باکتری (pss) pseudomonas syringae pv. syringae عامل بیماری های متعددی روی محصولات زراعی و باغی می باشد یکی از مهمترین بیماری های ناشی از این باکتری شانکر، لکه برگی و نکروز پوست در درختان میوه هسته دار (هلو، شلیل، زردآلو، آلو و گیلاس) است. به منظور بررسی همسانی یا تنوع جدایه های عامل شانکر و لکه برگی باکتریایی درختان میوه هسته دار، طی سال های 1386-1388 نمونه برداری از باغ های درختان میوه هسته دار واقع در مناطق مختلف استان های اردبیل، گیلان، مازندران و خراسان رضوی صورت گرفت. علائم بیماری در درختان آلوده به صورت زخم های نکروزه، ترشح صمغ روی جوانه ها، سرشاخه ها و تنه مشاهده گردید. جهت جداسازی عوامل بیماریزای باکتریایی، نمونه ها از بافت های آلوده جوانه، برگ، شاخه و تنه تهیه و در آب مقطر در تشتک استریل خرد شده و 100میکرولیتر از عصاره به دست آمده روی محیط های na، ydc و kb کشت داده شد و تک پرگنه های در حال رشد انتخاب و خالص سازی گردیدند. باکتری های جداشده بر اساس آزمون های گروه lopat و gatta، pss شناسایی شدند. در کل 70 جدایه به دست آمده مورد بررسی های فنوتیپی (مورفولوژیکی، فیزیولوژیک و بیوشیمیایی) و الکتروفورز پروتئین محلول سلولی ( sds-page) قرار گرفتند. جدایه ها بر اساس خصوصیات فنوتیپی و الگوی پروتئین های سلولی اختلافات جزئی نشان دادند. به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایه های pss، dna ژنومی استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با روشهای eric، rep و box-pcr (rep-pcr) به کار برده شدند. محصول های تکثیر شده در ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntsys-pc برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. آنالیز خوشه ای نتایج به دست آمده نشان داد که در eric-pcr در سطح تشابه 75 درصد، جدایه ها به 8 گروه، با rep-pcr به 5 گروه و در box-pcr به 7 گروه و با ترکیب همه آغازگرها به 9 گروه تقسیم شدند. نتایج نشانگر وجود تنوع ژنتیکی درون جدایه های pss عامل بیماری شانکر درختان میوه هسته دار بود.

با افزایش رقابت در صنعت دامپروری، تولید کنندگان از تکنولوژی dna نوترکیب همانند ایجاد باکتری های نوترکیب با منشاء شکمبه ای بهره می گیرند. بدین ترتیب با کاهش معایب افزودنی های آنزیمی باعث افزایش بازدهی نشخوارکنندگان می شوند. روش های انتقال ژن همانند ترانسفورماسیون و ترانس داکشن در شکمبه به علت فراوانی اندونوکلئازها در مایع شکمبه و با ایزوله نشدن باکتریوفاژها بعید به نظر می رسد در حالی که کانژوگاسیون کاربردی ترین سیستم انتقال ژن در شکمبه گزارش شده است. در این تحقیق برای اولین بار کلونینگ ژن آلفا آمیلاز در یک وکتور ساختگی pgfk114.1 صورت گرفت. ژن آلفا آمیلاز مورد استفاده از یک باکتری باسیلوسی جداسازی و در وکتور بیانی pet28aکلون شده بود که با توجه به دارا بودن خصوصیت آنزیمی متناسب با محیط شکمبه مورد استفاده قرار گرفت. بدین منظور ابتدا پرایمر برای تکثیر مورد نظر و انجام کلونینگ در وکتور انتقالی، طراحی شد. پس از تکثیر، ژن در وکتور e.coliکانژوگاسیون صورت گرفت که جهت این عمل نیاز به وکتور کمکی prk231 بود که به همراه وکتور انتقالی به روش مذکور انتقال صورت گرفت. جهت تائید انتقال و بیان ژن در باکتری شکمبه ای، غربالگری و جداسازی باکتری های بی هوازی از جمله باکتروئید صورت گرفت و سپس کانژوگاسیون بین سویه های e.coli و باکتروئیدهای جدا شده انجام پذیرفت و یکی از باکتروئید ها که فاقد ژن آمیلاز بود قادر به دریافت و بیان ژن پس از انجام کانژوگاسیون شد که نتیجه فوق با ژن مارکر مقاومت به آنتی بیوتیک سفوکسیتین تآیید گردید. جهت شناسایی باکتروئید فوق طراحی پرایمرrrna 16s انجام گرفت.

به منظور بررسی موقعیت تاکسونومیکی سه گروه از جدایه های این گونه که عامل بیماری لکه برگی خاکشیر تلخ، نوار قرمز نیشکر و لکه زاویه ای ختمی خواب آلود هستند، 96 جدایه باکتری بدست آمده از گیاهان آلوده با 30 جدایه از چهار میزبان مختلف و 17 جدایه مرجع مقایسه گردید. در این مطالعه، بررسی پلی فازی با استفاده از مجموعه ای از روش های مرفولوژیکی، فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی، بررسی نقوش پروتئین های سلولی، تعیین مقدماتی دامنه میزبانی، تهیه و مقایسه پروفیل اسیدهای چرب سلولی، ردیابی تولید زهرابه های نیمه اختصاصی، انگشت نگاری dnaی ژنومی، همسانه سازی و تعیین توالی بخشی از اپران ریبوزومی، مقایسه توالی چند ژنی و بررسی میزان همولوژی dna، انجام شد. براساس یافته های این تحقیق، جدایه های عامل بیماری لکه برگی خاکشیر تلخ به عنوان یک پاتووار جدید و متعلق به گونه ژنومی سه معرفی گردید. همچنین باکتری های جداسازی شده از نیشکر و ختمی خواب آلود از نظر فنوتیپی بسیار شبیه به پاتووار p. s. pv. syringae بوده اما از نظر ژنتیکی و میزان قرابت فیلوژنتیکی شباهتی به گروه های قبلی نشان ندادند. همچنین بر مبنی ویژگی های متفاوت ژنوتیپی و بخصوص تفاوت در دامنه میزبانی می توان جدایه های بیماری زا در نیشکر و ختمی خواب آلود را به عنوان پاتووار جدید نامگذاری نمود، گرچه به نظر می رسد این باکتری ها به گونه های جدید و توصیف نشده ای متعلق هستند. نتایج بررسی های مختلف نشان داد که مقایسه چند ژنی برای درک موقعیت تاکسونومیکی جدایه های مذکور کارآمد ترین روش بود، اما اطلاعات آن به تنهایی در تفکیک پاتووارهای منتسب به p. s. pv. syringae، کافی نیست. به نظر می رسد تا تکمیل اطلاعات مربوط به مقایسه چند ژنی، به منظور درک روابط تاکسونومیکی این گروه، بررسی میزان همولوژی dna ضروری است.

