نام پژوهشگر: حسین صمدی کفیل

تاثیر غلظت کمتر از مهارکننده آمپی سیلین، ونکومایسین، جنتامایسین و سفتی زوکسیم در بیان ژن های کلونیزاسیون انتروکوکوس فکالیس ایزوله شده از نمونه کلینیکی در شرایط in- vitro
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1392
  حسین صمدی کفیل   اشرف محبتی مبارز

زمینه و اهداف: انتروکوکوس ها کوکسی های گرم مثبتی هستند که جزء خانواده گروه d استرپتوکوکوس ها طبقه بندی می شوند.این باکتری ها از عوامل اصلی عفونت های بیمارستانی همچون باکتریمی، عفونت دستگاه ادراری و اندوکاردیت شناخته می شود. در این مطالعه ما به بررسی حضور ژن های بیماری زای مرتبط با کلونیزاسیون پرداخته و تاثیر آنتی بیوتیک های آمپی سیلین، جنتامایسین، سفتی زوکسیم و ونکومایسین بر بیان ژن های کلونیزاسیون و تشکیل بیوفیلم این باکتری مورد بررسی قرار دادیم. روش بررسی: در مجموع 201 سویه کلینیکی انتروکوکوس از بیمارستان های مختلف در سطح کشور جمع آوری و با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی، ملکولی و اسپکتروفتومتری مورد شناسایی قرار گرفتند با استفاده از آزمون pcr حضور ژن های بیماری زای asa, ace, ebp, efa, esp, gel, cyl, hyl مورد شناسایی قرار گرفتند و پروفایل میکروبی برای هر کدام از سویه های کلینیکی بدست آمد. براین اساس سویه انتروکوکوس فکالیس 1925 و انتروکوکوس فسیوم 2653 به عنوان سویه های مناسب به جهت داشتن تمامی ژن های بیماری زا و الگوی مقاومت انتخاب شدند. جهت بررسی تاثیر آنتی بیوتیک ها در بیان ژن های کلونیزاسیون، غلظت کمتر از مهارکننده آنتی بیوتیک ها برای سویه های مورد مطالعه تعیین گردید. جهت بررسی تاثیر غلظت های کمتر از مهار کننده آنتی بیوتیک در بیان ژن ها باکتری ها بر اساس پروتکل استاندارد به فاز تصاعدی رشد وارد نموده و با غلظت مشخص از آنتی بیوتیک مواجه و سپس rna سویه های مورد مطالعه استخراج شد. پس از حذف dna از سویه های مورد مطالعه و تولید cdna میزان بیان با استفاده از آزمون realtimepcr اندازه گیری شد و با اندازه گیری همزمان میزان بیان ژن کانزرو 23srrna و مقایسه تغییرات بیان با استفاده از فرمول فافل امکان تعیین تغییرات بیان ژن مهیا شد. همچنین تاثیر آنتی بیوتیک ها بر کلونیزاسیون و تشکیل بیوفیلم با استفاده از روش مایکروتیتر و روش جریان فلو (bioflux) انجام گردید تا تاثیر فنوتیپی آنتی بیوتیک ها در تشکیل بیوفیلم اندازه گیری گردد. نتایج : در مجموع 114ایزوله (7/56%) انتروکوکوس فکالیس و 87(2/43%) ایزوله به عنوان انتروکوکوس فسیوم شناسائی شدند. خصوصیات بیوشیمیایی، الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی، حضور ژن های مقاومت و حضور تک تک ژن های بیماری زا در سویه ها جداشده مورد بررسی و شناسایی قرار گرفت و بر این اساس پروفایل کامل تمام سویه ها تهیه شد. تغییرات بیان ژن ها در مواجه با آنتی بیوتیک ها بدین شرح بود. آمپی سیلین باعث افزایش بیان ژن های ebp, esp و ace شد در حالی که تاثیر کاهنده بر efa و asa داشت. جنتامایسین با تاثیر بر esp, ebp و efa باعث افزایش بیان آن ها و به موازات آن کاهش بیان asa, ace شد، سفتی زوکسیم بر تمامی ژن های مورد بررسی تاثیر کاهنده و بر روی ebp بی تاثیر بود. ونکومایسین علیرغم اثر افزاینده بالا بر بیان esp بر سایر ژن ها اثر کاهنده داشت. نتیجه گیری: در این مطالعه روش تشخیصی maldi-tof بهترین روش شناسایی ایزوله ها شناخته شد. حضور ژن های ویرولانس در ایزوله های انتروکوکوس فکالیس بطور معنی داری بیش از ایزوله های انتروکوکوس فسیوم بود در حالیکه مقاومت آنتی بیوتیکی ایزوله هایانتروکوکوس فسیوم بیش از انتروکوکوس فکالیس بود. تاثیر آنتی بیوتیک ها در بیان ژن های کلونیزاسیون مشابه نتایج مطالعات استرس فاکتورهای دیگر در بیان ژن های مرتبط با کلونیزاسیون متغییر بود و غالبا همراه با کاهش بیان فاکتورهای دخیل در کونژوگاسیون و افزایش پروتئین های اتصالی سطحی بود. بررسی تاثیر فنوتیپی آنتی بیوتیک ها نشان داد آنتی بیوتیک جنتامایسین قادر است در غلظت های خاص باعث افزایش کلونیزاسیون و تشکیل بیوفیلم گردد. این تاثیر در سویه های فاقد ژن های ویرولانس نیز مشاهده شد که نشان از دخالت ژن هایی غیر از ژن های معرفی شده در کلونیزاسیون این باکتری می باشد که این یافته می تواند راهگشای شناسایی ژن های جدید و شناخت بهتر مکانیسم بیماری زایی این باکتری باشد.

