مفهوم تکواره کامل در مقالات متعددی بررسی شده است. اخیراً مفهوم کامل بودن جزئاً مرتب در رسته تکواره های مرتب جزئی نیز تعریف شده و نتایجی بدست آمده است. در این پایان نامه، این مفهوم را به طور جامع در رسته تکواره های مرتب جزئی مورد بحث قرار می دهیم. از آنجایی که هر تکواره مرتب جزئی، تکواره نیز می باشد، مفهوم کامل بودن یک تکواره مرتب جزئی در رسته تکواره ها نیز می تواند در نظر گرفته شود. در پایان توصیفی از تکواره های مرتب جزئی جزئاً مرتب کامل ارائه می دهیم.

یکی از مکانیسمهای دفاعی گیاهان در برابر عوامل بیماریزا، تولید پروتئین های دفاعی (pr) می باشد. یکی از انواع این پروتئین ها، پروتئین های ناقل لیپید (ltp) هستند. بررسی های انجام شده بر روی پروتئینltp گیاهان مختلف نشان می دهد فعالیت شدید مهاری این پروتئین ها در میان پاتوژن های گیاهی بیشتر بر روی قارچ ها می باشد. همچنین محققان با تولید گیاهان تراریخت مشاهده کردند که بیان این پروتئین های ضد میکروبی درگیاهان تراریخت سبب افزایش مقاومت آنها می شود. در این تحقیق به جداسازی ژن ltp از ژنوم گیاه برنج، بیان پروتئین ltp در سیستم پروکاریوتی و نهایتا بررسی فعالیت ضد قارچی آن پرداخته شد. بدین منظور استخراج dna ژنومی از گیاه برنج (oriza sativa) انجام شد. قطعه bp 300 مورد انتظار با استفاده از پرایمرهای اختصاصی که شامل سایت های لازم جهت کلونینگ بودند، به کمک pcr تکثیر و قطعه تکثیر شده به وکتور کلونینگ وارد گردید و تایید های لازم بر روی آن انجام شد.در این تحقیق گیاه برنج برای شناسایی و تکثیر ژنltp و همچنین بررسی خاصیت ضد قارچی محصول این ژن انتخاب گردید. جهت بیان پروتئین ltp در سیستم پروکاریوتی، ژن ltp در وکتور pet-24d (+) کلون گردید؛ و بیان آن در سلول میزبان rosetta(de3) مورد بررسی قرار گرفت. برای بهینه سازی بیان از تست تاگوچی و از فاکتورهای مختلف غلظت iptg، دمای انکوباسیون و زمان بعد از القا استفاده شد. باند مربوط به پروتئین ltp بیان شده بر روی ژل sds-page مشاهده گردید و سپس به کمک وسترن بلات مورد تایید قرار گرفت. پروتئین ltp بیان شده، با استفاده از ستون کروماتوگرافی تخلیص و سپس با روش برادفورد تعیین غلظت گردید. آزمون های زیستی بر روی پروتئین ltp تخلیص شده انجام گرفت. برای بررسی فعالیت ضد قارچی پروتئین ltp تخلیص شده بر روی قارچ های rhizoctonia solani ، botrytis cinerea ، sclerotinia sclerotiorum ، fusarium oxysporum ، fusarium sporotrichioides از آزمون radial diffusion assay استفاده شد. همچنین اثر مهار کنندگی این پروتئین بر روی رویش اسپور قارچ های alternaria brassicola و fusarium oxyspurum مورد بررسی قرار گرفت.

