گروه آناستوموزی چهار قارچ rhizoctonia solani بیمارگر مهم و عامل بیماری مرگ گیاهچه و پوسیدگی ریشه در بسیاری از گیاهان می باشد. تاکنون هیچ گونه اطلاعاتی در ارتباط با نقش ساختار ژنتیکی و مرحله جنسی در اپیدمیولوژی ag-4 وجود ندارد. لذا این تحقیق با اهداف تعیین تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت های r. solani ag-4 با استفاده از آغازگرهای طراحی شده توسط زالا و همکاران (2008) و فروکو و همکاران (2009) انجام شد. صد و نود وهفت جدایه از مزارع مختلف از شش استان ایران (آذربایجان غربی، اصفهان، البرز، خراسان، لرستان و همدان) جمع آوری و ساختار ژنتیکی این قارچ برای بررسی تمایز جغرافیایی با استفاده از هفت جایگاه ریزماهواره ای ارزیابی شد. اغلب ژنوتیپ های چندجایگاهی مختص هر جمعیت بوده و تعداد کمی از ژنوتیپ های چندجایگاهی مشترک بود. بین جمعیت های مختلف جریان ژنی بالا تا متوسط، بر اساس شاخص تثبیت (fst) متوسط تا بالا در مقایسه جفت جمعیت ها مشاهده شد. تنوع ژنوتیپی بالا، نسبت بخش کلونال متوسط و وجود ژنوتیپ های اختصاصی جمعیت مطابق با سیستم تولید مثلی مخلوط برای جمعیت های مورد بررسی بود. احتمال داده می شود که خروج از موازنه هاردی وینبرگ، عدم موازنه گامتی و افزایش معنی دار هموزیگوت ها در نیمی از جایگاهها یا بیش از نیمی از جایگاهها به دلیل حضور آلل های ثبت نشده و اثر والاند باشد. تاکنون نشانگر ریزماهواره ای برای بررسی تنوع ژنتیکی در این بیمارگر طراحی نشده است. در این پژوهش 11 جایگاه ریزماهواره ای چندشکل از r. solani ag-4 با استفاده از روش غنی سازی طراحی گردید. تمامی این جایگاهها برای ارزیابی تنوع ژنی در جمعیت آلوده کننده لوبیا سبز در استان اصفهان مورد استفاده قرار گرفت. تعداد کل آلل ها از سه تا هفت آلل متغیر بود. میانگین شاخص picبرای 11 جایگاه 65/0 بود که نشان داد تمام جایگاههای ریزماهواره ای چندشکلی بالایی دارند. به منظور توالی یابی ناحیه its-rdna با استفاده از آغازگرهای its4/its5 ، 13 جدایه نماینده از شش میزبان متفاوت با ژنوتیپ چندجایگاهی ریزماهواره ای مختلف انتخاب گردید. درخت حاصل از تجزیه و تحلیل این توالی ها ، جدایه های مورد بررسی را به سه زیرگروه فیلو‍‍ ‍ژنتیکی hgi ، hgii و hgiii تفکیک نمود. از میان 13 جدایه مذکور، شش جدایه به طور تصادفی از شش میزبان مختلف برای آزمون بیماریزایی تقاطعی انتخاب شد. تمام جدایه ها قادر به بیماریزایی در تمام میزبانهای مورد آزمون، با شدت بالاتر روی میزبان اصلی خود بودند که با اختصاصی شدن میزبان مطابقت داشت. به نظر می رسد که تمایز جدایه ها در سطح its-rdna با شدت بیماریزایی آنها ارتباط نداشته باشد. این پژوهش اولین تجزیه و تحلیل ژنتیک جمعیت ag-4 r. solani عامل بیماری پوسیدگی طوقه و ریشه می باشد. همچنین اولین گزارش از طراحی جایگاههای ریزماهواره ای برای ag-4 می باشد که می تواند ابزار مفیدی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت r. solani ag-4 فراهم کند.

فوزاریوم سنبله گندم (fhb) یکی از بیماری های مهم قارچ گندم در مناطق مرطوب و نیمه مرطوب جهان می باشد. این بیماری باعث کاهش کمی محصول از طریق عقیمی گلچه و تشکیل دانه های چروکیده با کاهش وزن می گردد. در ایران فوزاریوز سنبله گندم از استان های مازندران، گلستان، فارس، هرمزگان و مغان گزارش شده است از اهمیت اقتصادی این بیماری به دلیل آلودگی دانه های چروکیده به میکوتوکسین هایی مانند داکس نیوالنل (don) و نیوالنل (nhv) افزایش یافته است. عامل این بیماری متعلق به بخش discolor و جنس فوزاریوم بوده و بیمارگر f. graminearum به عنوان گونه غالب گزارش شده است. جدایه ها f. graminearum مجموعه ای از تریکوتسین ها شامل niv,don، فوزارنون x و میکوتوکسین استروژنیک زرالنون را تولید می کنند. تریکوتسین ها در بیماریزایی f. graminearum در گیاهان موثرند همچنین با جلوگیری از سنتز پروتیین در سلول های یوکاریوتیکی برای سلامتی انسان و حیوان مضر می باشند. لذا پژوهش برای توسعه یک روش ساده و حساس برای ردیابی تریکوتسین ها به منظور کاهش خسارت اقتصادی fhb لازم و ضروری به نظر می رسد. در این تحقیق 39 جدایه f. graminearum از مزارع مختلف مازندران و 18 جدایه f. graminearum موجود در بخش بیماری شناسی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس با استفاده از روش های کلاسیک به عنوان گونه f. graminearum شناسایی شدند. گونه تشخیص داده شده تمام جدایه ها با استفاده از روش pcr و آغاز گرهای اختصاصی گونه تایید گردید. برای بررسی توانایی ژنتیکی تولید تریکوتسین در این جدایه ژن های tri5 (به عنوان اولین ژن موثر در تولید تریکوتسین) و tri6 (به عنوان عامل رونویسی) با استفاده از روش pcr و آغز گرهای اختصاصی ردیابی شدند. نتایج واکنش های pcr نشان داد که توانایی ژنتیکی تولید تریکوتسین در 57 جدایه آزمایش شده وجود دارد. سپس بیان این ژن ها و تولید تریکوتسین در شش چدایه بوسیله روش های کروماتوگرافی tlc و hplc مورد ارزیابی قرار گرفت. در ادامه تحقیق، تعیین گروه شیمیایی جدایه ها از نظر نوع تریکوتسین بر اساس ارزیابی ژن tri13 انجام شد. از 57 جدایه آزمایش شده 46 جدایه به گروه شیمیایی niv و 10 جدایه به گروه شیمیایی don تعلق داشته و جدایه fgsh10 متعلق به هر دو گروه بود. بر اساس نتایج بدست آمده از این تحقیق اغلب جدایه های ایرانی f. graminearum در گروه شیمیایی niv بر اساس pcr قرار گرفتند و همچنین نشان داده شد که در چدایه های ایرانی نیز توانایی تولید don وجود دارد، لیکن در بررسی نوع تریکوتسین تولیدی جدایه fgsh10 با استفاده از tlc و hplc فقط تریکوتسین نوع niv تایید گردید. به نظر می رسد که تنوع ژنتیکی بین جدایه ها با منطقه جغرافیایی و ژنوتیپ رقم گندم ارتباط داشته است. ای پژوهش اولین گزارش از ردیابی گروه شیمیایی don و niv/don در چدایه های ایرانی f. graminearum بر اساس استفاده از تکنیک pcr می باشد.