چهار گروه آسفالتین ها، هتروسیکلیک ها، آلیفاتیک ها و آروماتیک ها از اصلی ترین آلاینده های شیمیایی محسوب می شوند که بدلیل داشتن حلقه های بنزنی جزو ترکیبات پایدار هستند. کاهش این آلاینده ها بوسیله میکروارگانیسم ها طی تجزیه زیستی صورت می گیرد. مهمترین هدف تجزیه زیستی تبدیل آلودگی های ارگانیک به متابولیت های بی خطر یا تبدیل این آلودگی ها به دی اکسید کربن و آب است. دریاچه خزر یک اکوسیستم محدود است. در نتیجه آلاینده هایی که از طریق رودخانه ها به آن راه پیدا می کنند، تجمع یافته و اثری شگرف بر آبزیان منطقه دارند. با توجه به اهمیت این موضوع قابلیت تجزیه کنندگی باکتری های دریازی موجود در این اکوسیستم مورد بررسی قرار گرفت. برای دستیابی به این هدف، 4 نمونه در 3 تکرار، از عمق های مختلف، شامل نواحی ساحلی، نواحی کم عمق، نواحی عمیق و نواحی خیلی عمیق رودخانه های تالار رود، سفیدرود و منطقه فرح آباد ساری تهیه شد و در ظروف استریل به آزمایشگاه منتقل گردید. نمونه های تهیه شده روی دو محیط مختلف در دمای 30 درجه به مدت 10-1 روز کشت شدند. باکتری های رشد یافته بصورت تک کلونی جداسازی و سپس خالص سازی شدند. برای بررسی اثر تجزیه کنندگی، 3 محیط انتخابی در 3 تکرار استفاده شد. باین ترتیب 10 ترکیب شیمیایی، تحت آزمون تجزیه کنندگی توسط 30 ایزوله باکتریایی قرار گرفتند. dna ژنومی 13 ایزوله که قابلیت تجزیه کنندگی داشتند، استخراج شد و با استفاده از آغازگرهای عمومی، ژن 16s rrna تکثیر و تعیین ترادف شد. نتایج حاصل از 22 آزمایش شیمیایی و بررسی های مولکولی منجر به شناسایی 2 ایزوله bacillus pumilus، 5 ایزوله pseudomonas aeruginosa شد که قادر به تجزیه سه ماده دی فنیل آمین، آمسونیک اسید و لاورانت اسید هستند. همچنین ایزوله photobacterium ganghwense و halobacillus sp.، که قادر به تجزیه دی فنیل آمین به کتکول است. یک ایزوله vibrio vulnificus با قابلیت تجزیه آمسونیک اسید مورد شناسایی قرار گرفت. در این تحقیق یک ایزوله bowmanella sp. شناسایی شد که مطابق با اطلاعات موجود در بانک اطلاعات داده، دارای 96% تشابه با bowmanella pacifica است. توالی مربوط به این ایزوله بطول 1494 جفت باز با شماره دسترسی jq433552 در این پایگاه ثبت شد. از آنجایی که کمیته بین المللی طبقه بندی پروکاریوت ها مرز بین گونه ها را 7/98? اعلام نموده، این ایزوله بعنوان گونه ای جدید از این جنس قابل معرفی است. این ایزوله همچنین قادر به تجزیه mgl-1 60 برم آمینیک اسید است که محصول این تجزیه فتالیک اسید است.

با توجه به اهمیت بیماری بلاست مرکبات در شمال کشور و خسارت شدیدی که برخی از سال ها به اندام های رویشی و زایشی وارد می کند، بررسی بیماری و عامل آن ضروری به نظر می رسد. به منظور بررسی تنوع باکتری عامل طی سال های 1385-1387 از بافت های دارای علائم بلاست در باغات مختلف مرکبات اطراف ساری، نمونه برداری انجام گرفت. با کشت نمونه ها بر روی آگار مغذی 63 جدایه انتخاب و آزمون های تکمیلی بر روی آنها انجام گرفت. بر اساس منفی بودن واکنش اکسیداز، عدم هیدرولیز ژلاتین، تولید لوان، واکنش متفاوت در لهانیدن ورقه های سیب زمینی، ایجاد فوق حساسیت روی شمعدانی و توتون جدایه ها به عنوان pseudomonas viridiflava شناسایی شدند. جدایه ها کاتالاز تولید نموده و ژلاتین، اسکولین، توئین 80 راهیدرولیز کردند ولی آمیلاز تولید نکرده و در تحمل نمک طعام 5% متغیر بودند. جدایه ها از مانیتول، سوکروز، اینولین، رافینوز، دی سوربیتول، ال آرابینوز، گلیسرول، دکسترین، اریتریتول، زایلوز، لاکتات، پیرووات، آسپارتات، مالونات، فومارات، سیترات و مالات استفاده ولی از ال رامنوز، دی ملزیتوز، ژرانیول، دی-ال متیونین، ال تارتارات، پروپیونات و بنزوآت استفاده نکردند و در استفاده از دی تارتارات و دی سالیسین متغیر بودند. بر اساس نقوش الکتروفورزی پروتئین های سلولی جدایه ها دارای شباهت زیادی بوده ولی تا حدودی با جدایه استاندارد pv تفاوت داشتند. در آزمون بیماریزایی پس از 3 تا 7 روز لکه های نکروزه روی برگ های نارنج (citrus aurantium ) و لمون (c.limon) مشاهده گردید. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه ها از واکنش زنجیره ای پلیمراز box-pcr، eric-pcr و rep-pcr استفاده گردید. بر اساس درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده جدایه ها در سطح تشابه 68 درصد در سه گروه ژنتیکی قرار گرفتند. این گروهبندی ژنومی نشان داد که جدایه های p. viridiflava، عامل بلاست مرکبات در درون خود نیز دارای تنوع قابل توجهی بوده و این تنوع با تمامی روش های rep-pcr به کار گرفته شده قابل انعکاس می باشد.