چکیده محصولات کشاورزی نقش مهمی در تأمین غذای جهان ایفا می کنند، رشد جمعیت دنیا و کمبود مواد غذایی باعث شده است که محققین در جستجوی روش‏های موثر برای افزایش مواد غذایی باشند. استرس های زیستی و غیرزیستی از عوامل مهم در کاهش عملکرد و تولید محصولات کشاورزی می باشند. در این میان در طول کشت گیاهان زراعی کاهش محصول ناشی از حمله قارچهای پاتوژن به گیاهان همواره به عنوان اصلی‏ترین عامل زیانهای اقتصادی محسوب می شود. چغندر قند از مهمترین گیاهان صنعتی بوده و بازده محصول تحت تاثیر بسیاری از پاتونهای قارچی به نسبت زیادی کاهش می یابد. آنزیمهای پلی گالاکتوروناز (pg) مهمترین فاکتور بیماریزای قارچهای پاتوژن هستند. بسیاری از قارچهای پاتوژن برای تخریب ترکیبات هموگالاکتورونان دیواره سلول گیاهی نیاز به تولید آنزیم pg دارند. یکی از مهمترین ژن های دفاعی گیاهان در مقابل حملات پاتوژن های قارچی از دسته ژنهای مهاری آنزیم های پکتینازی به نام پروتئین مهار کننده آنزیم پلی گالاکتوروناز(pgip) می باشند. آنزیم های پلی گالاکتوروناز pg)) توسط اغلب قارچ های فیتوپاتوژن تولید می شوند و فرمهای ایزوآنزیمی مختلفی را نشان می دهند. pgipها به علت پتانسیل برهمکنش با pgهای قارچی مهمترین فاکتور سیستم دفاعی گیاه بر علیه قارچ های پاتوژن هستند. در نتیجه این بر همکنش تجزیه پکتین دیواره سلول گیاهی کاهش می یابد و ogهای تولید شده باعت القائ سیستم دفاعی گیاه می گردند. بنابراین با بیان pgip در گیاهان تراریخت، فاکتور بیماریزای پاتوژن قارچی (pg) غیر فعال شده و رشد و توسعه آن کاهش می یابد. در این راستا ژنهای pvpgip1 و pvpgip2 که از گیاه لوبیا واریته ناز استخراج و بترتیب در وکتورهای بیانی گیاهی pbiah17 وpbiah23 کلون شده بود، در این تحقیق ضمن ساخت ژن کایمریک sp-pgip2-aaa-pgip1، این ژنها از طریق باکتریa. tumefaciens gv3101 به دو ژنوتیپ sbsi-01 و sbsi-02 گیاه چغندر قند (بصورت منفرد و توام) منتقل گردیدند. سازه واجد ژن کایمری pgip1 sp-pgip2–aaa- حاوی ژنهای pgip1 و pgip2 که بوسیله لینکر 3 اسید آمینه ای آلانین به هم متصل شده اند جهت انتقال به گیاه طراحی و ساخته شد. آنالیز های بیوانفورماتیکی نشان داد که بطور همزمان هر دو نوع پروتئین خاصیت مهاری خود را اعمال خواهند کرد. ارزیابی ساختار ثانویه mrna کایمری pgip2-aaa-pgip2 نشان داد که این ساختار، انرژی قابل قبولی برای یک mrna به منظور ترجمه در سیستم گیاهی می باشد. قبل از انتقال به چغندر قند به منظور اطمینان از ساختار سازه pbirmpp جهت بیان پروتئین کایمر sp-pgip2-aaa-pgip1 با استفاده از روش agroinfitration بصورت بیان موقت (transient) در برگ گیاه توتون بیان گردید. نتایج حاصل از انجام وسترن بلات پروتئین نشان داد که سازه pbirmpp در گیاه توتون بیان شده و پروتئین مورد انتظار در محدوده 70 کیلو دالتون قابل شناسایی می باشد. از برگ حاصل از کشت بافت جوانه رأسی جهت تراریختی استفاده شد. جهت تراریختی از دو روش پایه جوانه و ایجاد خراش با تیغ در ناحیه رگبرگ اصلی جداکشت های برگی استفاده گردید. از ژن مقاومت به کانامایسین برای انتخاب گیاهان تراریخت استفاده شد. به منظور تائید انتقال ژنهای pgip1 و pgip2 بصورت منفرد و توام به دو رقم sbsi-01 وsbsi-02 گیاه چغندر قند، از آزمون pcr و ساترن بلات استفاده گردید. با استفاده از آنالیز pcr حضور ژنpvpgip1 در 20 و 19 تا از گیاهان سبز مقاوم به کانامایسین بترتیب 4 در صد و 8/3 در صد، حضور ژنpvpgip2 در 22، 21 تا از گیاهان سبز مقاوم به کانامایسین بترتیب 4/4 در صد و 2/4 در صد، حضور ژن کایمر sp-pgip2-aaa-pgip1 در 17 و 15 تا از گیاهان سبز مقاوم به کانامایسین بترتیب 5 در صد و 5/5 در صد بترتیب در رقم های sbsi-01 و sbsi-02 تأیید گردید. جهت سنجش فعالیت مهارکنندگی پروتئین های pgip در گیاهان چغندرقند تراریخت از پلی گالاکتوروناز (pg) قارچ colletotrichum lindemuthianum برای غربال گری گیاهان تراریخت حاوی pgip1، از pg قارچ f. phyllophilum جهت غربال گری گیاهان تراریخت حاوی pgip2 و از pg قارچ f. oxysporum. f. sp. betae (fob) جهت غربال گری گیاهان تراریخت حاوی پروتئین کایمر استفاده گردید، فعالیت مهارکنندگی pgip بر علیه آنزیمهای پلی گالاکنوروناز توسط روش assay agarose diffusion سنجش گردید. پروتئین استخراج شده از گیاه غیر تراریخت (control) هیچ گونه فعالیت مهاری بر علیه fg های مورد استفاده نشان نداد. سایر گیاهان تراریخت فعالیت های مهاری متفاوتی نشان دادند. حضور ژنهای pvpgip1 و pvpgip2 با استفاده از آزمون ساترن بلات در این گیاهان مورد تائید قرار گرفت. گیاهان تراریخت pvpgip1 حاوی 2 کپی از ژن و یک گیاه حاوی 3 کپی و بقیه تک کپی بودند. و از گیاهان تراریخت pvpgip2 دو تا حاوی 2 کپی از ژن و بقیه تک کپی بودند. هیج گونه تغییراتی در فنوتیپ و نیز در رشد و نمو گیاهان تراریخت مشاهده نشد. در مطالعه دیگر ژنهای pgip1، pgip2 و ژن کایمر pgip2-aaa-pgip2 جهت مطالعات پروئینی در سیستم مخمر p. pastoris با استفاده از وکتور بیانی pgapz?a بیان گردید. بعد از تایید پلاسمید های نوترکیب pgapz?apgip1، pgapz?apgip2 و pgaprmpp با تعیین توالی، این سازه های بیانی به سلولهای مخمر p. pastoris جهت بیان منتقل شدند. پروتئین های pgip2 و موتانت های آن pgip2t37d و pgip2t177d که با استفاده از site-direction mutation تهیه شدند و پروتئین کایمر pgip2-aaa-pgip1 در سیستم p. pastoris با موفقیت بیان گردیدند. پروتئین pgip1 به دلایل نا مشخص در این سیستم بیان نشد. بیان و فعالیت پروتئین ها با استفاده از وسترن بلات و روش سنجش فعالیت مهارکنندگی agarose diffusion assay مورد بررسی و تائید قرار گرفت. تغییر اسیدآمینه t37 به d37 در موتانت pgip2t37d تاثیری در فعالیت پروتئین pgip2 نداشت ولی تغییر اسیدآمینه t177 به d177 در موتانتpgip2t177d باعث غیر فعال شدن pgip2 گردید. بنابراین می توان نتیجه گرفت که اسید آمینه t177 در ناحیه گلیکوزیلاسیون که در جایگاه فعال pgip2 قرار دارد قرار گرفته و در فعالیت پروتئین نقش کلیدی دارد.

