درختان میوه هسته دار تحت تاثیر تعداد زیادی از ویروس ها قرار می گیرند که باعث خسارات اقتصادی قابل توجهی می شوند. ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارهاprunus necrotic ringspot virus (pnrsv) یکی از شایع-ترین ویروس های هسته دارها می باشد که از جنس ilarvirus و خانوادهbromoviridae بوده و انتشار جهانی دارد. این ویروس در مناطق معتدله جهان روی درختان میوه هسته دار شامل گیلاس، آلبالو، بادام، هلو، زردآلو، آلو و بسیاری از ارقام زینتی و وحشی گیلاس، هلو و آلو و برخی گونه های زینتی از قبیل رز گسترش دارد و سیب، زالزالک و گردو را نیز آلوده می کند. بعضی از جدایه های pnrsv در میزبان خود علایمی ایجاد نمی کنند ولی بروز لکه های کلروتیک و نکروتیک، لکه غربالی، پیچیدگی و بدشکلی برگ و صمغ زدگی در میوه، از علایم مشخص اغلب جدایه ها می باشد. این ویروس قبلا از بعضی مناطق ایران گزارش شده است ولی هیچ اطلاعات مولکولی از جدایه های ایرانی در دسترس نمی باشد. در این تحقیق به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها، در بهار و تابستان سال های 1388 و 1389 از برگ درختان دارای علایم ویروسی از باغات استان های چهارمحال وبختیاری و اصفهان نمونه-برداری شد و بررسی آلودگی نمونه ها با استفاده از آزمون double antibody sandwich elisa (das elisa) و آنتی سرم چند همسانه ای pnrsv بررسی شد، همچنین تعدادی از نمونه ها نیز با استفاده از جفت آغازگر ilar1& ilar2 بصورت مستقیم تحت واکنش آزمون ic-rt-pcr قرار گرفتند. آلودگی تعداد قابل توجهی از نمونه ها در آزمون الیزا و ic-rt-pcr (باتکثیر قطعه مورد انتظار با اندازه bp 206) تایید شد. به منظور تکثیر ژن پروتئین پوششی ویروس جهت توالی یابی و انجام مقایسات مولکولی، تعدادی از نمونه های آلوده با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی pnrsv? & pnrsv?? مورد بررسی قرار گرفتند. قطعات dna تکثیر شده با جفت آغازگرهای ilar1& ilar2 و pnrsv? & pnrsv?? همسانه سازی و تعیین توالی نوکلئوتیدی شدند. با توجه به گونه میزبان و منطقه جغرافیایی، نمونه های توالی یابی شده شامل شش جدایه آلبالو چم چنگ، بادام لردگان،بادام امامیه،بادام سامان، گیلاس فارسان و هلو نطنز بود. نتایج حاصل از blast توالی ها نشان دهنده ویروسی بودن قطعات تکثیر شده با جفت آغاز گرهای ilar1 & ilar2 و pnrsvi & pnrsvii و وجود همولوژی بالای آن ها با توالی جدایه های pnrsv موجود در بانک ژن بود. همچنین مشخص شد قطعه تکثیر شده با جفت آغاز گر pnrsvi & pnrsvii شامل توالی ژن پروتیین پوششی ویروس به استثنای 67 نوکلئوتید ناحیه ?5 آن می باشد. مقایسه توالی آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی جدایه هایpnrsv ایرانی نشان داد که میزان تشابه بین جدایه ها از 5/96% تا 100% متغیر می باشد. جدایه آلبالو چم چنگ کمترین میزان تشابه (5/96%) را با بادام امامیه نشان داد. دو جدایه گیلاس فارسان و هلو نطنز نیز100% تشابه را نشان دادند. مقایسه توالی آمینواسیدی جدایه های ایرانی pnrsv با توالی های موجود در بانک ژن، تشابه بالای آنها را با توالی های دیگر جدایه های ویروس از سایر نقاط جهان نشان داد. بیشترین و کمترین میزان تشابه بین جدایه بادام لردگان به ترتیب با جدایه ای از ایتالیا ازهلو با رس شماره aj133205 (5/99%) و جدایه گیلاس از آمریکا با رس شماره af465235 (7/86%) بدست آمد. رسم درخت تبارزایی جدایه های ایرانی و جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده قرار گرفتن آن ها در سه گروه فیلوژنتیک i، ii و iii بوده، به طوریکه جدایه های ایرانی در گروه فیلوژنتیک ii قرار گرفتند. همچنین هیچگونه همراهی بین منطقه جغرافیایی و میزبان مشاهده نشد. با توجه به اهمیت اقتصادی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها و شیوع بالای ویروس در استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری، انجام تحقیقات بیشتر روی این ویروس و استفاده از تکنیک های مختلف جهت عاری از ویروس نمودن نهال ها ضروری به نظر می رسد.

ویروس برگ قاشقی گیلاس(clrv) cherry leaf roll virus از جنس nepovirus و خانواده comoviridae، دارای گسترش جهانی می باشد. این ویروس به طور طبیعی دامنه وسیعی از گیاهان علفی و چوبی را آلوده می کند که مهم ترین آنها متعلق به جنس های betula،fagus ، juglans و prunus می باشند. ویروس برگ قاشقی گیلاس، نارون، شاه توت، تمشک، گردو، زغال اخته، درختان میوه هسته دار و دیگر درختان و بوته ها را آلوده کرده و خسارت شدیدی به آن ها وارد می کند، همچنین در بسیاری از گیاهان علفی مانند ریواس نیز ردیابی شده است. این ویروس در گیلاس و آلبالو باعث ایجاد علایمی مانند لکه های کلروتیک، پیچیدگی برگ،توته، سرخشکیدگی شاخه، ترک خوردگی پوست، صمغ زدگی و زوال می شود. گلدهی و باز شدن برگ ها در درختان گیلاس ممکن است با تاخیر و ضعف همراه باشد. میوه های آلوده دچار سوختگی زودرس شده و قبل از رسیدن متورم می شوند. ویروس برگ قاشقی گیلاس از درختان زیتون استان زنجان گزارش شده است ولی هیچگونه اطلاعاتی از پراکنش و سایر میزبان های این ویروس وخصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی آن در دسترس نمی باشد. با توجه به اهمیت ویروس برگ قاشقی گیلاس و نبود اطلاعات در زمینه پراکنش و خصوصیات مولکولی آن انجام تحقیق در این زمینه ضروری به نظر می رسد. به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس برگ قاشقی گیلاس، در سال های 1388 و 1389 از برگ درختان هسته دار با علایم ویروسی از باغ های استان های اصفهان و چهارمحال وبختیاری نمونه برداری انجام شد. نتایج حاصل از آزمون double antibody sandwich elisa (das-elisa) با آنتی سرم چندهمسانه ای clrv نشان دهنده آلودگی تعداد قابل توجهی از نمونه ها به این ویروس بود. همچنین آلودگی تعدادی از نمونه ها با آزمون های nested-rt-pcr و ic-nested-rt-pcr با استفاده از جفت آغازگرclrvr clrvf و تکثیر قطعه مورد انتظار bp 286 تایید شد. قطعات تکثیر شده همسانه سازی و تعیین توالی شدند. جدایه های توالی یابی شده شامل جدایه زردآلو چم چنگ (s15)، بادام سامان (s2)، بادام حاشیه زاینده رود (s1) وزردآلو نطنز (s3) بودند. نتایج حاصل از blast توالی ها نشان دهنده ویروسی بودن قطعات تکثیر شده و وجود تشابه بالای آن ها با توالی جدایه های clrv موجود در بانک ژن بود. همچنین مشخص شد قطعه تکثیر شده شامل توالی قسمتی از ناحیه غیر قابل ترجمه آر. ان. ا. دو rna2) (3 utr می باشد. مقایسه توالی نوکلئوتیدی قسمتی از 3 utr جدایه های ایرانی clrv نشان داد که میزان تشابه بین جدایه ها از 5/93% تا 5/97% متغیر می باشد. همردیف سازی چندتایی توالی نوکلئوتیدی جدایه های ایرانی clrv با توالی های موجود در بانک ژن نشان دهنده تشابه بالای بین آنها بود به طوری که بیشترین و کمترین میزان تشابه به ترتیب میان جدایه زردآلوی چم چنگ با جدایه گردو از آلمان با رس شماره aj877146 (%2/98) و جدایه بادام حاشیه زاینده رود با جدایه آقطی سیاه از آلمان با رس شماره aj877138 (%9/86) بدست آمد. رسم درخت تبارزایی بر اساس توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیر شده جدایه های این تحقیق به همراه سایر جدایه های این ویروس از نقاط مختلف جهان، آن ها را در شش گروه فایلوژنی شامل فایلوگروه های a، b، c، d1، d2 وe قرار داد. جدایه های بادام حاشیه زاینده رود (s1) و زردآلو چم چنگ (s15) مورد بررسی در این تحقیق در فیلوگروه d1 و جدایه بادام سامان (s2) در فیلوگروه d2 قرار گرفتند. قرار گرفتن جدایه هایی از مناطق مختلف جغرافیایی در یک گروه نشان دهنده عدم وجود همبستگی بین منطقه جغرافیایی و توالی نوکلئوتیدی جدایه ها بود. با توجه به اهمیت اقتصادی ویروس برگ قاشقی گیلاس و وقوع این ویروس روی درختان هسته دار در استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری، انجام تحقیقات بیشتر روی این ویروس به منظور ردیابی و شناسایی ویروس در سایر میزبان های آن ضروری به نظر می رسد.

