نام پژوهشگر: یوسف جمالی

کشف کمپلکس های پروتئین در شبکه های تعامل پروتئین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم ریاضی 1392
  مرتضی پیاده کوهسار   فاطمه زارع

پروتئین ها‎ مولکول های زیستی پراهمیتی هستند که فعالیت های مختلفی را در بدن موجودات زنده انجام می دهند. آن ها معمولا برای انجام فعالیت های خود به یکدیگر متصل می شوند یا به اصطلاح با یکدیگر برهمکنش‏‎ دارند. یک شبکه ی برهمکنش پروتئین‎، در یک گونه ی خاص از جانداران پروتئین های آن گونه و برهمکنش بین آن ها را نشان می دهد. یک کمپلکس پروتئینی‎، اجتماعی از پروتئین ها است که باهم برهمکنش داشته و عمل زیستی خاصی را انجام می دهند. مسأله ی کشف این کمپلکس ها در شبکه های برهمکنش پروتئین، در دهه ی اخیر بسیار مورد توجه محققین بوده است. از سال ‎2002‎ تا کنون روش های بسیاری با رویکردهای گوناگون برای حل این مسأله ارائه شده است. معمولا در این روش ها شبکه های برهمکنش پروتئین با استفاده از گرا‏ف‎‎‎ مدل شده و زیرگراف های چگال‎ به عنوان کمپلکس های پروتئین در نظر گرفته می شوند. برهمین اساس تقریبا‏ً تمامی این روشها ‎‎‏مبتنی بر مفاهیم نظریه ی گراف می باشند. روش هایی که تنها با استفاده از مفاهیم نظریه ی گراف سعی در حل مسأله دارند به دلیل نادیده گرفتن جنبه های زیستی آن‏، معمولاً دقت بالایی ندارند. به همین دلیل در سال های اخیر محققیقن تلاش کرده اند تا با دخالت دادن برخی اطلاعات زیستی، الگوریتم های بهتری را ارائه دهند. با توجه به نوع مفاهیم زیستی به کار رفته، این روش ها به چهار گروه زیر دسته بندی می شوند: 1. روش های مبتنی بر ساختار هسته و پروتئین های الحاقی: مطالعات انجام شده روی کمپلکس های پروتئینی نشان می دهد که هر کمپلکس از دو بخش هسته‎ و پروتئین های الحاقی‎ به هسته تشکیل شده است. ‎هسته قلب عملیاتی کمپلکس است و پروتئین های آن باهم برهمکنش بیشتری دارند. پروتئین های الحاقی نقش کمک کننده را ایفا می کنند. این روش ها معمولا هسته ی هر کمپلکس و پروتئین های الحاقی به آن را در دو مرحله ی جدا از هم کشف می کنند. 2. روش های مبتنی بر اطلاعات عملکردی کمپلکس ها: پروتئین های موجود در یک کمپلکس، معمولاً از نظر عملکرد در یک گروه دسته بندی می شوند. این روش ها سعی دارند تا با اندازه گیری شباهت عملکرد پروتئین ها، کمپلکس ها را کشف کنند. 3. روش های مبتنی بر اطلاعات تکاملی شبکه ها: بسیاری از کمپلکس های پروتئینی در طول فرایند تکامل موجودات زنده بدون تغییر مانده اند. بنابراین با معلوم بودن کمپلکس های موجود در شبکه ی برهمکنش یک گونه، می توان کمپلکس های مشابه را در شبکه های دیگر کشف کرد‎. 4. روش های مبتنی بر اطلاعات برهمکنش ها: هر پروتئین به طور همزمان با تعداد مشخصی پروتئین دیگر می تواند برهمکنش داشته باشد. روش هایی که در این گروه دسته بندی می شوند، از این ‏ویژگی برای کشف کمپلکس های دقیق تر استفاده می کنند. برای درک بهتر مطالب مندرج در این پایان نامه، آشنایی با یک سری مفاهیم و تعاریف اولیه ی نظریه ی گراف و زیست شناسی ضروری است. این مفاهیم در فصل یک تشریح می شوند. در فصل دوم انواع روش های ارائه شده برای حل مسأله دسته بندی شده و تعدادی از جدید ترین آن ها بررسی می شود. در فصل سوم، بر اساس ساختار هستی شناسی ژن و مفهوم شباهت معنایی، روش جدیدی تحت عنوان ‎wcoach‎ ارائه می شود. روش ارائه شده در واقع شکل بهبود یافته ای از روش ‎coach‎ است که بر اساس ساختار هسته و پروتئین های الحاقی، هسته ی کمپلکس ها و پروتئین های الحاقی به هر هسته را در دو مرحله ی جدا از هم کشف می کند. فصل چهارم به ارزیابی روش ‎wcoach‎ و مقایسه ی آن با چند روش دیگر می پردازد. فصل پنجم نیز شامل نتیجه گیری‏، پیشنهادت و چالش های پیش رو در حل مسأله است.

