پاپیلوما ویروس ها در همه جا هستند و واریته های وسیعی از آنها همانند انسانها در حیوانات مشخص شده اند که برای میزبان های مربوطه شان خاص هستند. بیش از 200 نوع hpv بر پایه اطلاعات توالی dna شان شناسایی شده اند که نشان دهنده تفاوت ژنومی است. 85 ژنوتایپ از hpv به خوبی شناسایی شده اند، بعلاوه 120 تا از جدایه ها به عنوان ژنوتایپ های جدید شناسایی شده اند. پاپیلوما ویروس ها می توانند سلول های پوست یا لایه های داخل بافتی را آلوده کنند که بر این اساس به انواع پوستی و مخاطی طبقه بندی می شوند. انواع پوستی، اپیدرم دوست هستند (اپیدرموتروفیک) وپوست دست ها و پاها را مورد هدف قرارمی دهند. و انواع موکوسی لایه های دهان، گلو، لوله های تنفسی یا اپی تلیوم دستگاه تناسلی را آلوده می کنند. بر اساس ارتباط شان با سرطان گردن رحم و جراحات قبل از آن hpv ها به انواع پر خطر و کم خطر نیز طبقه بندی شده اند. انواع hpv های کم خطر شامل تیپ های 6، 11، 42، 43 و 44هستند و انواع پرخطر شامل تیپ های 16، 18، 31، 33، 34، 35، 39، 45، 51، 52، 56، 58، 59، 66، 68 و70 هستند. گروه پرخطر تعدادی از انواع hpv که کمتر بطور مکرر در سرطان پیدا می شوند واغلب در زخم های اینترااپیتلیال سنگفرشی دیده می شوند را در بر می گیرد. تعدادی مقالات این نوع hpv ها را با خطر متوسط معرفی می کنند. ساب تایپ های کم خطر گه گاه در سرطان های رحم پیدا شده اند. آگاهی از ارتباط hpv با سرطان رحم خیلی زودتر آغاز شده بود. در 1981، زور هاوسن و همکاران گزارش شناساییhpv dna را در نئوپلازیا رحمی ارائه دادند. سرطان رحم، هنوز هم زنان سرتا سر جهان را در گیر می کند و هنوز به صورت یک کانون اصلی تحقیقات برای محققان باقی مانده است. التهاب های گردن رحم اغلب بوسیله عفونت ایجاد می شوند بیماری های انتقال یافته از طریق جنسی که می توانند باعث التهاب گردن رحم شوند شامل: کلامیدیا و گنوره آ. هرپس ویروس(هرپس تناسلی) و تریکوموناسیس ممکن است باعث اکتوسرویسیت شوند. hpv هم عامل دیگری است که باعث التهاب گردن رحم می شود. این مطالعه هدف دارد که میزان عفونت با hpv را در نمونه های توموری گردن رحم و التهاب گردن رحم مزمن در جمعیت اصفهان ارزیابی کند. صد و بیست و دو نمونه بافت فرمالینه جاسازی شده در پارافین (79 نمونه از التهاب گردن رحم و 43 نمونه از تومور گردن رحم) که از نظر تغییرات هیستوپاتولوژیکی آزمایش شده بودند از فایل هیستوپاتولوژی بیمارستان الزهرا در اصفهان جمع آوری شدند. بلوک ها برش داده شدند و 10 قطعه با ضخامت 4 میکرومتر جمع آوری شدند. نمونه ها توسط گزیلن پارافین زدایی شدند و سپس dna ویروس توسط فنل /کلروفرم/ ایزوآمیل الکل استخراج شد. پلت تشکیل شده خشک شد و دوباره در آب دوبار تقطیر یا محلول te بعد از رسوب با اتانول حل شد. dna های استخراج شده در معرض pcr آشیانه ای با استفاده از پرایمرهای جامع my09/my11 وgp5+/gp6+ که برای تکثیر ناحیه حفاظت شده ژنوم که پروتئین 1l راکد می کند،طراحی شده اند قرارگرفتند. اطلاعاتی که درموردتغییرات هیستوپاتولوژیکی جمع آوری شده بود بوسیله