مصرف سم جهت کنترل آفات و بیماری های گیاهی از 2500 سال قبل از میلاد مسیح رواج داشته است و در گذر زمان مصرف سموم افزایش یافته است. بر اساس آمار فائو به طور میانگین در جهان سالانه 1/42 درصد از محصولات کشاورزی بر اثر آفات از بین می روند. در این میان با رشد سریع جمعیت جهان،کنترل آفات نقش مهمی در حفظ محصولات کشاورزی و تأمین مواد غذایی به عهده دارد. بدیهی است که سم باید به روش صحیح، در زمان مناسب و با دُز توصیه شده از طرف متخصصان مصرف شده، تا از عوارض سوء آن تا حد امکان کاسته شود. هدف پژوهش پیش رو بررسی چگونگی ایفای نقش فروشندگان سموم در منطقه مرکزی استان اصفهان و ارزیابی اثر عوامل موثر بر آن می باشد. تحقیق حاضر بر اساس هدف یک تحقیق کاربردی، بر اساس ماهیت یک تحقیق علّی و از دید نحوه ارزیابی داده ها یک تحقیق تحلیلی می باشد. به منظور ارزیابی روایی و پایایی پرسش نامه در مرحله اول بین 30 واحد سم فروشی پیش آزمون انجام گرفت و روایی و پایایی پرسش نامه مورد تأیید واقع شد، پس از آن برای جمع آوری اطلاعات مورد نیاز این پژوهش از طریق سرشماری و مراجعه ی حضوری به 85 واحد سم فروشی که در شعاع 40 کیلومتر از شهر اصفهان واقه شده اند اطلاعات مورد نیاز پژوهش گرداوری گردید. در این تحقیق به منظور تجزیه و تحلیل داده ها و اطلاعات به دست آمده، از روش های تحلیل یک متغیره، تحلیل دو متغیره و تحلیل چند متغیره استفاده شد، نرم افزارهای spss17 و excel2007 نیز برای تجزیه و تحلیل داده ها به کار گرفته شد. نتایج بدست آمده نشان می دهد که اکثریت جامعه را مردان با سن کمتر از 61 سال تشکیل داده و اکثریت جامعه مورد مطالعه دارای تجربه 1 تا 10 سال می باشند. حدود نیمی از جامعه آماری پژوهش، دارای تحصیلات لیسانس می باشند، همچنین60 درصد از سم فروشان اهمیت اعلام برنامه حضور پشت ویترین را برای آشنایی کشاورزان با ساعات کاری شان را در حد متوسط تا زیاد موثر دانستند. ثابت بودن محل کار بیشرین امتیاز را در بین عوامل موثر در میزان رونق گرفتن کار دارد، از طرفی عدم تابش مستقیم نور خورشید مهمترین عامل در حفظ و نگهداری سموم شیمیایی از نظر جامعه آماری می باشد، به-علاوه در میزان اهمیت عوامل موثر در توصیه سم فروشان به کشاورزان برای مبارزه با آفات و بیماری ها، مشاهده می شود که مهمترین عامل از نظر سم فروشان اعتبار کارخانه سازنده سموم است، از عوامل مهم دیگر، آگاهی آنها از دُز سم مصرفی و اطمینان سم-فروشان به قطعی بودن اثر سم جهت توصیه به کشاورزان عنوان شده است. ارزیابی شاخص اطلاعات علمی، نشان می دهد که میزان اطلاعات 4/62 درصد سم فروشان در حد مناسبی است. همچنین 1/94 درصد افراد نسبت به اهمیت مسئله آموزش کاملاً آگاه بودند. 7/64 درصد جامعه آماری پژوهش مسئله برند سموم را تا اندازه ای مهم دانسته اند. اهمیت دادن به سلامت افراد جامعه از نظر 4/76 درصد سم فروشان موضوع مهمی می باشد.73 درصد سم فروشان نسبت به اهمیت نقش اجتماعی خود آگاهی کامل دارند. 5/63 درصد سم فروشان آگاهی مناسبی درباره مدیرت فروشگاه دارند. 5/43 درصد از آنها نسبت اهمیت مسئله محیط زیست آگاهی متوسطی دارند. دیگر نتایج پژوهش نشان می دهد که هیچ رابطه معنا داری بین سن، جنس و تجربه فروشندگان سموم و رفتار آنها وجود ندارد، لیکن بین تحصیلات، اطلاعات علمی، استفاده سم فروشان از برند خاص برای فروش سموم، سطح آگاهی های فروشندگان سموم و اثرات سوء سم بر سلامت انسان ها و محیط زیست، باور فروشندگان سموم از نقش اجتماعی شان و رفتار آنها رابطه معنا داری وجود دارد. دستاوردهای این مطالعه اجازه می دهد تا به دلیل اینکه عامل انسانی در چنین تحقیقاتی نقش بسزایی دارد بحث آموزش در ابعاد مختلف آن از جمله الزامات ایفا و تداوم این نقش اجتماعی خطیر باشد، برای این قشر به صورت جدی دنبال شود.

چکیده ویروس موزائیک یونجه (amv) alfalfa mosaic virusاز جنس alfamovirus و خانواده bromoviridae دارای گسترش جهانی می باشد. این ویروس به طور طبیعی دامنه وسیعی از گیاهان زراعی و علفی را آلوده می کند و قابل انتقال به بیش از 430 گونه از 51 خانواده گیاهی است. ویروس موزائیک یونجه با آلوده کردن محصولاتی چون سیب زمینی، لوبیا، فلفل، شبدر، نخود، سویا، ریحان و دیگر گیاهان زراعی را خسارات شدیدی به آن ها وارد می کند. این ویروس با شته، دانه گرده، بذر، سس و بطور مکانیکی منتقل می شود. با توجه به اهمیت ویروس موزائیک یونجه و نبود اطلاعات در زمینه پراکنش و خصوصیات مولکولی جدایه های این ویروس، انجام تحقیق در این زمینه ضروری به نظر می رسد. به منظور ردیابی و تعیین تنوع مولکولی جدایه های ویروس موزائیک یونجه در سال های 1390 و 1391 از برگ بوته های یونجه، سیب زمینی، لوبیا، سویا، فلفل، شبدر، گوجه فرنگی و ریحان از مزارع استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری نمونه برداری انجام شد. آر.ان.ای کل از نمونه های برگی استخراج و به عنوان الگو در واکنش rt-pcr استفاده شد. نتایج حاصل از آزمون rt-pcrبا استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصیalmv-3pr/almv-5pr و amv-f2/amv-r2 به ترتیب با تکثیر قطعات مورد انتظار با اندازه های bp901 و bp669 تایید شد.قطعات تکثیر شده در آزمون rt-pcr همسانه سازی و تعیین توالی شدند. نمونه های توالی یابی شده شامل جدایه یونجه داران، یونجه کارخانه قند، سیب زمینی داران، سیب زمینی شهرکرد، لوبیای شهرکرد، فلفل دلمه ای داران، فلفل دلمه ای درچه، فلفل سبز خمینی شهر، شبدر درچه، علف هرز سلمه تره دستگرد، علف هرز ترشک دستگرد، گوجه فرنگی کلیشاد و لوبیا چشم بلبلی فریدن بودند. مقایسه توالی نوکلئوتیدی جدایه های ایرانی amvموجود در بانک ژن به کمک ابزار جستجوی blast، تشابه بالای آن ها را با ویروس amvگزارش شده از سایر نقاط جهان نشان داد. مقایسه توالی آمینواسیدی ژن پروتیین پوششی جدایه های amv ایرانی نشان داد که میزان تشابه بین جدایه ها از 7/97% تا 100% متغییر می باشد. در میان این جدایه ها نه جدایه شباهت 100درصدی را در سطح آمینواسیدی نشان داده و جدایه لوبیای شهرکرد کمترین میزان شباهت را با سایر جدایه ها داشت. جدایه های ایرانی بیشترین شباهت را با جدایه سویا از آمریکا با شماره دسترسی hq185569و یونجه از چین با شماره دسترسی hq316647 (6/98% تا 5/99%) و کمترین شباهت را با جدایه سیب زمینی از کره با شماره دسترسی ab126032 و یونجه از نیوزیلند با شماره دسترسی u12510 (9/95% تا 2/97%) نشان دادند. نتایج حاصل از درخت تبارزایی بر اساس مقایسه توالی آمینواسیدی ژن پروتیین پوششی نشان دهنده قرارگرفتن جدایه های ایرانی در یک شاخه می باشد که حاکی از عدم تفکیک آن ها بر اساس منطقه جغرافیایی و میزبان بود.به منظور مقایسه واکنش جدایه های مختلف ویروس موزاییک یونجه مایه زنی مکانیکی دو جدایه یونجه و سیب زمینی از ویروس به گیاهان solanum tuberosum، gomphrena globosa، nicotiana rustica، nicotiana glutinosa، chenopodium album،vigna unguiculata وphasaeolous vulgarisانجام شد.طی این آزمایش مشاهده شد که این دو جدایه مختلف بر روی گیاهان آزمون، علایم تقریبا مشابهی را ایجاد می نمایند.آلودگی گیاهان تلقیح شده توسط آزمون rt-pcr مورد تایید قرار گرفت. کلمات کلیدی: ویروس موزائیک یونجه، rt-pcr، ژن پروتیین پوششی، همردیف سازی، درخت تبارزایی

چکیده سیب زمینی یکی از مهم ترین محصولات زراعی در جهان می باشد. ویروس های متعددی این گیاه را تحت تاثیر قرار می دهند و باعث خسارت اقتصادی قابل توجهی می شوند. ویروس پیچیدگی برگ سیب زمینی potato leafroll virus (plrv) عضو تیپ جنس polerovirus و خانواده luteoviridae و ویروس ای سیب زمینی potato virus a (pva) عضو تیپ جنس potyvirus از خانواده potyviridae شایع ترین ویروس های سیب زمینی می باشند که توسط شته به ترتیب به طریق پایا و ناپایا منتقل می شوند. با توجه به اینکه در سال های اخیر ویروس های plrv و pva به صورت خطری جدی در سطح مناطق مختلف سیب زمینی کاری ایران، از جمله اصفهان مطرح می باشند و از آنجا که اطلاعات کافی در مورد خصوصیات مولکولی این ویروس ها موجود نمی باشد، به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس ها در تابستان سال های 1390 و1391 از مزارع سیب زمینی استان های اصفهان و چهار محال و بختیاری نمونه های دارای علایم دو ویروس plrv و pva جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند. آلودگی تعدادی از نمونه های دارای علایم pva شامل موزاییک خفیف و ریز برگی در 32 نمونه برگ و 35 غده با استفاده از آزمون elisa das- بررسی شد. از نمونه های بررسی شده با آزمون الیزا، پنج نمونه برگ وسه نمونه غده، آلودگی مثبت به ویروس pva نشان دادند. از این نمونه ها به همراه تعدادی دیگر از نمونه های دارای علایم pva، rna کل استخراج شد و در آزمون rt-pcr با جفت آغازگرهای pvaf/pvar وprimer3-f/primer4-r بررسی شدند. تنها دو نمونه قطعه های مورد انتظار bp255 و bp1100 را تکثیر کردند. قطعات dna تکثیر شده، همسانه سازی و تعیین توالی شدند. نتیجه حاصل از جستجوی blast متعلق بودن قطعه های تکثیر شده به pva را تایید نکرد. به دلیل وجود ارتباط سرولوژیکی بین گونه های مختلف اعضای جنس پوتی ویروس، امکان ردیابی ویروسی دیگری به جای pva و یا حداقل ویروسی مرتبط با آن در آزمون الیزا محتمل به نظر می رسد. نمونه های دارای علایم ویروسplrv شامل زردی و پیچیدگی برگ ها و بوته های به ظاهر سالم به همراه جوانه غده ها با جفت آغازگر plrv0-f/plrv0-r که اندازه تمام طول orf0 ویروس را تکثیر می کنند، بصورت مستقیم تحت واکنش rt-pcr قرار گرفتند. تکثیر قطعه مورد انتظار bp820 در تعدادی از نمونه های برگ و غده، آلودگی ویروس plrv را تایید نمود. به منظور انجام مقایسات مولکولی قطعات تکثیر شده هفت جدایه شامل جدایه هایی از فریدن، داران، درچه، نودرآمد، جوهرستان، مبارکه و بن(شهرکرد) توالی یابی شدند. نتایج حاصل از جستجوی بلاست شباهت بالای آن ها را با توالی جدایه های plrvموجود در بانک ژن نشان داد. همردیف سازی توالی آمینواسیدی orf0 جدایه های ایرانی plrv با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده میزان تشابه بالا بین آن ها از 7/91% تا 100% بود. بطوریکه تمامی جدایه های ایرانی به جزجدایه بن (شهرکرد) و فریدن بالاترین میزان همولوژی (100%-1/99%) را با جدایه هایی از جمهوری چک با شماره دسترسی eu717546 و مصر با شماره دسترسی ay138970 نشان دادند. جدایه بن بالاترین میزان همولوژی(100%) را با جدایه ای از اسپانیا با شماره دسترسی af453389 نشان داد و جدایه فریدن بیشترین شباهت (7/98%) را با جدایه ای از آلمان با شماره دسترسی jq366189 داشت. همچنین همه جدایه های ایرانی به جز جدایه فریدن کمترین تشابه (1/96%-9/96%) را با جدایه ای از ایران با شماره دسترسی jf914941 نشان دادند و جدایه فریدن کمترین تشابه(7/91%) را با جدایه ای از کوبا با شماره دسترسی af453393 نشان داد. رسم درخت تبارزایی جدایه های ایرانی و جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که همه جدایه های ایرانی به جز جدایه فریدن در یک گروه قرار گرفتند و هیچگونه تفکیکی بر اساس منطقه جغرافیایی صورت نگرفت.

