کارخانجات و واحدهای صنعتی، بزرگ ترین آلوده کنندگان محیط زیست می باشند. صدماتی که این گروه از آلوده کنندگان به طبیعت وارد می سازند؛ جبران ناپذیرتر از گروه دیگر، یعنی انسان ها می باشد. حقوق کیفری به کمک ابزارهای حمایتی خود (همانند ابزارهای حمایتی تقنینی، قضایی، اجرایی و ...) تأثیر بسزایی در حفاظت از محیط زیست و تحقق اهداف توسعه پایدار دارد. پی بردن به کاستی ها در این حیطه و نحوه رفع موانع مهم ترین هدف این پژوهش می باشد. در این پژوهش راهکارهای حمایتی حقوق کیفری را در دو بعد تقنینی و اجرایی بررسی می نماییم. مقنن تنها به جرم انگاری آلودگی های آب، هوا، صوت و پسماندها، ناشی از فعالیت صنایع پرداخته است. در قوانین حمایتی موجود علاوه بر جرم انگاری، به ابزارهای دیگری از جمله: اعمال اقدامات پیشگیرانه و ارایه پاسخ های جزایی توجهی ویژه شده است. سپس در مرحله اجرا با وظایف و اختیارات سازمان حفاظت محیط زیست آشنا می شویم و به مطالعه موردی پرونده های زیست محیطی صنایع آلاینده شهر تهران می پردازیم. یافته های حاصل از بررسی دوازده پرونده انتخابی آلودگی صنایع در قالب دو جدول کیفی و کمّی آورده شده است. در این پژوهش عملکرد موثر سازمان حفاظت محیط زیست در پیشگیری از وقوع جرم آلودگی زیست محیطی و اعمال شدیدترین پاسخ جزایی موجود در قوانین کشورمان (پلمپ یا تعطیلی موقت واحد آلاینده) به روشنی نشان داده شده است. از این رو، الزام سایر متولیان حقوق کیفری (دادسرا و دادگاه های ویژه جرایم محیط زیست و کلانتری ها) به تقویت همکاری خود با این سازمان ضروری می باشد. در انتها، جرم انگاری و تقنین اختصاصی جرایم آلودگی خاک و آلودگی ناشی از بو از یک سو و اعمال پاسخ های نوین جزایی از جمله لغو پروانه و تعطیلی دایم واحدهای صنعتی آلاینده از سوی دیگر، پیشنهاد می شود.

مایت قرمز طیور (درمانیسوس گالینه) یک مشکل جدی در مرغداری های تخم گذار در سراسر جهان است. طیور در اثر این انگل دچار کاهش رشد و کاهش تولید تخم می شوند. محصولات مشتق شده از گیاهان به عنوان روشی جایگزین و موثر در کنترل درمانیسوس گالینه در سیستم های پرورش مرغ تجاری پیشنهاد شده اند. مطالعه حاضر با هدف مقایسه اثر تماسی اسانس آویشن کوهی، عصاره آبی تنباکو و سم سوین (کارباریل) روی درمانیسوس گالینه انجام گرفت. از مواد مورد مطالعه به وسیله آب مقطر رقت تهیه شد. اسانس تجاری آویشن کوهی بصورت زیر رقیق شد: 001/0(221/0 میلی گرم بر میلی لیتر)، 01/0(21/2)، 0125/0(76/2)، 025/0(52/5)، 05/0(05/11)، 1/0(1/22)، 5/0(5/110) و 1(221). پودر سوین در آب مقطر حل شد و 5 رقت شامل 001/0(1 میلی گرم بر میلی لیتر)، 002/0(2)، 003/0(3)، 004/0(4) و 005/0(5) از آن تهیه شد. عصاره آبی تنباکو با روش هضمی تهیه شد و به وسیله آب مقطر رقت های 001/0(052/0 میلی گرم بر میلی لیتر)، 01/0(52/0)، 1/0(2/5) و 1(52) از آن تهیه شد. کاغذ صافی شماره 2 با 5/0 میلی لیتر از هر غلظت ماده مورد مطالعه آغشته شد. کاغذ های صافی آغشته شده در داخل ویال های شیشه ای قرار گرفته و 30 عدد مایت بالغ درمانیسوس گالینه به این ویال انتقال داده شدند. مرگ و میر مایت ها در زمان های 2، 4، 6 و 24 ساعت زیر ذره بین بررسی شد.برای هر غلظت آزمایش 3 بار تکرار شد. نتایج نشان داد بیشترین میزان مرگ و میر بعد از 24 ساعت رخ داد. lc50 سوین در زمان های 2، 4، 6 و 24 ساعت به ترتیب 20، 9/8، 4/4 و 6/1 و lc50 عصاره آبی تنباکو در این زمان ها به ترتیب 8/24، 7/8، 4/3 و 7/1 میلی گرم بر میلی لیتر بود. همچنین lc50 اسانس اویشن کوهی در زمان های مذکور به ترتیب 7/59، 1/58، 7/55 و 6/46 میلی گرم بر میلی لیتر محاسبه شد.نتایج این مطالعه پیشنهاد می کند که عصاره آبی تنباکو در مقایسه با اسانس آویشن کوهی اثرات کشندگی قویتری علیه درمانیسس گالینه دارد. کلمات کلیدی: اسانس آویشن کوهی، عصاره آبی تنباکو، سم سوین، درمانیسوس گالینه، شرایط آزمایشگاهی