بیماری بلاست مرکبات یکی از مهمترین بیماری های مرکبات در استان های شمالی کشور می باشد که به وسیله باکتری سودوموناس (pseudomonas spp.) ایجاد می شود و در شرائط اقلیمی مساعد، خسارت های قابل توجهی را به باغات مرکبات، وارد می سازد. به منظور بررسی پراکنش گونه های عامل یا همراه بیماری در مناطق مختلف استان مازندران و مناطقی از استان های گیلان و گلستان و نیز بررسی تنوع فنوتیپی و ژنوتیپی، جدایه های بیمارگر در سال های89-1387 از درختان آلوده جمع آوری شدند. پس از جدا و خالص سازی و اثبات بیماری زائی روی برگ های نارنج (citrus aurantium)، 115 جدایه بیماری زا به دست آمد. بر اساس خصوصیات بیوشیمیائی و فیزیولوژیکی، جدایه ها در 16 گروه مجزا قرار گرفتند. جدایه ها در تولید لوان، لهانیدن برش های سیب زمینی و آرژی نین دی هیدرولاز متغیر، در ایجاد فوق حساسیت در توتون مثبت و در آزمون تولید اکسیداز منفی بودند. اعضای تعدادی از گروه ها علی رغم داشتن توانائی لهانیدن برش سیب زمینی، شباهت چندانی با p. viridiflava نداشتند. بر پایه ویژگی های بیوشیمیائی، جدایه های گروه های vi الی xi (حدود 39% کل جدایه ها)، به عنوان جدایه های p. syringae، و جدایه های گروه xii (حدود 3% کل جدایه ها)، به عنوان جدایه های p.viridiflava، شناسائی شدند. برای بررسی تکمیلی با روش های مولکولی، قسمتی از دو ژن خانه دار rpod و gyrb همراه با 16s rdna برای جدایه های مورد بررسی تعیین ترادف گردید. در درخت فیلوژنی ترسیمی، جدایه ها در 17 گروه مجزا قرار گرفتند. گروه های i-v و xiv، vi-xiii و xv-xvii به ترتیب در شاخه های p. fluorescens، p. syringae و p.putida قرار داشتند. تنوع جدایه های مورد بررسی بر پایه انگشت نگاری ژنتیکی حاصل از box-pcr و eric-pcr و نیز تلفیق داده های آن دو نشان داد که جدایه ها به ترتیب در سطح شباهت 31، 33 و 41 درصد، در 16، 15 و 19 گروه مجزا قرار می گیرند. نتایج انگشت نگاری ژنتیکی نشان می دهد که این آزمون قادر است جدایه ها را در سطح گونه و پایین تر از یکدیگر تفکیک نماید. برای بررسی امکان کنترل بیمارگر با کمک مخمرها، از باغات مرکبات شمال کشور، مخمرهائی جداسازی شدند و ارزیابی توان بیوکنترلی آن ها در شرایط گلخانه با مایه زنی یک جدایه p. syringae بر روی رقم نارنج صورت گرفت. پاشش مخمر سه بار و به فواصل دو روزه انجام شد و پس از آن، مایه زنی بیمارگر صورت گرفت. تجزیه واریانس آزمایش براساس طرح بلوک های کامل تصادفی و مقایسه میانگین ها به روش دانکن اجرا شد. برای شناسائی جدایه های برتر، ناحیه its آن ها با به کارگیری پرایمرهای its1 و its4 تکثیر و تعیین ترادف شد. با مقایسه نتایج در پایگاه اینترنتی ncbi، مخمرهای برتر به عنوان sporobolomyces ruberrimus ، cryptococcus albidus ، c. magnus و rhodotorula sp.. شناسائی شدند. s. ruberrimus بیماری را بهتر از سایر گونه ها کنترل کرد.

پیشرفت های اخیر در زمینه مطالعات ژنومی، منجر به تولید انبوهی از ترادف بیان شونده ی نشاندار(est) در بسیاری از موجودات، بویژه گونه های گیاهی شده است. یکی از گونه های شورزی بومی کشور، گیاه aeluropus littoralis می باشد که در مواجه با شوری خصوصیات بیولوژیکی و فیزیولوژیکی ارزشمندی از خود نشان می دهد. در این پژوهش انتقال پذیری 108 نشانگر ریزماهواره est با منشاء گرامینه (گندم، برنج و جو ) و همچنین طراحی و آزمون تکثیر 18 مورد نشانگر ریزماهواره مبتنی بر est (ales ) با استفاده از ماده ژنومی گیاه آلوروپوس لیتورالیس بعنوان الگو ارزیابی شد.. علاوه بر این اکوتیپ ها از نظر برخی صفات فیزیولوژیک مهم در تحمل به شوری طبقه بندی و توصیف شدند. در مجموع 28 مورد از 30 آغازگر مورد استفاده الگوی های نواری مناسب و قابل امتیازدهی تولید کردند. تکثیر با این آغازگرها 131جایگاه آللی را در اکوتیپ های مورد ارزیابی آشکار کرد، به نحوی که به ازای هر نشانگر بطور میانگین 6/4 آلل تکثیر شد. میزان اطلاعات چندشکلی در مجموع نشانگرهای مورد استفاده بین 0 تا 0.38 با میانگین 0.31 متغیر بود. بیشترین انتقال پذیری بین ژنوم آلوروپوس لیتورالیس و ژنوم برنج به میزان تقریبی 40 درصد وکمترین انتقال پذیری از ژنوم جو به میزان 27 درصد بدست آمد. تجزیه خوشه ای بر اساس الگوریتم upmga و ضریب تشابه دایس ژنوتیپ های آلوروپوس را به 7 گروه منتسب کرد. تجزیه خوشه ای، اکثر نمونه های جمع آوری شده از مرکز ایران و شمال غرب کشور در یک گروه قرار داد. طبق این نتایج احتمال می رود مرکز تنوع برای گیاه آلوروپوس لیتورالیس در ایران، مناطق مرکزی است و از آنجا به سایر نقاط منتقل شده است. همچنین تجزیه خوشه ای با استفاده از شش صفت فیزیولوژیک مرتبط با حفظ و برقراری هموستازی یون، اکوتیپ های آلوروپوس لیتورالیس را در 5 گروه قرار داد. در مجموع الگوی کلی گروه بندی مولکولی و فنوتیپی مشابه است و تا حدی با تقسیم بندی جغرافیایی مطابقت دارد. نشانگرهای ریزماهواره est معرفی شده در این مطالعه ابزارهای مناسبی برای انواع اهداف پژوهشی شامل تجزیه روابط شجره ای، مطالعه ارتباط نشانگر- صفت و مکان یابی مقایسه ای و بررسی تنوع ژنتیکی می باشند.