چکیده سیب درختی (malus domestica borkh) متعلق به خانواده rosaceae از میوه های مهم و اقتصادی مناطق معتدله و سردسیری ایران است. ویروس ساقه شیاری سیب apple stem grooving virus (asgv) عضو تیپ جنس capillovirus و ویروس ساقه آبله ای سیب apple stem pitting virus (aspv) عضو تیپ جنس foveavirus متعلق به خانوادهbetaflexiviridae ، از مهمترین ویروس های بیماری زای سیب محسوب می شوند. آلودگی این دو ویروس درسیب عمدتا بدون علامت است. در این پژوهش به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی دو ویروس ساقه شیاری و ساقه آبله ای سیب، طی سال های 1390 و 1391 از برگ و شکوفه درختان دارای علایم و فاقد علایم ویروسی از باغات سیب استان های اصفهان، آذربایجان غربی و البرز نمونه برداری انجام شد. از برگ و شکوفه های جمع آوری شده، rna دو رشته ای استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr استفاده شد. آلودگی نمونه ها به ویروس های asgv و aspv در آزمون rt-pcr با تکثیر قطعات bp 273 و bp 404 به ترتیب با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asgv-f/asgv-r ، asgv-pf/asgv-pr و قطعات bp 264 و bp 370 با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asp-c/asp-r و aspv-f/aspv-r تایید شد. از 180 نمونه بررسی شده 128 نمونه آلودگی به ویروس ساقه شیاری سیب و از 175 نمونه بررسی شده 45 نمونه آلودگی به ویروس ساقه آبله ای سیب را نشان دادند که نشان دهنده شیوع بالای این دو ویروس در باغات سیب ایران می باشد. آلودگی همزمان به دو ویروس asgv و aspv در تعدادی از نمونه ها مشاهده گردید. به منظور تکثیر توالی کامل ژن پروتیین پوششی هر دو ویروس، طراحی جفت آغازگر های asgv-f1/ asgv-r1 وaspv-f1/ aspv-r1 بر اساس توالی های موجود در بانک ژن انجام شد. قطعات مورد انتظار bp713 و bp1434 با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در نمونه های آلوده به asgv و aspv تکثیر شدند. قطعات تکثیر شده جهت انجام مقایسه های مولکولی تعیین توالی شدند. مقایسه توالی ها با ابزار جستجوی blast شباهت بالای آن ها را با توالی های asgv و aspv موجود در genbank نشان داد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی ژن پروتیین پوششی جدایه ایرانی asgv (جدایه ای از سمیرم) با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده بیشترین همولوژی (1/99%) با جدایه ای از کره جنوبی (jn792477) و کمترین میزان همولوژی ( 5/98%)با جدایه ای از هند (fj952160) بود. در درخت تبارزایی که با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ژن پروتیین پوششی asgv رسم شد ارتباط بیشتر جدایه ایرانی ویروس ساقه شیاری سیب با جدایه ای از کره جنوبی تایید شد. همردیف سازی توالی قسمتی از ژن پروتیین پوششی (bp370) جدایه ایرانی aspv (جدایه ای از سمیرم) با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده بیشترین همولوژی (6/86%) با جدایه ای از ژاپن (ab045371) و کمترین میزان همولوژی( 8/82%) با جدایه ای از جمهوری چک (aj968944) بود. بر اساس اطلاعات موجود این اولین گزارش از ویروس های ساقه شیاری و ساقه آبله ای سیب در ایران می باشد. با توجه به گسترش ویروس های ساقه آبله ای و ساقه شیاری سیب در باغات سیب ایران، اتخاذ روش های مناسب مبارزه ضروری به نظر می رسد. کلمات کلیدی : رد یابی، ویروس ساقه آبله ای سیب، ویروس ساقه شیاری سیب، rt-pcr، آلودگی مخلوط، مقایسات مولکولی

ذرت در کنار گندم و برنج، یکی از سه محصول غله بسیار مهم جهان است و به عنوان یک محصول استراتژیک سطح زیر کشت و تولید آن در جهان و ایران رو به گسترش است. ویروس موزاییک ایرانی ذرت iranian maize mosaic virus (immv) از جنس nucleorhabdovirus و خانواده rhabdoviridae، اولین بار در سال 1347 در یک مزرعه ذرت در استان فارس مشاهده شد. دامنه میزبانی این ویروس محدود به خانواده گرامینه بوده و یکی از ویروس های مخرب ذرت در ایران محسوب می شود. علایم این ویروس به صورت خطوط کلروتیک موازی با رگبرگ اصلی در تمام یا قسمتی از سطح برگ می باشد. هر چند توالی کامل جدایه شیراز این ویروس در بانک ژن موجود می باشد ولی هیچگونه گزارشی از تنوع مولکولی جدایه های آن در دسترس نیست. در این تحقیق به منظور ردیابی و مقایسه مولکولی برخی جدایه های ویروس موزاییک ایرانی ذرت، در پاییز 1390 و بهار و تابستان 1391 از برگ های دارای علایم ویروسی از مزارع ذرت و گندم استان های اصفهان، چهارمحال و بختیاری، لرستان و فارس نمونه برداری شد. از برگ های دارای علایم، آر ان ای کل استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگر amlf/amlr که قسمتی از ژن ال ویروس را تکثیر می کند، استفاده شد. آلودگی تمامی نمونه های ذرت و تعدادی از نمونه های گندم جمع آوری شده از استان اصفهان (15 نمونه از 70 نمونه) به immv با تکثیر قطعه حدود 720bp تأیید شد. این اولین گزارش از آلودگی گندم به ویروس موزاییک ایرانی ذرت در استان اصفهان می باشد. به منظور انجام مقایسه های مولکولی، اندازه تمام طول ژن نوکلئو کپسید پروتئین ویروس ( 1480bp) با استفاده از جفت آغازگر amnupnhe/ amnloecorl در آزمون rt-pcr در نمونه های آلوده تکثیر شد. ژن نوکلئو کپسید پروتیین در هفت جدایه شامل پنج جدایه ذرت (جدایه های فرخشهر، کوهدشت، داران، دستگرد و شیراز) و دو جدایه گندم (جوهرستان و زیار) با توجه به منطقه جغرافیایی و میزبان، تعیین توالی شد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی ژن نوکلئوکپسید پروتیین جدایه های این تحقیق و یک جدایه موجود در بانک ژن با شماره دسترسی dq186554، نشان دهنده میزان تشابه از 5/98% تا 8/99% بین آن ها بود. در بین هفت جدایه، جدایه فرخشهر کمترین تشابه را با سایر جدایه ها نشان داد، به طوریکه این جدایه بیشترین تشابه را با جدایه کوهدشت (zk2) و جدایه داران (za9) به میزان 9/98% وکمترین تشابه را با جدایه دستگرد (bk1) به میزان 5/98% داشت. جدایه کوهدشت (zk2) بیشترین تشابه را با جدایه شیراز (oz1) به میزان 8/99% و کمترین میزان تشابه را با جدایه فرخشهر (fz2) به میزان 9/98% نشان داد. در درخت تبارزایی که بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن نوکلئوکپسید پروتیین رسم شد، جدایه های این تحقیق در دو زیرگروه قرار گرفتند ولی جدایه ها بر اساس منطقه و میزبان تفکیک نشدند