potyvirus ها از تیره potyviridae بزرگترین گروه ویروس های گیاهی هستند و گروه tritimovirus یکی از مهمترین جنس های این تیره به حساب می آید. بررسی تنوع و تکامل این ویروس ها عمدتا بر اساس ژنوم کامل و یا ژن پروتئین پوششی به عنوان شاخص ترین و متنوع ترین ژن در بین گونه های مختلف این تیره، صورت گرفته است. بررسی تکامل ویروس های جنس tritimovirus در منطقه هلال حاصلخیز با انجام آزمون ancestors و ابزار های بیوانفورماتیک مشخص می کند که با توجه به پراکنش ویروس ها در منطقه مدیترانه و تنوع فیلوژنتیکی، احتمالا منشا تکاملی آنها ناحیه مدیترانه باشد. این پژوهش به کمک ابزارهای آنالیز پروموتر، کاربرد الگوریتم های پیش بینی ساختار پروتئین و گرایش کدون ها، برای اولین بار نشان داد که در قسمت 5 ژن پروتئین پوششی ویروس موزائیک جنوبی مرغ (bgsmv) و ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (mdmv)، ناحیه پروتئینی فعال در بیان ژن و تحمل به دمای بالا موسوم به coiled_coil_region وجود دارد. چنانچه بررسی ها مشخص می کند که شروع فعالیت و برهمکنش بیماری زایی ویروس با گیاه ، در جهت پاسخ به طول روز در پوتی ویروس ها و ویروس موزائیک رگه ای گندم (wsmv) احتمالا با فعال بودن عناصر پاسخ به نور و ریتم شبانه روزی در ناحیه پروموتری تعریف می شود. خروجی تحقیقات مشخص می کند که در پوتی ویروس ها فشار جهش بیشتر از قدرت انتخاب طبیعی در گرایش کدون ها و در نتیجه تکامل موثر بوده است. نتایج گرایش کاربرد کدون ها می تواند در پیش بینی ژن و فعالیت های ناشناخته آن در آینده به کار گرفته شود.

مقدمه: ‏dna‏ ژیراز آنزیمی است که ابرمارپیچ مثبت را به منفی یا به حالت استراحت تبدیل می کند. این آنزیم باعث ‏می شود ‏dna‏ باکتریایی در حالت عادی دارای ابرمارپیچ منفی باشد و با حرکت در جلو چنگال همانند سازی و باز کردن ‏ابرمارپیچ های ‏dna‏ مانع توقف همانند سازی می شود. لذا این آنزیم می تواند هدف خوبی برای آنتی بیوتیک ها باشد؛ از ‏جمله سیپروفلوکساسین که به زیرواحد ‏gyra‏ متصل شده و از عمل اتصال مجدد آن جلوگیری می کند. باکتری ها اغلب با ‏ایجاد جهش در ناحیه اتصال کینولون ها در مقابل آن ها مقاومت می کنند. ‏ بررسی بیان ژن ‏gyra‏ کد کننده زیر واحد ‏a‏ در ‏dna‏ ژیراز در موتانهای مقاوم به سیپروفلوکساسین و بررسی ‏بیوانفورماتیکی خصوصیات آنزیم های ‏dna‏ ژیراز در باکتری های گرم منفی مهمترین اهداف این پایان نامه است. ‏ مواد و روش ها: در این بررسی از 5 موتان ‏gyra‏ با مقاومت های متفاوت نسبت به سیپروفلوکساسین استفاده شد. برای بررسی ‏بیان ژن ‏gyra‏ از روش ‏pcr‏ در زمان واقعی استفاده شد؛ برای این منظور پس از استخراج ‏rna‏ از سلول ها، از آن ها برای ‏سنتز ‏cdna‏ و نهایتاً تکثیر ژن ‏gyra‏ ویک ژن خانه زاد استفاده شد.