مقاطع رنگ آمیزی شده با ائوزین و هماتوکسیلین دوباره مورد آزمایش قرار گرفت. بعد از pcr آشیانه ای 10?l از محصول pcr راند دوم درژل آگارز 2% حاوی اتیدیوم برماید لود می شود و الکتروفورز می شود. در بررسی-های آماری نرم افزارهای graphpad و spss استفاده شد. 4 محصول pcr به صورت تصادفی از 2 گروه مورد بررسی انتخاب و برای تعیین توالی نوکلئوتیدی به شرکت geneservice فرستاده شد. ردیف کردن توالی های متعدد با استفاده clustal w در نرم افزار mega انجام شد. شماره دسترسی های (gq179958)، (gq179959)، (gq452049) و (gq452050)در بانک ژن ثبت گردید. در تحقیق حاضر نیزدو نمونه scc با تشخیص پاتولوژی مورد آزمایش قرار گرفت و آلودگی به hpv مشاهده نشد. البته به دلیل آن که تعداد نمونه scc کم بود نمی توان نتیجه گیری کرد که آیا hpv در این تومور نقش داشته یا نداشته است ولی می توان نتیجه گرفت که میزان scc در ایران کمتر است.هم چنین 21 نمونه adenocarcinoma و 20 نمونه cin مورد آزمایش قرار گرفتند و 8/23% از adenocarcinoma ها و 40% از cin ها آلوده به hpv بودند که این نتایج نسبت به آنچه در گزارشات دیگر محققین آمده میزان شیوع کمتری را نشان می دهد که می تواند ناشی از دخیل بودن عوامل خطر دیگر در کشورهای دیگر باشد که بعضاً در جمعیت ایران ناشناخته است. در تحقیق حاضر میزان شیوع در نمونه های التهالب گردن رحم 7/98% به دست آمد که این مغایرت می تواند ناشی از دخیل بودن یک سری عوامل دیگردر ایران باشد که هنوز ناشناخته اند.

ویروس sen-v یک ویروس قابل انتقال از راه خون است که در سال 1999 کشف شده و ارتباط آن با بیماری های کبدی ،ایدز و... در حال بررسی است. با توجه به وجود همزمان ویروسsen-v با پاتوژن های بیماری‎های جنسی و اثبات انتقال عمودی این ویروس از طریق مادر به فرزند، این فرضیه که وجود این ویروس در بافت‎هایی مثل رحم یا دهانه رحم ممکن است با بیماری‎های دستگاه تناسلی زنان ارتباط داشته باشد ، مطرح شده است. ضایعات دستگاه تناسلی زنان طیفی از عفونت‎های خفیف وبدون علامت مثل سرویسیت مزمن تا سرطان‎های مختلف را در بر می‎گیرند. با توجه به شیوع سرطان‎های رحم در زنان و آمار بالای مرگ و میرناشی ازآنها بخصوص در کشورهای درحال توسعه و هم چنین بدلیل اینکه یکی از عوامل اتیولوژیک سرطان‎ها ، ویروس‎ها هستند این تحقیق انجام گردید. در این مطالعه فراوانی سوش های h و d ی senv در120 نمونه بافت رحم فرمالینه جاسازی شده درپارافین از بخش پاتولوژی بیمارستان الزهرا اصفهان به روش nested pcr مورد بررسی قرار گرفت. در 70 نمونه سرویسیت به ترتیب 13 و 9 مورد متعلق به سویه های d و h ویروس بودند. در45 نمونه سرطانی 2مورد سویه h و 4 مورد سویه d مشاهده گردید. در این مطالعه بین نمونه های سرویسیت و نمونه های تومورال از نظر آلودگی به ویروس بخصوص سوش d ارتباط معنی داری مشاهده شد که شاید بتوان این ویروس را به سرویسیت ارتباط دادکه باید بررسی بیشتری انجام شود. از نظر بیوانفورماتیک نمونه هایی که تعیین توالی شدند با نمونه های قبلی در استان گیلان شباهت داشتند.

