امروزه آلودگی های زیست محیطی به ویژه آلودگی های نفتی از مسائل مهمی است که جوامع بشری با آن مواجه است. روش های گوناگونی برای حذف ترکیبات نفتی از خاک وجود دارد، اما زیست پالایی به دلیل داشتن محاسنی از قبیل دوستدار محیط زیست بودن و قابلیت انجام در محل به عنوان روشی مطلوب جهت حذف ترکیبات نفتی از خاک پذیرفته شده است. در این رساله نخست باکتری های تجزیه کننده ی هگزادکان از محیط خاک و کمپوست جداسازی و پس از جداسازی و خالص سازی، به روش pcr و با تعیین توالی ناحیه ی 16s rdna شناسایی گردیدند که شامل سودوموناس آئروژینوزا (دو سویه)، اسینتوباکتر رادیورزیستنس، باسیلوس سوبتیلیس، آکروباکتروم اوریزه، اسفینگوموناس اس پی.، پائنی باسیلوس لاتوس و سراتیا مارسسنس بودند. سپس توان باکتری های خاک و کمپوست در حذف هگزادکان از محیط مایع مورد بررسی قرار گرفت که از بین باکتری های خاک، اسینتوباکتر رادیورزیستنس و از بین باکتری های کمپوست، آکروباکتروم اوریزه دارای بالاترین توان حذف هگزادکان بودند. بنابراین از آن ها جهت تقویت زیستی خاک استفاده گردید. برای تعیین شرایط بهینه ی حذف هگزادکان از خاک از روش تاگوچی استفاده شد. هفت پارامتر در سه سطح در نظر گرفته شد. نمونه ها به مدت 80 روز در شیکرانکوباتور قرار گرفته و غلظت هگزادکان باقیمانده در زمان های مختلف با دستگاه gc-fid مورد سنجش قرار گرفت. در تحلیل واریانس بهترین شرایط جهت حذف هگزادکان به روش زیست پالایی به این صورت به دست آمد؛ غلظت هگزادکان: 70000 میلی گرم بر کیلوگرم، درصد ریز مغذی ها: 5، درصد شوری: 0، درصد مایع تلقیحی: 5/2، نسبت c:n:p: 100:10:2، نسبت خاک به آب: 5 و باکتری: کنسرسیوم. از بین تمام این پارامترها، عامل باکتری و غلظت اولیه ی هگزادکان بیشترین تاثیر را در کارایی بیوراکتورها نشان داد. نتایج این پژوهش نشان داد میزان تلقیح اولیه ی باکتری ها بر حذف هگزادکان تاثیر زیادی دارد، اما با گذشت زمان جمعیت میکروبی به یک تعادل رسیده و تعداد اولیه ی باکتری ها تاثیری بر حذف هگزادکان ندارد. نتایج این پژوهش نشان داد که کارایی کنسرسیوم میکروبی در حذف هگزادکان بیشتر از کشت خالص بود. همچنین در آزمایش های تکمیلی مشخص شد که هر چه تنوع باکتری های موجود در کنسرسیوم بیشتر باشد، مدت زمان لازم برای حذف کامل هگزادکان کاهش می یابد. در کل زیست پالایی 02/40 درصد در حذف هگزادکان دخالت داشته که 14/30 درصد مربوط به تقویت زیستی و 88/9 درصد مربوط به تحریک زیستی بوده است. در آزمایش تائیدی این نتایج تائید شد. در آزمایش تحمل شوری هالوتولرنت بودن دو گونه ی اسینتوباکتر رادیورزیستنس و آکروباکتروم اوریزه مورد تائید قرار گرفت و در آزمایش های تکمیلی مشخص شد کنسرسیوم میکروبی از توانایی حذف هگزادکان در شوری 4 درصد نیز برخوردار است. در این رساله کارایی ریزمغذی ها بر حذف هگزادکان نیز مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت مشخص شد که هر چه زمان مواجهه ی خاک با ترکیبات نفتی بیشتر می شود، تاثیر ریزمغذی ها نیز افزایش می یابد. این یافته نشان می دهد که اضافه کردن ریزمغذی ها به محل های آلوده ی قدیمی به حذف ترکیبات نفتی کمک شایانی می کند. همچنین بررسی های انجام شده بیانگر این بود که بخش زیادی از هگزادکان به صورت غیربیولوژیکی حذف می گردد. در آزمایش های تکمیلی مشخص شد که هگزادکان توسط فرایندهای بیولوژیکی، امواج اولتراسوند، جذب روی خاک و فرایندهای شیمیایی حذف شده و تبخیر تاثیری بر حذف هگزادکان نداشته است. این نتایج امکان استفاده از رویکردهای تقویت و تحریک زیستی جهت حذف ترکیبات نفتی از آب ها و خاک های نیمه شور را نشان داد.

