نام پژوهشگر: فروزنده محجوبی

بررسی تغییرات ژنتیکی ناحیه تنظیمی ژن گاما گلوبین در بیماران تالاسمی اینترمدیا و ارزیابی عملکردی آنها در سازه های ژنی قابل بیان در سلول های رده اریتروئیدی k562
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری - دانشکده علوم پزشکی 1388
  محمد حمید   فروزنده محجوبی

تالاسمی اینترمدیا به دسته ای از انواع تالاسمی ها اطلاق می شود که در آن شدت علائم بیماری از تالاسمی ماژور خفیف تر و از تالاسمی مینور شدیدتر می باشد. افزایش بیان هموگلوبین f یکی از فاکتورهایی است که باعث کاهش شدت بیماری تالاسمی ماژور و تبدیل آن به تالاسمی اینترمدیا می شود. در این تحقیق تغییرات نوکلئوتیدی مربوط به نواحی پروموتری ژن های a ، g گلوبین و نواحی تنظیمی بالادست و پایین دست خوشه ژنی بتا گلوبین بنام های 3`hs1 و hs-111 در بیماران تالاسمی اینترمدیا، بیماران تالاسمی ماژور و افراد کنترل مورد بررسی قرار گرفت. ازمجموع پنج تغییر بدست آمده در نواحی تنظیمی ژن a گلوبین تغییر -588 (a>g) و ناحیه hs-111(-21a>g) در بالادست خوشه ژنی بتا گلوبین ارتباط معنی داری با افزایش هموگلوبین f در بیماران تالاسمی اینترمدیا داشتند. همچنین ارتباط کاملی بین آلل + مارکر xmni و آلل a جایگاه -588 مشاهده شد. برای بررسی نقش عملکردی آلل های a وg جایگاه -588 در افزایش بیان ژن aγ سه سازه دارای minilcr ، ژن های aγ و بتا گلوبین ساخته شد. تفاوت این سازه ها در ناحیه پروموتری ژن aγ می باشد که در جایگاه -588 دارای آلل a وg بودند. علاوه براین در سازه سوم در جایگاه 175- با استفاده از روش site directed mutagenesis تغییر c به t ایجاد شد تا بعنوان کنترل مثبت استفاده شود. بعد از ترانسفکشن سازه ها در سلول های رده اریتروئیدی k562 بیان ژن a? گلوبین از طریق real time rt-pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. در مقایسه با پلاسمید mock (pcdna3.1) بیان ژن aγ به ترتیب در سازه های همراه با آلل a و g در جایگاه -588 و آلل t در جایگاه 175- (3/2 و 6/4)، (2 و 3/4) و(2/9 و 6/22) بود. این داده ها نشان می دهد که نقش عملکردی آلل a در افزایش بیان ژن a? در مقایسه با کنترل مثبت اندک می باشد. همچنین در رابطه با بیان ژن aγ در سازه های دارای آلل های a وg در جایگاه -588 اختلاف معنی داری مشاهده نشد. از این مطالعه می توان نتیجه گرفت که آلل a جایگاه -588 ، آلل + مارکر xmni و آلل hs-111(-21a) مارکر های مناسب و کاربردی برای تمایز بیماران تالاسمی اینترمدیا از بیماران تالاسمی ماژور بحساب می آیند که به تنهایی عامل افزایش هموگلوبین f نبوده و احتمالا در شرایط اریتروپوئز در حضور فاکتورهای تنظیمی دیگر باعث افزایش بیان هموگلوبین f می شوند.

بررسی ژنهای موجد مقاومت به شیمی درمانی (mrp1,mdr1) در مبتلایان به سرطان پستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1388
  محسن طاهری   فروزنده محجوبی

