در سراسر دنیا تحقیقات مختلفی در جهت شناسایی نوع بیماری های ویروسی کدوییان انجام شده است. در ایران نیز با توجه به اهمیت کدوییان تحقیقات زیادی روی ویروس های بیمارگر آن ها صورت گرفته است. جهت شناسایی، تعیین پراکنش و فراوانی ویروس ها ی آلوده کننده کدوییان در منطقه ارومیه، 326 نمونه در طول فصل زراعی 1390-1389 از مزارع این منطقه جمع آوری گردید. شناسایی و تعیین پراکنش ویروس ها ی آلوده کننده کدوییان در طی سال زراعی 90-1389 با استفاده از das-elisa و tpia و آنتی بادی های چندهمسانه ای ویروس موزاییک هندوانه، ویروس موزاییک کدو، ویروس موزاییک زرد کدو، ویروس موزاییک خیار، ویروس لکه زرد کدو، ویروس خربزه ارومیه و ویروس لکه حلقوی پاپایا نجام گردید. نتایج به دست آمده نشان داد که ویروس موزاییک هندوانه تیپ 2 (wmv-2) بالاترین میزان آلودگی نمونه ها را به خود اختصاص داده بود و بعد از آن به ترتیب ویروس لکه حلقوی پاپایا، ویروس موزاییک خیار، ویروس خربزه ارومیه، ویروس موزاییک زرد کدو، ویروس لکه زرد کدو و ویروس موزاییک کدو قرار داشتند. آلودگی های مخلوط نیز در تعدادی از نمونه ها مشاهده شد که بیشترین میزان آن مربوط به آلودگی مخلوط دو ویروس موزاییک هندوانه و خربزه ارومیه بود. بعد از این که در آزمون الایزا مشخص شد که ویروس موزاییک هندوانه ویروس غالب در منطقه ارومیه است، بررسی های بعدی روی این ویروس متمرکز شد. جهت بررسی دامنه میزبانی ویروس موزاییک هندوانه از گیاهان متنوعی متعلق به چهار خانواده استفاده گردید. در این آزمون مشخص شد که ویروس روی cucurbita pepo علایم رگبرگ نواری سبز و موزاییک، روی cucumis melo l.cv.felexusus و chenopodium amaranticolor coste et reyn لکه موضعی نکروز ، روی c. sativus l.cv. peto seed رگبرگ نواری سبز و روی nicotiana tobaccum cv. burly علامت موزاییک را ایجاد کرد. یک قطعه 966 نوکلئوتیدی با آزمون ic-rt-pcr تکثیر و مستقیما برای تعیین ترادف فرستاده شد. تحلیل نتایج ترادف نوکلئوتیدی شامل هم ردیف سازی چندگانه ترادف های نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی و تعیین درصد یکسانی آمینواسیدی پروتئین های ویروس موزاییک هندوانه جدا شده از ارومیه با پروتئین های سایر جدایه های موجود در بانک ژن با نرم افزارmega5.05 انجام گرفت. چندین درخت فیلوژنتیکی از همردیف سازی 774 نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی 49 جدایه wmv با جدایه ارومیه ترسیم شد. در درخت های فیلوژنتیکی ترسیم شده جدایه ارومیه داخل هیچکدام از 6 گروهی که قبلاً توسط محققین دیگر تعیین شده بود قرار نگرفت و یک شاخه کاملاً مجزایی را ایجاد کرد. جدایه ای که در این تحقیق بررسی شد از روی کدوی زمستانی از ارومیه جدا شد. ترادف جدایه ویروسی تعیین شده در این تحقیق با رس شمار در بانک ژن قرار داده شد. از آزمون سرولوژیکی das-elisa برای بررسی میزان حساسیت و تحمل پذیری ارقام محلی و تجاری در منطقه به ویروس موزاییک هندوانه استفاده شد. در این آزمون مشخص شد که ارقام محلی و تجاری کدو و خیار که کشاورزان برای کشت استفاده می کنند نسبت به ویروس حساس تر می باشند ایجاد کرد. از آزمون سرولوژیکی das-elisa برای بررسی میزان حساسیت و تحمل پذیری ارقام محلی و تجاری در منطقه به ویروس موزاییک هندوانه استفاده شد. در این آزمون مشخص شد که ارقام محلی و تجاری کدو و خیار که کشاورزان برای کشت استفاده می کنند نسبت به ویروس حساس تر می باشند

