکروبیال تولیدشده ریبوزومی هستند که در دنیای میکروبی پراکنده هستند و هم توسط باکتری های گرم مثبت و هم گرم منفی تولید می شوند. lashardgh2وenterobacteriocindgh4دو نوعباکتریوسین بومی و جدید می باشند که برای مهار این بیماری کاندیدای مناسبی هستند. این دو نوع باکتریوسین اولین باکتریوسین های مهار کننده باکتری زانتوموناس در دنیا می باشند که سویه های ایرانی و جهانی این باکتری را مهار می کنند. در این مطالعه بمنظور دستیابی به این مهم از روش های ابتکاری و نوینی از قبیل تشخیص فعالیت آنتی میکروبیال این ترکیبات به روش dd-awda و همچنین روشی نوین جهتجداسازی و استخراج پروتئین و پپتید از ژل پلی اکریلامید استفاده گردید. بهینه سازی تولید این باکتریوسین ها به روش taguchiorthogonalarray انجام گرفت. امید است که، با تحقیقات بیشتر بر روی این باکتریوسین ها بتوان گام مهمی در جهت کنترل این بیماری برداشت.

بررسی امکان ایجاد جهش های s390i و g191v در ژن کیتیناز serratia marcescens b4a با روش quik-change site directed mutagenesis به منظور بهبود بخشیدن پایداری آنزیم
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1391
  زینب امروزی توبکانلو   سعید امین زاده

کیتینازها، گلیکوزیل هیدرولازهایی هستند که با شکستن پیوند گلیکوزیدی بین زیرواحدها، پلیمر کیتین را تجزیه می کند. آنزیم کیتیناز اهمیت اقتصادی چشمگیری در خصوص تجزیه مواد کیتینی و پاکسازی محیط زیست و تهیه مواد پیش ماده و کنترل قارچ های پاتوژن گیاهی و آفات دارد. از طرفی آنزیم-های پایدار به دما از لحاظ صنعتی و بیوتکنولوژی بسیار مهم اند. آنزیم اندوکیتیناز حاصل از یک سوش باکتریایی (serratia marcescens b4a) با 567 اسیدآمینه تشابه زیادی به گلیکوزیل هیدرولاز های خانواده 18 (gh18)نشان می دهد. این آنزیم در زیرساختار وسیعی از ph (10-3) و دما(?c60-30) می تواند فعالیت کند و بیشترین فعالیت را در 6=ph و دمای?c 50 نشان می دهد. این ویژگی ها باعث تبدیل این کیتیناز به یک گزینه مناسب برای کارهای تحقیقاتی و همچنین کاربردهای صنعتی شده است. هم اکنون با روشهای مختلفی از جمله جهش زایی هدفمند، با تغییر یک سری از آمینواسیدها به آمینواسیدهایی که سختی آنزیم را افزایش می دهند، می توان پایداری آنزیم را تا حدی افزایش داد. روشی که در این تحقیق انتخاب شد quik-change site directed mutagenesis می باشد؛ جایگاه جایگزینی آمینواسیدی به گونه ای انتخاب شد که آمینواسید سرین 390 که در لوپ منتهی به بتا وجود دارد تبدیل به ایزولوسین شود که بیشتر تمایل دارد در زنجیره ی بتا باشد و همچنین در طی یک جایگزینی دیگر گلیسین 190 به والین تبدیل شد و به این ترتیب در این دو جایگاه به بررسی همزمان نقش کاهش طول لوپ و افزایش صفحات بتا و همچنین نقش آمینواسیدهای گلیسین و سرین به عنوان آمینواسیدهای غیرپایدارکننده و والین و ایزولوسین به عنوان آمینواسیدهای پایدارکننده پرداخته شد.نتایج بدست آمده نشان داد که دما و ph بهینه جهش یافته ها تغییر چندانی نکرده و این حاکی از آن است که جهش های ایجاد شده بر روی خصوصیات اصلی آنزیم تاثیری نداشته علاوه بر آن تغییر نکردن مقدار km نشان دهنده این است که جهش ها بر انعطاف پذیری کلی آنزیم و تمایل آنزیم به سوبسترا تاثیری نداشته است. نتایج حاصل از اندازه گیری پایداری جهش یافته ها به ph و دما نشان داد که پایداری آنزیم نسبت به ph و دما افزایش یافته، علاوه بر آن جهش یافته ها در دماهای 50 و 60 درجه سانتی گراد با گذشت زمان فعالیتشان بیش از پیش افزایش می یابد. یافته های ما نشان می دهد در اثر این جایگزینی ها کیتیناز فشرده تر و مدت زمان بیشتری فعالیت خود را در دمای ثابت حفظ کرده و دماهای بالا را به خوبی تحمل می کند.

