?پروتئین ها توالی های اختصاص ? dna?را نه تنها از طریق برهمکنش مستقیم بین آمینواسیدها و بازها،? ?بلکه به طور غیرمستقیم بر اساس ساختار و تغییرشکل پذیری بازهای ? dna?تشخیص می دهند(پردازش غیرمستقیم). تمرکز ما بر پاسخ مکانیکی? ?توالی های ? dna?به تنش های خارجی است. برای این? منظور ما با استفاده از شبیه سازی دینامی?ک ?مولکولی در سطح اتم و استفاده از داده های ?x-ray?? کریستالوگرافی ، چندین کمپلکس پروتئین?? ،dna?مانند کمپلکس اتصال به ? tata box?و کمپلکس? سرکوبگر لاکتوز?? dna?را شبیه سازی کرده ایم. این کمپلکس ها شامل ترکیب توالی های اختصاصی ?? dna?با پروتئین های اختصاصی آن توالی هاست. علاوه بر توالی اصلی توالی های جهش یافته برای? ?مقایسه شبیه سازی شده اند. همچنین با استفاده از داده های شبیه سازی دینامیک ?مولکولی ، خواص? ?وابسته به توالی بازهای ? dna?را مورد مطالعه قرار داده ایم. برای این منظور، پاسخ مکانیکی? در سطح? پارامترهای جفت بازی (کج ، گردش، پیچش، چین، ...) را برای همه سه نوکلئوتیدها/کودان ها آنالیز? کرده ایم. نتایج شبیه سازی نشان می دهد که همبستگی الاستی?ک ?قابل توجه بین همه جابه جایی های ?درون جفت بازی و بین جفت بازی وجود دارد. همچنین نشان داده ایم که همبستگی های همسایه نزدیک ?بعدی در بررس دینامیک ?بازهای ? dna?مهم می باشد. ما اعتقاد داریم که این همبستگی تاثیر مهمی بر ?برهمکنش های پروتئین?? dna?می گذارد. علاوه بر این، ما با استفاده از داده های شبیه سازی دینامیک ?مولکولی ، پاسخ غیرخطی بازهای ? dna?را نسبت به نیروهای خارج مطالعه کرده ایم.?