مرکبات یکی از محصولات مهم باغی تولید ثروت، مبادلات تجاری و اشتغال زایی در دنیا و ایران است. به دلیل ویژگی تکثیر غیر جنسی، خسارت بیماری های ویروسی و شبه ویروسی قابل انتقال از طریق پیوند در مرکبات بسیار زیاد است. اصولی ترین روش مدیریت این بیماری ها، تکثیر پیوندک از درختان مادری عاری از ویروس است. بیماری پسوروز، قدیمی ترین بیماری ویروسی در مرکبات است که از سال ها قبل مورد توجه دانشمندان دنیا قرار گرفته است اما به دلیل دشواری های مطالعه عامل بیماری و بروز علائم متفاوت و نامتجانس، تحقیقات در این باره هنوز ادامه دارد. اگرچه آلودگی به ویروس پسوروز در ارقام جدید مرکبات جایگاهی ندارد ولی به دلیل ضعف سیستم های باغداری، امکان گسترش آن در کشور وجود دارد. در این پژوهش با هدف بهینه سازی روش های تشخیص بیماری پسوروز مرکبات به ویژه در ارزیابی گیاهان حاصله از مرحله سالم سازی، کارآیی روش های مختلف بیولوژیکی، سرولوژیکی و مولکولی در ردیابی جدایه های بومی پسوروز بررسی شد. بر این اساس، ابتدا واکنش گیاهان محک پرتقال پاین اپل (citrus sinensis cv.pineapple) و گل دکمه ای (gomphrena globosa) به ایندکس بیولوژیکی با 16 جدایه مشکوک به پسوروز و امکان ردیابی آنها به روش سرولوژیکی مورد مطالعه قرار گرفت. به استناد علائم باغی و علائم گیاهان محک جدایه شاخص p.broانتخاب و کارآیی تکنیک rt-pcr در تشخیص این جدایه و سایر جدایه ها در مقایسه با نمونه مثبت استاندارد خارجی بررسی شد. بر اساس این تحقیق استانداردسازی روش-های تشخیصی بیولوژیکی پسوروز با نمونه های مطالعه شده صورت گرفت. ویروس در جدایه های مورد بررسی با آنتی بادی مونوکلونال (agritest, italy) ردیابی نشد و با وجود کارآیی تکنیک rt-pcr در تشخیص نمونه استاندارد، نتیجه قابل اعتمادی از این روش در شناسایی نمونه شاخص p.bro و سایر جدایه های مورد بررسی حاصل نشد. با توجه به محدودیت زمانی، بهینه سازی تکنیک های مولکولی تشخیص جدایه های ایرانی ویروس پسوروز مرکبات به تحقیقات آتی موکول گردید. سلامت چهار رقم تجاری مرکبات شامل پرتقال های تامسون ناول، واشنگتن ناول و والنسیا و گریپ فروت ردبلاش (citrus paradise)، نسبت به بیماری پسوروز با ایندکس بیولوژیکی احراز شد. همچنین مشخص گردید که علائم بیماری در انواع سالم سازی شده هر چهار رقم پس از آلوده سازی مصنوعی با جدایه شاخص p.bro ظاهر می گردد. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که علی رغم توسعه تکنیک های تشخیصی جدید، ایندکس بیولوژیکی در شرایط کنترل شده دمایی همچنان جایگاه ویژه ای در تشخیص ویروس پسوروز به ویژه در ارزیابی سلامت منابع اولیه تکثیری مرکبات دارد و تکنیک های سرولوژیکی و مولکولی می تواند به عنوان روش های مکمل در این مورد بکار گرفته شود.

زوال درختان جنگلی بیماری پیچیده ای است که نمی توان آن را تنها به یک عامل نسبت داد. نمونه برداری های اخیر شواهدی مبنی بر بروز اپیدمی جدید در درختان بلوط جنگل های شمال ایران دارد. به همین منظور از درختانِ بلوطِ آلوده به شانکر مناطق مختلف، پرگنه های باکتریایی جدا و برای شناسایی و اثبات بیماریزایی مورد آزمون های بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی، مولکولی و الکتروفورز پروتئین قرار گرفتند. جدایه های به دست آمده از شانکر درختانِ بلوط گرم منفی، بی هوازی اختیاری، اکسیداز منفی، کاتالاز مثبت، قادر به احیاء نیترات نبوده، ایندول منفی، آرژنین د هیدرولاز ، لسیتیناز و پروتئاز منفی بودند. هیچ کدام از جدایه ها قادر به استفاده از مزو اریتریتول ، ال- تارتارات و مالتوز نبودند. همه ی جدایه ها قادر به استفاده از ال- آرابینوز، فروکتوز، گالاکتوز، ال- رامنوز، مانوز، سدیم- دی گلوکانات، سوکروز، دی- سوربیتول، تریگونلین، مانیتول، گلیسرول و تری سدیم سیتریک اسید بوده و همچنین جدایه ها در استفاده از ملیبیوز، ترهالوز، دی- زایلوز، آلفا-دی- متیل گلایکوزید، آمیگدالین، رافینوز، دی- آرابینوز متغیر عمل نمودند. با توجه به توصیفات فوق به نظر می رسد که جدایه های مورد بررسی در این تحقیق از نظر صفات فنوتیپی بیشترین شباهت را به اعضاء خانواده enterobacteriaceae و بویژه جنس brenneria داشته باشند، هرچند که تفاوت هایی نیز وجود دارد. الکتروفورز پروتئین جدایه های منتخب نمایانگر وجود تفاوت هایی هرچند اندک در میان آنها بود، به طوریکه می توان از آن برای دسته بندی جدایه ها بهره برد. نتایج حاصل از تکثیر زیر واحد کوچک ار. ان. ا ریبوزومی و ژن خانه داری gyrb و توالی یابی آنها نشان داد که جدایه های مورد بررسی متعلق به گونه های b. goodwinii و dickeya dianthicola هستند. براساس تجزیه و تحلیل خوشه ای 60 باند حاصل از آغازگرهای rep-pcr، جدایه های مورد مطالعه در سطح تشابه 80 درصد در سه گروه قرار گرفتند. گروه اول: شامل باکتری های b.goodwinii از ساری استان مازندران و علی آباد استان گلستان، گروه دوم شامل باکتری های b.goodwinii با اثر انگشت ژنتیکی متفاوت از هر دو استان و گروه سوم شامل جدایه هایی از کردکوی و علی آباد استان گلستان که مخلوطی از دو گونه b. goodwinii وd. dianthicola است. این نشانگر توانست جدایه های مورد مطالعه را برحسب ویژگی های فنوتیپی و ژنوتیپی ای (تعیین توالی ناحیه 16sr rdna و ژن gyrb) که از قبل محرز گشته بود و تا حدودی از نقطه نظر ناحیه ی جغرافیایی تفکیک کند. با توجه به نتایج آزمون بیماریزایی و مدارک موجود به نظر می رسد b. goodwinii با کلنی های مایل به رنگِ کرم، گرد، محدب و با حاشیه صاف روی محیط آگار غذایی- سوکروز، احتمالا یکی از عوامل شانکر درختان بلوط جنگل های شمال ایران باشد. با عنایت به موارد ذکر شده این مورد اولین گزارش از وجود چنین گونه باکتریایی از ایران است.