گوجه فرنگی از نظر اقتصادی یکی از مهم ترین محصولات سبزی و صیفی در سطح دنیا می باشد. کشت گوجه فرنگی در ایران از اهمیت خاصی برخوردار می باشد و در سال های اخیر کشت گلخانه ای این محصول رشد فزاینده ای داشته است. بیماری های ویروسی به عنوان یکی از مهم ترین مشکلات موثر در کشت گوجه فرنگی در اکثر مناطق کشت و برداشت این محصول مطرح می باشند. تعدادی از ویروس های آلوده کننده گوجه فرنگی ویروس وای سیب زمینی (pvy)، ویروس ایکس سیب زمینی (pvx)، ویروس موزاییک گوجه فرنگی (tomv)، ویروس موزاییک خیار (cmv)، ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی (tswv) و ویروس موزاییک آرابیس (armv) را شامل می شوند. هدف از این تحقیق بررسی وجود cmv ،tswv ، tomv و tmv می باشد. ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی متعلق به خانواده بنیاویریده و از جنس توسپوویروس می باشد. این ویروس یکی از 10 ویروس گیاهی مخرب می باشد. این ویروس و تریپس ناقل آن همه جا منتشر شده و منجر به خسارت اقتصادی در محصولات کشاورزی می-شود. ویروس موزاییک گوجه فرنگی و ویروس موزاییک توتون متعلق به خانواده ویرقاویریده و از جنس توبموویروس می باشند که از ویروس های شایع و یک مشکل جدی در گوجه فرنگی در اکثر مناطق سبزی کاری دنیا هستند. ویروس موزاییک خیار متعلق به خانواده بروموویریده و از جنس کوکوموویروس می باشد. دامنه میزبانی وسیعی دارد و در مزارع ایران نیز شیوع دارد. از آنجا که ردیابی ویروس ها و بررسی تغییرات ژنتیکی جمعیت آنها گامی موثر در جهت کنترل ویروس ها می باشد، در نتیجه هدف از این تحقیق استفاده از روش های مناسب در ردیابی ویروس های شایع گوجه فرنگی با استفاده از مایه زنی گیاهان محک، روش-های سرولوژیک و مولکولی را شامل می شد. در مطالعه حاضر به منظور ردیابی ویروس های شایع گوجه-فرنگی از مزارع جنوبی آذربایجان شرقی طی تابستان و پاییز سال 1390 تعداد 205 نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی با ویروس نمونه برداری شد. علائم شامل موزاییک، کوتولگی، باریک شدن برگ ها، بدشکلی برگ-ها و میوه ها و نکروز برگ ها بودند. در مطالعات گلخانه ای از گیاه سلمه تره (chenopodium amaranticolor) به عنوان میزبان لکه موضعی برای خالص سازی بیولوژیک و از کدو (cucurbita pepo) و توتون (nicotiana samson) به عنوان میزبان های تکثیری و تشخیصی ویروس های مذکور استفاده شدند. tas-elisa با آنتی بادی های تشخیص دهنده ویروس موزاییک خیار انجام شد و از 105 نمونه ای که مشکوک به آلودگی با cmv بودند 28 نمونه واکنش مثبت نشان دادند. آرتی-پی سی آر برای ویروس های cmv، اعضای جنس توسپوویروس و جنس توبموویروس انجام شد. برای جنس توسپوویروس، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر قسمتی از آر.ان.ای بزرگ (l) و با دمای اتصال c?48 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول 800 جفت باز در شش نمونه آلوده شد. قطعات تکثیر یافته با پی سی آر با آنزیم های hindiii و ecori برش یافته و قطعه ای به طول 800 جفت باز ایجاد شد که نشان داد این جدایه ها متعلق بهtswv می باشند. برای جنس توبموویروس، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر پروتئین پوششی و انتهای 3 و با دمای اتصال c?50 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول 800 جفت باز در 37 نمونه آلوده شد. قطعات تکثیر یافته با پی سی آر با آنزیم taqi برش یافته و دو قطعه به طول 282 و 430 جفت باز ایجاد شد که تعلق نمونه ها به tomv طبق پروفایل برشی را نشان می داد. در این