میکروسکوپ فلورسنس به عنوان یکی از بهترین ابزار های بررسی و مطالعه، در زیست شناسی سلولی و زیست شناسی مولکولی نقش بسزایی داشته است. امروزه تصویربرداری فلورسنس به عنوان یک ابزار اصلی در زیست شناسی، مخصوصا در مطالعه ی پدیده های مرتبط با غشاء سلولی، شکل سلول، حرکت سلول و چسبندگی موضعی سلول در نظر گرفته می شود. مطالعه ی ناحیه ی تماس سلول با زیرلایه و بررسی پدیده های مربوط به زیست شناسی سلولی در سال های اخیر رشد سریعی داشته است و اهمیت تصویربرداری از این پدیده ها باعث رشد روش های متفاوتی در این زمینه شده است که از جمله ی آن می توان به میکروسکوپ فلورسنس میدان میرای موجبری (weffm) اشاره کرد. تصویربرداری از نقاط تماس سلول با زیرلایه و فیلم های نازک، اندازه گیری فاصله سلول با موجبر و همچنین بررسی نحوه ی تاثیر داروها روی سلول ها از جمله کارهایی است که با میکروسکوپ میدان میرای موجبری انجام گرفته است. هنگامی که یک باریکه نور وارد موجبر می شود، بعد از انتشار در موجبر میدان میرایی روی سطح آن ایجاد می کند که عمق نفوذ آن(فاصله ایی که در آن بزرگی میدان به36% آن روی سطح موجبر می رسد) در حدود nm 100 است. این میدان میرا باعث تحریک مولکول های فلورسنس (که برای برچسب زدن محیط سلول یا غشاء سلول استفاده می شوند) می شود که در محدوده ی آن قرار می گیرند. فلورسنس در واقع انتشار نور با طول موج بالاتر توسط مولکول های فلورسنس است که در مدت 9-10 ثانیه بعد از جذب نور با طول موج پایین تر اتفاق می افتد و در این فرآیند الکترونی با جذب یک فوتون به حالت بالاتر تحریک می شود و سپس به حالت پایه ی خود باز می گردد و در این بازگشت فوتونی با طول موج بیشتر گسیل می کند که به کمک یک عدسی می توان این فوتون ها را جمع کرد و آن ها را با استفاده از یک فیلتر از فوتون-های تحریک کننده جدا نمود و تصویری با زمینه ی کم را مشاهده کرد. این روش دارای مزیت هایی نسبت به روش های مشابه مانند میکروسکوپ فلورسنس بازتابش کلی است که از جمله می توان به سفید شدگی کمتر، عدم نیاز به لنز با قطر دهانه ی بالاتر، تعیین آسان تر فاصله ی جدایی سلول از سطح موجبر ، ارزانی، ترکیب ساده تر آن با سایر روش های میکروسکوپی و استفاده از عدسی های گوناگون با بزرگنمایی های متفاوت اشاره کرد. تئوری الکترو مغناطیسی امواج هدایت شده در موجبر به طور کامل در منابع مختلف مورد بحث قرار گرفته است اما تا بحال تئوری مذکور برای موجبرهایی که روی سطح آنها لایه های متفاوت و غیر یکنواخت مانند سلول قرار گرفته، مورد بحث قرار نگرفته است. کاربردهای روز افزون روش میکروسکوپ فلورسنس میدان میرای موجبر در زمینه های مختلف مخصوصا تصویربرداری از ناحیه ی تماس سلول با زیرلایه، زیست شناسی سلولی و زیست شناسی مولکولی، ما را بر آن داشت که در این پایان نامه تئوری مذکور را برای یک ساختار پنج لایه ایی سلول- موجبر ارائه کنیم و تمام مباحث مرتبط با میکروسکوپ فلورسنس میدان میرای موجبر و تئوری آن و همچنین عوامل تاثیر گذار روی این میکروسکوپ را مورد بررسی قرار دهیم. کلید واژه: میکروسکوپ فلورسنس، موجبر، میدان میرا، میکروسکوپ فلورسنس میدان میرای موجبری، عمق نفوذ