مطالعه اثر جایگزینی فنیل آلانین 17 با سرین بر فعالیت آنزیمی لیپاز کایمریک باسیلوس ترموکاتنولاتوس
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده علوم 1392
  سید حسینعلی خالقی نژاد   علی اصعر کارخانه

لیپازها (تری آسیل گلیسرول آسیل هیدرولاز ec 3.1.1.3 ) از مهم ترین آنزیم های صنعتی هستند که در صنایع مختلف از جمله صنایع غذایی، شوینده ها، تولیدات دارویی، چرم، پارچه، لوازم آرایشی، و کاغذ کاربرد دارند. لیپازهای باکتریایی عضوی از خانواده ?/? هیدرولازها هستندکه تری آسیل گلیسرول ها را در فاز بین آب-چربی هیدرولیز می کنند. لیپاز باسیلوس ترموکاتنولاتوس (btl2) نوعی لیپاز ترموآلکالوفیل است که در دمای 75-60 درجه سانتیگراد و ph برابر 10 -8 فعالیت می کند. این ویژگی ها باعث تبدیل این لیپاز به یک گزینه مناسب برای کارهای تحقیقاتی و همچنین کاربردهای صنعتی شده است. این پژوهش به بررسی اثر جایگزینی فنیل آلانین 17 با سرین بر فعالیت لیپاز کایمریک باسیلوس ترموکاتنولاتوس ( که کل توالی پنتا پپتیدی (ala-his-ser-gln-gly) ناحیه زانوی هسته دوست لیپاز باسیلوس ترموکاتنولاتوس با توالی پنتا پپتیدی (gly-glu-ser-ala-gly) ناحیه مشابه از لیپاز قارچ کاندیدا روگوزا جایگزین شده بود) می پردازد. بدین منظور ابتدا مطالعات بیوانفورماتیکی و پیشگویی ساختمان جهت بررسی اثر جایگزینی فنیل آلانین 17 با سرین بر ساختمان لیپاز انجام شد. سپس جهش مورد نظر با استفاده از روش جهش زایی در محل در ژن نوترکیب btl2 ایجاد شد. در مرحله بعد لیپاز btl2 جهش یافته در باکتری e.coli کلون و بیان شد. در پایان فعالیت آنزیمی لیپاز های کایمریک در حضور سوبستراهای مختلف اندازه گیری شد. همچنین اثر عوامل مختلف از قبیل دما، ph، دترجنت ها، حلال های آلی و یونهای فلزی بر روی فعالیت آنزیم مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که فعالیت آنزیمی لیپاز کایمریک جدید برای همه سوبستراهای بکاربرده شده به غیر از تری بوترین (4c) بیشتر از آنزیم کایمریک قبلی می باشد، همچنین جهش ایجاد شده، در بیشتر موارد مقاومت آنزیم کایمریک جدید را نسبت به عوامل بررسی شده از قبیل دترجنت ها، حلال ها و یونهای فلزی را افزایش داده است.