بیماری بلاست مرکبات (pseudomonas syringae pv. syringae) در بعضی از سالها خسارت شدیدی را به سرشاخه ها و گلهای مرکبات وارد می آورد. با توجه به اینکه استفاده بیش از حد از مواد شیمیایی در کشاورزی جهت کنترل بیماری ها سبب آلودگی محیط زیست شده، ژن های مقاومت گیاهان ، منابع ژنتیکی با ارزشی هستند که می توان از آن ها در راستای تولید گیاهان تراریخت و القاء مقاومت به عوامل تنش زا استفاده کرد. یکی از روش های القا مقاومت در مقابل عوامل بیماری زا استفاده از میکروارگانیسم های مهم از جمله مایکوریزها می باشد. قارچ piriformospora indica به عنوان یک قارچ شبه مایکوریز در گیاهان زیادی همزیست شده و توانسته از طریق القاء مقاومت سیستمیک علیه بیماری ها به گیاه کمک کرده و باعث افزایش محصول شود. در این تحقیق به بررسی امکان همزیستی این قارچ در مرکبات و امکان القای ژن های مقاوت در مرکبات علیه بیماری بلاست مرکبات در 2 رقم نارنج و لیمو عمانی پرداخته شد. گیاهچه های مرکبات تولید شده، با سوسپانسیون اسپور قارچ p. indica تیمار شده و با بررسی میکروسکوپی و ملکولی، استقرار قارچ در گیاه به اثبات رسیده. گیاهان تیمار شده و غیر تیمار توسط بیمارگر باکتریایی آلوده و نمونه برداری در ساعات مختلف(0،24،48،72،96) انجام شد. rnaکل از نمونه برگهای گیاهان استخراج و پس از ساخت cdna بیان ژن ها با استفاده از تکنیک quantitative real time pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. بررسی بیان ژن های wrky, pal, pox,pr3وpr2 مورد ارزیابی قرار گرفت. تجمع رونوشت های ژن های مورد بررسی در گیاهان همزیست شده و غیر همزیست بیانگر نقش این قارچ در القاء مقاومت به صورت بیان بالاتر و در بعضی موارد بیان سریعتر ژن های دفاعی در برابر بیمارگر باکتریایی در مرکبات می باشد.

ویروس تریستزای مرکبات (citrus tristeza virus, ctv) برای اولین بار در سال 1960 با وارد کردن نارنگی انشو (citrus unshiu (macf.) marc.) روی پایه ی پونسیروس(poncirus trifoliata (l.) raf.) از ژاپن به باغ مهدشت ساری واقع در استان مازندران به ایران وارد گردید. پس از سه دهه محدود بودن ویروس به درختان انشوی کانون اولیه، گسترش طبیعی ctv آغاز گردیده و نقش شته ی سبز پنبه (aphis gossypii glov) به عنوان یک ناقل مهم در این مناطق اثبات شد. در این تحقیق، به منظور مطالعه ی گلوگاه ژنتیکی محتمل و تعیین خصوصیت سویه های در حال انتقال ctv، تنوع ژنتیکی ژن پروتئین پوششی جدایه های ctv درختان انشوی آلوده ی کانون اولیه (باغات مهدشت) با جدایه های ctv انتقال یافته با شته از درختان مرکباتی که به طور طبیعی آلوده شده¬اند، با یکدیگر مقایسه گردید. شش جدایه از هر منطقه جمعآوری و تکثیر ژن پروتئین پوششی با استفاده از آغازگرهای اختصاصی با روش rt-pcr انجام شد. الگوی sscp ژن پروتئین پوششی همه ی جدایه¬های انتقال یافته با شته یکسان و از الگوی جدایه های کانون اولیه کاملا متمایز بود. با این حال هر یک از جدایه¬های کانون اولیه دارای الگوی sscp متفاوتی بود که حداقل دارای 6 قطعه بودند که ناهمگنی ژنتیکی میان آن ها را نشان می دهد. متعاقبا، توالی نوکئوتیدی ژن پروتئین پوششی جدایه های b5 و b6 متعلق به باغات مهدشت و توالی نوکئوتیدی ژن پروتئین پوششی جدایه های bf3 و at از بهارستان فجر بررسی گردید. نتایج تنوع ژنتیکی (9/99-92 درصد) را در بین جدایه های کانون اولیه و یکسانی بالای 98 درصد را در بین جدایه های انتقال یافته با شته نشان داد. این نتایج نشان می دهد که یک ژنوتیپ مشخص به وسیله¬ی شته ی سبز پنبه منتقل شده است. به عبارت دیگر، انتقال با شته به عنوان یک گلوگاه ژنتیکی عمل کرده و تنوع را در بین جدایه های ctv کاهش داده است. با مقایسه ی خصوصیات بیولوژیکی و توالی ژن پروتئین پوششی یک جدایه¬ی انتقال یافته با شته به عنوان نماینده با جدایه های دیگر موجود در بانک ژن با منشاء جغرافیائی وخصوصیات بیماریزائی مشخص، این جدایه به عنوان سویه ی زردی گیاهچه اثبات گردید. جهت ردیابی اختصاصی جدایه ی انتقال یافته با شته ی ویروس ctv در شمال ایران، تولید آنتی بادی پلی کلونال مختص سویه ی زردی گیاهچه ضروری است. بیان پروتئین پوششی یک مرحله ی اساسی در تولید آنتی بادی پلی¬کلونال اختصاصی این سویه می باشد. بدین منظور، ژن پروتئین پوششی جدایه ی bf3 بوسیله¬ی آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد و درون ناقل بیانی pet28a همسانه سازی گردید. سلول¬های مستعد e. coli سویه ی bl21 با پلاسمید نوترکیب تراریخت و غربالگری در محیط کشت حاوی آنتی¬بیوتیک کانامایسین و روش colony pcr انجام شد. پس از القای بیان با استفاده از iptg و الکتروفورز پروتئین استخراج شده در ژل sds-page، قطعه ی 25 کیلودالتونی مربوط به پروتئین پوششی cp25 در ژل مشاهده گردید. نتایج حاصل از این پژوهش، نشان دهنده ی تولید غلظت مناسبی از پروتئین نوترکیب در سلول e. coli بود.

کلزا یکی از گیاهان مهم روغنی می باشد که تنها بعد از سویا و نخل روغنی جایگاه سوم را در تولید جهانی روغن به خود اختصاص داده است.در این تحقیق، به منظور تولید گیاهان کلزای مقاوم به آفات از کاست ژنی pepc-cry1ab-nos و از روش انتقال ژن به واسطه اگروباکتریوم استفاده گردید. بدین منظور کاست ژنی فوق به درون ناقل دوتایی pcambia3300 وارد شد. سپس ناقل جدید به داخل اگروباکتریوم سویه aglo1 تراریزش گردید. در این تحقیق، از محور زیرلپه به عنوان ریزنمونه استفاده شد. ژن bar نیز به عنوان عامل انتخابی مورد استفاده قرار گرفت که باعث ایجاد مقاومت نسبت به علف کش فسفینوتریسین می شود.گیاهان تراریخت احتمالی در محیط های انتخابی حاوی فسفینوتریسین باززا شدند. وجود ژن های cry1ab و bar در ژنوم گیاهان تراریخته توسط پرایمرهای اختصاصی این ژن ها و واکنش زنجیره ای پلیمراز به اثبات رسید. رونویسی و تولید mrna از ژن cry1ab نیز توسط انجام آزمایش rt-pcr تایید گردید. همچنین بیان این ژن و تولید پروتئین cry1ab با استفاده از آزمون جریان جانبی مورد تایید قرار گرفت. آزمایش های تکمیلی جهت تایید عملکرد ژن با استفاده از زیست سنجی در دست انجام است.

: سوختگی غلاف در برنج توسط گونه های rhizoctonia ایجاد میشود. در ایران r. solani اهمیت بیشتری داشته و توجه کمتری به دو گونه r. oryzae-sativae و r. oryzae شده است. از پراکنش عوامل سوختگی غلاف (سوختگی غلاف، لکه موجی غلاف، لکه حاشیهای) اطلاع چندانی در دست نمیباشد.