کیتین پس از سلولز بزرگترین منبع بیومس تجدید پذیر در طبیعت می باشد. این پلیمر در ساختار پوشش خارجی (exoskeleton) حشرات، سخت پوستان و دیواره سلولی برخی از قارچ ها وجود دارد. اولین و مهمترین مرحله در تجزیه طبیعی کیتین، ترشح آنزیم های کیتینازی است. کیتینازها اتصالات n-acetylglucosamine در پلیمر تشکیل دهنده زنجیرهای کیتین را هیدرولیز می کنند. در این تحقیق به منظور افزایش کارایی آنزیم کیتیناز42 (chit42)در تجزیه ساختارهای کیتینی موجود در دیواره سلولی قارچهای پاتوژن، دومین اتصال به کیتین (chitin binding domain) به انتهای کربوکسیلی آنزیم کیتیناز 42 متصل شده و فعالیت کیتینولیتیکی آنزیم هیبرید بیان شده مورد ارزیابی قرار گرفت. کیتیناز42 و کیتیناز کایمری فعالیت مشابهی علیه کیتین کلوئیدی داشته و ثابت اختصاص برای هر یک به ترتیب 83/0 و 07/1 بر دقیقه است. دما و ph بهینه برای هر دو تقریباً یکسان می باشد. در حضور کیتین کریستالی، کیتیناز کایمری فعالیت کیتینازی بیشتری (70 درصد) و هم چنین ثابت اتصال به کیتین در مقایسه با کیتیناز42 به طور قابل توجه بالاتر می باشد. مطالعات اسپکتروسکوپی نشان می دهد که تشکیل کایمر کیتیناز با تغییراتی در ساختار آنزیم همراه می باشد که باعث کاهش ساختارهای مارپیچ آلفا در ساختمان کیتیناز کایمری می شود. مطالعات پایداری دمایی نشان می دهد که کیتیناز کایمری نسبت به کیتیناز42 از لحاظ ساختاری پایدارتر می-باشد.. در این تحقیق به منظور انتقال ژن کیتیناز کایمری به گیاه نیشکر (sugarcane) و افزایش مقاومت آن علیه آفات و عوامل بیماریزای قارچی، ابتدا کشت بافت و انتقال ژن به این گیاه بهینه شد و تأثیر پارامترهای مختلف در کشت بافت و انتقال ژن به گیاه نیشکر دو واریته cp57 و nco310 به روش بمباران ذره ای مورد بررسی قرار گرفت. هم چنین، اثرات پارامترهای فیزیکی و بیولوژیکی مختلف مانند غلظت dna ، نوع محیط اسموتیک، نوع ذره، تعداد بمباران، فاصله ذرات پرتاب شونده از بافت هدف روی بیان موقت ژن gus ارزیابی شد. بدین منظور کالوس جنین زای حاصل از کشت ریز نمونه ساقه نیشکر در محیط ms حاوی هورمون 2,4-d توسط حامل های ژنی حاوی ژن uida تحت کنترل پروموترهای camv 35s, act1 و ubi بمباران شد. به منظور بررسی انتقال ژن از تعداد لکه های آبی ظاهر شده پس از رنگ آمیزی با ماده x-gluc استفاده شد. نتایج حاصل نشان داد که شرایط بهینه بیان ژن gus در کالوس جنین زای نیشکر در واریته cp57 شامل ژن تحت کنترل پروموتر ubi، بمباران با ذرات طلا یک میکرومتر پوشانده شده با یک میکروگرم dna و با فشار psi 1100 ، شش سانتی متر فاصله ذرات پرتاب شونده از بافت هدف و در محیط اسموتیک m 2/0 مانیتول و m 2/0 سوربیتول و در واریته nco310 شامل ژن تحت کنترل پروموترact1، بمباران با ذرات طلا یک میکرومتر با 5/12 میکروگرم dna و با فشار psi 1100 ، cm 9 فاصله ذرات پرتاب شونده از بافت هدف و در محیط اسموتیک m 2/0 مانیتول وm 2/0 سوربیتول هستند. از شرایط بهینه فوق برای انتقال ژن کیتیناز کایمری به گیاه نیشکر استفاده شد و ایجاد گیاهان تراریخت با روش های مولکولی تایید و مقاومت آن ها به قارچ های بیماریزا بررسی شد. نتایج حاصل نشان می دهد که مقاومت به عوامل بیماری زا در لاین های تراریخت نسبت به گیاه کنترل بیشتر می باشد. بدین ترتیب می توان با استفاده از ژن های مهندسی مقاوم به قارچ ها، قارچ های بیماری زای را کنترل نمود.