بیماری بلاست برنج یکی از مهمترین بیماری های برنج در ایران می باشد. به طور معمول برای کنترل بیماری بلاست برنج از ارقام مقاوم و سموم شیمیایی استفاده می شود. معمولا استفاده از ارقام مقاوم با پدیده شکسته شدن مقاومت در مقابله با تنوع بالای جمعیت بیمارگر مواجه است. استفاده از سموم پر هزینه بوده و علاوه بر آن اثرات سوء زیست محیطی دارد. از این رو به توسعه استراتژی هایی که مقاومت پایدار را گسترش می دهند، نیاز است. مقاومت القایی یکی از این استراتژی های پایدار است. برخی از میکروارگانیسم ها، مواد شیمیایی طبیعی یا مصنوعی و ایجاد زخم به افزایش میزان مقاومت در گیاهان علیه عوامل بیماریزا کمک می کنند. این پدیده بعنوان مقاومت القایی شناخته شده است. یکی از روش های القای مقاومت در مقابل عوامل بیماریزای گیاهان استفاده از میکروارگانیسم های مفید به عنوان همزیست در گیاهان می باشد. قارچ میکوریزای piriformospora indica روی ریشه تعداد زیادی از گیاهان گزارش شده که موجب تحریک مقاومت سیستمیک علیه عوامل بیماریزای ریشه، ساقه و برگ در گیاه شده که این حفاظت سیستمیک گیاه منجر به افزایش عملکرد می شود. این پژوهش با هدف استفاده از قارچ میکوریز p. indica در القاء مقاومت علیه بیماری بلاست (magnaporthe oryzae) در برنج انجام شده است.گیاهچه های برنج تیمار شده با قارچ میکوریز و همچنین گیاهان شاهد با سوسپانسیون اسپور قارچ بیمارگر m. oryzae تلقیح و نمونه برداری در ساعات مختلف پس از آلودگی (0، 24، 48، 72، 96) انجام شد. rnaکل از نمونه های برگی استخراج و پس از ساخت dna مکمل (cdna)، بیان ژن ها با استفاده از تکنیک quantitative real time pcr(qpcr) مورد ارزیابی قرار گرفتند. در این بررسی الگوی بیان ژن هایpr1b، pr4، pr5، pr10،lox ، npr1، wrky62وwrky85 که از جمله مهم ترین ژن های دخیل در مقاومت به بیمارگرها در گیاهان مختلف می باشند، مطالعه شدند. با بررسی میکروسکوپی و مولکولی ریشه گیاهان در کشت هیدروپونیک و خاکی، قارچ p. indica ردیابی شد که این نتایج می تواند نشان دهنده استقرار مناسب و پایدار قارچ در ریشه برنج باشد. همچنین بررسی صفات زراعی مورد مطالعه بیانگر افزایش 50 درصدی میزان پنجه زنی گیاه، 45 درصدی تعداد خوشه ،30 درصدی وزن تر و 23 درصدی وزن خشک اندام هوایی بود. این نتایج نشان دهنده اثر تحریک رشدی گیاهان برنج تیمار شده با قارچ p. indica می باشد. نتایج سنجش میزان حساسیت گیاهان تیمار شده با میکوریز و بدون میکوریز پس از تلقیح با قارچ m. oryzae نشان داد که گیاهان تیمار شده به میکوریز علایم خفیف تری از بیماری را بروز می دهند. نتایج بررسی های انجام شده روی صفات تیپ آلودگی، درصد سطح برگ آلوده و تعداد لکه های اسپورزا نشان داد که این اختلاف در کاهش علائم در گیاهان دارای میکوریز در مقایسه با گیاهان غیر همزیست معنادار می باشد. بدین ترتیب بررسی فنوتیپی از برهم کنش گیاه برنج با بیماری بلاست در حضور قارچ میکوریز p. indica نشان داد که گیاه حساسیت کمتری در برابر بیماری از خود بروز داده است. همچنین تجمع رونوشت ژن-های pr1b، pr5، pr10، npr1، lox و wrky85 در گیاهان تیمار شده با قارچ میکوریز p. indica در مقایسه با گیاهان بدون میکوریز در اثر آلودگی به بیماری بلاست برنج افزایش قابل ملاحظه ای را نشان داد. نتایج حاکی از نقش فعال قارچ میکوریز p. indica در حفاظـت گیاه برنج در مقابل بیماری بلاسـت در اثر افزایش بیان ژن های مذکور می باشد.

بیماری های گیاهی یکی از بزرگترین معضلات بخش کشاورزی بوده و سالانه خسارات اقتصادی هنگفتی به این بخش وارد می-کنند. از سوی دیگر، استفاده بی رویه از سموم جهت رفع این مشکل، خود عامل ایجاد بیماری های خطرناک، در کشاورزان و مصرف کنندگان می باشد. بنابراین، به جاست با ارائه راهکارهایی جهت تشخیص به هنگام این بیماری ها، از تبعات آن جلوگیری به عمل آید. یکی از این بیماری های مهلک، بیماری سفیدک داخلی(downey mildew) است، که درتمام مناطق دنیا مخصوصاً در اقلیم های گرم و مرطوب بیشترین خسارات را در مورد خیار و طالبی وارد آورده و در زمان کمتر از 24 ساعت سبب نابودی کل محصولات گلخانه می شود. علایم این بیماری، در مراحل اولیه، ظهور لکه های زرد رنگ و زاویه دار در سطح برگ می باشد. در پروژه حاضر، روشی جهت آشکارسازی برخط بیماری سفیدک داخلی بوته های خیار، با هدف تشخیص زودهنگام این بیماری در مراحل اولیه، جهت جلوگیری از شیوع آن در گلخانه، ارائه شده است. این امر علاوه بر جلوگیری از کاهش عملکرد محصول و بروز ضررهای اقتصادی، باعث افزایش دقت و سرعت بازرسی گلخانه و کاهش هزینه نیروی انسانی می باشد. برای رسیدن به این هدف، ابتدا توسط دوربینcanon a70 ، از درختچه های خیار در گلخانه، در شرایط نور طبیعی، تصویر برداری شد. این تصاویر در نرم افزار متلب پردازش شدند. در ابتدا در مرحله پیش پردازش، برگ ها از پس زمینه جدا شدند. این امر با بررسی هیستوگرام لایه فام (hue) تصاویر و اعمال فیلترهای مورفولوژی، جهت حذف نویز پس زمینه صورت گرفت. سپس در بخش پردازش رنگی، پس از بررسی هیستوگرام تصاویر در مدل رنگی hsv، با تکیه بر مولفه فام ، لکه ها از سطح برگ جدا و در قالب تصاویر دو سطحی (binary) ارائه شدند. در مرحله بعد با پردازش هندسی، تصاویر لکه ها از لحاظ زاویه دار بودن مورد بررسی قرار گرفتند. تأیید وجود بیماری توسط پردازش مورفولوژیکی تصاویر به این دلیل بوده که برخی بیماری ها و یا کمبودهای تغذیه ای دیگری در گلخانه خیار شیوع دارند که از لحاظ ویژگی های رنگی دارای طیف رنگی مشترک با بیماری سفیدک داخلی بوده و تنها وجه تمایز علایم بیماری سفیدک داخلی، با سایر عوارض، گوشه دار بودن لکه ها می باشد. در نهایت نتایج پردازش تصاویر بدین شکل ارائه شد: 1) در صورت عدم تشخیص بیماری در مرحله پردازش رنگی، نمونه سالم گزارش شد، 2) در صورت تشخیص بیماری تنها در مرحله پردازش رنگی، احتمال وجود بیماری اعلام گردید و 3) در صورت تشخیص بیماری، در مرحله پردازش مورفولوژیکی تصاویر، وجود حتمی بیماری در گلخانه هشدار داده شد. در نهایت الگوی تشخیص با دقت 90% موفق به آشکارسازی غیر مخرب بیماری سفیدک داخلی روی بوته های خیار شد. با توجه به قابل کنترل بودن دورربین مورد استفاده توسط رایانه، می توان با ساخت سازه ای جهت حرکت خطی دوربین در بین ردیف های کشت و تصویر برداری از درختچه ها، با استفاده از نرم افزار تهیه شده در این پروژه، به آشکارسازی بلادرنگ بیماری در گلخانه پرداخت.

آتشک گلابی (fire blight) یکی از بیماری های بسیار مهّم درختان میوه دانه دار محسوب می شود که توسط باکتری erwinia amylovora روی میزبان های مختلف خانواده گلسرخیان ایجاد می شود. علائم بیماری آتشک درختان میوه دانه-دار معمولاً اوایل بهار در گل ها ظاهر می شود. گل ها علائم آب سوختگی (water soaking) نشان داده و بعد از تغییر رنگ به قهوه ای، پژمرده شده و ریزش می کنند. علائم بیماری سپس روی برگ ها به صورت لکه های سیاه در طول رگبرگ اصلی و رگبرگ جانبی دیده می شود. چنانچه روی شاخه های آلوده میوه ای تشکیل شود، در ابتدای رشد، میوه چروکیده شده و در نهایت سیاه می شود که در مواردی با ترشح باکتری (ooze) همراه است. طی سال های گذشته شیوع بیماری آتشک در درختان میوه دانه دار در مناطق مختلف کشور، خسارت قابل توجهی را به باغداران تحمیل کرده است. اخیراً نیز، مشاهده اولیّه درختان سیب مبتلا به آتشک در ناحیه شاهین شهر و میمه و سپس وقوع این بیماری در درختان گلابی، سیب و به منطقه نطنز، معلوم نمود که استان اصفهان نیز از خسارت بیماری مصون نیست و آتشک درختان میوه دانه دار در حال گسترش در باغات این منطقه می باشد. طی این پژوهش، بر اساس مشخصات مرفولوژیکی، بیماری زایی، بیوشیمیایی و ژنتیکی، عامل بیماری آتشک درختان میوه دانه دار e. amylovora شناسایی شد. بررسی های انجام شده مشخص نمود که جدایه های مورد مطالعه به لحاظ خصوصیات بیماری زایی و بیوشیمیایی مشابه یکدیگر بوده و خصوصیات آنها با مشخصات جدایه های e. amylovora گزارش شده در منابع علمی مطابقت دارد. در بررسی های ملکولی، طی واکنش pcrبا استفاده از جفت آغازگراختصاصی b/eaa یک قطعه bp 187 در کلیه جدایه ها تکثیر شد. جفت آغازگر pea29a/b نیز قادر به تکثیر یک باند dna kb 9/0 در جدایه ها بود که توالی نوکلئوتیدی آن 99% با جدایه های گزارش شده e. amylovora از سایر مناطق دنیا شباهت داشت. بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها به روش rep-pcrبا استفاده از آغازگرهای box و eric نشان داد که جدایه های عامل بیماری آتشک در استان اصفهان با جدایه های سایر مناطق کشور اختلاف قابل توجهی ندارد. به دلیل اینکه در کنترل بیماری آتشک از آنتی بیوتیک های استرپتومایسین و تتراسیکلین و یا ترکیبات مسی استفاده می شود، تعیین حساسیت و یا مقاومت جدایه های عامل بیماری آتشک درختان میوه دانه دار در این پژوهش مورد توجه قرارگرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که هیچکدام از جدایه ها مقاومتی به سولفات مس و آنتی بیوتیک های استرپتو مایسین و تتراسیکلین ندارند. با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی در pcr نیز، ژن های کروموزومی و پلاسمیدی مربوط به مقاو مت در برابر استرپتومایسین در جدایه ها ردیابی نشد که موید حساس بودن جدایه ها در مقابل این آنتی بیوتیک می باشد. در این پژوهش، استفاده از روش های سرلوژیکی، ملکولی و تلفیق آن ها برای ردیابی جمعیت پایین باکتری e. amylovora مورد بررسی قرارگرفت. به این منظور، ابتدا آنتی سرم اختصاصی جدایه a تهیه شد و پس از اطمینان از اختصاصی بودن آن در واکنش با جدایه های e. amylovora در آزمون نشت دو طرفه در آگار، گاماگلوبین اختصاصی آن تهیه گردید. با آزمون الایزای غیرمستقیم معلوم شد که این گاماگلوبین با جدایه های e. amylovora واکنش اختصاصی ایجاد می کند و هیچ گونه اثر متقابلی با باکتری های ساپروفیت یا باکتری های بیمارگر از جنس های دیگر ندارد. استفاده از این گاماگلوبین در آزمون های bio pcr و ic-pcr نشان داد که هر دو روش قادرند جمعیت پایینی از با کتری (در حدود 1-10 واحد تشکیل دهنده پرگنه در میلی لیتر) را ردیابی نمایند که این میزان به روش الایزا در حدود 104 واحد تشکیل دهنده پرگنه در میلی لیتر برآورد شد. با روش bio pcrجمعیت بسیار کم e. amylovora در اختلاط با جمعیت قابل توجهی از باکتری های ساپروفیت در شرایط آزمایشگاهی ردیابی گردید. به روش مزبور، ردیابی e. amylovora در سطح برگ های سیب، 16 روز پس از پاشش باکتری روی برگ، موفقیت آمیز بود. به این ترتیب، روش bio pcrبه عنوان یک روش ساده، قابل اعتماد و حساس برای ردیابی سلول های زنده و فعال e. amylovora معرفی می شود.