چکیده در سال 2000 ویروسی از سرم نمونه های خونی با استفاده از پرایمرهای t935و t814 در ژاپن جداسازی شد و تحت عنوان ttv like mini virus (tlmv) نامگذاری شد. اخیراً کمیته بین المللی طبقه بندی ویروس ها (ictv) نام آن را بهtorque teno mini virus (ttmv) تغییر داده است. این ویروس در جنس betatorquevirus از خانواده anelloviridae جای گرفته است. اطلاعات کمی در مورد شیوع ttmv در انسانها وجود دارد. گزارارشات اولیه نشان دهنده نسبت بالای 77% -72% عفونت با این ویروس در فرانسه و برزیل می باشد. ژنوم ttmv در سوآپهای رحمی زنان سالم تشخیص داده شده است (61%). بعد از سرطان پستان دومین سرطان شایع در میان زنان سرطان گردن رحم است. سالیانه 500000 مورد سرطان گردن رحم تشخیص داده می شود که 80% آنها مربوط به کشورهای در حال توسعه است. در 95% موارد ویروس پاپیلومای انسانی (hpv) در سرطان گردن رحم نقش دارد ولی 5% موارد به علت عواملی به غیر از hpv می باشد. آدنوکارسینوما و کارسینومای سلول سنگفرشی (scc) دو نوع اصلی از تومورهای گردن رحم هستند. سرویسیت حالت التهاب در گردن رحم است که معمولاً بدون علامت است. با در نظر گرفتن این موضوع و براساس نبودن اطلاعاتی در مورد تاًثیر ttmv در ایجاد تومور والتهاب گردن رحم، هدف از این تحقیق تعیین فراوانی ttmv در نمونه های تومور و التهاب گردن رحم و بررسی امکان ارتباط بین آنها بود. در مجموع 42 نمونه بافت تومور گردن رحم و 79 نمونه بافت التهاب گردن رحم که بوسیله فرمالین ثابت شده و در پارافین قرار داده شده بودند از بیمارستان الزهرای اصفهان جمع آوری شدند. dna آنها استخراج گردید. سپس dna با استفاده از پرایمرهای m1359 ?m1365 و m1360? m1366 برای تشخیصttmv ، مورد pcr آشیانه ای قرار گرفت .نمونه ها روی ژل الکتروفورز برده شدند و 4 نمونه مثبت پس از استخراج از ژل تعیین توالی شدند. توالی های بدست آمده در بانک ژن جهانی به ثبت رسیدند و تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از آزمون آماری fisher’s exact انجام گرفت. در نمونه های توموری در کل (42/26) 62% نمونه ها مثبت بودند که از این نمونه ها 4/52% (21/11) آدنوکارسینوما، 4/68% (19/13) cin و 100% (2/2) scc بودند. در مورد التهاب گردن رحم 48% (79/38) موارد از نظر ttmv مثبت بودند. وجود این ویروس در نمونه های تومور و التهاب گردن رحم پیشنهاد می کند که این ویروس در بافت های تومور و التهابی تکثیر شده و امکان انتقال عمودی این ویروس وجود دارد که البته اثبات آن نیاز به تحقیقات بیشتری دارد کلمات کلیدی: ttmv، تومور گردن رحم، التهاب گردن رحم، pcr آشیانه ای

چکیده در سال 2005 دو ویروس تک رشته ای حلقوی در سرم بیمارانی با سندرم عفونی ویروسی حاد برای اولین بار کشف شدند و با در نظر گرفتن اندازه dna ژنومی که کوچکتر ازtorque teno virus(ttv) و بزرگتر از torque teno mini virus(ttmv) بودند، تحت عنوانsmall anellovirus1(sav1) وsmall anellovirus2(sav2) نامگذاری گردیدند و آن را در جنس طبقه بندی نشده از خانواده آنلوویریده قرار دادند. درسال 2007، ویروسtorque teno midi virus(ttmdv)به عنوان حدواسط ttv وttmv شناسایی گردید و نشان داده شد