به منظور تدوین شاخصی برای کمی کردن میزان پایداری بوم شناختی دو نظام کشاورزی تولید گندم و خربزه در شهرستان های تربت جام و صالح آباد، مطالعه ای در سال 1389 انجام شد. اطلاعات مربوط به این دو نظام کشاورزی شامل سنجه های اجتماعی-اقتصادی، تولید محصولات زراعی و دامی، کود و مواد شیمیایی، مدیریت بقایای گیاهی، آب و آبیاری، شخم و مکانیزاسیون، مدیریت علف های هرز و تنوع گونه ای کشاورزی با استفاده از پرسش نامه در شهرستان های تربت جام و صالح آباد مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. میانگین امتیاز شاخص پایداری در نظام کشاورزی گندم 5/62 و در نظام کشاورزی خربزه 5/59 است. این نتایج نشان داد که در نظام گندم 66/94 و در نظام خربزه 86 درصد کشاورزان امتیاز 50 یا بیشتر کسب کرده اند. نتایج رگرسیون گام به گام پس رونده نشان داد که مهم ترین عوامل تعیین کننده شاخص پایداری در دو نظام زراعی مورد مطالعه به ترتیب، سطح زیر کشت، عملکرد محصولات زراعی، درآمد زراعی، دسترسی به نهاده ها، دسترسی به آموزش، ترویج و مدیریت بقایای گیاهی بودند، در حالی که مصرف کودهای شیمیایی به ویژه کود نیتروژن اثر تعیین کننده ای بر شاخص پایداری نداشت. بررسی نقاط بحرانی این دو نظام نشان داد که برای بهبود پایداری آنها، آموزش کشاورزان، کمک به ثبات اقتصادی آنها، اصلاح مدیریت تولید محصول و مدیریت منابع آب از اولویت برخوردار هستند.