تحقیق tmv در نمونه های جمع آوری شده ردیابی نشد. در مورد ویروس موزاییک خیار، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر ژن رمز کننده پروتئین پوششی و با دمای اتصال c?50 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول 870 جفت باز در شش نمونه شد. قطعات تکثیر یافته در پی سی آر با آنزیم mspi برش یافته و نشان داده شد که جدایه ها در زیر گروه i ویروس موزاییک خیار قرار دارند. قطعات تکثیر یافته 800 جفت بازی tswv به پلاسمید ptz57r متصل و در باکتری e. coli dh5? کلون شدند. باکتری های ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت lb حاوی آمپی سیلین، iptg و x-gal غربال شده و پلاسمید از آنها به روش لیز آلکالینی استخراج گردید. پلاسمیدهای استخراج شده با آنزیم های ecori و hindiii با محل اثر در دو طرف محل اتصال دی.ان.ای خارجی برش داده شدند. پلاسمید برای تعیین توالی به شرکت bioneer کره جنوبی ارسال شد و بعد از آنالیز توالی ها تعلق جدایه ها به ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی اثبات شد.

ویروس y سیب زمینی (potato virus y; pvy) یکی از عوامل مهم تأثیر گذار بر روی کیفیت و عملکرد توتون (nicotiana tabacum l.) می باشد. نشانگرهای مولکولی مبتنی بر dna ابزار ارزشمندی برای به-نژادی گیاهان و انتخاب به کمک نشانگر (marker assisted selection: mas) برای مقاومت به آفات و بیماری ها و برخی صفات مطلوب هستند. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 27 ژنوتیپ شرقی و نیمه شرقی توتون با 28 جفت آغازگر ssr بررسی گردید. میانگین تعداد آلل ها برای هر مکان 214/2‎، میانگین تعداد آلل های موثر 21/2‎ و هتروزیگوسیتی مورد انتظار در دامنه ای از 320/0 تا 664/0 با میانگین 122/0 بود. ماتریس تشابه ژنتیکی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد تشکیل شد. تشابه ژنتیکی بین این ژنوتیپ ها که دامنه ای از 1/0 تا 95/0 را شامل می شد، تنوع ژنتیکی بالائی را بین ژنوتیپ ها نشان داد. تجزیه کلاستر به روش upgma انجام گرفت و همه ژنوتیپ ها در 3 گروه مجزا قرار گرفتند. واکنش90 ژنوتیپ توتون در مقابل pvy در شرایط کنترل شده با طرح بلوک های کامل تصادفی در 3 تکرار بررسی گردید. هر تکرار شامل 6 نمونه آزمایشی بود. ژنوتیپ ها در مرحله 6-4 برگی به روش مکانیکی با ویروس مایه زنی شدند. پس از گذشت 4 هفته از مایه زنی ژنوتیپ ها برای حضور ویروس با آزمون elisa بررسی شدند. سپس میزان غلظت ویروس در هر نمونه آلوده در طول موج nm405 با استفاده از elisa reader قرائت گردید. تجزیه آماری داده های الایزا بر اساس مدل طرح آماری فوق صورت گرفت و حاکی از اختلاف معنی دار میان ژنوتیپ ها بود. مقایسات میانگین با آزمون توکی در سطح 5% نشان داد که ژنوتیپ erzeogovina با جذب 68881/0 od=دارای بیشترین غلظت ویروس و ژنوتیپ kb101با جذب 0005/0-=od دارای کمترین غلظت ویروس می باشند. به منظور شناسائی نشانگرهای ریزماهواره پیوسته با ژن مقاومت به pvy در ژنوتیپ های توتون، تجزیه ارتباط در نرم افزار sas با استفاده از روش anova انجام گرفت. از میان نشانگرها، 7 نشانگر در ارتباط با مقاومت یا حساسیت به ویروس شناسائی شدند. دامنه تنوع فنوتیپی توصیف شده (r2) توسط نشانگرها بین 12-5% بود. در اکثر ژنوتیپ ها وجود باند با حساسیت به ویروس pvy و عدم وجود باند با مقاومت به این ویروس مشاهده شد. این نشانگرها می توانند به عنوان شاخصی برای تعیین مقاومت یا حساسیت به pvy در توتون در نظر گرفته شوند.