که sav1 وsav2 موتانت های حذفیازttmdv هستند. بنابراین در مطالعات بعدی، این ویروس ها با نام ttmdv/sav به عنوان اعضای جنس سوم آنلوویریده (گاما) طبقه بندی شدند.dna مربوط بهttmdv/sav در افراد مبتلا به هپاتیت b، هپاتیت c، بیماری حاد دستگاه تنفسی، بیماری کاواساکی و hsp در کره گزارش شده است. توزیع جغرافیایی این ویروس هنوز مشخص نشده است. بعد از سرطان سینه، سرطان گردن رحم شایع ترین سرطان در زنان در سرتاسر دنیا می باشد.یکی دیگر از ناهنجاری های سلول های پوششی گردن رحم و استروما، سرویسیت می باشد که به معنی التهاب گردن رحم است که علت آن، عوامل عفونی مانند (ویروس ها(هرپس سیمپلکس ویروس)، نایسریا گنوره، تراکوموناس واژینالیس، مایکوپلاسما جنیتالیوم، اوره آ پلاسما اوره آ لیتیکوم، ترپونما پالیدوم می باشند. با توجه به سطح بالای حضور ژنوم اعضای دیگر این جنس (ttv/ttmv) در سوآب های رحمی و با توجه به اینکه یکی از عوامل مسبب سرطان ها، ویروس ها هستند و نبود اطلاعات در مورد فراوانیttmdv/sav در تومورها و همچنین در بافت های گردن رحم، هدف از این مطالعه، تعیین فراوانی این ویروس در التهاب و تومورهای گردن رحم در اصفهان، ایران بود. در این تحقیق، 121نمونه از بافت های ثابت شده در فرمالین و پارافینه شده مربوط به بیماران دارای سرطان گردن رحم(42مورد) و التهاب گردن رحم (79مورد) از بایگانی بخش پاتولوژی بیمارستان الزهرا در اصفهان مورد بررسی قرار گرفت. بعد از برش گیری و دپارافینه کردن بافت ها، استخراج dna با روش فنول/کلروفرم/ایزوآمیل الکل انجام شد. برای تائید کیفیت dnaاستخراجی، از پرایمرهایd-141f وd-141r مربوط به ژن gjb2به عنوان،housekeeping geneاستفاده گردید. سپس با استفاده از پرایمرهایsmas/smar برای ژنوم ttmdv/sav و روشpcrآشیانه ای، نمونه ها مورد بررسی قرار گرفتند. در pcrآشیانه ای، محصولاتی به اندازه 441/431 جفت باز در ژل الکتروفورز نمونه های مثبت، مشاهده گردیدند. dna های استخراج شده تعیین توالی گردیدند و با بررسی و مقایسه چهار توالی بدست آمده(hq259681, hq259682, jn112516, jn112517) با بعضی از توالی هایموجود در بانک ژن، درجه بالایی از تنوع ژنتیکیttmdv/sav (96%-69%) مشاهده گردید.از42 مورد توموری و 79 مورد التهاب گردن رحم به ترتیب 23(7/54%) و 38(1/48%) از نظر حضورژنوم ttmdv/savمثبت بودند. هیچ کدام از نمونه های کارسینومای سلول های سنگفرشی مثبت نبودند. از 22 و 18 مورد از آدنوکارسینوما ونئوپلازی سلول های پوششی گردن رحم به ترتیب 9 و 14 مورد مثبت بودند. در کل، 4/50% از موارد التهاب و تومورهای گردن رحم از نظر حضور ژنوم ttmdv/savمثبت بودند. تفاوت معناداری در فراوانیttmdv/sav بین نمونه های توموری و سرویسیت مشاهده نشد(05/0 p>). درنمونه های توموری، تفاوت معنی داری بین فراوانیttmdv/sav در آدنوکارسینوما ونئوپلازی سلول های پوششی گردن رحم مشاهده گردید(05/0 p< ). در این تحقیق برای اولین بار در ایران و در دنیا حضورttmdv/sav در التهاب و تومورهای گردن رحم گزارش گردید. حضور ویروس در بافت های گردن رحم" علاوه بر راه های دیگر انتقال" احتمال انتقال ویروس از طریق ارتباط جنسی را پیشنهاد می نماید. فراوانی بالاتر معنی دار ویروس در موارد نئوپلازی سلول های پوششی گردن رحم ممکن است مربوط به طبیعت سلول های موجود در این بافت ها و یا عوامل دیگر باشد که اثبات آن به تحقیقات بیشتری نیاز دارد. کلمات کلیدی: ttmdv/sav(torque teno midi virus/small anellovirus)، التهاب گردن رحم، تومورهای گردن رحم