چکیده ندارد.

بیماری پژمردگی باکتریایی یکی از مهمترین بیماریهای سیب زمینی (solanum tubersoum l.) در جنوب استان کرمان است . بیش از 130 آزمون فنوتیپی و نیز آزمونهای بیماریزایی، الکتروفورز پروتئینهای سلولی، نشت دو طرفه در آگاری، ایمیونوالگتروفورز، کروماتوگرافی قندها و چربی ها سلولی روی 48 استرین جداشده از سیب زمینی های آلوده در جنوب استان کرمان انجام گرفت کلیه استرین ها نژاد 3ˆ فنوتیپ b بیووار 2 (بیوتیپ 2-a) باکتری ralstoina solanacerarum 1995، (smith) yabuuchi et al تشخیص داده شدند. استرین ها دارای همگونی نسبتا بالای بوده و تنها در 29 خصوصیت فنوتیپی واکنشهای متفاوت نشان دادند که بر این اساس به دو گروه اصلی با 75 درصد شباهت تقسیم شدند. همچنین استرین ها از نظر نقوس الکتروفورزی پروتئینهای سلولی و کروماتوگرافی چربی های سلولی به دو گروه تقسیم شدند که با گروه بندی حاصل از خصوصیات فنوتیپی همبستگی داشت . آزمونهای سرولوژیکی (نشت دو طرفه در آگار وایمیونوالکتروفورز) با استفاده از آنتی سرم پلی کلونال قادر به تفکیک استرین ها به سروار (servar) نبود. در آزمون کروماتوگرافی قندها، کلیه استرین ها rf نسبتا مشابهی داشته و در یک گروه قرار گرفتند که با rf قندهای گالاکتوز و گلوکز مشابه بودند. در شرایط طبیعی منطقه، این پاتوژن تنها روی سیب زمینی علائم پژمردگی ایجاد کرده، اما از ریشه و ساقه علفهای هرز سلمه تره (chenopodium album)، پنیرک (malva sp.)، ماشک (vicia) (sp. و تلخه (acroptylon repns) نیز جداسازی گردید. با مایه زنی باکتری عامل بیماری در شرایط گلخانه، علائم پژمردگی روی بوته های سیب زمینی، گوجه فرنگی (lycoperssicon) (esculentum، بادمجان (solanum melongna) و نیز علفهای عروسک پشت پرده (physalis alkekengi)، تاتوره (datura stramonium)، ماشک (vicia sp.) و تاجریزی سیاه (solanum nigrum) ظاهر شده و باکتری عامل مجددا از آنها جداسازی گردید. همچنین باکتری یک تا دو هفته پس از مایه زنی ساقه، از حدود 5 سانتی متری بالای محل مایه زنی از گیاهان سلمه تره، یونجه باغی (melilotos officialis)، تاج خروس وحشی (amaranthus sp.)، ازمک (ledidium draba)، خرفه (portulaea oleracea)، ترشک (rumex sp.) و لوبیا (phaseolus vulgaris) جدا شده ولی علائمی در این گیاهان ایجاد نگردید.

وجود پلاسمید در باکتریهای p.syringae pv.syringae , psedomonas avenae erwinia ananas , agrobacterium tumefaciens , p.solanacearum salmonella sp,esherichia coli xanthomonas campestris pv. hedereبه کمک چند روش جداسازی پلاسمید مورد مطالعه قرار گرفت .استرین های باکتریائی برروی محیط کشت مناسب خود بمدت 24-48 ساعت رشد داده شدند. سلولهای باکتری در بافر te سوسپانسیون گردیده تا جذب نوری آنها در طول موج 600 نانومتر برابر با 5ˆ1 شد. سدیم دو دسیل سولفات (sds) به غلظت نهائی 1 درصد اضافه و لایزت 3بار ازسرنگ شماره 18 عبور داده شد. ph لایزت محتوی قطعات dna کروموزومی با اضافه کردن سود 3 نرمال به 2ˆ12 و بدنبال آن با اضافه کردن تریس 2 مولار، 7 = ph به -9 5ˆ8 رسانده شد. سپس کلرورسدیم 3 درصد و بدنبال آن یک حجم فنی اشباع از کلرورسدیم 3 درصداضافه گردید و به آرامی به هم زده شده و سانتریفوژ گردید. لایزت سانتریفوژ شده و فازروئی جداگردید . کلرور منیزیم و بافر فسفات سدیم 15ˆ0 مولار، 7 = ph و بدنبال آن 7ˆ0 حجم اتانول خنک (سرد) اضافه و لوله ها بمدت 12 ساعت در -20 درجه سانتیگراد نگهداری شدند. پس از سانتریفوژ در دور پائین و بدنبال آن حل رسوب حاصل در edta، بمدت 24 ساعت در بافر tes دیالیز شدند. سوسپانسیونهای مرحله نهائی، برروی صفحه افقی ژل 8ˆ0 درصد آگارز در ولتاژ 80 ولت بمدت 8 ساعت الکتروفورز شدند. سپس ژل در اتیدیوم بروماید(4ˆ0 میکروگرم در میلی لیتر) قرار داده شد . باندهای پلاسمیدی در زیر یک دستگاه uv-transilluminator آشکار گردیدند. از بین استرین های باکتریائی مورد مطالعه، erwinia ananas دارای 2 پلاسمید به اندازه 83 و 2ˆ12 مگادالتون و xanthomonas campestris pv.hederaeدارای یک پلاسمید با وزن مولکولی 100 مگادالتون بودند . وزن مولکولی این پلاسمیدها با استفاده از پلاسمیدهائی با وزن مولکولی مشخص از باکتریهای agrobaeterium radiobacter 84 (8ˆ29 و 124 مگادالتون) و pseudomonas glumae ku 8121 (8 و 85 و 124 مگادالتون) تعیین شد. در آزمایش مقاومت به آنتی بیوتیکها xanthomonas campestris pv.hederae و erwinia ananas به پنی سیلین و آمپی سیلین مقاوم بودند. هیچکدام از پلاسمیدها با آکریدین اورنج و اتیدیوم بروماید حذف نشدند.