یکی از مشکلات دردرمان بیماران مبتلا به سرطان مقاومت دارویی است ،به طوری که این بیماران نسبت به داروهای مختلف که مکانیسم های اثرمتفاوتی دارند مقاوم می شوند. مقاومت دارویی پدیده پیچیده ای است که در آن ژن های متعددی که تنظیم کننده انتقال دارو، ترمیم سلولی، خنثی کردن سموم ومتابولیسم داروها می باشند نقش دارند.با این وجود در اغلب رده های سلولی و بیماران سرطانی افزایش فعالیت ژن های abc transporter می تواند اساس فنوتیپ مقاومت باشد.افزایش فعالیت ژن های فوق در بسیاری از سیستم های in vitro دیده شده است. با این حال اهمیت کلینیکی آن در بیماران سرطانی مشخص نیست. هدف از این تحقیق بررسی بیان ژن های mdr1،mrp1 ،bcrp ،lrp در بافت تومورال و مجاور تومور بیماران مبتلا به سرطان پستان و یافتن ارتباط احتمالی میان سطح بیان این ژن ها و پیامدهای کلینیکی وپاسخ به درمان است. علاوه بر آن اثر پلی مرفیسم c3435t بر بیان ژن mdr1 و پاسخگویی به درمان وعلائم کلینیکی وپاراکلینیکی مورد بررسی قرارگرفت. در این تحقیق بیان ژنهای فوق در54 بیمار مبتلا به سرطان پستان مراجعه کننده به بیمارستان امام خمینی تهران با استفاده از real time rt-pcr و فلوسایتومتری ارزیابی شد و با نوع پاسخ بیماران به داروهای شیمی درمانی مقایسه گردید. همچنین پلی مرفیسم c3435t ژن mdr1 توسط تکنیک pcr-rflp موردارزیابی قرارگرفت. بیان ژن lrp, mrp1, mdr1 در بافت تومورال بیماران نسبت به بافت سالم مجاور تومور به طور معنی دار افزایش پیداکرده بود. در حالیکه بیان ژن bcrp در بافت سالم نسبت به بافت تومورال افزایش نشان می دهد. همچنین در ارتباط با اثر بیان این ژنها بر پاسخ به درمان دیده شد که بیان ژنهای lrp, mrp1 در بیمارانی که به درمان پاسخ داده اند به طور معنی داری نسبت به بیمارانی که به درمان پاسخ نداده اند پائین تر می باشد در حالی که در مورد ژنهای bcrp, mdr1 دیده شد هر چند که بیان آن در بیمارانی که به درمان پاسخ داده اند پائین تر است اما این اختلاف معنی دار نمی باشد. نتایج فلوسایتومتری نیز نشان داد که بیان ژن های mrp1,mdr1 در بافت سالم مجاور تومور به طور معنی داری نسبت به بافت تومورال کاهش نشان می دهد. همچنین آنالیز همبستگی نشان داد که بیان mrp1,mdr1 در سطح mrna و پروتئین با همدیگر همبستگی دارد. بین بیان ژنهای فوق وعلائم کلینیکی وپاراکلینیکی مانند اندازه تومور، گرید بافتی ،در گیر غدد لنفاوی و... ارتیاطی دیده نشد. 18% بیماران ژنوتیپ cc، 56% ژنوتیپ ct و26% هم ژنوتیپ tt داشتند درحالیکه درگروه کنترل ژنوتیپ cc در 23%، ژنوتیپ ct در50% وژنوتیپ tt در27% افراددیده شد.گروه کنترل وبیماران ازنظرفراوانی آللها و ژنوتیپ باهم تفاوت معنی داری نداشتند. نتایج حاصل از اندازه گیری بیان ژن mdr1 نشان داد که بیان این ژن در مبتلایان به سرطان پستان با ژنوتیپ های متفاوت، اختلاف آماری معنی داری دیده می شود در گروه بیماران افراد دارای ژنوتیپ tt بیان کمتری نسبت به ژنوتیپ cc وct داشتند. همچنین بین کسانی که به درمان پاسخ داده بودند و آنهایی که به درمان پاسخ نداده بودند از نظر فراوانی ژنوتیپ تفاوت معنی داری دیده نشد. علائم ویافته های کلینیکی و پاتولوژی نیز با ژنوتیپ ارتباطی نشان نداد. در مجموع با توجه به نتایج ما ودیگر محققین به نظر می رسد که mrp1 و lrp به عنوان یک فاکتور پیش آگهی و معیاری برای ارزیابی پاسخ به درمان می توانند بسیار مفید باشند در حالی که در مورد mdr1 و bcrpنیاز به کار بیشتر و انجام مطالعات بشتری احساس می شود.