با روند افزایشی جمعیت کره زمین، کمبود محصولات کشاورزی به یک نگرانی مهم تبدیل شده است. از جمله عوامل کاهش این محصولات عوامل بیماریزای گیاهی به ویژه حملات قارچی می باشد. گیاهان راه کارهای گوناگونی برای مقابله با عوامل بیماریزا دارند که از آن جمله می توان به پپتیدهای ضدمیکروبی اشاره کرد. در این میان پروتئین های وابسته به پاتوژن )پروتئین های (pr، دارای اهمیت ویژه ای می باشند. خانواده pr10 از مهمترین اعضای این گروه می باشد که تا کنون فعالیت های ضدقارچی، ضدباکتریایی و ضدویروسی اعضای مختلف این خانواده اثبات شده است. در این تحقیق به پروتئین pr10 ذرت پرداخته و فعالیت ضدقارچی آن بر انواع قارچ های بیماریزای گیاهی بررسی شد. بدین منظور ژن pr10 ذرت از dna ژنومی و cdna گیاه zea mays استخراج و به ترتیب در ناقل های pjet1.2 و ptz57r/t همسانه¬سازی شد. پس از تأیید همسانه¬سازی، cdna ژن pr10 توسط هضم آنزیمی از سازه نوترکیبptznz1 خارج و در ناقل بیانی پروکاریوتی pet26 b(+) زیرهمسانه¬سازی و تأیید شد. پس از انتقال سازه نوترکیب petnz1 به میزبان بیانی e. coli rosetta(de3) و e. coli bl21(de3) مراحل بهینه سازی بیان انجام و پروتئین بیان شده توسط روش وسترن بلات تأئید شد. مکان یابی پروتئین حاکی از بیان آن به صورت inclusion body بود که بر روی آن مراحل واسرشتگی، بازآرایی و دیالیز انجام شد. در نهایت با استفاده از روش کروماتوگرافی میل ترکیبی توسط ستون ni-nta، پروتئین نوترکیب pr10 تخلیص شده و غلظت آن به روش برادفورد تعیین شد. عملکرد پروتئین نوترکیب توسط آزمون هضم dna مورد ارزیابی قرار گرفت. در ادامه به منظور بررسی فعالیت پروتئین pr10 ذرت در برابر قارچ¬های بیماری¬زای botrytis cinerea، sclerotinia sclerotiorum، fusarium oxysporum، verticillium dahlia و alternaria solani، از آزمون¬های زیست¬سنجی radial diffusion assay، disk diffusion assay و spore germination assay استفاده شد. نتایج این آزمون ها حاکی از فعالیت بازدارندگی پروتئین pr10 ذرت در برابر قارچ های آزموده شده می باشد. همچنین نتیجه آزمون ایمنی زیستی همولیز حاکی از آن بود که پروتئین نوترکیب بیان شده برای سلول¬های پستانداران سمی نیست.

در این تحقیق ژن اسموتین گیاه توتون با تکنیک pcr از dna ژنومی گیاه توتون جداسازی و سپس در ناقل pjet1.2 همسانه سازی شد. صحت همسانه سازی ژن در ناقل با روش های colony pcr، هضم آنزیمی و تعیین توالی تأیید و ناقل نوترکیب حاصله pjaa-1 نام گذاری شد. ژن اسموتین پس از همسانه سازی توسط هضم آنزیمی از ناقل همسانه سازی خارج و در ناقل بیانی pet26b(+) کلون شد. صحت همسانه سازی ژن با روش های colony pcr، هضم آنزیمی و تعیین توالی تأیید و ناقل نوترکیب حاصله peaa-2 نام گذاری شد. ناقل peaa-2 به سویه های باکتریایی e. coli bl21(de3) و e. coli rosetta (de3) منتقل شد. بیان اسموتین در دو سویه فوق در شرایط مشابه انجام و با استخراج پروتئین تام سلولی و با تکنیک sds-page باند پروتئینی مورد نظر مشاهده و با تکنیک لکه گذاری وسترن تایید شد. با توجه به رشد بهتر باکتری های e. coli bl21(de3) در شرایط مشابه و سطح بالاتر بیان، این سویه برای ادامه کار استفاده شد. اثر فاکتورهای iptg، دما و زمان نمونه گیری بر روی بیان اسموتین با کمک روش تاگوچی بهینه سازی شد. نتایج به دست آمده نشان دادند که شرایط بهینه بیان دمای 33، زمان 16 ساعت و غلظت القا کننده iptg 7/0 میلی مولار است. بررسی ها نشان داد پروتئین نوترکیب بیان شده عمدتاً به شکل نامحلول اینکلوژن بادی در سلول انباشته می شود؛ لذا پس از محلول ساختن این توده ها در بافرهای حاوی مواد واسرشت ساز نظیر اوره و احیا کننده مانند مرکاپتواتانول شرایط ایجاد ساختمان طبیعی تأمین شد. پروتئین بدست آمده پس از دیالیز، توسط ستون نیکل تخلیص و غلظت آن با کمک روش برادفورد سنجیده شد. اثر اسموتین نوترکیب بر قارچ های rhizoctonia solani، botrytis cinerea، sclerotinia sclerotiorum، fusarium oxysporum، verticillium dahliae و alternaria solani توسط روش های radial diffusion، disk diffusion و spore germination بررسی و مشاهده شد که این پروتئین رشد قارچ های فوق را مهار می کند. از این رو می توان نتیجه گرفت که پروتئین مزبور در سیستم پروکاریوتی به صورت فعال بیان می شود و می تواند رشد قارچ را مهار کند.