استافیلوکوکوس اورئوس عامل طیف وسیعی از عفونت های چرکی نظیر لژیون های سطح پوست، ادراری، سپتیسمی، پنومونی، تورم مفاصل، مننژیت، اندوکاردیت و مسمومیت غذایی است. تشکیل بیوفیلم از عوامل بیماریزایی مهم بوده و باکتری را در برابر شرایط محیطی نامساعد و سیستم ایمنی میزبان محافظت می نماید. مقاومت آنتی بیوتیکی، مخصوصا" مقاومت به متی سیلین سبب مشکلات درمانی فوق العاده شده است. در این تحقیق فراوانی ژن های دخیل در تشکیل بیوفیلم بین ایزوله های بالینی استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم و حساس به متی سیلین مورد بررسی قرار گرفته است. 120 ایزوله بالینی استافیلوکوکوس اورئوس از نمونه های مختلف کلینیکی جدا شد. آزمایش حساسیت آنتی بیوتیکی به روش دیسک دیفیوژن انجام گردید. ژن های دخیل در تشکیل بیوفیلم (13 ژن) به همراه گروه های agr با پرایمر های اختصاصی به صورت pcr ساده، دابلکس و یا مولتی پلکس تعیین شدند و در سویه های مقاوم به متی سیلین، ژن meca و تیپ های sccmec تعیین شد. مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های مقاوم به متی سیلین به طور قابل توجهی بالاتر بود. همه ی سویه های مورد مطالعه به ونکومایسین حساس بودند. مقاومت به اگزاسیلین 30% و در سویه های حساس به متی سیلین مقاومت به تتراسایکلین66/6%، اریترومایسین11/11%، کوتری موکسازول44/4%، آموکسی سیلین90%، جنتامایسین44/4% و کلیندامایسین 66/6% تعیین شد. همچنین در سویه های مقاوم به متی سیلین مقاومت به تتراسایکلین11/31%، اریترومایسین77%، تری متوپریم موکسازول33/23%، آموکسی سیلین87%، جنتامایسین66/56% و کلیندامایسین 7/76% تعیین شد. ژن meca نیز در 30% ایزوله ها یافت شد. بیشترین تیپ ژنی agr متعلق به گروه 1 (56%) بوده و تیپ ژنی sccmec تیپ 3، 78% تعیین شد. فراوانی ژن های بیوفیلم در سویه های حساس به متی سیلین به این صورت است: ژن eno 87%، cna 63%، ebps 9%، bbp 07/1%، clfa,b 99%، fnba 66%، fnbb 5/36%، fib 57%، icaa 71%، icab 41%، icac 76%، icad 89%. در سویه های مقاوم به متی سیلین فراوانی ژن eno 96%، ebps 22%، cna 55%، bbp 0%، clfa,b 100%، fnba 4/81%، fnbb 63%، fib 56%، icaa 74%، icab 74%، icac 63% و icad 74% تعیین شدند. این تحقیق نشان داد فراوانی ژن های دخیل در تشکیل بیوفیلم در سویه های مقاوم و حساس به متی سیلین به طور معنی داری اختلاف ندارد. برخی از ژن ها مثل clfa,b، fnba، eno و icaa در سویه های مقاوم به متی سیلین فراوانی بیشتری داشتند که احتمال مشارکت این ژن ها را در پاتوژنز و مقاومت آنتی بیوتیکی این سویه ها افزایش می دهد.

