فلور میکروبی عفونهای ادنتوژنیک شامل مخلوطی از میکروارگانیسم ها با منشا بومی می باشد. اکثریت باکتریهای عفونت پالپی بیهوازی اجباری، تعداد کمتری بیهوازی اختیاری و به ندرت هوازی می باشند. آنتی بیوتیکها به طور وسیعی در درمان این عفونتها استفاده می شوند. در آنتی بیوتیک تراپی یکسری اصول باید رعات شود که عبارتند از:1- آنتی بیوتیکها برای درمان بیماران نیستند، زیرا آنها دفاع میزبان را افزایش نمی دهند بلکه زمان برای دفاع طبیعی فراهم می آورند. 2- آنتی بیوتیکها جانشینی برای درناژ جراحی نیستند. 3- در درمان عفونتها گام اولیه تجویز آنتی بیوتیک نیست.4- در اکثر عفونتها انجام کشت و تست حساسیت مورد نیاز نیست.5- ترکیب آنتی بیوتیکی بندرت استفاده می شود. 6- آنتی بیوتیک پروفیلاکسی در تمام موارد نیاز نیست.7- داروهای باکتریسیدال نسبت به داروهای باکتریواستاتیک همواره انتخاب بهتری نیستند.8- تجویز آنتی بیوتیک در عفونتهای مزمن موثر نیست و باید در کوتاه مدت مصرف شوند.9- آنتی بیوتیکها همواده داروهای غیرتوکسیک و ایمن نیستند. 10- در عفونتهای شدید ‏‎loading dose‎‏ همراه با دوز نگهدارنده مصرف می شود. آنتی بیوتیهای رایج در عفونتهای اوروفاسیال 7 گروه می باشند. سه گروه اول (پنی سیلین ها و سفالوسپورین ها و اریترومایسین) جز انتخابهای اول و 4 گروه دیگر (کلیندامایسین، مترونیدازول، تتراسایکلینها و کوئینولون ها) جز انتخابهای بعدی می باشند. موارد آنتی بیوتیک تراپی در اندودونتیک شامل 1- پروفیلاکسی آنتی بیوتیکی2- تورم و آبسه های اندودونتیک3- حادثه هیپوکلریت4- ‏‎avulsion‎‏5- آمفیزم بافتی6- درد دندانهای خلفی فک بالا به علت سینوزیت فک بالا7- تجویز آنتی بیوتیک بعد از جراحی ری رادیکولرو. داروی انتخابی در پروفیلاکسی آموکسی سیلین و در صورت حساسیت کلیندامایسین یا سفالکسین و سفادرکسیل می باشد. پنی سیلین ‏‎v‎‏ آنتی بیوتیک انتخابی در عفونتهای اندودونتیک است. اریترومایسین از داروهای انتخابی برای بیماران حساس به پنی سیلین است که عفونت خفیف تا متوسط دارند. این دارو در عفونتهای جدی موثر نیست. سفالوسپورین های خوراکی با اینکه طیف اثر وسیعی دارند ولی در درمان عفونتهای اندو پیشنهاد نمی شوند. کلیندامایسین بر ضد بیهوازیهای عفونت اندو موثر است. ‏‎mangunjaja‎‏ نشان داد که کلیندامایسین یک داروی ‏‎safe‎‏ و جانشین آنتی بیوتیکی موثری در عفونتهای ادنتوژنیک، در افراد حساس به پنی سیلین می باشد. ‏‎gilmore‎‏ نشان داد که پنی سیلین و کلیندامایسین نتایج خوب و مشابهی در درمان عفونتهای ادنتوژنیک دارند. تجویز پروفیلاکتیک آنتی بیوتیک در درمان کانال ریشه ضرورتی ندارد، همچنین استفاده موضعی از آنتی بیوتیکها در کانال ریشه تجویز نمی شود. تجویز آنتی بیوتیک بعد از ‏‎instrumentation‎‏ و پرکردن کانال تاثیر کمی در کاهش درد دارد.