در تابستان سال 1370 از مزارع آلوده به پژمردگی باکتریائی سیب زمینی واقع در استان های اصفهان، آذربایحان شرقی، خراسان، مرکزی، چهار محال و بختیاری، مازندران و تهران غده های سیب زمینی جمع آوری و با استفاده از محیط کشت تترازولیوم کلرید آگار (tzc)، 66 ایزوله از آنها جدا گردید. یکصد آزمایش فیزیولوژیکی و بیوشیمیائی و نیز آزمایشات سرولوژیکی (نشت دو طرفه درآگار و ایمینوالکتروفورز) و الکتروفورزپروتئین روی این ایزوله ها انجام شد. کلیه ایزوله به شکل میله ای راست و دارای بیش از یک تاژک قطبی، گرم منفی، هوازی، کاتالاز واکسدازمثبت ، آرجی نین دهیدرولاز منفی بودند و روی محیط king b تولید رنگ فلورسانت ننمودند. اغلب ایزوله ها قادر به هیدرولیز نشاسته، ذوب ژلاتین نبوده، توئین 80، کازئین و آربوتین را هیدرولیز و نیترات را احیا نمودند تولید مواد احیا کننده از ساکارز، گازازگلوکز، sh2 از سیستئین و تیروزنیاز در اغلب ایزوله ها، ثبت و تولید اندول، استوئین متیل رد، لهانیدن سیب زمینی، دآمیناسیون فنیل آلانین، دکربوکسیلاسیون آرجی نین واورنیتئین، تولیدsh2 از پپتون، کتولاکتوز لسیتیناز در اغلب ایزوله ها منفی بود لذا به عنوان گونهء pseudomonas solanacearum تشخیص داده شدند. چون همه ایزوله ها از لاکتوز، مالتوز، سلوبیوز، استفاده کرده از نتوانستند از مانیتول، سوبیتول و دولسیتول تولید اسید نمایند و روی برگهای توتون واکنش فوق حساسیت ایجاد نکردند همچنین به علت شباهت زیاد نقوش الکتروفورزی پروتئین اغلب ایزوله ها با پروفیل پروتئنی ایزوله های استاندارد0242 و 1073 (بیوتیپ های 2) کلیه ایزوله ها بیوتیپ 2 و نژاد 3 باکتری p.solanacerarum تشخیص داده شدند.

در سالهای 1370، تعدادی غدهء پوسیدهء سیب زمینی از مزارع و انبارهایی واقع در استانهای خراسان، آذربایجان شرقی، اصفهان، همدان، تهران و مازندران جمع آوری و با استفاده از محیط کشت ائوزین متیلن بلو (emb) آگار، 54 ایزوله از آنها جدا گردید . یکصد آزمون فیزیولوژیکی و بیوشیمیائی و همچنین آزمایشات سرولوژیکی (نشت دوطرفه در آگاار و ایمینوالکتروفورز) و الکتروفورزپروتئین روی این ایزوله ها انجام گرفت . ایزوله های مورد بررسی به شکل میله ای راست ، متحرک ، دارای تاژکهای محیطی، گرم منفی، بی هوازی اختیاری، کاتالاز مثبت و اکسیداز منفی بودند و توانستند از فروکتوز، گلوکز، مانیتول، مانوز، ریبوز،و سوربیتول اسید تولید نمایند لذا به عنوان جنس erwinia و چون همه آنها ژلاتین را ذوب و ورقه های سیب زمینی رالهانیدند به عنوان اعضاء گروه "carotovora" یا "soft rot" تشخیص داده شدند. چون هیچیک از ایزوله ها قادر به تولید فسفاتاز، لسیتینازواندول نبودند و نسبت به اریترومایسین مقاومت نشان داده و نمک طعام 5 درصد را تحمل کردند و همچنین توانستند از ترهالوزو گالاکتورونات استفاده نمایند ولی قادر به استفاده از مالونات نبودند لذا همگی آنها به عنوان استرین های گونه (erwinia carotovora) caroto vora معرفی می کردند. با توجه به اینکه اکثر ایزوله های اصفهان و خراسان قادر به تولید مواد احیا کننده از ساکارز و تولید اسید ازمالتوز، آلفا - متیل -دی گلوکوزید و پالاتینوز بوده در حرارت 36-37 نتوانستند رشد کنند. همچنین قادر به بروز علائم ساق سیاه در حرارت 10-15 بودند لذا این ایزوله ها به زیر گونه (erwinia carotovora subsp. atroseptica) atrosentica نسبت داده می شوند . از آنجائی که کلیه ایزوله های همدان، دماوند، ساری و برخی ایزوله های اردبیل قادر به تولید مواد احیا کننده از ساکارز و تولید اسید از مالتوز، آلفا-متیل -دی گلوکز ید و پالاتینوز نبودند ولی توانستند از اینوزیتول اسید تولید نمایند و همچنین حرارت 36-37 توانستند رشد کنند لذا به زیر گونه (erwinia carotovora subsp. carotovora) carotovora نسبت داده می شوند.

بیماری شانکر و لکه برگی باکتریایی مرکبات را سه پاتووار (شامل پنج فرم) از باکتری xanthomonas axonopodis پدید می آورند. ویژگی این بیماری وجود زخمهای خشک و خشن با حاشیه برجسته و مرکز فرو رفته (دهانه آتشفشانی شکل) بر روی برگها، شاخه ها و میوه هاست . بر مبنای دامنه میزبانی، نشانه های بیماری، فاژ تایپینگ ، الگوی برش خورده dna و مناطق انتشار جغرافیایی پنج فرم از این باکتری به نامهای e, d, c, b, a شناسایی شده است . این پنج فرم در سه پاتووار: x. a. pv. citrumelo (e), x. a. pv. aurantifolii (b, c, d), x. a. pv. citri (a) قرار گرفته اند. در این بررسی 110 استرین از مرکبات دو استان کرمان و هرمزگان جداسازی و ویژگیهای آنها با استرینهای پنج پاتوتیپ شناخته شده باکتری شانکر مرکبات با روشهای: بیماریزایی، دامنه میزبانی، شناخت ویژگیهای فنوتیپی با روش کلاسیک و پلیتهای biolog، سرولوژی، الکتروفورز پروتئینهای سلولیو و آنالیز الگوهای آن با نرم افزار gel compar، آنالیز اسیدهای چرب با کروماتوگرافی گاز-مایع (glc)، آنالیز ژنومی با روش aflp (amplifird fragment length polymorphism) و اندازه گیری درصد g+c در dna با hplc مورد شناسایی قرار گرفت .

در طی سالهای 1379 و 1380 از مزارع برنج نواحی ساحلی خزر از استانهای گلستان ، مازندران و گیلان 392 نمونه دارای علائم سوختگی غلاف جمع آوری شد. پس از کشت نمونه ها روی محیط آب آگار 286 جدایه به دست آمد که 216 جدایه در بررسی های چربی های اسکلرت ها، پروتئین های محلول و مقایسه های مولکولی مورد استفاده قرار گرفت.

