طی این تحقیق، تعداد 128 نمونه از باغات این مناطق نمونه برداری شد. با روش های رایج در بیماری-شناسی گیاهی در روی محیط های mea دو درصد اسیدی شده، جداسازی و کشت گردیدند. 156 جدایه-ی قارچی از نمونه های بیمار دارای شانکر، تغییر رنگ پوسیدگی های آوندی منظم و غیر منظم، شاخه های تغییر رنگ یافته جداسازی گردید. شناسایی جدایه های مورد نظر با استفاده از منابع و کلید های موجود و توصیف های ارائه شده در منابع، انجام گرفت. در مورد تعدادی از جدایه های مورد بررسی توالی its نیز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این تحقیق حضور آلودگی های پنهان و آشکار بیمارگرهای تنه درختان را در باغات مسن و جوان استان آذربایجان شرقی و غربی ثابت می کند. با مطالعات مورفولوژیکی و بررسی تفاوت پرگنه های قارچی جدا شده و نتایج مولکولی، گروه های بیماری زای phaeoecremounim spp.، botryosphaeria spp.، cytpspora spp. و paraconiothyrium spp. شناسایی شدند. در این پژوهش گونه های cytospora chrysosperma، c.cincta و c.pruinosaبه عنوان عامل زوال روی درختان میوه ی هسته دار جداسازی گردیدند. همچنین گونه های sarmentorum b.، dothiorella gregaria، phaeoacremonium aleophilum، paraconiothyrium africanum و paraconiothyrium sp. جداسازی شدند. گونه های قارچی همراه با عوامل زوال از دیگر گروه هایی بودند که همراه با بیمارگر های اشاره شده در بالا از شاخه ها و چوب های بیمار درختان میوه ی هسته دار جداسازی شدند. این گروه های قارچی که عمدتا اندوفیت های کلونیزه کننده بافت های آوندی می باشند، شامل:aureobasidium pullulans ، phoma glomerata، p. nerbarum، epicoccum nigrum، fusarium proliferatum ، f. tricinctum، f.oxysporum، f.acuminatum، alternaria alternata، paecilomyces varioti،sarocladium srtictum ،cladosporium cladosporioides و pyrenochaeta sp. را شامل می شوند. برخی از این جدایه ها به عنوان عوامل کنترل بیولوژیکی معرفی شده اند. در بین قارچ های همراه با عوامل زوال، فراوانی جدایه های paecilomyces varioti،aureobasidium pullulans و alternaria alternata بیش تر از بقیه بود.