بررسی تنوع ژنتیکی کروموزوم y در جمعیت ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  زهرا لشگری   محمد حسین صنعتی

جمعیت ایران از نظر قومیت ،زبان و مذهب کشور بسیار متنوعی است. بر اساس نظریه های تاریخ دانان و جمعیت شناسان ریشه اقوام ایرانی را مهاجران آریایی می دانند که حدود 3000 سال قبل از میلاد مسیح از آسیای مرکزی وارد فلات ایران شده اند. از زمان حکومت هخامنشیان در قرن ششم قبل از میلاد، ایران فازهای مختلفی از ارتباطات سیاسی و مذهبی را تجربه نموده است. این سرزمین گروه های بومی را در برداشته و امواج متعددی از حمله های اقوام را جذب نموده است. به منظور تعیین اجزاء ذخیره ژنتیکی اجداد پدری ایرانیان، به دلیل فقدان نوترکیبی در بخش قابل توجهی از کروموزوم y و امکان استنتاج تاریخ جمعیت ها از طریق بررسی دودمان های مردان، در این تحقیق تنوع کروموزومy در نوزده جمعیت متفاوت از لحاظ قومیت، زبان و مذهب ساکن ایران توسط چهارده نشانگر y-snpبررسی گردید و هاپلوگروپ های اجدادی جمعیت ها بر پایه چند شکلی های دواللی کروموزوم y تعیین گردیدند. بر اساس نتایج بدست آمده تحقیق حاضر، در مقایسه جهانی جمعیت ایران از لحاظ شباهت کروموزوم y در مجاورت هند و پاکستان قرار داشته و از یک سو مابین جمعیت آسیای مرکزی و روسیه و از سوی دیگر مجاور خاورمیانه واقع می گردد. در تحقیق فوق، سهم هاپلوگروپ منتسب به اقوام آریایی در کل جمعیت ایران 2/10% بدست آمده است. همچنین تفاوت های قابل ملاحظه ای در نوع و فراوانی هاپلوگروپ ها میان جمعیت های مختلف ایران مشاهده گردید. مشاهده الگوهای متفاوت در میان بعضی از جمعیت ها را می توان ناشی از دودمان های غیر مشترک اجداد پدری جمعیت ها و یا ناشی از فاکتور های ایزوله کننده مانند مذهب ،(زرتشتیان و آشوریان) فرهنگ (ترکمنها و بلوچ ها) و انحراف ژنتیکی ایجاد شده در جمعیت های کوچک( اقلیت های مذهبی) دانست. نتایج حاصل شده در خصوص کروموزوم y وجود اجداد آریایی در جمعیت بلوچ، منشاء ترکمن ها در آسیای میانه و وجود اجداد آفریقایی را در سیاهپوستان ایران نشان می دهد. در صورتی که در مورد اقوام آذری، کرد، عرب و آشوریان نتایج بدست آمده متفاوت با گزارشات تاریخی در مورد منشاء این جمعیت ها به نظر می رسد. در میان جمعیت های مذهبی ایران، آشوریان دارای جمعیت منحصر به فردی می باشند. احتمالاً به دلیل مذهب و فرهنگ خاص خود هیچ گونه اختلاطی با جمعیت های ساکن ایران نداشته اند. نتایج تحقیق حاضر تصویری از تنوع اجداد پدری جمعیت های مختلف ساکن ایران را در پیش روی ما گذاشته است بر اساس آن و بر خلاف نظر تاریخ دانان و جمعیت شناسان، نمی توان اجداد جمعیت های مختلف ایران را از لحاظ ژنتیکی در یک گروه غالب قوم آریایی منظور نمود. لذا درحوزه های مختلف خصوصاً تشخیص هویت ژنتیکی، بررسی های پزشکی قانونی، تعیین نسب ها، تحقیقات در زمینه بررسی ارتباط احتمالی میان بیماری و ژنها، مقایسه بین افراد بیمار و سالم، جهت تفسیرو قضاوت دقیق و علمی، لازم است ساختار ژنتیکی هر قوم جداگانه مورد توجه قرار گیرد واستفاده از اطلاعات ساختار ژنتیکی یک قوم و تعمیم نتایج بدست آمده به کل جمعیت ایران منطقی نمی باشد. نتایج این تحقیق بخشی از ساختار متنوع را مشخص نمود.

بررسی اثر ژن mdr1 و پلی مورفیسم های g2677t و c1236t آن در ایجاد مقاومت به دارو های شیمی درمانی در بیماران مبتلا به لوسمی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1389
  ندا مخبریان   فروزنده محجوبی

