در بسیاری از نقاط دنیا بویژه مناطقی که امکان تولید انبوه در شرایط بهداشتی و تولید صنعتی برای بعضی از مواد غذایی وجود ندارد، از تخمیر مواد خام و تغییر ترکیب غذایی آنها توسط مخمرها، باکتریها و کپک ها استفاده می شود. فرآورده های مختلف لبنی از جمله پنیر از غذاهای تخمیری هستند که میکروارگانیسم ها نقش اصلی را در فرآیند رسیدن فرآورده ایفا می کنند. پنیر کوزه از دسته پنیرهای نیمه سخت و غیرپاستوریزه پرطرفدار بوده که بروش سنتی در مناطقی از آذربایجان غربی ساخته می-شود. هدف از انجام این مطالعه جداسازی باکتری های اسیدلاکتیک طبیعی از پنیر سنتی کوزه یا کوپه تولید شده در نواحی مختلف آذربایجان غربی و تعیین فنوتیپ و ژنوتیپ سویه های عمده جداشده و بررسی ویژگی های پروبیوتیکی و اثر مهاری آنها روی رشد باکتری لیستریا منوسیتوژنز بود. برای رسیدن به هدف، باکتری های اسیدلاکتیک جداسازی شده از پنیر کوزه با استفاده از روش های فنوتیپیک (بررسی مورفولوژی سلولی، رنگ آمیزی گرم و انجام تست های فیزیولوژیک و بیوشیمیایی) و ژنوتیپیک(pcr-rflp) شناسایی شدند. با وجود برخورداری روش های کلاسیک از حساسیت بالا، نتایج بدست آمده بر اساس ویژگی های فیزیکوشیمیایی کلاسیک و ویژگی های فنوتیپیک نه تنها از نظر تشخیص افتراقی بلکه از نظرارتباط فیلوژنیک نیز حتی در داخل یک خانواده باکتریایی همیشه قابل اطمینان نیستند، از اینرو استفاده از تکنیک های مولکولی از جمله روشهای مبتنی بر pcr در کسب اطمینان و تامین پاسخ-های اکولوژیک توصیه گردیده اند. نتایج حاصله از تحقیق حاضر نشان داد که، میانگین جمعیت کل میکروبی پنیرهای مورد بررسی 106×6/9 cfu/gr و میانگین جمعیت باکتری های اسیدلاکتیک 105× 4/6 gr/cfu بود. لاکتوکوکسی ها جمعیت غالب باکتری های اسیدلاکتیک پنیر را در مقایسه با لاکتوباسیل ها داشتند (05/0>p). روش pcr-rflp می تواند در شناسایی درست جنس و گونه باکتری های جدا-شده نقش مهمی داشته باشد. مقایسه توالی های نوکلئوتیدی جدایه های باکتریایی در این مطالعه با توالی-های نوکلئوتیدی ناحیه مشابه باکتری های اسیدلاکتیک موجود در بانک ژن وبررسی درخت فیلوژنیک رسم شده نشان داد که ده جدایه تعیین توالی شده باکتری های لاکتوباسیلوس پلانتارم، لاکتوباسیلوس برویس، انتروکوکوس فسیوم، انتروکوکوس دورانس و باسیلوس سوبتیلیس بودند. جمعیت زنده و فعال باکتری های اسیدلاکتیک در 3=ph بعد از سه ساعت بطور قابل ملاحظه ای کاهش یافت. تمامی سویه-های جداسازی شده در ph پایین تر از سه (2=ph) توانایی زنده ماندن خود را از دست داده و از بین رفتند. تنها یک جدایه از لاکتوباسیل ها، توانایی مهار رشد باکتری لیستریا منوسیتوژنز (19115 atcc) را نشان داد و در مقایسه با نمونه شاهد توانایی کاهش حدود سه سیکل لوگاریتمی از باکتری لیستریا منوسیتوژنز در طول 30 روز اول دوره نگهداری (قرنطینه) نمونه های پنیر را داشت. جمعیت لاکتوباسیلوس تلقیح شده به پنیر uf به عنوان نمونه ماده غذایی با دز 109 gr/cfu در طول 60 روز نگهداری و دوره رسیدن در قرنطینه، پس از 30 روز در حدود 107 gr/cfu بوده و در روزهای 45 و 60 به 106 gr/cfu رسیده و ثابت ماند و پنیرهای مزبور هیچگونه تغییر قابل ملاحظه ای در مقدار نهایی پارامترهای شیمیایی نشان نداده و اختلاف معنی داری (05/0 ? p) بین داده ها وجود نداشت. تحقیق حاضر نشان داد که پنیر سنتی کوزه می تواند یکی از مواد غذایی بالقوه مفید از نظر تغذیه-ای باشد. تنوع قابل توجه باکتری های موجود در پنیر کوزه عامل اصلی تنوع در کیفیت پنیرهای موجود در سطح عرضه بازار می باشد.