بررسی برهمکنش قارچ ها بر باکتری های پاتوژن گیاهی به منظور کنترل زیستی باکتری ها
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی شاهرود - دانشکده کشاورزی 1392
  سارا کاظم زاده   مجتبی ممرآبادی

بیماری های باکتریایی از جمله دلائل اصلی خسارت در گیاهان به شمار می آیند. در این میان، باکتری عامل بیماری شانکر مرکبات، (xanthamonas citri ssp. citri (xcc کشت لیمو در سراسر دنیا را تحت تأثیر خود قرار داده است. عمدتاً کنترل بیماری های گیاهی از طریق مواد شیمیایی صورت می گیرد که دارای اثرات منفی بر اکوسیستم ها است. در این مطالعه کنترل بیولوژیک پاتوژن های باکتریایی، که روشی سازگار با محیط است به کار گرفته شد. اثرات آنتاگونیستی سکروتوم دو قارچ در مقابل جدایه nigeb-88 باکتری xcc با استفاده از روش دیسک مورد ارزیابی قرار گرفت. به منظور تعیین ماهیت عصاره های دارای خاصیت ضد میکروبی، فعالیت هر دو سکروتوم در برابر طیفی از پروتئازها بررسی شد. فعالیت هر دو عصاره در حضور پروتئازها کاهش یافت که نشان از پروتئینی بودن ماهیت ترکیب بازدارنده دارد. در ادامه مطالعات، طیف بازدارندگی پروتئین های ضد میکروبی (amps) در مقابل سایر قارچ ها و باکتری-های پاتوژن نیز مورد ارزیابی واقع شد که در همه موارد طیفی از بازدارندگی مشاهده گردید. همچنین این ترکیبات در مقابل گرما، ph های اسیدی و بازی و همینطور دترژنت ها پایداری خوبی را نشان دادند.

تولید پروتئین نوترکیب آمیلوپلولاناز coh01133 از باکتری کوهنلا
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان البرز - دانشکده کشاورزی 1393
  فاطمه زبردست رودی   ناصر فرخی

با توجه به نیاز گسترده‎ی صنایع غذایی به انواع شیرین کننده‎های حاصل از هیدرولیز نشاسته همچون شربت‎های گلوکز، مالتوز و فروکتوز، استفاده از آنزیم‎های هیدرولیز کننده‎ی نشاسته اهمیت ویژه‎ای پیداکرده است. آنزیم آمیلوپلولاناز (ec 3.2.1.41) یکی از اعضای خانواده‎ی آلفاآمیلازهاست که، قادر به هیدرولیز پیوندهای α-(1→4) و α-(1→6) در نشاسته، پلولان و دکسترین می‎باشد.‎ dna ژنومی از باکتری کوهنلا استخراج شد. طراحی پرایمر از دو توالی از ژن‎های کد کننده‎ی آنزیم آمیلوپلولاناز در این باکتری با نام‎های coh00831 به طول bp 1998 و coh01133 به طول bp 3678 صورت گرفت. ژن coh00831 ابتدا در ناقل کلونینگ pgem-t همسانه‎سازی شد. سپس در ناقل بیانی pet28a کلون، و در میزبان بیانی bl21 (de3) با القاء (m 1/0) iptg در °c 22 به مدت 6 ساعت بیان گردید. ژن coh01133 نیز پس از هضم آنزیمی با آنزیم‎های مهندسی شده در دو سر ژن، در ناقل بیانی pet28a کلون و در میزبان بیانی bl21 (de3) با القاء (m 1/0) iptg در °c 25 به مدت 4 ساعت بیان شد. پس از خالص سازی و سنجش فعالیت آنزیم‎ها، مطالعات بیوانفورماتیکی به منظور بررسی خصوصیات بیوشیمیایی و شناسایی دمین‎های کاتالیتیکی و غیر کاتالیتیکی توالی‎ها نیز صورت گرفت.