واژینیت کاندیدیایی یک مشکل ژنیکولوژی مهم در پزشکی می باشد تقریباً 75% از زنان در طول زندگی خود حدالاقل یک بار مبتلا به کاندیدیازیس واژینال می شوند. در 95-85% موارد، عامل اصلی کاندیدیازیس واژینال کاندیدا آلبیکنس می باشد.از ژن های مهم که در بیماری زایی کاندیدا نقش دارند می توان به agglutinin like sequence genesاشاره نمود که پروتئین های موثر در چسبندگی و اتصال کاندیدا آلبیکنس را کد میکنند. mlst یک تکنیک مفید با قدرت افتراق پذیری بالا جهت مطالعه و بررسی اپیدمیولوژی و بررسی ارتباط ژنتیکی در بین پاتوژن های قارچی از طریق تعیین توالی در کل ژنوم میباشد. در این تکنیک به طور معمول شش تا هشت ژن کروموزومی غیر وابسته تعیین توالی میشود و اطلاعاتی راجع به شباهتها و اختلافات بین ایزوله در اختیار ما قرار میدهد.در این مطالعه سویه های کاندیدا آلبیکنس از نمونه های واژنیت کاندیدیایی زنان مراجعه کننده به کلینیک زنان جدا سازی شد، پس از کشت روی محیط سابورو دکستروزآگار و شناسایی قطعی با pcr-rflp، به منظور ارزیابی مقاومت ایزوله ها به فلوکونازول، تست دیسک دیفوژن مطابق استاندارد clsi برای آنها انجام شد.سپس بیان نیمه کمی ژن های als1,3 کاندیدا و میزان تنوع ژنیتیکی سویه ها به ترتیب با تکنیک rt-pcr و mlstمورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه 53 ایزوله بالینی کاندیدا آلبیکنس از میان 150 سویه، باروش pcr-rflp شناسایی شد و 50 ایزوله مقاوم و 3 ایزوله حساس جدا سازی شد.نتایج حاصل از بررسی بیان ژن نشان داد که 39 ایزوله (5/73%) هر دوژن als1 وals3 را بیان نمودندو 3 ایزوله یکی از ژن های als را بیان نموده در حالیکه 11 ایزوله (5/20%)هیچ کدام از ژن ها را بیان نکردند و ارتباطی مستقیم بین بیان این ژن ها در ایزوله ها و مقاومت به فلوکونازول وجود داشت.. نتایج حاصل از تعیین توالی dna در سویه های مورد مطالعه نشان داد که شماره آللیک جدیدی در بین ایزوله ها پیدا نشد ولی 15 استرین تایپ جدید شناسایی شد. همچنین بیشترین تعداد تغییرات نوکلئوتیدی(جایگاه پلی مورفیسم) و بیشترین تعداد اسید های آمینه پلی مورفیک مربوط به لوکوس های vps13 و adp1 بوده است. ایزوله هایی حساس به فلوکونازول که فاقد بیان ژن های als1,3 بودند و همچنین ایزوله هایی بیمارانی که دارای بیماری زمینه ای بوده یا هورمون تراپی داشتند ارتباط ژنتیکی نزدیکی با هم داشتند. با توجه به نتایج به دست آمده، ایزوله های مورد بررسی در جمعیت زنان مبتلا به واژینال کاندیدیازیس دارای تنوع ژنتیکی بوده و ارتباط ژنتیکی نزدیکی به هم داشتند که نشان دهنده این است که کلونال کلاسترهای های جدیدی توسط کاندیدا آلبیکنس های عامل واژینیت در ایران در حال شکل گیری است که میتواند در بین بیماران قابل انتقال باشدودر ایجاد واژینیت مزمن و عودکننده مقاوم به فلوکونازول نقش مهمی داشته باشدشیوع بالای عفونت های واژینال کاندیدیایی و در پی آن عودهای مکرر آن و مقاومت های بالای دارویی ضرورت استفاده از روشهای شناسایی ژن های ویرولانس دخیل در آن و تعیین الگویی ژنوتایپی و همچنین تنوع ژنتیکی سویه های کاندیدا آلبیکنس را بیشتر آشکار میسازد.