مقایسه و بررسی شبکه‎های زیستی مبتنی بر مرکزیت های متفاوت
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم ریاضی 1393
  صادق رئیسی وانانی   یوسف جمالی

دست یابی به ویژگی های ساختاری شبکه ها، کمک به درک دقیق تری از ارتباطات درون شبکه ها و خصوصیات مولفه های آن می کند. به طور خاص، تجزیه و تحلیل مرکزیت های شبکه که اهمیت رئوس و یال ها را در ساختار یک شبکه ی همبند ارزیابی می کند، بسیار مورد مطالعه قرار گرفته است. در این پایان نامه، ما چندین مرکزیت رئوس متفاوت را برای ارزش گذاریِ رئوس در انواع شبکه ها معرفی خواهیم کرد. سپس به عنوان کاربردی از مرکزیت، این مفهوم را بر شبکه های زیستی اعمال می نماییم. بررسی هایی که در این پایان نامه انجام شده است، نشان می دهد که این مرکزیت ها کمک شایانی در شناساییِ مولفه های حائز اهمیت در فرآیندهای زیستی می نمایند. هم چنین به بررسیِ تفاوت ها و شباهت های ارزش گذاریِ مرکزیت های مختلف می پردازیم. علاوه بر این در این مطالعه، مرکزیت جدیدی با نام k-مسیر که تاکنون تنها در شبکه های اجتماعی مورد استفاده قرار گرفته است را معرفی نموده و آن را برای ارزیابیِ شبکه های مختلف زیستی مورد استفاده قرار می دهیم و نشان می دهیم که این مرکزیت می تواند جایگزین مناسب و معنی داری برای مرکزیت نقطه میانی باشد.

تدوین مدل رضایت شغلی بر اساس سبک زندگی اسلامی، سازگاری زناشویی و جنسیت
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علامه طباطبایی - دانشکده روانشناسی و علوم تربیتی 1393
  یوسف جمالی   سید محمد کلانتر کوشه

هدف: پژوهش حاضر به دنبال برازش مدل رضایت شغلی بر اساس سبک زندگی اسلامی، سازگاری زناشویی و جنسیت در معلمانشهرستان شهریار بوده است.روش:پژوهش حاضر از جمله پژوهش های غیرآزمایشی و از نوع همبستگی است اما با توجه به ماهیت فرضیه ها می توان تحقیق را همبستگی از نوع مدل یابی معادلات ساختاری (sem) دانست. به منظور جمع آوری داده ها، نمونه ایشامل 200 نفر از معلمان مقطع ابتدایی شهرستان شهریار به روش نمونه گیری تصادفی خوشه ای (100 مرد و 100 زن) انتخاب شدند که پس از اجرا 166 پرسشنامه جمع آوری شد.ابزارهای مورد استفاده جهت دستیابی به هدف های پژوهش عبارت بودند از:پرسشنامه سازگاری زناشویی زن و شوهر (das)، فرم بلند پرسشنامه سبک زندگی اسلامی کاویانی(ilst)و مقیاس رضایت شغلی دانت. جهت تحلیل داده ها، از روش های آمار توصیفی مانند محاسبه میانگین، انحراف معیار و نیز از شاخص های آمار استنباطی تحلیل مسیر استفاده شد. مدل فرضی ارائه شده به روش تحلیل مسیر و با استفاده از نرم افزارایموس مورد آزمون قرار گرفت.فرضیه های این پژوهش عبارتنداز: 1)مدل رضایت شغلی بر اساس سبک زندگی اسلامی، سازگاری زناشویی و نقش تعدیل کننده جنسیت از برازشی مناسب برخوردار است؛ 2) در رابطه بین سبک زندگی اسلامی و رضایت شغلی جنسیت نقش تعدیل کننده دارد؛ 3)در رابطه بین سازگاری زناشویی و رضایت شغلی جنسیت نقش تعدیل کننده دارد. یافته ها: نتایج نشان داد مدل فرضی اولیه در جهت تبیین و برازش از وضعیت مناسبی برخوردار نیست و نیاز به اصلاح دارد. پس از انجام اصلاح هایانجام شدهشاخص های برازش مدل از وضعیت مطلوبی برخوردار شدند. نتایج نشان داد سبک زندگی اسلامی تأثیر مستقیم و مثبتیبر رضایت شغلی دارد وجنسیت نیز در رابطه بین رضایت شغلی با سبک زندگی اسلامی نقش تعدیل کننده دارد. همچنین مشاهده شد بین سازگاری زناشویی و رضایت شغلی رابطه ای وجود ندارد. نتیجه گیری:سبک زندگی اسلامی قواعد مناسبی برای رشد فرد و بهتر زیستن او فراهم می کند، افراد می توانند با بکارگیری این قواعد، خشنودی بیشتری را در ابعاد مختلف زندگی از جمله شغل خود تجربه کنند.

ارکان اداره شرکت با مسئولیت محدود (مطالعه تطبیقی)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم انسانی 1380
  یوسف جمالی   ربیعا اسکینی

چکیده ندارد.