یکی از مشکلات مهم در ارتباط با شیمی درمانی سرطان مقاومت به داروهای ضد سرطان است. مقاومت به داروهای ضد سرطان پدیده ای است که سلول های سرطانی زمانی که با یک داروی ضد سرطان مواجه می- شوند، نسبت به بقیه داروهای ضد سرطان با ساختار و عملکرد متفاوت نیز، مقاوم می شوند. مکانیسم های مختلفی برای این پدیده شناخته شده است. یکی از این مکانیسمها بیان بیش از حد abcترانسپورترهاست. عمومی ترینabc ترانسپورتر در غشاء سلول،p-گلیکوپروتئین است. ژن mdr1 که روی کروموزوم 7 قرار دارد، کد کننده ی p-گلیکوپروتئین با وزن مولکولی 170کیلو دالتون است. هدف از این تحقیق بررسی بیان ژن mdr1 در بیماران مبتلا به لوسمی بود. علاوه بر این فراوانی پلی مورفیسم هایg2677t و c1236t ژن mdr1 در بیماران مبتلا به لوسمی مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه نمونه های خون 30 بیمار مبتلا به لوسمی و30 فرد سالم جمع آوری گردید و سپس rna و dna این نمونه ها استخراج شد. سطح بیان ژن با استفاده از تکنیک real time rt-pcr ارزیابی شد .همچنین فراوانی پلی مورفیسم ها با روش سیستم تکثیر متزلزل جهش (arms) مورد مطالعه قرارگرفت. هیچگونه اختلاف معنی داری بین دو گروه ( کنترل و بیمار) از نظر بیان ژنmdr1 یافت نشد. علاوه بر این نتایج نشان داد که هیچگونه اختلاف معنی داری از نظر فراوانی پلی مورفیسم هایg2677t و c1236tبین دو گروه وجود نداشت.در نتیجه با توجه به این که افزایش بیان ژن mdr1 مشاهده نشد، بنابراین با افزایش تعداد نمونه های بیمار و همچنین مطالعه ژن های دخیل در مقاومت دارویی، می توان مطالعات وسیع تری را در این زمینه انجام داد. کلمات کلیدی: پلی مورفیسم، abc ترانسپورترها، mdr1، مقاومت دارویی

بررسی میزان بیان ژن های موجد مقاومت به شیمی درمانی mdr1,mrp1 در بیماران مبتلا یه سرطان کلورکتال
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  سارا سامانیان باقرصاد   فروزنده محجوبی

سرطان نوعی بیماری است که در آن سلول ها توانایی تقسیم و رشد عادی خود را از دست می دهند ازاجتماع این سلول های سرطانی, توده ای به نام تومور ایجاد می شود. مرگ ناشی از سرطان در سال ???? ، ?/? میلیون نفر بوده است که ??%از کل ?? میلیون مرگ در سراسرجهان رابه خوداختصاص میدهد. سرطان کلورکتال که به نام های سرطان کلون یا روده نیز خوانده می شود، در پی رشد سلول های سرطانی در کولون، رکتوم و آپاندیس بروز می کند. از نظر آماری در ایران سرطان کولورکتال در مردان در رتبه ی پنجم و در زنان در رتبه ی سوم قرار دارد. دربین درمانهای متداول سرطانها, شیمی درمانی از موثرترین روشها برای بیماران مبتلا به سرطان کلورکتال است. به حالتی که سلول های سرطانی به طیف وسیعی از داروها که از نظر ساختمانی وعملکردی کاملا متفاوت هستند, مقاوم میشوند اصطلاحاً مقاومت داروئی چندگانه به طوراختصارmdr گفته می شود (multi drug resistance). دربین مکانیسمهای دخیل در ایجاد مقاومت دارویی, افزایش بیان ژنهایی که به طور طبیعی در برخی از بافتهای انسانی فعالیت دارند وحاملین مواد زائد به خارج سلول بوده از جمله mdr1وmrp1 مد نظر این پروژه قرارگرفته اند تکنیکی که در این پروژه مورد استفاده قرار گرفته است روش real time rt-pcr است که روشی سریع و اختصاصی با قابلیت تکرارپذیری است . بیان ژن mdr1 در بافت تومورال بیماران افزایش بیان معناداری نسبت به بافت سالم مجاور تومور نشان داد همچنین بیان ژن mdr1 با مرحله ی هیستولوژیک بیماری ارتیاط معناداری دارد. ولی بیان ژن mrp1 در بافت تومورال وسالم تفاوت معناداری نداشت.

