آنفلوآنزای پرندگان یکی از بیماری های مسری و خطر ناک صنعت طیور است که از سال 1377 به طور جدی صنعت طیور کشور های خاورمیانه و آسیا را تحت تاثیر قرار داده است و می تواند در آینده موجب ایجاد پاندمی در انسان شود و باعث بروز مشکلات و لطمات سنگین اقتصادی در مزارع طیور می گردد. در این مطالعه، ژن هماگلوتینین ویروس آنفلوآنزای h9n2 دو نمونه ویروس جدا شده از طیور صنعتی استان مرکزی در سال 92 توالی یابی شده و مورد بررسی های مولکولی قرار گرفتند. آنالیز توالی ها و مطالعه شجره شناسی با مقایسه هر نمونه با سویه های h9n2 موجود در بانک ژنی صورت پذیرفت. تمامی جدایه ها توالی r-s-s-r/g-l را در ناحیه تقسیم پروتئین هماگلوتینین نشان دادند. توالی جدایه ها با یکدیگر مقایسه گردیده و میزان 6 / 93 % شباهت را نشان دادند. آنالیز شجره شناسی و بررسی آن نشان داد که کلیه جدایه های این مطالعه متعلق به تحت دودمان g1-like می باشند. یکی از سویه ها دارای میزان شباهت بالایی با سویه های پاکستان می باشد. کلیه جدایه ها در جایگاه 226 خود دارای اسید آمینه لوسین به جای گلوتامین می باشند که نشان می دهد که جدایه ها دارای پتانسیل لازم برای اتصال به گیرنده های سلول های انسانی می باشند. نتایج این مطالعه نشان می دهد که ویروسهای آنفلوآنزای ایران می توانند پستانداران از جمله انسان را آلوده نموده و دارای توانایی لازم برای تبدیل به فرم بسیار بیماریزا می باشند. بنابراین بررسی همیشگی ویروسهای آنفلوآنزا h9n2 در کشور امری ضروری است.