در این تحقیق به منظور افزایش میزان فعالیت بیوکنترلی قارچ t. harzianum بعنوان یکی از مهمترین عوامل آنتاگونیست بیمارگر های گیاهی، مهندسی پروتئین آنزیم کیتیناز 42 انجام شد. در راستای افزایش فعالیت کیتینازی آنزیم کیتیناز 42 بر روی ساختارهای کیتین تشکیل دهنده دیواره سلولی قارچ ها سه راه کار اصلی به کار گرفته شد. روش اول افزایش تعداد ژن کیتیناز 42 در قارچ t. harzianum بود. در روش دوم chbd آنزیم کیتیناز 18-10 از قارچ t. atrovirideجداسازی شد و توسط لینکر به انتهای آمینی کیتیناز42 بعد از ناحیه سیگنال پپتید اضافه شد و کیتیناز کایمر حاصل به قارچ t. harzianumانتقال یافت. در روش سوم chbd آنزیم کیتیناز chi1 از قارچ r. oligosporus گرفته شد و با لینکر به انتهای کربوکسیلی کیتیناز42 افزوده شد و سپس به قارچ t. harzianum انتقال یافت. پس از مطالعات بیوانفورماتیکی و بررسی اثر افزودن chbd روی ساختار دوم و سوم آنزیم های کایمری حاصل، ساختار های ژنی دو بخش کیتیناز42 و chbd تکثیر و به کمک soeing pcr به هم متصل شدند. صحت ساخت ژن های کایمری نوترکیب با روش های مولکولی تایید و سپس توالی یابی شدند. سپس ژن های کیتینازکایمری و کیتیناز42 در سازه بیانی همسانه سازی شدند. شرایط بهینه برای تولید پروتوپلاست (/ml108×5) بعنوان سلول های مستعد دریافت ژن مورد مطالعه قرار گرفت که، عبارت بود از استفاده از ریسه های 5 روزه، سن 24 ساعت برای سوسپانسیون کنیدیایی، بکارگیری آنزیم با غلظت mg/ml 6/6 در دمای °c30 و زمان دو ساعت برای انکوبه شدن در محلول آنزیمی. بهترین شرایط انتقال هم زمان دو ژن به پروتوپلاست ها هنگامی بود که ?l 16(?g 10dna) از هر ناقل با?l 330 پروتوپلاست مخلوط گردید. سپس ژن های کیتیناز کایمری(chit42-chbd و chit42rchbd) و کیتیناز42 پس از همسانه سازی در ناقل بیانی، به پروتوپلاست های قارچt. harzianum منتقل شدند. بیان ژن های مورد نظر پس از تائید مولکولی، بوسیله real time rt-pcr بررسی شد. فعالیت آنزیمی برای جدایه های تراریختی که ژن کیتیناز کایمر (chit42-chbd) را دریافت کرده بودند u/ml 86/1 تا u/ml2/6 و برای جدایه های تراریخت با کیتیناز42، بین u/ml 16/1 تا u/ml 15/3 بود. میزان میانگین بازدارندگی هفت بیمارگر مهم گیاهی، بوسیله جدایه های تراریخت chit42-chbd بین 6/31 تا 6/88 درصد بود که در مقایسه با نمونه غیر تراریخت، کنترل (5/49-10درصد) و جدایه های تراریخت با ژن کیتیناز42 (4/63-7/24 درصد) اختلاف چشمگیری نشان داد. جدایه chit42-chbd15 بیشترین میزان بازدارندگی در برابر هفت بیمارگر را از خود نشان داد. همچنین فعالیت آنزیمی جدایه های تراریختی که دومین ژن کیتیناز کایمر(chit42rchbd) را دریافت کرده بودند u/ml 76/1 تا u/ml1/4 و برای جدایه های تراریخت با کیتیناز42، u/ml 16/1 تا u/ml 01/3 بود. میزان میانگین بازدارندگی هفت بیمارگر گیاهی، بوسیله جدایه های تراریخت chit42rchbd بین 7/30 تا 7/69 درصد بود که در مقایسه با نمونه غیر تراریخت، کنترل (49-12درصد) و جدایه های تراریخت با ژن کیتیناز42 (5/62-24 درصد) اختلاف نشان داد. در این گروه، جدایه chit42rchbd3 بیشترین میزان بازدارندگی در برابر هفت بیمارگر را از خود نشان داد. مجموع یافته ها نشان داد که جدایه chit42-chbd15 دارای بیشترین توان بیوکنترلی در بین کلیه جدایه ها است. حفظ توان بیوکنترلی جدایه ها توسط میکروسکوپ الکترونی نیز مورد بررسی و تائید قرار گرفت. یافته های این تحقیق نشان داد که بیان ژن های کیتیناز کایمر در قارچ t. harzianum سبب افزایش توان بیوکنترلی آن شده و جدایه های تریکودرما حاصل می توانند بعنوان بیوکنترل در برابر بیمارگر های مهم کشاورزی مورد استفاده قرارگیرند.

هر روز میزان استفاده از سوخت های فسیلی و بهای آن افزایش و منابع آن کاهش می یابد. به همین علت استفاده از منابع تجدیدپذیر انرژی و تولید سوخت های زیستی(بیواتانول) مورد توجه قرار گرفته است. یکی از مناسب ترین مواد اولیه برای تولید سوخت های زیستی ترکیبات سلولزی می باشد. از مهمترین میکروارگانیسم های تولید کننده ی آنزیم سلولاز قارچ trichoderma reesei می باشد. کمپلکس سلولازی شامل 3 آنزیم اندوگلوکاناز، اگزوگلوکاناز و بتا-گلوکوزیداز می باشد. آنزیم اندوگلوکانازii از کلیدی ترین آنزیم های این کمپلکس و آغازگر حمله به زنجیره سلولزی است. در این تحقیق جهت بیان مناسب آنزیم نوترکیب، ژن جدیدegii بر اساس ترجیح کدونی مخمر پیکیاپاستوریس و هانسنولا پلی مورفا سنتز شد. تعیین خصوصیات بیوشیمیایی آنزیم اندوگلوکاناز نوترکیب نشان دهنده بهینه فعالی در دمای ?c75 و 8/4=ph بود. با بهینه سازی شرایط بیان آنزیم از جمله دمای بیان، ph بیان، غلظت متانول و ترکیبات محیط کشت میزان بیان آنزیم به u/ml 2359 افزایش یافت. در ادامه جهت بهبود خصوصیات بیوشیمیایی آنزیم از جمله فعالیت آنزیمی و مقاومت حرارتی آنزیم از روش مهندسی پروتئین و جهش زایی هدفمند استفاده گردید. در مقایسه ساختار آنزیم اندوگلوکاناز t. reesei با آنزیم مقاوم به حرارت thermoascus aurantiacus مشخص گردید که 2 باند دی سولفیدی مهم در آنزیم مقاوم به حرارت حذف شده است؛ بنابراین با ایجاد 2 جهش جداگانه c169v و c393h دو باند دی سولفیدی از ساختار پروتئینی آنزیم اندوگلوکاناز t. reeseiحذف گردید. بررسی خصوصیات بیوشیمیایی نشان داد که میزان ثابت ویژگی در دو آنزیم جهش یافته egii-c169v و egii-c393h نسبت به آنزیم فاقد جهش به ترتیب 9/1 و 6/1 برابر افزایش یافته است و همچنین میزان پایداری حرارتی هر دو آنزیم جهش یافته نسبت به آنزیم فاقد جهش بیش از 2 برابر افزایش نشان می دهد. به نظر می رسد با توجه به فعالیت آنزیمی و مقاومت حرارتی بالا ، اندوگلوکانازهای مهندسی شده پتانسیل مناسبی جهت استفاده در صنعت بیواتانول را دارا باشند.