بررسی ژن/nkx2-1 ttf-1دربیماران مبتلا به هیپوتیروئیدیسم مادرزادی ناشی از تیروئید دیسژنزی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1390
  فهمیه فتاحی   فروزنده محجوبی

کم کاری تیروئید مادرزادی یک نقص متابولیکی است که به طور متوسط در هر 3000 یا 4000 تولد یک نوزاد به آن مبتلا می باشد و از طریق غربالگری این نوزادان مورد شناسایی قرار می گیرند. بیماران مبتلا دچار تیروئید دیسژنزی و یا نقایص هورمونی می باشند. نقص در 5 ژن ttf-1,ttf-2,tshr,pax8وgs? می تواند در کم کاری تیروئید مادرزادی دیسژنزی نقش داشته باشد. با توجه به اینکه در مطالعات پیشین ارتباط بین ژن های pax8 وttf-2 و ابتلا به بیماری، صورت گرفته بود، در این مطالعه به بررسی ژن های ttf-1 و tshr )اگزون های 5 و7) در بیماران مبتلا به کم کاری تیروئید مادرزادی ناشی از دیسژنزی پرداخته شد. پروتئین ttf-1 از طریق برهمکنش با پروتئین های دیگردر رونویسی سایر ژن ها نقش دارد و پروتئین tshr گیرنده ی غشایی برای هورمون tsh می باشد . نمونه خون های 30 نوزاد مبتلا به کم کاری تیروئید مادرزادی دیسژنزی و والدین آنها جمع آوری و dna آنها با استفاده از کیت استخراج dna استخراج شد. تغییرات احتمالی در توالی ژن های ttf-1 و tshr (اگزون های 5 و7) با استفاده از روش های pcr-sscp در بیماران مورد مطالعه بررسی گردید ونمونه هایی که دارای تغییر در الگوی باندینگ بودند، تعیین توالی گردیدند. در نهایت یک پلی مورفیسم هتروزیگوت (t/c) در اگزون 7 (g.146130 c>t ) ژن tshr در بیماران تحت بررسی مشاهده شد؛ هیچ گونه جهش ویا پلی مورفیسمی در ژن ttf-1در بیماران تحت بررسی دیده نشد. با توجه به بررسی های صورت گرفته ونقش پروتئین ttf-1 وبرهمکنش آن با سایر پروتئین ها، بررسی ژن ها ی آنها وبرهمکنش آنها نیز برای شناسایی نقص احتمالی در کارکرد پروتئین ttf-1 علاوه بر بررسی نقص ژنی پیشنهاد می گردد.

بررسی موتاسیونهای ژن ecm1 (اگزون های 9، 5، 4، 3، 2، 1 و 10) در بیماران ایرانی مبتلا به lipoid proteinosis و ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ بیماران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1390
  سمیرا کلایی نیا   فروزنده محجوبی

هدف: lipoid proteinosis یک بیماری نادر اتوزومی مغلوب است که از جهش در پروتئین ماتریکس خارج سلولی1 (ecm1) بوجود می آید. ژن ecm1 ، 10 اگزون دارد و در مطالعاتی که تا به امروز صورت گرفته، ثابت شده میزان جهش در 3 اگزون این ژن (6، 7 و8) از سایر اگزون های آن بیشتر بوده است. مطالعات قبلی در مورد این بیماری، بررسی جهش های 3 اگزون 6، 7 و 8 بوده است. مطالعه فعلی ما در مورد 7 اگزون (1، 2، 3، 4، 5، 9 و 10) باقی مانده است که تا به امروز هیچ بررسی در مورد این اگزون ها صورت نگرفته است. هدف ما این است که موتاسیون های دخیل در ایجاد بیماری lp در بیماران ایرانی را بررسی کنیم تا بتوانیم مارکری برای تشخیص بیماری ارائه دهیم و افراد ناقل بیماری را غربالگری کنیم تا از تولد نوزادان مبتلا جلوگیری شود. موتاسیون های موجود در اگزون ها را بررسی کنیم تا مشخص کنیم که آیا ارتباطی بین ژنوتیپ و فنوتیپ بیماران وجود دارد و در ادامه اگر موتاسیون موثر جدیدی یافت کردیم، آن را گزارش کنیم. نهایتا به خانواده های دارای فرزند مبتلا کمک کنیم تا با کنترل حاملگی فرزندانی سالم داشته باشند. روش: نمونه های خون 9 خانواده از بیماران مبتلا به lp ، dna استخراج شد و سپس با استفاده از پرایمرهای اختصاصی هر اگزون، pcr انجام شد و محصولات pcr تهیه شده جهت جهش یابی مورد توالی یابی قرار گرفت. نتیجه: در 11 بیمار بررسی شده در این مطالعه هیچ جهشی یافت نشد. و می توان این گونه نتیجه گرفت که جهش در اگزون های 9،5،4،3،2،1 و 10 نسبت به اگزون های 8،7،6 خیلی کمتر رخ می دهد. کلمات کلیدی : لیپوئید پروتئینوزیز، پروتئین ماتریکس خارج سلولی، توالی یابی