مطالعه پروتئین نوترکیب آمیلوپلولاناز coh4159 از باکتری cohnella
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان البرز - دانشکده کشاورزی 1393
  پروین ولی الهی   ناصر فرخی

چکیده : وجود مسیرهای چرخه گلیکولیز در موجودات نشان می دهد گلوکز یک منبع مهم و اصلی انرژی است. از بین پلیمرهای گلوکز، نشاسته در صنعت کشاورزی و پزشکی از اهمیت ویژه‎ای برخودار است و از آنجا که اکثر موجودات قادر به هضم این پلیمر نمی‎باشند آنزیم های هیدرولیز کننده نشاسته از اهمیت ویژه ای برخوردار هستند. یکی از این آنزیم‎ها آنزیم آمیلوپلولاناز می‎باشد، آمیلوپلولاناز یکی از مهمترین گروه های کاتالیزورهای زیستی می باشند که در صنایع مختلفی کاربرد دارند. باکتری ترموفیل بومی cohnella sp. a01 دارای دمای بهینه رشد 60 درجه سانتی گراد می باشد..انتظار می رود که آمیلوپلولاناز این باکتری پایداری دمایی بالایی داشته باشد. آمیلوپلولاناز یکی از اعضای خانواده های گروه 13 و57 گلیکوزیل هیدرولازها می باشد. این آنزیم دارای فعالیت آمیلوپلولانازی بوده و نشاسته را به واحدهای پلی ساکارید هیدرولیز می‎کند. در این تحقیق ابتدا dna باکتری cohnella sp. a01 استخراج شد و با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن مورد نظر طی واکنش pcr تکثیر شد. قطعه تکثیر شده در ناقل بیانی pet 26 b (+)همسانه سازی گردید و بیان پروتئینی آن، در باکتری اشریشیاکولی (de3) صورت گرفت. در نهایت در شرایط بهینه، پروتئین در مقیاس بالا تهیه و با استفاده از دنباله های هیستیدینی موجود در وکتور بیانی اضافه شده به آغازگرها و ستون نیکل سفارز خالص سازی شد و فعالیت آنزیم در نشاسته و پلولان به عنوان سوبسترا تایید گردید. پایداری آنزیم تولیدی، پس از تخلیص آن، در برابر تغییرات دما، ph، فلزات یونی و مواد شیمیایی مختلف ارزیابی شد. فعالیت آنزیم در حضور اکثر یون های فلزی، بازدارنده ها بررسی شد. این آنزیم در زیر ساختار وسیعی از ph (9-4) و دمای (?c70-30) کاملا فعال بوده و بیشترین فعالیت را در 6=ph و دمای ?c60 نشان داد. کلمات کلیدی: نشاسته، باکتری cohnella، آنزیم آمیلوپلولاناز

تولید آنتی بادی پلی کلونال علیه باکتری xanthomonas citri subsp. citri
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  محمد پایدارزاده   ناصر فرخی

شانکر باکتریایی مرکبات از بیماری های شایع مرکبات است عامل این بیماری باکتری گرم منفی xanthomonas citri subsp. citri می باشد. باتوجه به قرنطینه بودن این بیماری ضرورت دارد که با استفاده از اصول مدیریت تلفیقی بیماری ها از ورود آن به مناطق غیر آلوده جلوگیری شود. روش های شناسایی می تواند قبل از گسترش بیماری به تشخیص آن کمک نماید. آنتی بادی ها از وسایل تشخیص سرولوژیک معمول بیماری ها می باشند. در این مطالعه، آنتی بادی تولیدی علیه باکتری عامل شانکر به خصوص در آنالیز وسترن بلات بخش لیپوپلی ساکارید آن بسیار اختصاصی عمل نمود به گونه ای که امکان جداسازی تیپ های a از a* را فراهم می آورد. همچنین در رقت های 1/1000 تا 1/2000 توانایی تشخیص قوی پیکره کشته شده باکتری به عنوان آنتی ژن را از خود نشان داد.