‏ توالی کلیه ژنهای شناخته شده کد کننده زیر واحدهای ‏dna‏ ژیراز و خصوصیات مختلف ژنومی آن ها در باکتریهای گرم ‏منفی از پایگاه داده ی ‏ncbi‏ استخراج شد. خصوصیات توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی، پروموتورها و فاکتورهای نسخه برداری ‏توسط نرم افزارهای ‏clc‏ و ‏rapid miner‏ مورد بررسی قرار گرفت. ‏ نتایج: تعداد دی نوکلئوتیدهای ‏aa، ‏cc‏ و درصد نوکلئوتیدهای ‏a‏ و ‏c‏ از مهمترین خصوصیات ژنی و ضریب خاموشی و ‏جذب ‏cys‏ کاهش نیافته در ‏nm‏280، تعداد اسیدآمینه ی ‏leu، تعداد دی پپتید ‏gly gly، فراوانی باقیمانده های آبگریز، ‏شاخص چربی، تعداد دی پپتیدهای ‏lys ser ‎، ‏ala gln‏ و ‏glu ile‏ از مهمترین خصوصیات پروتئینی آنزیم های ژیراز ‏هستند.‏ همچنین بررسی ناحیه ی پروموتوری ژن های ‏gyra‏ و ‏gyrb‏ به ترتیب احتمال اتصال 15 و 13 پروتئین را نشان داد که ‏برخی از این پروتئین ها برای دو ژن مشترک بودند؛ از این میان، برای هریک از دو ژن یک فاکتور دارای اهمیت بوده است.‏ در بررسی بیان ژن ‏gyra‏ در موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین با روش ‏pcr‏ در زمان واقعی و آنالیز آماری مقادیر بیان ‏ژن، هیچ گونه اختلاف معنی داری بین سویه ی تیپ وحشی و موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین از نظر بیان ژن ‏gyra‏ ‏یافت نشد.‏ نتیجه گیری: سطوح پایین و متوسط مقاومت به سیپروفلوکساسین تأثیری بر بیان ژن ‏gyra‏ ندارد.‏ کارهای آتی پیشنهادی: می توان تأثیر پروتئین هایی که می توانند به ناحیه ی پروموتوری ژن ‏gyra‏ متصل شوند را بر بیان ‏gyra‏ در تحقیقات آینده بررسی نمود.‏ واژگان کلیدی: آنزیم ژیراز، ژن ‏gyra، پروتئین ‏gyra، سیپروفلوکساسین، خصوصیات ژنی، خصوصیات پروتئینی ‏

آنفلوآنزا یک بیماری واگیردار است که شیوع ویروس آن در بدن انسان ها و حیوانات خسارات مالی و جانی فراوانی به بار می آورد. محققان همواره به دنبال ساخت واکسن بوده-اند اما در هر ویروس این بیماری، از هر فصلی تا فصل دیگر جهش ژنتیکی ایجاد می شود، در نتیجه واکسن ها و سیستم های دفاعی قبلی بی فایده می گردد. شیفت نوعی جهش است که در آن در نوع هماگلوتینین و یا نورامینداز ویروس تغییر حاصل می شود. این تحقیق به بررسی نوعی از رفتار هماگلوتینین های ویروس آنفلوانزا که منجر به شیفت می گردد می-پردازد. هدف آن است که بفهمیم آیا تغییر در سویه ها بر اساس یک الگوی قابل کشف بوده و یا تصادفی است. سری زمانی و دنباله کاوی از جمله روش هایی از داده کاوی هستند که داده هایی را که در طول زمان بوجود می آیند را بررسی می کنند. هماگلوتینین ها نیز از جمله داده هایی هستند که در طول زمان دچار تغییر و جهش می شوند و سویه های جدید را می-سازند. در این مطالعه تعداد سویه های h1 و h3 مشاهده شده در ایالات آمریکا، مورد تحلیل سری زمانی قرار می گیرد و برای 6 ماه آتی پیش بینی هایی روی فراوانی آنها انجام خواهد شد. برای این کار از روش های میانگین متحرک، هموارسازی نمائی و هالت-وینترز استفاده می گردد و در نهایت مشخص خواهد شد که تکنیک وینترز برای این داده ها بهترین روش است. سپس جهت تحلیل سویه های دیگر آنفلوانزا، با کمک الگوریتم های دنباله کاوی الگوهایی استخراج می گردد و در این الگوها مشخص خواهد شد که بعد از هر سویه احتمال رخداد کدام سویه ها بیشتر است. در این راستا از الگوریتم های fournier-viger، bide و rulegrowth استفاده خواهد شد، در نهایت ثابت می گردد که تکنیک rulegrowth بهتر عمل نموده است.