بررسی بیان ژن آنزیم تلومراز در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال مقاوم به شیمی درمانی و ارتباط آن با شیمی درمانی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1391
  سمیرا شعبانی   فروزنده محجوبی

یکی از دلایل اصلی مرگ سرطان می باشد.علی رغم پیشرفت های اخیر در درمان سرطان،نتایج کلینیکی هنوز دور از انتظار است.مقاومت به داروهای شیمی درمانی یک مانع اصلی در درمان موثر در اکثر سرطان ها می باشد. در مطالعه حاضر ارتباط بین بیان آنزیم تلومراز و علایم کلینیکی و پاراکلینیکی بررسی می شود.همچنین به دنبال این هستیم که آیا بیان آنزیم تلومراز با پاسخ به شیمی درمانی مرتبط هست یا نیست.بدین منظور بافت های توموری و بافت های سالم مجاور تومور 50 بیمار دارای سرطان کولورکتال برای بررسی بیان زیر واحد htert آنزیم تلومراز با استفاده از تکنیک real time rt-pcr مورد ارزیابی قرار گرفت.یک ارتباط معنی دار میان سطح بیان تلومراز و مرحله سرطان یافت شد. میان بیان تلومراز و سایر مشخصات کلینیکی مثل سایز تومور و درگیری غدد لنفاوی یافت ارتباط معنی داری نشد.مطالعه ی ما نشان داد که بررسی کمی بیانhtert ممکن است به عنوان یک مارکر مهم در تشخیص سرطان در مراحل اولیه به کار برده و استفاده شود.علاوه بر این تکنیک real time rt-pcr یک تکنیک ساده،سریع و حساس در تشخیص و بررسی کمی بیان htert می باشد. کلمات کلیدی:سرطان کولون،تلومراز، real time rt-pcr

مطالعه ژن vcam-1 در بافت تومورال و نرمال بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال بعنوان بیومارکر احتمالی تشخیص و پیش آگهی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  مهدیه سیاسی   فروزنده محجوبی

سرطان یکی از علل اصلی مرگ و میر در سراسر جهان می باشد(1). سرطان کولورکتال سومین سرطان شایع در سراسر جهان و چهارمین علت مرگ و میر می باشد(2). بسیاری از تحقیقات در کشف و توسعه بیومارکرهای زیستی برای بهبود روند تشخیص، پیش آگهی بیمار، انتخاب درمان و پیش بینی نتایج درمان متمرکز شده اند. در این مطالعه هدف ما بررسی بیان ژنvcam-1 در بافت تومورال و نرمال مجاور تومور بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال جهت یافتن بیومارکر احتمالی به منظور تشخیص زودرس و متاستاز این بیماری و ارتباط بیان این ژن باعلایم کلینیکوپاتولوژیک بیماران مبتلا به سرطان می باشد. بدین منظور از 60 نمونه بافت تومورال و 39 نمونه بافت نرمال مجاور تومور از بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال برای بررسی بیان ژن vcam-1 با استفاده از تکنیک rt-pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل این که ارتباط معناداری بین بیان ژن vcam-1 با نمونه های تومورال بیماران مبتلا به سرطان مشاهده شد. همچنین ارتباط قابل توجهی بین بیان ژن vcam-1 با درگیری و عدم درگیری گره های لنفاوی، جنسیت بیماران، پیشروی تومور به لایه های دیواره روده و پیشروی تومور به دیواره براساس طبقه بندی tnm و مرحله سرطان وجود داشت. با توجه به اینکه تکنیک rt-pcr از دقت بالایی برخوردار بوده و قابل اعتماد، تکرار پذیر و سریع می باشد، استفاده از آن برای تشخیص سرطان در مراحل ابتدایی اهمیت ویژه ای دارد. کلید واژه: سرطان کولورکتال، vcam-1، بیومارکرزیستی، rt-pcr

مطالعه ژن ets-1 در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال بعنوان یک بیومارکر احتمالی برای تشخیص یا پیش آگهی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1392
  نرگس شکورنیا   فروزنده محجوبی

