در راستای بررسی اثر هرس شاخه و میوه بر ویژگی های رشد، صفات کمی و کیفی فلفل گلخانه ای پژوهشی با استفاده از آزمایش فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با عامل رقم در 3 سطح (زرد (gold flaim)، قرمز (torkal) و نارنجی (paramo))، نوع هرس در 3 سطح (2، 3 و 4 شاخه) و انتخاب میوه در 2 سطح (انتخاب میوه روی شاخه اصلی و انتخاب میوه روی شاخه اصلی و فرعی) در 3 تکرار انجام گرفت. نشاء های فلفل در 19 مرداد سال 1388 در گلخانه کشت شدند. پس از منشعب شدن شاخه های بوته ها، هرس دستی به منظور باقی گذاشتن 2، 3 و 4 شاخه انجام گردید. اولین برداشت تجاری در 20 آبان سال 1388 و آخرین برداشت در 30 اردیبهشت سال 1389 انجام گرفت. نتایج پژوهش نشان داد رقم بر همه ی ویژگی های رشد، صفات کمی و کیفی اندازه گیری شده بجز تعداد گره، وزن تک میوه و میوه درجه 1 اثر معنی دار داشت. رقم های نارنجی و قرمز دارای بلندترین ارتفاع بوته، طول میانگره و وزن خشک بوته و کمترین نسبت طول به عرض میوه بودند. رقم های قرمز و زرد کمترین وزن تر بوته و بیشترین تعداد میوه (43/14 و 30/14)، عملکرد کل (2263 و 2259 گرم در بوته) و قابل فروش (2205 و 2169 گرم در بوته)، درصد میوه نشینی و میوه درجه 2 را داشتند. رقم قرمز دارای بیشترین مواد جامد محلول، ویتامین c، کلروفیل کل برگ و کاروتنوئید کل میوه بود. رقم های قرمز و رقم نارنجی درصد ماده خشک بوته، درصد ماده خشک میوه و ظرفیت آنتی اکسیدانی بیشتری را داشتند. در کل با افزایش تعداد شاخه، تعداد میوه، عملکرد کل، عملکرد قابل فروش، درصد میوه نشینی و میزان میوه درجه دو در بوته افزایش یافت، اما ارتفاع بوته، تعداد گره، طول میانگره، وزن میوه، کلروفیل برگ و کاروتنوئید کل کاهش داشت. بیشترین ارتفاع بوته، تعداد گره در شاخه، طول میانگره، وزن تک میوه (70/166 گرم در بوته) و کاروتنوئید کل و کمترین تعداد میوه (99/11)، عملکرد کل و قابل فروش (1994 و 1937 گرم در بوته)، درصد میوه نشینی و میوه درجه 2 در هرس دوشاخه مشاهده گردید. انتخاب میوه روی شاخه اصلی و فرعی بیشترین تعداد میوه، عملکرد کل و قابل فروش، درصد میوه نشینی و میزان میوه درجه دو را داشت. اما انتخاب میوه روی شاخه اصلی میزان وزن میوه بیشتری را نشان داد. اثر متقابل هرس چهارشاخه با انتخاب میوه تاثیری بر میزان تعداد میوه و عملکرد کل و قابل فروش نشان نداد ولی هرس سه شاخه با انتخاب میوه روی شاخه اصلی و فرعی میزان میوه و عملکرد بیشتری را ایجاد کرد، همچنین هرس دوشاخه تحت تاثیر انتخاب میوه قرار داشت و با انتخاب میوه روی شاخه اصلی و فرعی میزان میوه و عملکرد بیشتری بدست داد. یک روند افزایشی با افزایش تعداد شاخه در تعداد میوه، عملکرد کل، درصد میوه نشینی مشاهده گردید، با کاهش تعداد شاخه روند افزایشی در میزان ارتفاع بوته، تعداد گره و وزن میوه مشاهده شد. در نهایت هرس چهارشاخه و انتخاب میوه روی شاخه اصلی با توجه به افزایش عملکرد و عدم تاثیر منفی بر کیفیت میوه توصیه می شود.