مقدمه: باکتر?های سالمونلا و شیگلا از پاتوژن های مهم روده ای بوده و به ترتیب موجب ب?مار?های حصبه و اسـهال (اسـهال خـون? ) می شوند. بیماری های اسهالی در بسیاری از کشورهای دنیا به ویژه کشورهای در حال توسعه یکی از عوامل مهـم مـرگ و میـر بـه حساب میآیند. اهداف: هدف این مطالعه نشان دادن میزان شیوع ژن های مقاومت به تتراسایکلین، بررسی کاست های ژنی اینتگره شده در اینتگرون های کلاس i و ii و ژنوتایپینگ جدایه های مقاوم به تتراسایکلین سالمونلا و شیگلا می باشد. مواد و روش ها: در مجموع تعداد 70 جدایه شیگلا و 42 جدایه سالمونلا از نمونه های مدفوع جمع آوری شده از کودکان زیر 5 سال مراجعه کننده با علائم تب، اسهال توأم با بلغم گاهی همراه خون، تهوع و استفراغ، دل پیچه و درد شکم به 3بیمارستان در تهران در سال 1391-1392 جداسازی گردید. آنتی بیوگرام و تعیین mic تتراسایکلین با استفاده از روش دیسک دیفیوژن و آگار دایلوشن صورت گرفت. حضور و محتوای کاست های ژنی اینتگرون کلاس i و iiبا استفاده از روش pcr و تعیین توالی انجام گردید. ژنوتایپینگ همه ی جدایه ها با استفاده از روش pfge صورت گرفت. یافته ها: در بررسی الگوی آنتی بیوگرام درجدایه های شیگلا، بیشترین مقاومت به استرپتومایسین (98%) و کمترین مقاومت به سیپروفلوکساسین (0%) و در جدایه های سالمونلا بیشترین مقاومت به مینوسایکلین (5/78%) و کمترین مقاومت به جنتامایسین (0%) مشاهده شد. تکثیر منطقه متغیر کاست های ژنی اینتگرون کلاس i باندهای750bp و 1600bp در جدایه های شیگلا ایجاد کرد که در تعیین توالی در ارتباط با کاست های ژنی dfra7 و aada5/dfra17 بودند. در جدایه های سالمونلا باندهای1000bp و 1000-1200bp منطقه متغیر، پس از تعیین توالی کاست های ژنی aada1 و aada1/blapse1 را نشان داد. در اینتگرون کلاس ii کاست های ژنیdfra1/ sat1 وdfra1/ sat 1/aada1 مشاهده شدند که فقط در جدایه های شیگلاحضور داشتند. دترمینانت های teta و tetbبه ترتیب در (8/23% و 9/11%) جدایه های سالمونلا و (7/75% و 42/21%) جدایه های شیگلا مشاهده شد در حالیکه هیچکدام از جدایه های سالمونلا و شیگلا tetc و tetd را نداشتند.یافته های حاصل از ژنوتایپینگ نشان داد که مجموع 7/75% از جدایه های شیگلا دارای پالسوتایپ های یکسان می باشند که این نشان دهنده این مطلب است که سویه ها از یک کلون واحد مشتق شده اند. نتیجه گیری: نتایج حاصل از آنالیز الگوهای pfge و بررسی توزیع دترمینانت های مقاومتی تتراسایکلین و اینتگرون های کلاسi و ii، بیانگر وقوع یک همه گیری ناشی از شیگلا در تهران می باشد. جدایه هایمقاوم به تتراسایکلین سالمونلا جمعیت متنوع تری را درمیان کودکان مبتلا به اسهال تشکیل می دهند.

این پژوهش به بررسی تعیین کلونال کمپلکس، ژنوتایپینگ و ارزیابی میزان بیان ژنهای دخیل در بیوژنز فیمبریه curli (csgd & csga) در ایزوله های ادراری انتروباکتر کلوآکه می پردازد.جدایه ها در طول یک سال، از شش بیمارستان در شهر تهران از ادرار بیماران جدا شدند که با استفاده از کیت api20e به عنوان انتروباکتر کلوآکه تایید شدند . با استفاده از الگوی ژن hsp60 8 خوشه ژنی از کمپلکس انتروباکتر کلوآکه در نمونه های ادراری در این مطالعه جدا شدند که بیشترین سویه های جدا شده به ترتیب مربوط به خوشه های 6، 3 و 8 بود . همچنین با استفاده از تکنیک pfge کلونالیتی جدایه ها بررسی شد، در کل 37 پالس تایپ یافت شد که الگوی غالبی مشاهده نشد و تایپ های مشترک دارای خوشه مشترک نیز بودند. در بررسی بیان ژن های csgd وcsga با تکنیک real time pcr میزان بیان دو ژن در خوشه های مختلف ونیز نسبت به هم معنی دار نبود.