سرطان کولورکتال یکی از شایع ترین انواع سرطان در سطح جهان میباشد و مطالعات نشان داده است که شیوع این سرطان در ایران نسبت به نرخ جهانی آن بالاتر است. علیرغم پیشرفت های زیاد سالهای اخیر درارتباط با تشخیص و درمان سرطان، این مشکل همچنان به عنوان یکی از معضلات بهداشت و درمان دردنیا مطرح بوده، بنابراین نیازمند بررسی های بیشتر ومتمرکزتری میباشد. در این ارتباط مطالعه بیان ژن های دخیل در سرطان نیز اهمیت ویژه ای یافته است. هدف از مطالعه حاضر، بررسی بیان ژنets-1 در مبتلایان، بعنوان یک بیومارکر تشخیصی احتمالی جهت تشخیص زود هنگام بیماری در افراد مستعد، ویا بعنوان یک بیومارکر پیش آگهی دهنده برای احتمال ریسک متاستاز در بیمارانی که در مراحل اولیه بیماری هستند می باشد. بعلاوه، بررسی ارتباط بین بیان نیمه کمی ژن ets-1 با پارامترهایی ازقبیل: سایزتومور، درگیری گره های لنفی، میزان پیشروی تومور در دیواره روده و بروز متاستاز صورت گرفت. در این مطالعه بافت توموری 64 بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و همچنین 44 نمونه بافت سالم مجاور تومور بعنوان شاهد برای بررسی بیان ژن ets-1 با استفاده از تکنیک rt-pcr مورد ارزیابی قرارگرفت. داده ها با نرم افزار spss و آزمون کای اسکوار و رگرسیون لجستیک آنالیز شد. نتایج مطالعه نشان داد بیان این ژن در بافت تومورال روده بطور معناداری از بیان دربافت سالم بیشتر است (66% در مقابل 45% ،p=0.03). بین بیان ژن ets-1 و سایز تومور و همچنین درگیری گره های لنفی ارتباط معنی داری وجود داشت (به ترتیب p=0.039 و p=0.009 ). بین بروز متاستاز در بیماران با درگیری گره های لنفی و همچنین میزان پیشروی تومور در بافت روده نیز ارتباط معنی داری دیده شد (به ترتیب p=0.047 و p=0.009). بین بیان ژن در زنان و مردان و در سنین مختلف تفاوت معنی دار آماری مشاهده نشد. روش رگرسیون لجستیک دوتایی نشان داد که هیچیک از فاکتورهای مورد بررسی با متاستاز ارتباط معنی دار آماری ندارد. گرچه نتایج این مطالعه نشان می دهد بیان ژن ets-1در بافت تومورال بطور معنی داری بیشتر از بافت نرمال میباشد، اما ازاین ژن نمیتوان بعنوان بیومارکرتشخیصی استفاده نمود. با توجه به ارتباط معنی دار بین بیان این ژن و درگیری گره های لنفی، از آنجایی که درگیر شدن گره های لنفی زمینه ساز و مقدمه بروز متاستاز در بیماران است، بنابراین، از بیان این ژن میتوان بعنوان یک بیومارکر پیش آگهی دهنده برای بروز متاستاز استفاده نمود.

مطالعه ارتباط بیان ژن fbxo39 (bcp-20) با علائم کلینیکی و پاتولوژیکی دربیماران مبتلا به سرطان کولورکتال
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1392
  سعیده رضایتی   فروزنده محجوبی

