در این تحقیق خودپالایی رودخانه کارون توسط مدل qual2kw و شاخص کیفیت آب nsfwqi مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفت. ابتدا پارامتر های کیفیت آب رودخانه کارون در سه ایستگاه زرگان ،پل پنجم و کوت امیر شامل اکسیژن محلول، فیکال کلیفرم،دمای آب، ph ،اکسیژن خواهی بیوشیمیایی،نیترات، فسفات کل ،کدورت، کل مواد معلق ، برای 5 سال آماری (1386-1390) جمع آوری گردید و شاخص nsfwqi رودخانه کارون طی 5 سال محاسبه و طبقه بندی گردید. سپس تغییرات پارامترهای کیفیت آب رودخانه کارون در سال 1387 توسط مدل qual2kw برای دو ماه مرداد (کم آبی) و دی (پرآبی) شبیه سازی و واسنجی شد و با داده های مشاهداتی در ماه های شهریور و دی ماه همان سال مقایسه گردید همچنین برای تعیین اعتبار مدل و مقایسه دادهای مشاهداتی با داده های محاسباتی از مربع ضریب همبستگی( r2 ) ،خطای استاندارد (ser ) و برای آزمون معنی دار بودن آنها از آزمون های t و f استفاده گردید.خروجی نرم افزار qual2kw به طور کلی حکایت از خودپالایی کم رودخانه با توجه به بار آلودگی ورودی در این بازه دارد و نتایج شاخص nsf نشان داد که رودخانه کارون درطول ماههای سال در رده متوسط کیفیت آب می باشد و در طبقه 3 رده بندی سالانه قرار می گیرد .