بررسی اثر سینرژیک آنتی باکتریال عصاره گیاهی پرسیکا و پروپولیس بر روی بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس
thesis دانشگاه آزاد اسلامی - دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم دارویی - دانشکده داروسازی 1394
  عارفه آریامنش   حسین صمدی کفیل

اهداف: دهانشویه های طبیعی آنتی باکتریال و ضد بیوفیلم علاوه بر اینکه منافعی غیر از این دو اثر مهم دارند؛ با مضار کمتر مصرف مداوم و روزانه را جهت اهداف آنتی باکتریال و ضد پلاک با مکانیسم مهار تشکیل پلاک که بهترین روش کنترل پلاک دندانی می باشد را دارند. پلاک دندانی نمونه ای از بیوفیلم می باشد که نقش مهمی در پاتوژنز بیماری های دهان و دندان علی الخصوص در بیماری شایع پوسیدگی دندانی دارد. از میان باکتری های مولد این پلاک، نقش استرپتوکوکوس موتانس نقشی پایه ای و پررنگتر می باشد. از میان کاندیدهایی از مواد طبیعی دهانشویه تجاری پرسیکا و بره موم و عسل هرسه با داشتن خواص قابل توجه آنتی باکتریال و با داشتن منافع بسیار دیگری در حوزه بهداشت دهان و دندان؛ برای بررسی درجاتی از اثرات آنتی بیوفیلمی و مطالعه تعاملات بین اثرات آنتی باکتریال و ضد بیوفیلمی شان انتخاب شدند. مواد و روش کار: در این مطالعه ی برون تنی برای تعیین mic وmibc هر ماده در سوسپانسیون استاندارد باکتری استرپتوکوکوس موتانس atcc35668 از روش serial dilution در میکروتیتر پلیت استفاده شده است. برای بررسی اثر سینرژیک، مجدداً micو mbic مواد با همان روش در محیط کشت tsb حاوی رقتی sub mic از دیگری بررسی شد. برای بررسی کنترل تشکیل بیوفیلم نیز نمونه ها پس از کشت، رنگ آمیزی شده و نتیجه جذب نوری در دستگاه الایزاریدر بدست آمده و پس از حذف جذب پس زمینه؛ درصد مهار رشد بیوفیلم و mbic و تست های معنی داری و شاخص های سینرژی بررسی شد. نتیجه گیری نهایی: بره موم با پرسیکا و عسل اثر سینرژیک آنتی باکتریال دارد. عسل اثر ضد بیوفیلمی ندارد اما حالت ترکیبی بره موم باsubmic پرسیکا باعث پیشرفت آن از مهارکننده اختصاصی ضعیف به قویتر و در حد پرسیکای تنها می شود پس اگر زمانی دهانشویه ی بره موم تولید شود موکداً توصیه می شود که از مقادیر submic از دهانشویه ی پرسیکا در آن استفاده شود. ولی در حالت ترکیبی پرسیکا برخلاف اثر آنتی باکتریالشان باعث پسرفت اثر ضد بیوفیلمی و اخلال در سینرژی می شود.

جداسازی و شناسایی لاکتوباسیلوس پلانتاروم به عنوان منبع بالقوه پروبیوتیک با استفاده از روش pcr در پنیر کوزه ای منطقه میاندوآب
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده کشاورزی 1394
  وحید جباری   رضا رضایی مکرم

پنیر یک محصول لبنی ارزشمند و غنی از پروتئین است. در بین انواع پنیر، پنیر کوزه ای محصولی سنتی است که در منطقه شمال غرب کشور و به خصوص در استان آذربایجان غربی تولید می شود. با توجه به اینکه مصرف این نوع پنیر در این مناطق رایج است، و اغلب از شیر پاستوریزه نشده جهت تولید این پنیر استفاده می شود، شناسایی فلور باکتریایی پنیر کوزه ای حائز اهمیت است. روش های بر پایه کشت، روش های نسبتاً مطمئنی هستند ولی زمان بر بودن این روش ها یک نقیصه مهم محسوب می شود. بنابراین در طول سال های اخیر تلاش هایی در جهت ابداع روش های جدید صورت گرفته است. pcr یکی از این روش هاست که در مدت زمان کمی امکان تشخیص میکروارگانیسم های مختلف را فراهم می آورد. هدف ما در این تحقیق شناسایی و جداسازی لاکتوباسیلوس پلانتاروم به عنوان منبع بالقوه ی پروبیوتیک با استفاده از روش pcr از پنیر کوزه ای و بررسی خاصیت ضدمیکروبی سویه های شناسایی شده بر روی برخی از میکروارگانیسم های پاتوژن بود.

