با پذیرش زبان انگلیسی به عنوان زبان بین المللی، بسیاری از تبادلات در مجامع علمی به این زبان صورت می گیرد. همچنین مقالات علمی به عنوان رسانه اصلی ارائه دانش، برای جذب خوانندگان جهانی اغلب به زبان انگلیسی نوشته شوند. ژانر مقالات نیز مانند دیگر ژانرها، زبان و قوانین منحصر به فرد خود را دارد که در صورت نادیده گرفتن، منجر به عدم پذیرش برای چاپ در مجلات معتبر شده که یکی از اهداف اصلی هر محققی می باشد. با این وجود، بسیاری از محققان، به ویژه غیر انگلیسی زبانان، در نوشتن مقالات برای چاپ در مجلات بین المللی با مشکل مواجه می شوند. این مشکلات از دیدگاه های مختلفی با استفاده از روش ها و افرادی از کشور های مختلف ارزیابی شده اند، اما تا کنون تحقیقات اندکی در صدد بررسی مشکلات دانشجویان تحصیلات تکمیلی ایرانی در این مسیر برآمده اند. در همین راستا تحقیق حاضر در دو مرحله انجام شد تا شباهت ها و تفاوت های مشکلات واقعی این دانشجویان و مشکلات ارزیابی شده از دیدگاه خود آن ها مشخص گردد. در مرحله اول، مجموعه ای از مقالات پذیرفته نشده این دانشجویان با استفاده از یک چک لیست ارزیابی طراحی شده، مورد بررسی قرار گرفت تا مشکلات آنها مشخص شوند. در مرحله دوم، از 180 نفر از دانشجویان تحصیلات تکمیلی خواسته شد تا با تکمیل پرسشنامه ای که دربرگیرنده فاکتورهای اصلی انجام تحقیق و چاپ مقاله مستخرج از آن بود مشکلات اصلی خود را معین کنند.علاوه بر این، آنها میزان آگاهی شان از رعایت قوانین حاکم بر مقاله علمی را بر روی یک طیف لیکرت پنج درجه ای نشان دادند. برای تحلیل داده ها، آمار توصیفی و تست خی2 استفاده شد. نتایج مرحله اول نشان داد که نویسندگان کمترین نمره را در بخش پیشینه تحقیق به دست آوردند. نتایج بخش دوم نشان داد که نوشتن مقاله علمی به ویژه بخش بحث و تفسیر مانع اصلی پاسخگویان در انجام و چاپ تحقیقات علمی می باشد. مشکلات آنها در نوشتن دیگر بخش های مقاله علمی و نیز استفاده از دانش عمومی زبانی و نیز تشابهات وتفاوت های نتایج دو مرحله مشخص شد. علاوه بر این، پاسخگویان نشان دادند که به جز در چند مورد، در سطح متوسطی از لحاظ آگاهی از رعایت ملزومات نگارش مقاله علمی می باشند.