بیماری مالاریا با تهدید تقریبا نیمی از جمعیت کره ی زمین، از مهم ترین مشکلات بهداشتی جهان محسوب می شود. روش قطعی در تشخیص مالاریا، مشاهدات میکروسکوپی گسترش های خونی بیماران است. گسترش های خونی، روش هایی برای تثبیت موقعیت انگل بر روی لام خون می باشند. تشخیص مالاریا با استفاده از مشاهدات میکروسکوپی، وظیفه ی زمان بر و خسته کننده ای برای تکنسین محسوب می شود. علاوه بر این ، به دلیل واگذاری تصمیم نهایی به چشم و نظر انسان، احتمال بروز خطا در تصمیم گیری بویژه در مراحل ابتدایی شکل گیری انگل در خون وجود دارد. بکارگیری روش های کامپیوتری به منظور اتوماتیک نمودن روند تشخیص، می-تواند در رفع برخی از مشکلات موجود مفید واقع شود. با توجه به این مسئله در این تحقیق، شکل و یا محدوده ی آلوده به انگل به صورت اتوماتیک استخراج می گردد. نحوه ی دست یابی به این محدوده، با ارائه ی یک روند جستجوی کامل انجام شده است که بخش اصلی الگوریتم پیشنهادی در تشخیص اتوماتیک مالاریا را به خود اختصاص می دهد. به صورت کلی، الگوریتم پیشنهادی شامل مراحل پیش پردازش، بخش بندی، استخراج ویژگی ها و طبقه بندی می باشد. مرحله ی پیش پردازش با استفاده از الگوریتم فیلترگذاری انتشار غیر خطی به منظور حذف نویزهای موجود در تصویر انجام می شود. وظیفه ی مرحله ی بخش بندی، جداسازی اشیاء رنگ شده در تصویر، که کاندیدهایی برای حضور انگل هستند، بوده و هر شیء استخراجی ورودی الگوریتم جستجو در نظر گرفته می شود. الگوریتم جستجو پیشنهادی بر پایه ی الگوریتم برازش بیضی به روش حداقل مربعات می باشد و شکل انگل را در طی چند مرحله جستجو شامل جستجوی هسته، جستجوی دایره ای و جستجوی بیضوی کامل می نماید. جستجوی هسته در واقع یک آستانه-گذاری بر مبنای شدت روشنایی است. با اعمال جستجوی دایره ای، موقعیت و نقاط اولیه حضور انگل در اطراف هسته ی استخراجی تعیین می گردد. بعداز این مرحله، الگوریتم برازش بیضی به نقاط اولیه برازش شده تا پارامترهای جستجوی بیضوی بدست آید. جستجوی بیضوی با استفاده از پارامترهای بیضی اعمال شده، جستجو را در حوالی بیضی برازش شده متمرکز کرده و شکل انگل را کامل می کند. پیشنهاد این مرحله در تشخیص اتوماتیک مالاریا، علاوه بر این که مراحل استخراج ویژگی ها و طبقه بندی را ساده و سریع نموده است، الگوریتم پیشنهادی را در برخورد با گلبول های هم پوشان بدون نیاز به روش های جداسازی چنین گلبول هایی توانمندکرده است. الگوریتم پیشنهادی با استفاده از ویژگی های هندسی استخراجی و قوانین تصمیم گیری، تصمیم گیری لازم مبنی بر سالم یا آلوده بودن گلبول را اتخاذ می نماید. اعمال الگوریتم پیشنهادی به تصاویر تهیه شده از گسترش نازک خون، در گروه آسیب-شناسی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان زیر نظر دکتر طالبی،حساسیت %21/ 82 و خصوصیت %02/98 را نتیجه داده است.