شناسایی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس در پنیرهای سنتی مرند با روش pcr
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده کشاورزی 1394
  قاسم یحیوی زنوزق   رضا رضایی مکرم

استافیلوکوکوس اورئوس به عنوان یکی از عوامل مهم در بیماری های با منشأ مواد غذایی مطرح است. شیر و فراورده های شیری ماده ی اولیه مناسب جهت رشد استافیلوکوکوس اورئوس بوده و منبع شناخته شده ای برای مسمومیت های استافیلوکوکی می باشد. پنیر از مهم ترین پدیده های بشری است که در تغذیه بشر، سهم بسزایی دارد و ضمن تأمین مواد لازم جهت رشد، در مطبوع ساختن غذای روزانه موثر است. در مناطق روستایی و عشایری به علت عدم وجود سردخانه جهت نگهداری شیر و همین طور طعم مطبوع پنیرهای سنتی، ساخت و مصرف این فرآورده متداول می باشد. از آنجایی که پنیر یکی از فرآورده های مهم شیر مورد مصرف در کشور می باشد و مصرف پنیر سنتی نیز در بسیاری از نقاط کشور رواج دارد، آلودگی میکروبی آن می بایست مورد توجه قرار گیرد. یک روش برای شناسایی انواع میکروارگانیسم ها از جمله باکتری های پاتوژن مانند استافیلوکوکوس اورئوس ، pcr است که این روش به عنوان یک ابزار مهم در فعالیت های تحقیقاتی و بالینی محسوب می شود. pcr برای تکثیر بخش های خاصی از مولکول dna مورد استفاده قرار می گیرد. این بخش ها ممکن است یک ژن کامل، قسمتی از یک ژن یا سکانس های بین ژن ها باشند. با شناسایی قطعات ژن استافیلوکوکوس اورئوس به وسیله پرایمرهای اختصاصی آن می توان به وجود این باکتری در محصول موردنظر پی برد. در این مطالعه جهت تعیین میزان شیوع استافیلوکوکوس اورئوس در پنیرهای محلی شهرستان مرند از روش pcr استفاده گردید. همچنین برای بررسی صحت کار و دقت عمل پرایمرها، کشت خالص این باکتری در محیط مانیتول سالت آگار تهیه و بررسی شد. در این مطالعه مجموعاً 62 نمونه پنیر در دو نوع گوسفندی و گاوی به صورت تصادفی از روستاهای اطراف شهرستان جمع آوری و مورد آزمایش قرار گرفت. نتایج در این تحقیق نشان دهنده معنی دار بودن مقدار آلودگی استافیلوکوکوس اورئوس کواگولاز مثبت در پنیر است که این نتایج برای pcr و تست کوآگولاز به ترتیب 67/9 و 8 درصد گزارش شد.

شناسایی گونه ی لاکتوباسیلوس دلبروکی بعنوان منبع بالقوه پروبیوتیک در نمونه های شیرخام زیرگونه ی بولگاریکوس به روش pcr
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده کشاورزی 1394
  الهام احمدی   محمود صوتی خیابانی

اسیدلاکتیک باکتری ها، باکتری های گرم مثبت، غیر اسپورزا و بی هوازی اختیاری هستند و بیشترین اهمیت آنها در صنعت غذا استفاده از سویه های مختلف این باکتری به عنوان کشت های آغازگر در کارخانه های تولید محصولات لبنی مثل ماست و پنیر می باشد. از طرفی داشتن خاصیت بالقوه پروبیوتیکی این باکتری ها نیز به درجه ی اهمیت آن ها افزوده است، به طوریکه که استفاده از این باکتری ها در محصولات مختلف لبنی باعث سلامت گوارشی افراد مصرف کننده می گردد. شناسایی باکتری لاکتوباسیلوس دلبروکی در محصولات لبنی با روش های کشت معمول نیز انجام پذیر است، ولی روش های کشت زمان بر بوده و از دقت کافی برخوردار نیست، لذا استفاده از روش pcr (واکنش زنجیره ای پلی مراز) به عنوان یک روش سریع و دقیق جهت جست وجوی این باکتری موردبررسی قرار گرفت. برای شناسایی لاکتوباسیلوس دلبروکی در نمونه های شیر خام که موردمطالعه ی این پژوهش می باشد، پس از مراحل کشت و جداسازی سویه های باکتریایی از نمونه های شیر خام، آزمایش های بیوشیمیایی جهت تأیید روش مولکولی انجام گرفت و سپس مراحل استخراج dna انجام شد و درنهایت روش مولکولی pcr به کار بسته شد. پس از انجام pcr شناسایی اندازه ی باندها با استفاده از الکتروفورز و تهیه ی ژل آگارز صورت گرفت.

بررسی شیوع ژن ctx-m در کلبسیلا، سالمونلا، شیگلا و اشرشیاکلی چند مقاومتی جدا شده از نمونه های کلینیکی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1387
  حسین صمدی کفیل   قربان بهزادیان نژاد

چکیده ندارد.