نام پژوهشگر: نوشین سهرابی

طراحی و ساخت وکتور بیانی جدید در مخمر pichia pastoris دارای پروموتر القایی fmd وتوالی histag
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1393
  مژگان رناسی   محمد برشان تشنیزی

عنوان: طراحی وساخت وکتور بیانی جدید در مخمر pichia pastoris دارای پروموتر fmd سلول های مخمری با توجه به میزان بیان بالا و سرعت رشد مناسب، میزبان های ایده آلی برای تولید پروتئین های نوترکیب در صنعت محسوب می شوند. از مخمرهای صنعتی می توان به مخمر متیلوتروف pichia pastoris اشاره کرد. اغلب برای بیان پروتئین نوترکیب در مخمر p. pastoris از پروموتر قوی و القایی aox1 استفاده می شود. یکی از مشکلات استفاده از این پروموتر، اضافه کردن دائمی متانول به عنوان القاکننده در محیط کشت بیانی و افزایش خطر اشتعال و همچنین هزینه های تولید می باشد. در اینجا از پروموتر قوی و القایی fmd در ساختار وکتور بیانی مخمر استفاده شد؛ که این پروموتر در غلظت های پائین گلوکز القا شده و بیان ژن تحت کنترل خود را انجام خواهد داد. از وکتور بیانی ppink?-hc به عنوان وکتور پایه استفاده شد که دارای پروموتر aox1 و سیگنال پپتید ترشحی mf? در بالادست جایگاه کلونینگ و ترمیناتور cyc1 در پائین دست آن می باشد. پس از تعیین نمودن توالی پروموتری fmd و سیگنال پپتید ترشحی mf? و همچنین طراحی سایت های برشی، توالی نهایی در وکتور puc57 سنتز شد. هضم آنزیمی بر روی پلاسمید puc57-fmd-mf? با آنزیم های محدود کننده bamhi و kpni انجام شد و قطعه ژنی fmd-mf? با اندازه 1380 جفت باز از روی ژل آگاروز جدا گردید. در ادامه هضم آنزیمی وکتور بیانی مخمری ppink?-hc جهت حذف پروموتر aox1 با آنزیم های محدود کننده bglii و kpni انجام شد و کلونینگ قطعه fmd-mf? در وکتور ppink-aox1- انجام گردید. صحت ساختار وکتور جدید با تعیین توالی تایید شد.

بررسی تنوع ژنتیکی به روش مارکرهای میکروستلایت در گونه های کاندیدا گلابراتا جدا شده از بالین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده زیست شناسی 1394
  سعیده علی پور   نوشین سهرابی

در سالهای اخیر به دلیل افزایش فاکتورهای مستعدکننده و افراد مبتلا به نقص سیستم ایمنی، عفونت های فرصت طلب ناشی از گونه های کاندیدا نیز افزایش قابل ملاحظه ای یافته است. اگرچه کاندیدا آلبیکنس به عنوان شایع ترین عامل کاندیدیازیس حائز اهمیت می باشد ولی گونه های دیگر کاندیدا از قبیل کاندیدا گلابراتا نیز به دلیل مقاومت در برابر داروهای ضد قارچی اهمیت زیادی پیدا کرده اند. مصرف گسترده و بی رویه داروهای ضد قارچی از دسته آزول ها ممکن است سبب گسترش مقاومت به فلوکونازول گردد. از سوی دیگر برخی گونه ها مانند کاندیدا گلابراتا ممکن است به صورت ذاتی به ترکیبات آزول از جمله فلوکونازول مقاوم باشند. با توجه به مشکلات در مانی موجود و مقاومت به درمان بیماران که باعث شکست درمانی، صرف هزینه های قابل توجه و مراجعات مکرر به پزشک می شود و با توجه به اینکه تاکنون در ایران مطالعه ای در زمینه تنوع ژنتیکی کاندیدا گلابراتا صورت نپذیرفته لذا ما برآن شدیم تا در این تحقیق برای نخستین بار در کشور با استفاده از روش میکروستلایت به بررسی جنبه های اپیدمیولوژیک این قارچ بپردازیم. تعداد83 نمونه بالینی کاندیدا گلابراتا از شهرهای تهران، کاشان، اصفهان وشیراز به مدت 2 سال جمع آوری شد، سپس جهت تایید گونه مخمر و خالص بودن آن از محیط کروم آگار وتکنیک واکنش های زنجیره ای پلی مراز _بررسی پلی مورفیسم طولی قطعات شکسته شده توسط هضم آنزیمی و تعیین توالی استفاده شد. در مرحله بعد بر اساس مقاله موجود 6 سری پرایمر اختصاصی جهت انجام تکنیک(ام ال وا) انتخاب و بعد از تکثیر قطعات توسط پرایمرهای مذکور، در نهایت جهت تعیین تعداد آلل های مورد نظرو شمارش توالی های تکراری به نمایندگی از هر باند، نمونه به شرکت های تعیین توالی فرستاده شد. ارتباط بین سویه ها و سایر فاکتور ها بر اساس ترسیم درخت فیلوژنتیک مشخص گردید. بر اساس تکنیک(ام ال وا)جهت پرایمر 4 تعداد 5 آلل، پرایمر5 تعداد 4 آلل، پرایمر7،6 ،10و11تعداد3 آلل مشخص شد.72 ژنوتایپ کاملا متفاوت گزارش شد.22 ایزوله به صورت دو به دو دارای ژنوتایپ یکسان بودند. در کل شهر تهران بیشترین تنوع ژنتیکی را در بین شهرهای دیگر نشان داد. اطلاعات حاصل از این تحقیق در شناسایی بهتر پاتوژنز این مخمر، برنامه ریزی آتی بهداشتی و اتخاذ آنتی بیوتیک مناسب نقش موثری خواهد داشت.