دفنسین ها می توانند بعنوان عوامل ضد قارچی در کنترل قارچ های بیماریزای گیاهی مورد استفاده قرار گیرند. بدین منظور cdna ژن دفنسین گیاه شنبلیله بعد از تایید، در ناقل همسانه سازی pjet1.2 زیرهمسانه سازی شد. پس از تأیید همسانه سازی این ژن، از سازه نوترکیبpjetsh1 خارج و در ناقل بیانی پروکاریوتی pet26 b(+) همسانه سازی و تأیید شد. پس از انتقال سازه نوترکیب جدید به نام petsh1 به میزبان بیانی e. coli bl21(de3) مراحل بهینه سازی بیان به وسیله تست تاگوچی انجام و پروتئین بیان شده به وسیله روش وسترن بلات تأیید شد. در نهایت با استفاده از روش کروماتوگرافی میل ترکیبی به وسیله ستون ni-nta، پروتئین نوترکیب tfgd2 تخلیص شده و غلظت آن به روش برادفورد تعیین شد. در ادامه به منظور بررسی فعالیت پروتئین tfgd2 در برابر قارچ های بیماری زای sclerotinia sclerotiorum، fusarium oxysporum، verticillium dahlia و alternaria solani ، از آزمون های زیست سنجی radial diffusion assay، disk diffusion assay و رنگ آمیزی sytox green و تست مورفولوژی(clean slide culture ) استفاده شد. نتایج این آزمون ها حاکی از فعالیت بازدارندگی پروتئین دفنسین گیاه شنبلیله در برابر قارچ های مورد بررسی می باشد.

به منظور مطالعه عملکرد آنزیم کیتیناز کایمری42 که یک دمین متصل شونده به کیتین از منشأ کیتیناز قارچ t. atroviride18.10 به انتهای آمینی آن افزوده شده است، این آنزیم در میزبان پروکاریوتی بیان گردید و فعالیت ضد قارچی آن بر برخی از قارچ های بیماریزای گیاهی مورد مطالعه و بررسی قرار گرفت.

چکیده ندارد.

بیماری های قارچی از بزرگترین عواملی هستند که باعث افت شدید عملکرد در محصول می شوند. در این تحقیق بهینه سازی کشت بافت و شرایط انتقال ژن به گیاه کلزا لاین r line hyola 308 انجام پذیرفت. در بهینه سازی کشت بافت با انتخاب غلظت mg/l bap5/3 میزان باززایی به 112 درصد رسید. سه پارامتر مهم در انتقال ژن توسط آگروباکتریوم شامل زمان پیش کشت، زمان هم کشتی و غلظت استوسیرینگون مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از ژن gus که در وکتور pbi121 تحت بیان پروموتر camv 35s بود شرایط بهینه برای انتقال ژن بدست آمد. با بهینه سازی زمان پیش کشت به 48 ساعت، زمان هم کشتی باآگروباکتریوم به 48 ساعت و غلظت استوسیرینگون به 100 میکرومول میزان انتقال ژن از حد پایه 4 درصد به 33 درصد افزایش یافت. در مرحله بعد ژن کیتیناز36 همسانه سازی شده دروکتور pbi121 (pbimy3)، از طریق آزمون pcr و الگوی هضم آنزیمی مورد تأیید قرار گرفت. این پلاسمید نوترکیب به دو لاین r line hyola308 و rgs003 از طریق انتقال بوسیله آگروباکتریوم منتقل گشت. به منظور انتقال ژن به گیاه کلزا از برگ های لپه ای گیاهان 5 روزه با طول دمبرگی حدود 2 میلیمتر که جوانه انتهایی آنها به طور کامل حذف گردیده بود استفاده گردید. نمونه ها به محیط انتخابی حاوی کانامایسین و سفاتوکسیم منتقل گشتند. گیاهان تراریخت به علت وجود ژن مقاومت به کانامایسین می توانستند در این محیط تشکیل نوساقه های سبز رنگ دهند. حضور ژن کیتیناز 36 در گیاهان بدست آمده با استفاده از آزمون pcr با آغازگرهای اختصاصی chit36f/chit36r، rt-pcr، آزمون لکه گذاری dna، آزمون زیست سنجی و آزمون مطالعه فعالیت آنزیمی علیه قارچsclerotinia sclerotiorum اثبات گردید.