ویروس زردی چغندرقند (beet yellows virus) یکی از مهمترین ویروس های مولد زردی در چغندرقند است که باعث خسارت شدید اقتصادی در چغندرقند می شود. این ویروس باعث زردی، ضخیم و شکنندگی در برگ های میانی و پایینی می شود. در سال های 1385 و 1386 از مزارع دو استان اصفهان و چهارمـحال و بختیاری نـــمونه برداری انجام گرفــت. نمونه های جمـع آوری شده بـا آزمون das-elisa با آنتی بادی چند همسانه ای byv مورد بررسی قرار گرفتند. از260 نمونه جمع آوری شده از استان اصفهان و 226 نمونه جمع آوری شده از استان چهار محال و بختیاری به ترتیب 34 و 21 نمونه درآزمون الایزا آلوده تشخیص داده شدند. تمامی نمونه های جمع آوری شده از استان اصفهان که در آزمون الایزا مثبت تشخیص داده شده بودند با استفاده از آغازگرهای اختصاصیbyva/c ,byva/b و byvy/z در واکنش rt-pcr به ترتیب تولید قطعات مورد انتظار در حدود bp 350، bp560 و bp670 کردند که نشان دهنده آلودگی آنها به byv بود. اما هیچیک از نمونه های جمع آوری شده از استان چهار مـحال و بختیاری که در آزمون الایزا مثـبـت تشخیـص داده شدند در واکنش rt-pcr باندی تکثیر نکردند. قطعات تکثیر شده در pcr شامل قطعات bp 350 و bp 670 بعلاوه قطعه bp1615 (تکثیر شده با جفت آغازگر byva/z) جدایه لورک پس از همسانه سازی، تعیین توالی شدند. مقایسه توالی های جدایه لورک با ابزار جستجوی blast شباهت بالای آنها را با توالی های byv موجود در genbank آشکار ساخت. همردیــف سازی دوتایی (pairwise sequence alignment) قطعه bp 1615 با توالی جدایه اوکراینی با شماره دسترسی x73476 نشان داد که این قطعه شامل سه چهار چوب ژنی(orf) می باشد که از سمت ´5 به ´3 با چهار چوب های ژنی 6 ، 7 و 8 ویروس زردی چغندر قند متناظر هستند. همردیف سازی این orf ها در سطح آمینو اسیدی بیشترین درصد یکنواختی را با جدایه اوکراینی به ترتیب به میزان 63/93، 89/98 و 05/96 درصد نشان داد. درخت تبارزایی که با استفاده از روش neighbor-joining و با 1000 بار bootstrap و بر اساس توالی ژن پروتیین پوششی (orf6) ترسیم شد ارتباط نزدیکتر جدایه لورک با جدایه اوکراینی byv نسبت به سایر جدایه های byv موجود در genbank را آشکار ساخت. در آزمایش انتقال از شته aphis fabae به منظور انتقال ویروس استفاده شد. این شته توانست byv را به چغندرقند و اسفناج در گلخانه انتقال دهد. آلودگی این گیاهان به byv توسط روش rt-pcr مورد تأیید قرار گرفت.

ویروس زردی شته زاد کدوییان (cabyv) cucurbit aphid-borne yellows virus برای اولین بار به عنوان یک عضو جدید از گروه لوتیوویروس ها و یکی از متداول ترین ویروس های آلوده کننده کدوییان در فرانسه گزارش شد. این ویروس باعث ایجاد زردی و ضخیم شدگی در برگ های پیر گیاهان آلوده می شود. در این تحقیق از گیاهان خانواده کدوییان شامل خیار (‍cucumis sativus l.)، خربزه (‍cucumis melo l.)، کدو (cucurbita sp.) و هندوانه (‍citrullus lanatus) و علف های هرز دارای علایم زردی و ضخیم شدگی برگ-های پایینی و مسن گیاه ونمونه های بدون علایم از مزارع کدوییان استان های اصفهان و هرمزگان نمونه برداری شد. از نمونه های برگی، rna کل استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr استفاده شد. آزمون rt-pcr با استفاده از آغازگر های اختصاصی cabyv ( cabyvgfو cabyvgr) انجام شد. تکثیرقطعه مورد انتظار bp 484 در بعضی از نمونه های کدو، خیار، و خربزه و علف های هرز chenopodium album، plantago major و sinapsis arvensis آلودگی آن ها به cabyv را تایید کرد. برای تکثیر ژن پروتیین پوششی (cp) ویروس، دو قطعه همپوشان مورد انتظار با اندازه هایbp 484 (با استفاده از آغازگرهای اختصاصی cabyvgfو cabyvgr) وbp 479 (با استفاده از آغازگرهای اختصاصی cabyvbfو cabycbr)در دو جدایه آقا علی عباس و رودان تکثیر شدند. محصولات pcr این دو جدایه همسانه سازی و توالی یابی شدند. مقایسه با استفاده از ابزار جستجوی blast تشابه بالای توالی های نوکلیوتیدی جدایه های آقا علی عباس و رودان را با دیگر جدایه های cabyv موجود در بانک ژن نشان داد. برای به دست آوردن توالی ژن cp، دو توالی همپوشان تکثیر شده در جدایه های آقا علی عباس و رودان مونتاژ شدند. مقایسه توالی های آمینواسیدی ژن cp جدایه های آقا علی عباس و رودان با دیگر جدایه های cabyv بیشترین درصد تشابه را با جدایه pm 0911-2از چین به ترتیب به میزان 4/98 و 9/98 و کمترین تشابه را با جدایه 37-5 از اسپانیا به ترتیب به میزان 2/90% و 7/90% نشان دادند. این نتایج توسط رسم درخت تبارزایی بر اساس توالی آمینواسیدی ژن cp تایید شد. در آزمون انتقال، شته aphis gossypii این ویروس را به خیار انتقال داد. آلودگی گیاهان خیار با استفاده از آزمون rt-pcr تایید شد.

. اعضاء جنس polerovirus از خانواده luteoviridae که باعث بروز زردی در چغندرقند می شوند شامل سه گونه beet mild yellowing virus (bmyv)، beet chlorosis virus (bchv) و beet western yellows virus (bwyv) هستند. به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات ملکولی پلروویروس های آلوده کننده چغندر قند در دو استان اصفهان و چهارمحال وبختیاری در سال های 1385 و 1386 با بازدید تعدادی از مزارع چغندرقند این دو استان، نمونه برداری انجام شد. نمونه های جمع آوری شده ابتدا با آزمون das-elisa و با استفاده از آنتی بادی چندهمسانه ای bwyv مورد بررسی قرار گرفتند. از 216 نمونه جمع آوری شده از مزارع استان چهار محال وبختیاری هیچکدام در آزمون الیزا واکنش مثبت نداشتند. ولی از 290 نمونه های جمع آوری شده در استان اصفهان پنج عدد در آزمون الیزا مثبت ارزیابی شدند. نمونه های الیزا مثبت با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی پلروویروس های آلوده کننده چغندر قند در آزمون rt-pcr مورد بررسی قرار گرفتند. از نمونه های جمع آوری شده از منطقه لورک یک قطعه bp 563 با استفاده از جفت آغازگر cp+/cp- و یک قطعه bp 441 با استفاده از جفت آغازگر mpxbm+/mpxbm- تکثیر شد که نشان دهنده ی آلودگی آن ها به bmyv بود. قطعات تکثیر شده در pcr شامل قطعات bp 563 و bp 441 مربوط به جدایه لورک همسانه سازی و تعیین توالی شدند. مقایسه قطعات توالی-یابی شده با ابزار جستجوی blast شباهت بالای آنها را با توالی پلروویروس های آلوده کننده موجود در بانک ژن آشکار ساخت. همردیف سازی چندتایی قطعات توالی یابی شده، با جدایه های موجود در بانک ژن در سطح آمینواسیدی با نرم افزار dnaman انجام شد. همردیف سازی چند تایی توالی آمینواسیدی ژن پروتیین پوششی جدایه های لورک (bmyv-la) با سایر جدایه ها، بیشترین شباهت این جدایه را با جدایه ی انگلیسی bryv-gb (af167486) به میزان 9/97% نشان داد. میزان تشابه bmyv-la با دیگر جدایه ایرانی موجود در بانک ژن bmyv-iran (af167479) به میزان 4/90% بود. همردیف سازی چندتایی توالی توالی آمینو اسیدی قطعه bp441 از ناحیه ?5 orf0 جدایه لورک با قطعات متناظر خود در جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه لورک بیشترین تشابه را با جدایه bmyv-1 (af168598) از انگلستان به میزان 98% دارد. میزان تشابه جدایه لورک با جدایه bmyv-iran به میزان 2/93% بود. در درخت تبارزایی که براساس توالی آمینواسیدی ژن پروتیین پوششی جدایه ی لورک bmyv-la و جدایه های انتخابی از بانک ژن و به روش neighbor-joining با 1000 بار bootstrap رسم شد، جدایه های چغندرقند لورک همراه با جدایه های آلوده کننده گیاهان خانواده brassicaceae در یک گروه قرار گرفتند. رسم درخت تبارزایی که براساس قسمتی ازتوالی آمینواسیدی ژن orf0 جدایه ی لورک bmyv-la و جدایه های انتخابی از بانک ژن رسم شد، نشان داد جدایه ی چغندر قند لورک همراه با جدایه bmyv-iran با جدایه های bmyv که از نظر بیولوژیکی قادر به آلوده کردن کیسه کشیش می باشند در یک گروه قرار می گیرند. قرار گرفتن جدایه لورک بر اساس توالی آمینواسیدی ژن cp واقع در ´3 ژنوم و ژن orf0 واقع در ´5 ژنوم در دو گروه متفاوت، می تواند نشاندهنده ی وقوع پدیده ی نوترکیبی در این ویروس باشد.