گونه های مختلف خانواده کدوئیان بویژه انواع ملون (cucumis melo l.) از مهمترین منابع غذایی بشر می باشند که گسترش جهانی دارند. از مهمترین عوامل محدودکننده تولید ملون ها، بیماری های ویروسی مانند ویروس zymv می باشد که گاهی تا 100 درصد عملکرد را از بین می برد. به منظور شناسایی ژنوتیپ های مقاوم و مکان های مرتبط با مقاومت به این ویروس، میزان مقاومت 32 توده و 12 رقم هیبرید ملون نسبت به ویروس zymv با روش das-elisa ارزیابی شد. نتایج حاصل نشان داد که تفاوت معنی داری (در سطح یک درصد) بین ژنوتیپ های مورد مطالعه به لحاض غلظت ویروس وجود دارد. رقم هیبرید pi414723 فاقد آلودگی ولی رقم charantaio t بیشترین میزان حساسیت و غلظت ویروسی (867/1) را نشان داد. همچنین تنوع ژنتیکی 11 توده و 12 رقم ملون با استفاده از 20 آغازگر issr بررسی شد. آغازگرهای مورد استفاده 311 مکان تولید نمودند که 26/52 درصد آنها چند شکل بودند. بیشترین (135/0) و کمترین (031/0) میزان هتروزیگوسیتی (he) و بیشترین (23/1) و کمترین (058/1) تعداد الل های موثر (ne) به ترتیب مربوط به آغازگرهای ubc820 و ubc857 بود. میانگین هتروزیگوسیتی کل ارقام و توده ها 155/0 بود. متوسط هتروزیگوسیتی ارقام هیبرید بیشتر از توده ها بود. تجزیه خوشه ای بر مبنای ضریب تطابق ساده و روش upgma توده ها و ارقام مورد مطالعه را در 7 گروه قرار داد. در بررسی ساختار جمعیت بوسیله نرم افزار structure 2.3.1 نیز، میزان 7k= به عنوان بهترین k برای گروه بندی دندروگرام تعیین شد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین توده درگزی و هیبرید durango و کمترین فاصله ژنتیکی بین توده های درگزی و خاتونی بود. مکان یابی ارتباطی برای ویروس zymv با استفاده از نشانگرهای issr و روش mlm نشان داد که مکان های 855l، 867n و 885i (دارای بیشترین r2 و مقدار p-value کمتر از 1 درصد) احتمالا بیشترین ارتباط را با صفت مقاومت به ویروس zymv دارند. استفاده از این نشانگرها، امکان مکان یابی دقیق مقاومت به این ویروس را فراهم خواهد ساخت.