بیماری جرب سیب زمینی از بیماریهای باکتریایی سیب زمینی است که بازار پسندی این محصول را کاهش می دهد. به منظور تعیین ویژگی استرینهای ‏‎streptomyces‎‏ عامل جرب سیب زمینی در استانهای همدان، خراسان ،اصفهان و چهار محال و بختیاری در سال 179 از مزارع سیب زمینی این مناطق نمونه برداری شد.پس از کشت بافتهای آلوده غده 80 استرین ‏‎streptomyces‎‏ جداسازی شد که 46 استرین بیماریزای آن به عنوان نماینده انتخاب گردید.پس از انجام تستهای مورفولوژیک و فیزیولوژیک ، با استفاده از آنالیز عددی ،دندروگرام استرینها جدا شده ترسیم گردید. استرینها در پنج گروه قرار گرفتند . استرینهای گروه اول به گونه ‏‎s.scabies‎‏تعلق داشتند.استرین گروه دوم به گونه های ‏‎s.turgidiscabies‎‏ ، ‏‎s.tendae‎‏ و گونه عامل جرب زنگاری ‏‎(russet scab)‎‏ شباهت داشتند.البته برخی از استرینهای این گروه از لحاظ علایم ایجاد شده روی غده با گونه های عامل جرب سطحی تفاوت داشتند.استرینهای گروه سوم و چهارم نیز به لحاظ داشتن زنجیره اسپور مارپیچ و توده اسپور خاکستری رنگ روی محیط ‏‎ymea‎‏و تولید ملانین تیروزین با گونه ‏‎s.scabies‎‏شبااهت بالایی داستندو از لحاظ خصوصیات مورفولوژیک و فیزیولوژیک با گونه های ‏‎s.europaeiscabies ‎‏ و ‏‏‎s.stelliscabies‎‏ شباهتهایی داشتند.استرین گروه پنجم به گونه ‏‎s.acidiscabies‎‏و ‏‎s.griceus‎‏ شباهت داشتند. نقوش الکتروفورز پروتئین آنها نیز نشان دهنده تنوع قابل توجهی بین استرینها و گروه ها بود.الگوی اسیدهای چرب سلولی آنها نیز متفاوت بود و با استرینهای استاندارد شباهت بالایی نشان دادند.

در سال 1379 از مزارع چغندر قند استان خراسان طی فصول رشد و برداشت نمونه های چغندر قند آلوده به بیماری پوسیدگی نرم ریشه جمع آوری گردید.قطعاتی از نمونه های آلوده در آب مقطر استریل خرد شده روی محیط ‏‎emb‎‏ (ائوزین متیلن بلو آگار) کشت گردید. 80 استرین اروینیای پکتولیتیک جداسازی و خواص فنوتیپیک و الکتروفورز پروتیئن آنها مقایسه گردید. به علت غیر یکنواختی و فقدان تشابه فنوتپیکی نزدیک بین استرین های جداسازی شده از چغندر قند های آلوده به پوسیدگی نرم در خراسان با گونه ها و زیر گونه های جنس پکتوباکتریوم وضعیت تاکسونومیکی دقیق آنها مشخص نبوده ممکن است این جدایه ها گونه و یا زیرگونه هایی از جنس پکتوباکتریوم باشند که هنوز توصیفی برای آنها ارائه نشده است.

نتایج نشان می دهد که علائمی به صورت لکه نامنظم یا نوارهای کوتاه روی ارزن ، قیاق ، خون واش و سودان گراس در شرایط گلخانه ایجاد گردیده می توانند بعنوان میزبانهای ثانوی جدایه های ‏‎pss‎‏ عامل نوار قرمز نیشکر به حساب آیند.

ویژگی های بیماریزایی، فنوتیپ های بیوشیمیایی ، تولید زرالینون و تنوع ژنتیکی 88 جدایه ‏‎fusarium graminearum‎‏ جدا شده از روی سنبله های آلوده استانهای آذربایجان شرقی، گلستان، مازندران و هرمزگان مورد ارزیابی قرار گرفت.

از مزارع جالیز اطراف شیراز نمونه هائی که علائم موزائیکی از خود نشان میدادند جمع آوری و از نظر دامنه میزبان، علائمی که در گیاهان گوناگون ایجاد میکنند، قابلیت انتقال با حشرات ، خواص سرولوژیکی وبالاخره شکل ذرات ویروس مورد مطالعه قرار گرفتند. در این 58 نمونه مطالعه شده سه ویروس که بطریقه مکانیکی قابل انتقال بودند تشخیص داده شد. ویروس اول که فقط از دو بوته خربزه جدا شده بود، از نظر میزبان محدود به خانواده کدوئیان بود و باشته سبز هلو myzus persicae sulz انتقال نیافت . سوسپانسیونهای خالص شده ویروس خاصیت birefringence داشته و مطالعه با میکروسکپ الکترونی نشان داده حاوی ذرات میله ای شکل بدون انحنا شبیه ذرات ویروس موزائیک توتون میباشد. براساس این مشاهده ویروس مزبور بنام melon rigid rod virus نامیده شد. در آزمایشات سرولوژیکی این ویروس با آنتی سرم ویروس موزائیک سبز خیار (cucumber green mottle mosaic) ترکیب گردیده و تولید رسوب نمود. گرچه ویروس جداشده در شیراز با ویروس موزائیک سبز خیار از لحاظ بعضی خواص یکسان نیست لکن بان خیلی نزدیک بوده و بنظر میرسد یکی از نژادهای آن باشد. ویروس دوم علاوه بر آلوده کردن گیاهان خانواده کدوئیان، در خارج این خانواده نیز تعدادی میزبان داشت و باشته سبز هلو قابل انتقال بود. در نمونه های خالص شده این ویروس در زیر میکروسکپ الکترونی رشته های خمیده طویلی دیده شد. با توجه باین خواص ، ویروس مذکور نژاد شماره 2 ویروس موزائیک هندوانه (watermelon mosaic virus 2) تشخیص داده شد. 42 نمونه از 51 نمونه جمع آوری شده در سال 1974 به این ویروس آلوده بودند. بدین ترتیب ویروس موزائیک هندوانه بالاترین دامنه گسترش را در ناحیه شیراز داشت . ویروس سوم که از 9 نمونه آلوده بدست آمده بود، علاوه بر کدوئیان تعداد زیادی از گیاهان خانواده های دیگر را نیز آلوده کرد. شکل ذرات آن چند وجهی بود و با آنتی سرم ویروس موزائیک خیار (cucumber mosaic virus) تولید رسوب نمود. بدین ترتیب تشخیص آن بعنوان ویروس موزائیک خیار قطعی شد. بمنظور تشخیص نژادهای ویروس موزائیک خیار، 9 نمونه ویروس مذکور که از کدوئیان جدا شده بودند باضافه 3 نمونه دیگر که از آهار، اطلسی و بنفشه بدست آمده بودند مورد مطالعه قرار گرفته و با هم مقایسه شدند. براساس خواص سرولوژیکی، دو گروه متمایز در بین نمونه ها تشخیص داده شد. گروه اول شامل تمام نمونه های جداشده از کدوئیان و نیز نمونه اطلسی و گروه دوم از نمونه های آهار و بنفشه تشکیل شده بود. از نظر نوع و شدت علائم تولید شده در گیاهان مورد آزمایش ، ویروسهای گروه اول خود به سه دسته که مجموعا" شامل 7 نژاد بودند تقسیم شدند. نمونه های گروه دوم از نظر این خواص یکسان بودند. بعضی از نمونه ها پس از خالص شدن، علاوه بر ویروس موزائیک خیار حاوی تعداد زیادی ذرات چند وجهی خیلی کوچک بودند که ماهیت آنها بدرستی معلوم نیست .