فایتوپلاسماها به عنوان یکی از مهم ترین عوامل ایجادکننده بیماری در روی گیاهان، خسارات فراوانی به انگور در سراسر جهان وارد می کنند. طی سال های اخیر در مناطق مرکزی ایران علائم پیچیدگی، زردی و ارغوانی شدن برگ درختان مو مشاهده شد که با علائم بیماری های فایتوپلاسمایی شباهت داشت. به منظور شناسایی و گروه بندی فایتوپلاسماهای آلوده کننده انگور منطقه مرکزی ایران، نمونه هایی با علائم فایتوپلاسمایی جمع آوری شد و استخراج dna از رگبرگ نمونه ها صورت گرفت. برای ردیابی فایتوپلاسما در نمونه ها از واکنش pcr با جفت آغازگر های عمومی ناحیه 16s rrna فایتوپلاسماها استفاده شد. به این منظور در واکنش pcr دور اول، جفت آغازگر های p1/p7 و p1a/p7a استفاده شدند. با استفاده از آغازگر p1/p7 در تعداد محدودی از نمونه ها قطعه bp 1784 تکثیر شد، ولی استفاده از آغازگر p1a/p7a منجر به تکثیر قطعه bp 1759 در تعداد بیشتری از نمونه ها شد. برای تکثیر نواحی مشخصی از قسمت داخلی ناحیه 16s-23s rrna تکنیک nested-pcr با استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r16r2 به کار گرفته شد. استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r2 در nested-pcr بعد از pcr دور اول با جفت آغازگرهای p1/p7 و p1a/p7a منجر به تکثیر قطعه bp 1239 در تعداد زیادی از نمونه های جمع آوری شده در اواخر تابستان و اوایل پاییز شد، ولی تکثیر قطعه مورد نظر در نمونه های بهاره و اوایل تابستان موفقیت آمیز نبود. برای بررسی بیشتر این نمونه ها از جفت آغازگرهای fuu5/ru3، pa2f/r و npa2f/r در nested-pcr از محصول pcr جفت آغازگر p1a/p7a استفاده شد. استفاده از جفت آغازگرها fuu5/ru3، pa2f/r و npa2f/r در نمونه های مثبت منجر به تکثیر قطعات bp 876، bp 1178 و bp 485 شد. بر اساس این نتایج استفاده از جفت آغازگرهای fuu5/ru3، pa2f/r و npa2f/r برای ردیابی فیتوپلاسمای انگور مناسب تشخیص داده شد ولی ترکیب جفت آغازگر p1a/p7a در pcr دور اول و r16f2n/r2 در دور دوم بهترین روش برای ردیابی فایتوپلاسماهای انگور ارزیابی گردید. به منظور شناسایی جدایه های عامل بیماری در نمونه های انگور جمع آوری شده، از آزمون pcr-rflp استفاده شد. به این منظور یک قطعه bp 1239 با استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r2 در واکنش nested-pcr در جدایه های مختلف تکثیر شد و سپس این قطعه توسط آنزیم های برشی hea???، hinf?، mse?، msp?(hap??)، rsa? و taq? مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. بر اساس این آزمون، جدایه های فایتوپلاسمایی در دو گروه ? و ?? طبقه بندی شدند. بر اساس آزمون pcr-rflp ده جدایه از مناطق، گهرود، سامان و فرخ شهر استان چهارمحال و بختیاری ، تیران و شهرضای استان اصفهان، ملایر استان همدان و مروست استان یزد به عنوان نماینده برای تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب گردیدند. مقایسه توالی های نوکلئوتیدی این جدایه ها با توالی های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های مورد مطالعه، دارای بیش از 99% یکنواختی با توالی گونه candidatus phytoplasma solani ثبت شده در بانک ژن می باشند. رسم درخت تبارزایی به روش neighbor-joining با 10000 تکرار، مشخص نمود که جدایه های فایتوپلاسمایی متعلق به گروه stolbur group (16srxii) ازگونه ca. phytoplasma solani می باشند. با توجه به گزارش گونه ca. phytoplasma solani از روی میزبان های دیگر در مرکز ایران، احتمالاً ناقل مشترکی در گسترش این گونه فایتوپلاسمایی نقش دارد.

جنس cucumovirus یکی از اعضای خانواده bromoviridae می باشد و سه عضو ویروس موزاییک خیار، ویروس کوتولگی بادام زمینی و ویروس بی بذری گوجه فرنگی را شامل می شود.جدایه های ویروس موزاییک خیار بر اساس روش های سرولوژیک، نقشه پپتیدی پروتئین پوششی و تشابه ژنومی rna های ویروس گروه بندی می گردند. روش های مبتنی بر pcr نسبت به روش های سرولوژیک دارای حساسیت بیشتری هستند. جدایه های ویروس موزاییک خیار بر اساس ژن ناحیه پروتئین پوششی و ناحیه غیر کد شونده انتهای ژن در دو زیرگروه اصلی i و ii گروه بندی می شوند. حدود 140 نمونه با علایم ویروس موزاییک خیار از مناطق مختلف استان های اصفهان، چهار محال و بختیاری و مرکزی انجام گرفت. پس از استخراج rna کل از نمونه های آلوده به cmv، آزمون rt-pcr با جفت آغازگر تکثیر کننده ناحیه ژن پروتئین پوششی و ناحیه غیر کد شونده انتهای ژن rna3 انجام گرفت و قطعه ی 940 جفت بازی تکثیر گردید. نواحی توالی یابی شده در تمامی جدایه های این تحقیق شامل ناحیه ی ژن پروتئین پوششی با 657 جفت باز بود که توانایی کد کردن 218 آمینواسید را دارا می باشد. نتایج حاصل از همردیف سازی توالی های حاصل از این تحقیق با توالی های موجود در بانک ژن نشان داد که تمامی جدایه های این تحقیق (به جز جدایه ماش دستگرد اسفرزه (kf873621)) با درصد تشابه 94 تا 99% تشابه در زیرگروه ia و همراه با جدایه های so، bn57، mgh91، vir، ei1، di1 و gi1 قرار گرفتند. جدایه mde (ماش دستگرد اسفرزه) با 91 تا 92 درصد تشابه همراه با جدایه های zmbj و nt9 در زیرگروه ib قرار گرفتند. در درخت فیلونی رسم شده نیز تمامی جدایه های این تحقیق در زیرگروه i ویروس موزاییک خیار قرار گرفتند. نتایج این تحقیق نشان داد که اعضای زیرگروه ia و ib روی گیاهان میزبان در ناحیه مرکزی ایران وجود دارند و این در حالی است که اعضای زیرگروه ia فراوانی بیشتری دارند و جدایه های کمی تا کنون از زیر گروه ib و ii از ایران گزارش گردیده است.

سیب زمینی با نام علمی (solanum tuberosum l.)، از نظر اهمیت غذایی و اقتصادی بعد از محصولاتی چون گندم، برنج، ذرت و جو در رتبه پنجم قرار دارد. بیماری های ویروسی از مهم ترین عوامل خسارت زای سیب زمینی در جهان و ایران محسوب می شوند. ویروس های آلوده کننده سیب زمینی از جمله ویروس وای سیب زمینی، پیچیدگی برگ سیب زمینی ، اس سیب زمینی و موزاییک یونجه در مناطق مهم سیب زمینی کاری دنیا، خسارات شدید اقتصادی را وارد می کنند. استان اصفهان و چهار محال و بختیاری از مناطق عمده کشت سیب زمینی در ایران به شمار می روند و ویروس های مزبور در این مزارع شیوع گسترده ای دارند. هر چند تاکنون روش های مختلفی برای تشخیص عوامل ویروسی سیب زمینی ارائه شده است، ولی امروزه روش واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) به عنوان روشی حساس، سریع و آسان کارایی بسیار بالایی در تشخیص این ویروس ها دارد. ویژگی منحصر به فرد این روش در تشخیص همزمان چند ویروس(multiplex rt-pcr) باعث کاهش هزینه ها و زمان آزمایش می گردد. با توجه به بالا بودن میزان آلودگی مزارع سیب زمینی به ویروس در ایران و نیاز کشور به تولید غده های بذری سالم و عاری از ویروس ها، طراحی و بهینه سازی multiplex rt-pcr جهت ردیابی همزمان ویروس های مهم سیب زمینی از نیازهای ضروری آزمایشگاه های تحقیقاتی و کلینیک-های تشخیص بیمار ی های گیاهی می باشد. به این منظور، در این تحقیق ردیابی همزمان pvy، pvs، plrv و amv از غده های سیب زمینی مزارع اصفهان و چهارمحال و بختیاری به روش multiplex rt-pcr مورد توجه قرار گرفت. نمونه برداری از مناطق سیب زمینی کاری استان اصفهان )چادگان، داران، دامنه، فریدن و فریدون شهر( و در استان چهارمحال و بختیاری )بروجن و فرادنبه( از بوته های سیب زمینی واجد علایم ویروسی موزاییک، پیچیدگی برگ ، راست ایستادن بوته و لکه های زرد روشن(calico) انجام گرفت. همچنین از نمونه های موجود در گلخانه دانشگاه صنعتی اصفهان نیز استفاده شد. استخراجtotal rna هر یک از نمونه ها به طور جداگانه از برگ گیاهان دارای علایم ویروسی طبق روش کانونتاپیپت و همکاران انجام شد. ساخت cdna و انجام واکنش pcr به کمک آغازگرهای هر ویروس به صورت جداگانه، ترکیب دوتایی و مخلوط هر چهار ویروس انجام شد. بهینه سازی واکنش multiplex rt-pcr با اعمال تغییرات در غلطت آغازگرها، کلرید منیزیم و دمای اتصال آغازگر ها انجام شد. ردیابی همزمان pvy، pvs، plrv و amv همراه با 18s rrna به عنوان کنترل داخلی ابتدا با استفاده از روش duplex rt-pcr به صورت دو به دو سپس با استفاده از روش multiplex rt-pcr به صورت چهارتایی با استفاده از جفت آغازگرهای (pvycpcecorii/pvycpvbamhi، plrv-fkhr/plrv-fkhf، pvs-r/pvs-f و amv-r/amv-f) و آغازگر 18s rrna-r/18s rrna-f به عنوان کنترل داخلی به طور همزمان انجام شد. نتایج نشان داد که جفت آغازگر pvycpcecorii/pvycpvbamhiباند bp801، جفت آغازگر pvs-r/pvs-f باند bp684، جفت آغازگر amv-r/amv-fباند bp415، جفت آغازگر plrv-fkhr/plrv-fkhf باندbp 336 و جفت آغازگر 18s rrna-r/18s rrna-f باند bp 255 را به عنوان کنترل داخلی تکثیر کردند. همچنین با بهینه سازی و انجام تغییرات در مقدار غلظت کلرید منیزیم، آغازگرها، زمان گسترش و دمای اتصال آغازگرها، چهار ویروس pvy، pvs، plrv و amv به همراه 18s rrna با موفقیت ردیابی شدند. به این ترتیب معلوم شد که می توان از روش بهینه سازی شده multiplex rt-pcr به عنوان روشی حساس، دقیق، سریع و قابل اعتماد در ردیابی همزمان ویروس های مهم سیب زمینی استفاده نمود