فایتوپلاسماها گروهی از پروکاریوتهای فاقد دیواره سلولی و از رده مولیکوت هستند که تاکنون کشت آنها در محیطهای میکروبیولوژیک امکانپذیر نبوده است. فایتوپلاسماها شبه مایکوپلاسماهای همراه با بیماریهای زردی و محدود به آوند آبکشی میباشند که نخستین بار در سال 1967 در سلولهای آوند آبکشی گیاهان مبتلا به زردی و کوتولگی، که تا آن زمان به عنوان بیماریهای ویروسی محسوب می¬شدند، با میکروسکوپ الکترونی مشاهده شدند. اندازه ژنوم آنها کوچک و از 530 تا 1350 کیلو جفتباز متغیر بوده و حاوی درصد پایینی گوانین به اضافه سایتوزین هستند. آنها عوامل همراه با بیماری¬های شدیدی در دامنه وسیعی از گونه¬های گیاهی به ویژه در درختان میوه هستند و توسط حشرات ناقل که عمدتاً زنجرکها هستند، بین گیاهان منتقل می شوند. هلو، شلیل و آلو به طور گسترده در اکثر استان¬های ایران کشت می شوند. پیچیدگی برگ هلو و شلیل یک بیماری همراه با فایتوپلاسماست که موجب خسارت شدیدی در درختان هلو و شلیل در دنیا و همچنین در ایران میشود. در سالهای 1391و ¬139 در اکثر باغهای هلو، شلیل و آلو از استانهای مازندران، گلستان و آذربایجانغربی علائمی مشابه علائم فایتوپلاسمایی مشاهد گردید. درختان آلوده دارای علائم کاهش اندازه برگ و لوله شدن برگها به سمت بالا و ضخیم شدن رگبرگهای میانی و کناری، ارغوانی شدن حاشیه برگها، ریزش میوههای کوچک و نارس، زردی، کاهش اندازه برگ، ضعف و کاهش رشد بودند. طی نمونه برداری در برخی از مزارع و باغها به بوتههای تلخه بیانی (sophora alopecuroides) برخورد شد که علائم زردی، ریزبرگی و یا فیلودی را نشان می¬دادند. دی ان ای کل از 5/. گرم از بافت رگبرگها با بکارگیری ctab استخراج گردید. سپس با آغازگرهای طراحی شده برای تکثیر ناحیه 16sr rna، 16s-23sr rna و بخشی از ناحیه 23sr rna مثل p1/p7 و p1/tint و جفت آغازگر pa2f/pa2r برای تکثیر ناحیه 16sr rna و بخشی از 16s-23sr rna برای تکثیر این نواحی در pcr استفاده گردید. pcr آشیانه¬ای با آغازگرهای عمومی مانند r16f2n/r16r2 و اختصاصی درختان میوه مانند fu5/ru3 و npa2f/npa2r انجام گرفت و قطعات مورد انتظار با اندازه¬های تقریبی به ترتیب 1200، 850 و 480 جفت باز در درختان دارای علائم تکثیر شد در شرایط مشابه از نمونه¬های فاقد علائم باندی تکثیر نگردید. نماینده¬هایی از جدایه¬ها توسط جفت آغازگر secafor2/secarev3 به دنبال secafor1/secarev3 در pcr نیمه آشیانهای تکثیر گردید و محصول pcr های آشیانه ای تعیین توالی گردید. نتایج تعیین توالی حضور سه زیرگروه فایتوپلاسمایی 16srix-c (گروه جاروک نخود کبوتر)، 16srx-f (گروه بدشکلی سیب) و 16srxii-a (گروه استالبور) در جدایههای مورد بررسی را نشان داد. درخت فیلوژنتیکی براساس توالی های بدست آمده با سه روش اتصال همسایهها، ماکزیمم لایکلی هود و ماکزیمم پارسیمونی با نرم افزار mega 5 ترسیم شد. rflp مجازی با نرم افزارهای iphyclassifier و pdraw32 براساس توالی¬های شناسایی شده با نوکلئازهای برشی alui، bamhi، bfai، bstui (thai)، drai، ecori، haeiii، hhai، hinfi، hpai، hpaii، kpni، sau3ai(mboi)، msei، rsai، sspi و taqi انجام شد. درصد شباهت توالی¬ها و آنالیز فیلوژنتیکی برای تعیین دقیق گروه و زیرگروههای فایتوپلاسمایی و ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه های بررسی شده مورد استفاده قرار گرفت. ضرایب تشابه جدایهها محاسبه و دندروگرام گروهبندی جدایهها با استفاده از ضرایب تشابه آنها براساس rflp ترسیم گردید. بر این اساس جدایه¬های مورد مطالعه در هفت دسته طبقه بندی شدند. این اولین گزارش از همراهی زیرگروه فایتوپلاسمایی 16srix-c با پیچیدگی زرد برگ درختان هلو و شلیل و همراهی candidatus phytoplasma prunorum با کوتولگی زرد برگ آلو در ایران است.