زمانبندی تخصیص منابع در طول زمان برای اجرای مجموعه ای از وظایف است . مساله تک ماشین عبارت است از زمانبندی n کار روی یک ماشین، طوریکه هر کار i در زمان معین ai جهت اجرا روی ماشین آماده می باشد، به این معنی که تا قبل از زمان ai قابل دسترسی نیست و همچنین به اندازه di زمان لازم است تا آن کار انجام گیرد. از طرفی پس از اتمام کار i روی ماشین به اندازه qi زمان لازم است تا کار مربوطه تمام شده تلقی گردد. در این مساله هدف کمینه کردن زمان پایان تمامی کارها یعنی دامنه عملیات می باشد. اولین راه حل کارا برای حل بهینه این مساله توسط محققی بنام کارلی یر carlier در سال 1982 ارائه شده است . راه حل ارائه شده در این پایان نامه که به زبان turbo c++ کد شده است ، بر مبنای توسعه در الگوریتم schrage با استفاده از ساختمان heap می باشد. سپس مساله با توجه با الگوریتم ارائه شده توسط کارلی یر به روش شاخه و کرانه حل شده است . این راه حل عملا" از درجه nlogn می باشد، که این برنامه با تعداد زیادی کار (400 کار) تست شده است . می توان از راه حل ارائه شده بعنوان یک راه حل کارا برای حل بهینه مساله job shop استفاده نمود. همچنین در الگوریتمهای ابتکاری، می توان از حل مساله تک ماشینی جهت یافتن یک جواب خوب برای مساله job shop استفاده کرد.

سیستم پشتیبانی تصمیم ارائه شده در این پروژه انجام عملیات برنامه ریزی و کنترل تولید را در صنعت ریسندگی مورد بحث قرار می دهد. هدف این سیستم بالا بردن بازدهی مدیریت در سیستم های تولید می باشد. بدین منظور در این سیستم سعی شده است تا با استفاده از ترکیب اطلاعات موجود در سطح شرکت و مدلهای کمی تصمیمات مفیدی جهت برنامه ریزی و کنترل تولید اخذ گردد. لذا در این پروژه پایگاه اطلاعات مورد نیاز به فایلهای جداگانه ای تقسیم شده و ساختار و نوع هر کدام از فیلدهای آن مشخص شده است . و پس از آن مدلها و الگوریتمهای متفاوتی که می تواند در این صنعت جوابگوی خوبی باشد، پیشنهاد شده است . بنابراین پس از نوشتن یک برنامه جامع شخص کاربر به سهولت می تواند جهت اخذ تصمیمات مختلف از این مدلها استفاده کند، بدون اینکه نیازی به دانستن کیفیت این مدلها داشته باشد. در نهایت یکی از این مدلها، یعنی مدل تخصیص بهینه ماشین به یک کارگر، بصورت یک نرم افزار مستقل طراحی و نوشته شده است .

به دلیل کاربردهای متعدد پارافین های کلره در صنعت و وجود مواد اولیه آنها در کشور، بررسی روشهای تولید وپایدارسازی آنها در برابر عوامل مختلفی مانند نور و حرارت از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در این تحقیق پارافین های کلره از نظر خواص فیزیکی و شیمیایی، کاربرد صنعتی، مسائل زیست محیطی، انتقال و ذخیره سازی مورد بررسی قرار گرفته اند. همچنین پایدارکننده های پارافین کلراید به تفکیک نام برده شده و اصول کاربرد آنها بیان شده است. در بخش عملی ترکیب پارافین کلراید سنتز شده است و خواص پایدارکنندگی افزودنیهای اتیلن گلیکول، اوره و تیمول بر روی محصول تولید شده بررسی شده است. نتایج تحقیقات نشان می دهند که میزان نیتروژن دهی در مرحله پایانی سنتز پارافین کلراید نقش موثری در پایداری آن دارد و بهترین مدت زمان نیتروژن دهی جهت حفاظت فیزیکی پارافین کلراید بین 60 تا 75 دقیقه می باشد. از میان سه پایدار کننده به کار رفته، اوره به میزان 9 درصد وزنی بعنوان بهترین پایدارکننده پارافین کلره توصیه می گردد، زیرا پایداری محصول را به میزان قابل توجهی افزایش داده و در عین حال تغییر چندانی در خصوصیات فیزیکی و شیمیایی آن ایجاد نمی نماید.