سرطان عامل اصلی مرگ در کشورهای توسعه یافته اقتصادی و دومین عامل مرگ در کشورهای در حال توسعه است. سرطان کولورکتال یکی از سومین سرطان رایج و چهارمین دلیل مرگ و میر در جهان است. سرطان کولورکتال در ایران، در مردان، چهارمین سرطان بوده و در زنان دومین سرطان محسوب می¬شود. بیشترین مرگ و میر ناشی از سرطان کولورکتال به علت متاستاز دادن آن است. تشخیص زود هنگام و اتخاذ روش های درمانی مناسب برای این افراد اهمیت پیش بینی سرطان کولورکتال و متاستاز دادن آن را دو چندان می کند. از آنتی ژن های سلول¬های سرطانی می¬توان به عنوان بیومارکر برای پیش¬بینی و تشخیص سرطان استفاده کرد. یکی از مارکرهایی که مختص تومورها می باشدcancer/testis antigens هستند. تومورهای سرطان کولورکتال به عنوان تومورهایی که بیان تعداد ژن¬های خانوادهcancer/testis antigens در آن ها محدود می¬باشد، شناخته شده¬اند. song و همکارانش در سال 2011 ، برای با هدف یافتن cancer/testis antigens بالقوه، موفق به معرفی ژنfbxo39 به عنوان یک cancer/testis antigen جدید شدند. با توجه به تنها مطالعه صورت گرفته و ذکر شده در بالا بیان این ژن فقط در بافت سرطانی کولون انجام شده است. در این مطالعه، بیان ژن¬ fbxo39 هم در بافت توموری و هم در بافت سالم مجاور تومور با استفاده از روش rt-pcr مورد بررسی قرار گرفت. همچنین برای اولین بار بیان ژن fbxo39 بر اساس مرحله سرطان نمونه های موردنظر نیز بررسی شد. بنا به داده های این مطالعه، بیان این ژن¬ محدود به سلول¬های بافت توموری بوده و بیان آنها در بافت¬ سالم مجاور تومور در هیچکدام از بیماران مشاهده نشد. همچنین در تمامی نمونه هایstage 0 بیان این ژن مشاهده شد. بنابراین با توجه به عدم بیان این ژن در بافت سالم و بیان آن در نمونه های مبتلا به مرحله ابتدایی سرطان می توان بیان این ژن را به بیومارکری احتمالی تشخیصی برای سرطان کولورکتال برشمرد. همچنین در این تحقیق برای اولین بار ارتباط بیان ژن fbxo39 با فاکتور¬های ریسک بالینی در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال مورد بررسی قرار گرفت و ارتباط معنی داری بین بیان ژن fbxo39 با درگیری گره های لنفاوی مشاهده شد. با توجه به اینکه درگیر شدن گره های لنفاوی مقدمه ای برای وقوع متاستاز در بیماران است، می توان گفت بیان این ژن زنگ خطری برای بروز متاستاز بوده و بدین ترتیب نقش یک بیومارکر پیش آگهی دهنده را نیز دارد.

بررسی جهش های ژن fanca و تاثیر آنها بر بیان این ژن در بیماران ایرانی مبتلا به کمخونی فانکونی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  علی اکبر صفارمقدم   فروزنده محجوبی

کمخونی فانکونی ، یک سندرم با تمایل به نارسایی مغز استخوان و بدخیمی است. ازخصوصیات بارز آن میتوان به نارسایی پیشرونده مغز استخوان ، استعداد ابتلا به انواع سرطان ها خصوصا aml وناهنجاریهای مادرزادی از جمله نداشتن یا بد شکلی های انگشت شست دست و عدم تشکیل استخوان ساعد، اشاره کرد. الگوی توارثی این بیماری آتوزوم مغلوب و در نوع b آن، وابسته به جنس است. تشخیص قطعی بیماری تست شکست کروموزومی با عوامل شیمیایی مثل میتومایسین سی ، یا دی اپکسی بوتان ، که همگی عوامل بر هم زننده اتصالات dna هستند، امکانپذیر می باشد. تاکنون 15 ژن مسبب برای این بیماری شناسایی شده که از این میان ژن fanca بیشترین موارد را به خود اختصاص داده است.در این بررسی ما به غربالگری موتاسیون های ژن fanca و تاثیرآنها بر بیان این ژن دربیماران ایرانی مبتلا به بیماری کمخونی فانکونی که با تست میتومایسین سی وعلائم کلینیکی مربوطه تشخیص داده شده اند، می پردازیم. از 318 خانواده ارجاع شده به سازمان انتفال خون ایران و بیمارستان محک برای آنالیز شکست کروموزومی با تست میتومایسین سی، 70 خانواده تست میتومایسین سی مثبت داشتند. از این میان، 40 خانواده در این مطالعه شرکت کردند. 36 خانواده شرکت کرده در مطالعه یک فرزند مبتلا و 4 خانواده دیگر دو فرزند مبتلا به کمخونی فانکونی داشتند. از 44 بیمار مورد بررسی، 17 مورد مرگ و11 مورد پیوند مغز استخوان داشتند. بعد از گرفتن نمونه خون از بیماران،rna استخراج، cdna ساخته شد. cdna هر بیمار با 21 جفت پرایمر همپوشان تکثیر ومورد بررسی قرار گرفت. از تکنیک hrm برای غربالگری و از نرم افزار linreg برای بررسی بیان ژن fanca استفاده گردید. در مجموع دو تا کدون ایست جدید، دو تا تغییردرفریم و سپس کدون ایست جدید، یک حذف شدگی بزرگ جدید و یک تغییر در اسید آمینه شناسایی شدند. بیان ژن fanca دراین بیماران با استفاده از نرم افزار linreg بررسی شده که همگی کاهش بیان را نشان دادند.