بیماری های گیاهی در کاهش کمی و کیفی محصولات کشاورزی تاثیر قابل توجهی دارند. ویروس ها به عنوان یکی از مهمترین عوامل بیماری زای گیاهی، باعث خسارت قابل توجهی به محصولات زراعی می شوند. در کدوئیان از جمله خیار، ویروس های متعددی باعث ایجاد بیماری می شوند که اغلب تولید علائم موزاییکی روی برگ و میوه می کنند.یکی از مهمترین ویروس های آلوده کننده کدوئیان،ویروس آبله ای شدن برگ یا به عبارتی بیماری موزاییک خیار با نام علمی cucumber mosaiv virus است که گسترش جهانی و دامنه میزبانی وسیعی دارد. خسارت این بیماری در ایران زیاد است و در مزارع خیار میزان کاهش محصول ناشی از این بیماری را تا یک سوم برآورد نموده اند. استفاده از حشره کش برای محافظت از محصول در مقابل بیماری و آفت نه تنها هزینه تولید محصول را بالا می برد، بلکه خطر باقیماندن سموم در محصولات کشاورزی را افزایش می دهد. تشخیص زود هنگام علائم بیماری یا حضور اولیه ی آفت (شته) یک نقطه کلیدی در زمینه ی مدیریت آفات و کنترل بیماری است. علائم این بیماری، در مراحل اولیه، ظهور لکه های رنگ پریده (لکه های سبز روشن در زمینه سبز تیره یا بلعکس) در سطح برگ می باشد. به علت شرایط دمایی و رطوبتی در گلخانه، تصمیم سریع برای کنترل بیماری و آفات به منظور جلوگیری از انتشار و آلودگی دائمی گلخانه ضروری است. از این رو در پروژه حاضر، اقدام به طراحی، ساخت و ارزیابی یک سیستم متحرک در گلخانه جهت تشخیص علائم موزاییک در خیار و کدو، به کمک عکسبرداری و پردازش تصویر در طیف مرئی شد. برای رسیدن به هدف ابتدا در شرایط کنترل شده گلخانه، گیاهان خیار و کدو کاشته شدند؛ سپس به منظور تولید علائم موزاییکی، از ویروس موزاییک خیار جهت تلقیح گیاهان استفاده شد. بعد از بروز علائم ظاهری، از آن ها به کمک سامانه متحرک در گلخانه، در شرایط نور طبیعی و با دوربین canon s110، عکسبرداری شد. این تصاویر در نرم افزار متلب و به کمک الگوریتم gmr، جهت جداسازی سایه انداز گیاه از پس زمینه (خاک و بقیه اجزای گلخانه)، پردازش شدند و 31 ویژگی رنگی از کلیه تصاویر استخراج شد. به منظور دسته بندی گیاهان سالم از گیاهان دارای علائم موزاییکی، از شبکه عصبی مصنوعی استفاده شد که ورودی آن، ویژگی های استخراج شده از مرحله قبل بود. شبکه بهینه ای که برای دسته بندی گیاهان دارای علائم موزاییکی از گیاهان سالم، انتخاب شد؛ یک شبکه عصبی مصنوعی با اختصاص 70% داده ها به داده های آموزش، 15% به داده های اعتبار سنجی و 15% به داده های تست بود. جهت آموزش شبکه از تابع آموزش trainscg و از تابع آستانه گذاری sigmoid برای لایه میانی و لایه خروجی استفاده شد. شبکه مورد نظر، سه لایه (ورودی، پنهان و خروجی)، با 31 ورودی، 27 نرون در لایه پنهان، یک نرون در لایه خروجی و با توپولوژی 2-27-31 بود. دقت دسته بندی تصاویر گیاهان سالم از گیاهان دارای علائم موزاییک، که توسط سامانه متحرک در گلخانه، تهیه شده بوند با استفاده از شبکه عصبی مورد نظر 100% بود، یعنی هیچ گیاه سالمی به اشتباه بیمار و هیچ گیاه بیماری به اشتباه سالم ارزیابی نشدند.

ویروییدها به عنوان کوچکترین بیمارگرهای گیاهی، از یک مولکولrna حلقوی تشکیل شده و بیماری های مخربی را در گیاهان ایجاد می کنند. تا کنون در مو پنج ویرویید شامل ویرویید لکه زرد مو1 grapevine yellow speckle viroid-1 (gysvd-1)، ویرویید لکه زرد مو2 grapevine yellow speckle viroid- 2 (gysvd-2)، ویرویید کوتولگی رازک hop stunt viroid (hsvd)، ویرویید استرالیایی موaustralian grapevine viroid (agvd) و ویرویید اگزوکورتیس مرکبات citrus exocortis viroid (cevd) شناسایی شده اند. با توجه به عدم وجود اطلاعات در مورد پراکندگی و خصوصیات مولکولی این ویروییدها در استان های مرکزی ایران نمونه برداری از تاکستان های چهار استان اصفهان، چهارمحال و بختیاری، یزد و مرکزی در بهار و تابستان 91 بر اساس علایم لکه زردی و رگبرگ زردی برای دو ویرویید gysvd1 و gysvd2 و در مورد سه ویرویید دیگر با توجه به اینکه فاقد علایم می باشند، به صورت تصادفی انجام شد. rna کل از برگ های جمع آوری شده استخراج شد و به عنوان الگو درآزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی ویرویید های مو شامل gysvd1-mf/gysvd1-mr1، gysvd1_h/gysvd1 c4+، gysvd1_h/gysvd1_c /gysvd1 c4+، gysvd2 h1/gysvd2 c1-، hsvd h2+/hsvd c3-، hsvd_87/hsvd_83m، agvd h2+/agvd c2- و agvd h1+/agvdc1- استفاده شد. در آزمون rt-pcr از بین 120 نمونه جمع آوری شده به ترتیب 120 ، 33، 46 و 40 نمونه به hsvd، agvd ، gysvd-1 و gysvd-2 آلوده تشخیص داده شدند. همچنین هیچ نمونه ای آلوده به cevd شناسایی نگردید. آزمون multiplex rt-pcr برای شناسایی هم زمان چهار ویرویید agvd، hsvd، gysvd-1 و gysvd-2 توسط مخلوطی از آغازگرهای gysvd1-mf/gysvd1-mr1، gysvd2 h1/gysvd2 c1-، hsvd_87/hsvd_83m و agvd h2+/agvd c2- انجام شد و باند های bp130، bp250، bp 300 و bp 370 به ترتیب مربوط به agvd، gysvd-2، hsvd و gysvd-1 مشاهده گردید. محصول pcr یا همسانه تمام طول ژنوم مربوط به 23 جدایه از ویرویید های مو از مناطق مختلف جغرافیایی انتخاب و تعیین توالی شدند. نتایج حاصل از هم-ردیف سازی نشان دهنده میزان تشابه بالا (بیش از 90%) بین جدایه های توالی یابی شده با جدایه های موجود دربانک ژن بود. جدایه های میمه و خاتم agvd بیشترین (7/99%)و کمترین (3/97%) میزان تشابه را به ترتیب با جدایه مراغه با شماره دسترسی jq686701 و جدایه ایران با شماره دسترسی fj940923 نشان دادند. بیشترین و کمترین میزان تشابه جدایه های hsvd مربوط به جدایه سامان ، محلات و شهرضا با جدایه ای از چین با شماره دسترسی dq371459 و جدایه خاتم با جدایه ایران با شماره دسترسیjx430795 به ترتیب به میزان 100% و 3/92% بود. در جدایه های gysvd1 بیشترین میزان تشابه مربوط به جدایه های محلات، میمه و شهرضا با جدایه ای از ایتالیا با شماره دسترسیaf462167 به میزان 8/97% وکمترین میزان تشابه مربوط به جدایه گهرو با سه جدایه از چین، ایران و ایتالیا به ترتیب با شماره های دسترسی gu170805، jn008866 و af462167 به میزان 1/95% بود. جدایه گهرو gysvd2 بیشترین میزان تشابه را با جدایه ای از چین با شماره دسترسی dq377131 به میزان 4/99% و کمترین میزان تشابه را جدایه های میمه و تیران با جدایه ایران با شماره دسترسی jn008867 به میزان 3/98% نشان دادند. درخت تبارزایی بر اساس توالی تمام طول ژنوم ویروییدها به روش neighbor-joining با 10000 بار تکرار رسم شد. نتایج حاصل از درخت تبارزایی نشان دهنده عدم تفکیک جدایه های ویروییدی بر اساس منطقه جغرافیایی بود. نتایج حاصل از این تحقیق پراکندگی بالای ویروییدهای مو در استان های مرکزی ایران و میزان تشابه بالای نوکلئوتیدی آن ها با سایر توالی های موجود در بانک ژن را نشان داد.