سلول های بنیادی پالپ دندان شیری (shed) به عنوان یک جمعیت نو از سلول های بنیادی شناخته شده است که قادرند به انواعی از سلول ها شامل سلول های عصبی تبدیل شوند. سلول های بنیادی پالپ دندان از تاج عصبی منشا می-گیرند و ویژگی های نورونی شامل تولید فاکتورهای نوروتروفیک از قبیل ngf(nerve growth factor)،bdnf (brain derived neurotrophic factor) ، nt3 (neurotrophin 3) و nt4(neurotrophin 4) را دارا می باشند. تاثیرات حفاظت نورونی این فاکتورها به خوبی بررسی شده است. یکی از فاکتورهایی که احتمالا در تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به سمت سلول های عصبی دخیل است نوروتروفین ها می باشند. نوروتروفین ها عوامل رشد هستند که در فعالیت های متفاوت دستگاه عصبی شامل تداوم بقا (survival)، تکثیر(proliferation)، تمایز(differentiation)، میلیناسیون(myelination)، رشد آکسون (axonal growth) ، مرگ سلولی(apoptosis) و پلاستیسیتی سیناپسی(synaptic plasticity) شرکت می کنند. هدف از این مطالعه بررسی بیان کمی نوروتروفین ها در بافت پالپ، سلول های بنیادی پالپ دندان و سلول های عصبی تمایز یافته از این سلول-های بنیادی است. میزان بیان فاکتور های نوروتروفیک درسلول های ذکر شده، اهمیت و نقش این فاکتور ها را در تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به سلول های عصبی مشخص می کند. روش انجام این مطالعه بر پایه تکنیک real time pcr استوار است. پس از کشت و جداسازی سلول های بنیادی پالپ دندان و تمایز آن ها به عصب، rna کل از هر مرحله اسخراج شده و به cdna تبدیل شد. سپس پرایمر های مربوط به هر کدام از ژن های نوروتروفین طراحی شده و real time pcr انجام شد. سپس با استفاده از آزمون های آماری anova نتایج بررسی شد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که تمامی فاکتور های نوروتروفیک در سلول های عصبی تمایز یافته از سلول های بنیادی پالپ دندان، بیان قابل توجهی دارند. افزایش بیان معنی داری را در سلول های تمایز یافته نسبت به پالپ و سلول های بنیادی شاهد هستیم. و بیان فاکتور nt-3 نسبت به دیگر فاکتور ها در سلول های تمایز یافته بالاتر است. با توجه به مطالعاتی که توسط دانشمندان انجام گرفته بود، نوروتروفین ها در طول تکامل دندان مورد نیاز می باشند. فاکتور ngf در عصب زایی دندان لازم و ضروری است. bdnf تمایز عصبی را در کشت های سلولی تاج عصبی افزایش می دهد و در پالپ دندان بیان بالایی دارد. nt-3 به عنوان فاکتور تمایزی در سلول های پالپ دندان عمل می کند و nt-4 بقای نورون ها را در دستگاه عصبی مرکزی و محیطی موجب می شود. با توجه به نتایج حاصل از این مطالعات و مقایسه آن با نتایج این مطالعه، می توان نتیجه گرفت که فاکتور های نوروتورفیک نقش مهمی را در سلول های عصبی ایفا می کنند و عاملی برای تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به عصب می باشند.