مساله زمانبندی پروژه با منابع محدود ‏‎(rcpsp)‎‏ که از نوع مسائل ‏‎np-complete‎‏ است، توسعه ای از مدل زمانبندی کار گارگاهی ‏‎(job shop)‎‏ می باشد. هر روشی که بتواند اینگونه مسائل را حل نماید، قادر است تمام مسائل زمانبندی را حل کند. تا کنون روشهای دقیق و ابتکاری زیادی جهت حل این مسائل ارائه شده است. متداولترین رو برای حل بهینه مسائل از این نوع، روش شاخه و کران می باشد. در این تحقیق از یک رویه شاخه و کران برای زمانبندی بهینه فعالیتهای پروژه با محدودیتهای پیشنیازی و منابع، در حالت چند منبع استفاده می شود که هدف آن مینیمم کردن مدت زمان انجام پروژه می باشد. این رویه توسط دمولیمیتر و هروئلن (1992) ارائه شده و به روش ‏‎dh‎‏ مشهور شده است. برتری این روش نسبت به سیار روشها در ایجاد و استفاده از قواعدی است که با بکار گیری آنها در زمان جستجوی درخت شاخه و کران، کاهش قابل ملاحظه ای مشاهده می شود. با توجه به پیچیدگی این قواعد و اکتفا به اشاره کلی آن در متون منتشره، جهت بهبود یا توسعه در ابتدا نیاز به تجزیه تحلیل دقیق و پیاده سازی این روش می باشد.هدف این پایان نامه تجزیه تحلیل و تشریح کامل این روش بوده که سعی شده است با ایجاد نمودارهای جریان و با استفاده از علائم ریاضی نتایج این تحلیل ارائه شود. در تحلیل انجام شده در این تحقیق، از قسمتهایی از الگوریتم رفع اشکال و یا رفع ابهام شده است. در گام 2 الگوریتم شاخه و کران لازم است جواب پیدا شده ذخیره شود در گام 3 الگوریتم در صورت وجود شرایط قضیه 2، زودترین زمان شروع فعالیتهای مجموعه برشی برابر با زمان ختم یکی از دو فعالیت در حال اجرا میباشد که پس از بررسی تعیین می شود. در گام 5 درصورت فزونی و یا برابری حد پائین از حد بالا، قبل از رفتن به گام 7 (برگشت به عقب) میبایست سطح درخت را کاهش داد. در حالتهایخ اص ممکن است نیاز به موارد فوق نباشد. برای بررسی اعتبار این تحلیل تهیهبرنامه کامپیوتری امری ضروری بود. لذا در این تحقیق طرحی نیز برای ساختمان ارائه شده و بر اساس این طرح برنامه کامپیوتری مربوطه ایجاد شده است. از آنجایی که اغلب نرم افزارهای رایج موجود برای زمانبندی پروژه ها بر اساس یک روش ابتکاری طراحی شده اند، لذا هیچکدام قادر به تضمین بهینگی نمی باشند. در این تحقیق نشان دادهشده است که در برخی موارد حتی برای مسائل با اندازه کم (در حد 8 فعالیت) نرم افزار رایجی مانند ‏‎ms - project‎‏ قادر به حل بهینه نیست. بنابراین هدف دیگر از تهیه برنامه کامپیوتری در این تحقیق، پی ریزی نرم افزاری است که قادر باشد جواب بهینه را برای اینگونه مسائل تضمین نماید. در پایان چند مسئله با برنامه کامپیوتری ایجاد شده، حل و نتایج آن بررسی شده است.

ابوالبراکات بغدادی (560 - 470 هق) یکی از منتقدین فلسفه ابن سینا محسوب می شود. او که در فلسفه و طب، سرآمد دوران است. دارای تلیفات متعددی است که مهمترین آنها کتاب ((المعتبر)) است. از نظر ابوالبرکات، هیولای اولی همان معنای جسمیت است و وجود مستقل ندارد. او مکان و خلا را جسمی می داند که دارای ابعاد سه گانه (طول، عرض، عمق) اند. او زمان را امری ما بعدالطبیعی دانسته و آن را به مقدار وجود تعریف می کند که توسط معرفت اولی قابل درک است و جوهریت مستقل زمان را دلیل قدمت و عدم تناهی آن می داند. او علت را از مصادیق فاعل دانسته و در بحث حدوث و قدم عالم، شیوه متکلمان را پیموده است. علم از نظر ابوالبرکات، از مقوله اضافه است، نه صورت منطبع در ذهن.ابوالبرکات، تعریف ارسطوئی و سینوی ((نفس)) را نمی پذیرد. او نفس را قوه ای حال در بدن می داند که بوسیله آن، افعال خود را با شعور و معرفت انجام می دهد. از نظر او وجود نفس، وجودی بدیهی است که توسط ((معرفت اولیه)) یا ((معرفت بدون تمییز)) درک می شود. ابوالبرکات، نورالانوار را به خداوند اطلاق نموده است و وحدانیت و بساط خداوند را مرهون واجب الوجود بودن او می داند. از نظر او، تمام موجوادت - اعم از جزییات یا کلیات - مشمول علم باری تعالی می باشند. بنابر اعتقاد ابوالبرکات، خداوند صاحب اراده ای متجدد است که متعلق این ارادهها، جزییات متغیره اند و اراده دائم خداوند نیز موجب استمرار افعال می گردد.ابوالبرکات، وجود عقل فعال مدبر نفوس را نمی پذیرد و تعداد عقول را به اندازه تعداد موجودات ذکر می کند. او همچنین نظریه صدور از دیدگاه مشائیان بر مبنای قاعده الواحد را مردود می داند و به ارائه نظریه جدیدی در این خصوص می پردازد.

فصل اول سه بخش اصلی سیستم ‏‎gps‎‏ معرفی می شود. ساختار سیگنالهای خروجی از ماهواره ای ‏‎gps‎‏ مورد بررسی قرار می گیرد. فصل دوم فیلتر کالمن گسسته و مدل کردن فضای حالت معرفی می شود همچنین در این فصل با مفاهیم نویز سفید و فیلتر شکل دهنده آشنا می شویم. در فصل سوم با داده های مکان ‏‎gps‎‏ را با استفاده از فیلتر کالمن پردازش می کنیم. در فصل چهارم فیلتر کالمن توسعه یافته برای تخمین خطای مکان ‏‎gps‎‏ مورد استفاده قرار می گیرد و در آن ابتدا مساله تعیین موقعیت و خطی سازی اندازه گیری مورد بررسی قرار می گیرد. و در فصل آخر نتایج حاصل از مدل سازی افزایش دقت مکان ‏‎gps‎‏ با استفاده از فیلتر کالمن بیان می شود و یک پیشنهاد جهت بهبود عملکرد مکان یابی گیرنده ‏‎gps‎‏ در شرایط دینامیک گوناگون مطرح می شود.