سیب درختی (malus domestica borkh) عضوی از خانواده گلسرخیان (rosaceae) بوده و سازگار با آب و هوای خنک می باشد. ویروس ساقه شیاری سیبapple stem grooving virus (asgv) عضوتیپ جنس capillovirus، ویروس ساقه آبله ای سیب apple stem pitting virus (aspv) عضو تیپ جنس foveavirus و ویروس لکه سبزرد برگ سیب apple chlorotic leaf spot virus (aclsv) عضو تیپ جنس trichovirus متعلق به خانواده betaflexiviridae، از مهمترین ویروس های بیماری زای سیب محسوب می شوند. آلودگی این ویروس ها در سیب عمدتا فاقد علایم است و باعث کاهش 60 درصدی محصول به ویژه در آلودگی های مخلوط می شوند. توسعه روش های تشخیص سریع، دقیق و حساس برای اتخاذ روش های مدیریتی صحیح به منظور کنترل بیماری های ویروسی ضروری به نظر می رسد. هدف از این تحقیق بهینه سازی یک روش multiplex rt-pcrبرای تشخیص همزمان asgv، aspv و aclsv می باشد. به این منظور نمونه برداری از باغات سیب استان های اصفهان، لرستان، چهارمحال و بختیاری و مرکزی در فصول مختلف سال های 91 و 92 انجام شد. از برگ ها و شکوفه های درختان سیب جهت استخراج rna total استفاده شد و از آن به عنوان الگو در آزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asgv-f/asgv-r برای asgv، aspa/aspc برای aspv و a52/a53 برای aclsv استفاده شد. آلودگی نمونه ها به ویروس های asgv، aspv و aclsv در آزمون rt-pcr به ترتیب با تکثیر قطعات bp713، bp264 و bp 358 تایید شد. تمامی باند های تکثیر شده تعیین توالی شدند و نتایج حاصل از blast نشان دهنده ویروسی بودن آن ها بود. تشخیص همزمان asgv، aspv و aclsv ابتدا با استفاده از duplex rt-pcr به صورت ترکیب دوتایی جفت آغازگر های اختصاصی ویروس ها و سپس با استفاده از multiplex rt-pcr با جفت آغازگرهای اختصاصی هر سه ویروس انجام گردید. نتایج حاصل نشان دهنده کارایی multiplex rt-pcr در تشخیص همزمان asgv، aspv و aclsv بود. صدوده نمونه جمع آوری شده با استفاده از آزمون multiplex rt-pcr بررسی شدند. نتایج حاصل نشان داد 70 نمونه به ویروس asgv، 53 نمونه به ویروس aspv و 35 نمونه به ویروس aclsv آلوده بودند. میزان آلودگی مخلوط در بین نمونه های جمع آوری شده 37%، 24%، 19% و 16% به ترتیب برای aspv+asgv، asgv+aclsv، aspv+aclsv و asgv+aspv+aclsv برآورد گردید. بر اساس دانش ما، این اولین گزارش در مورد استفاده از روش multiplex rt-pcr در تشخیص همزمان ویروس های سیب در ایران می باشد. نتایج این تحقیق نشان داد که روش multiplex rt-pcr روشی حساس، دقیق، سریع، مقرون به صرفه و قابل اطمینان برای ردیابی همزمان ویروس های مهم درختان سیب می باشد.

نماتد سیستی چغندرقند heterodera schachtii schmidt، یکی از مخرب ترین بیمارگرهای چغندرقند به شمار می آید. به طوری که گسترش مناطق آلوده به این نماتد، کشت این محصول را به مخاطره انداخته است. هر چند استفاده از روش های مختلف زراعی و شیمیایی در مواردی توانسته است خسارت این نماتد را کاهش دهد، ولی محدودیت ها و خطرات زیست محیطی هر یک از روش های فوق باعث ادامه تلاش جهت جست و جوی روش های موثرتر و کم خطرتر برای مدیریت نماتد سیستی چغندرقند شده است. باتوجه به گسترش روزافزون مناطق آلوده به نماتد سیستی چغندرقند در کشور، ضرورت استفاده از ارقام مقاوم به عنوان یکی از بهترین روش های کاهش خسارت این بیمارگر مورد توجه قرار گرفته است. در این تحقیق از 11 ژنوتیپ مختلف، به منظور بررسی مقایسه عکس العمل ژنوتیپ های چغندرقند به نماتد سیستی استفاده شد. آزمایش در دو بخش گلخانه ای و درون شیشه و به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با پنج تکرار انجام شد. در شرایط گلخانه، در آزمایش اول به منظور بررسی عکس العمل ژنوتیپ های چغندرقند به نماتد مذکور، گیاهچه های چغندرقند کاشته شده در گلدان در مرحله چهار برگی توسط 1000 عدد تخم و لاروسن دوم نماتد مایه زنی شدند. در آ‍زمایش دوم به منظور بررسی میزان نفوذ لاروهای سن دوم در ریشه ژنوتیپ های مختلف چغندرقند، 1000 عدد تخم و لاروسن دوم نماتد به گیاهچه های موجود در لیوان حاوی ماسه ضد عفونی شده مایه زنی شدند. ارزیابی نتایج در آ‍زمایش اول 10 هفته و در آزمایش دوم پنج هفته پس از مایه زنی، با استفاده از شاخص های رشد و نموی گیاه و نماتد صورت گرفت. تجزیه واریانس داده ها با استفاده از نرم افزار آماریsas و مقایسه میانگین ها با روش دانکن در سطح احتمال یک درصد انجام شد. در شرایط درون شیشه، به منظور مقایسه ژنوتیپ ها از نظر نفوذ لاروسن دوم، از جوانه زنی بذر های چغندرقند درون ظروف پتری استفاده شد. به منظور بررسی موفقیت عمل مایه زنی گیاهچه ها ، پتری ها به طور روزانه در زیر میکروسکوپ مورد مشاهده قرار گرفتند و تعداد سیست-های تشکیل شده مشاهده شدند. بررسی عکس العمل ژنوتیپ های مختلف چغندرقند نسبت به نماتد سیست نشان داد که از نظر تعداد سیست تشکیل شده روی ریشه، ژنوتیپ های f-20314 وf-20710 با کمترین تعداد سیست جزء ژنوتیپ های مقاوم و ژنوتیپ های جام، sbsi005، جلگه و شیرین با بیشترین تعداد سیست جزء ژنوتیپ های حساس به شمار می آیند. نماتد اثر معنی داری در اکثر شاخص های رشدی ژنوتیپ های چغندرقند شامل ارتفاع گیاه، طول ریشه، وزن تر و وزن خشک گیاه ایجاد کرد، اما نتایج حاصل از این بررسی نشان دهنده تأثیر کم نماتد سیست بر میزان عیار قند ریشه بود، به بیان دیگر اختلاف معنی داری بین تیمار ها مشاهده نشد. نتایج تجزیه واریانس داده ها نشان دهنده اثر معنی دار نماتد بر میزان کلروفیل و کارتنویید برگ ارقام چغندر قند آلوده به نماتد بود به طوری که ژنوتیپ های جام،f-20314 وf-20543 به ترتیب کمترین و ژنوتیپ های f-20656 و f-20447 بیشترین میزان کاهش کلروفیل و کارتنویید را نشان دادند. نتایج تجزیه واریانس و مقایسه میانگین تعداد سیست تشکیل شده روی ریشه ژنوتیپ های چغندرقند در شرایط درون شیشه نشان دهنده اختلاف معنی دار بین تیمار ها بود. لازم به ذکر است که نتایج حاصل از این آزمایش با نتایج آزمایش های گلخانه ای تطابق زیادی نشان داد. به نظر می رسد با بررسی همزمان در شرایط گلخانه و آزمایشگاه، بتوان ژنوتیپ های مقاوم و حساس به نماتد مولد سیست را تفکیک نمود .

چکیده ندارد.

با توجه به تغییرات روزافزون سیستم های تولید کشاورزی، کشاورزان هم در کشورهای در حال توسعه و هم در کشورهای صنعتی در راستای توانمندسازی فعالان اقتصادی، نیازمند دانش و مهارت های مدیریتی جدید هستند. یکی از علل تولید ناکافی محصولات کشاورزی، در کشورهای در حال توسعه، استمرار استفاده از روش های سنتی و قدیمی و عدم آگاهی و توجه آنها به روش های علمی و جدیداست. با این وجود اینکه شاهد پیشرفت های علمی زیادی هستیم که در زمینه های مختلف مدیریت مزرعه تا به امروز صورت گرفته است اما فاصله قابل توجهی در تصمیم گیری کشاوزان و توصیه ها و توقعات سازمان های تحقیقاتی وجود دارد. یکی از دلایل این فاصله را می توان در دانش کم کشاورزان و دیگری را در عدم توجه لازم به نقش کشاورزان در تصمیم گیری ها در سطوح مختلف دانست. در اهمیت مبارزه با آفات همین بس که با وجود مصرف سالانه سه میلیارد تن آفت کش در دنیا، بیشتر از 40 درصد محصولات کشاورزی در اثر حمله حشرات، بیماری ها و علف های هرز از بین می رود. هدف از پژوهش حاضر شناخت و ارزیابی عوامل موثر بر سطح تصمیم گیری کشاورزان استان اصفهان در مدیریت مبارزه با آفات برنج می باشد. این پژوهش در شش شهرستان استان اصفهان که بیشترین سطح زیر کشت را در استان دارا می باشند انجام شد. پس از طراحی پرسشنامه و طی یک مطالعه مقدماتی، حجم نمونه 170 نفر برآورد شده، و سپس روایی و پایایی متغیرها کاملا مورد تأیید قرار گرفت. تحلیل داده های پژوهش با استفاده از جداول توافقی و آزمون کای دو، ضرایب همبستگی پیرسون، اسپیرمن، کندال تائو، فی و کرامر، روش تحلیل خوشه ای، آزمون مقایسه میانگین، رگرسیون چند متغیره و تحلیل مسیر انجام شد. نتایج نشان می دهد که سطح تصمیم گیری کشاورزان استان اصفهان در مدیریت مبارزه با آفات ضعیف می باشد و بین سطح تصمیم گیری کشاورزان مناطق مختلف تفاوت معنی دار وجود دارد. بیشترین تأثیر بر سطح تصمیم گیری کشاورزان در مدیریت مبارزه با آفات اختصاص به مهارت های مدیریتی کشاورز دارد. همچنین، متغیرهای "درآمد حاصل از کشت برنج"، "شغل اصلی برنجکار"، "سطح تحصیلات"، "سطح زیر کشت برنج"، "فاصله تا مرکز استان"، "مکانیزه بودن برداشت"، "میزان برخورداری از آموزش"، "میزان برخورداری از رسانه ها"( شامل رادیو و کتاب و نشریات ترویجی)، " تأثیرپذیری از ناظرین طرح برنج"، "میزان استفاده از دستورالعمل سموم" و میزان عضویت در تشکل ها"، با متغیر وابسته تحقیق دارای رابطه مثبت و معنی دار می باشند. تأثیر فروشندگان سموم بر سطح تصمیم گیری کشاورزان در مدیریت مبارزه با آفات نیز دارای رابطه ای منفی و معنی دار می باشد. نتایج تحلیل مسیر نیز حاکی از آن است که پنج متغیر "مهارت فنی"، "مهارت ادراکی"، "تحصیلات"، "میزان عضویت در تشکل ها"، و "درجه مکانیزه بودن برداشت برنج"، 74/1 درصد از تغیرات متغیر وابسته تحقیق را تبیین می کند.