بیماری آلزایمر یکی از شکل های جنون در دوره ی پیری است، این بیماری ازجمله بیماری های غیرقابل درمانی است که به طورمعمول در دهه های هفتم عمر انسان علائم خود را نشان می دهد. این بیماری ممکن است، سال ها بدون بروز علائم در بدن فرد وجود داشته باشد. با توجه به انجام تحقیقات بسیار زیاد بر روی این بیماری همچنان علل بروز آن مجهول مانده است. بیماری آلزایمر یا بر اساس توارث و یا به طور اتفاقی در فرد مسن ایجاد می شود. در این پایان نامه از کتابخانه های ریزآرایه مربوط به بیماران آلزایمر استفاده شد تا ژن هایی که در افراد مبتلابه این بیماری دچار افزایش و یا کاهش بیان شده اند شناسایی شود، لیست ژن های به دست آمده با سایر تحقیق هایی که تاکنون انجام شده مشابهت بسیار بالایی دارد و تنها تفاوت هایی در میزان بیان ژن ها وجود دارد که با توجه به تفاوت در نمونه ها امری طبیعی است. بعد از یافتن ژن های دچار تغییر بیان، نوبت به یافتن الگوهای خاص در توالی های ژن ها می رسد که این کار با استفاده از روش های وزن دهی انجام شد، توالی های tgcccc،agcctg،gaatat،aattg و aaattg با 8 تکرار به عنوان مهم ترین توالی ها شناخته شدند. درنهایت الگوریتم های داده کاوی بیزین، ماشین بردار پشتیبان، خوشه بندی، شبکه ی عصبی و درخت تصمیم روی 11 پایگاه داده (10 پایگاه داده حاصل از الگوریتم های وزن دهی و fc پایگاه داده ی اصلی) اجرا شد. الگوریتم های شاخه ماشین بردار پشتیبان بهترین عملکرد را با مقدار 89/0 داشتند و پایین ترین عملکرد را الگوریتم های گروه خوشه بندی با میانگین عملکرد 71/0 داشتند. با اجرای الگوریتم های درخت تصمیم روی پایگاه داده ها به این نتیجه رسیدیم که توالی aattg در بیماری آلزایمر یک بیومارکر مهم است که درخت تصمیم با استفاده از این توالی با دقت بالای 95/0 قادر به جدا کردن ژن ها به دو گروه افزایش و کاهش بیان می شود.

هپاتیت مزمن سی یکی از شایع¬ترین علل نارسایی مزمن کبد و پیوند کبد در جهان محسوب می شود. تقریباٌ 3 درصد جمعیت جهان یعنی بیش از 180 میلیون نفر آلوده به این ویروس هستند. احتمال پاسخ به درمان در بیماران بسته به ژنوتیپ ابتلایی متفاوت است. اگر فرد به ژنوتیپ نوع اول مبتلا شده باشد امکان درمان او کمتر از 50 درصد و طول دوره درمان 48 هفته است ولی در ژنوتیپ نوع دوم و سوم این احتمال به بالای 80 درصد می رسد و طول دوره درمان نیز به 24 هفته کاهش می باشد. از این رو تعیین ژنوتیپ ابتلایی قدم اول در تعیین پروسه درمانی می باشد. اگر بتوان قبل از شروع درمان نوع ژنوتیپ درگیر را مشخص نمود، پروتکل درمانی می تواند بسیار موثر باشد. از طرف دیگر چون هزینه درمان بسیار سنگین می باشد، این پیش آگهی می تواند بسیار کمک کننده باشد. بنا به اهمیت این موضوع برآن شدیم تا در این پایان¬نامه با استفاده از الگوهای تکرارشونده در توالی ژنومی ویروس و بدون نیاز به علائم بالینی، به شناسایی ژنوتیپ ابتلایی بپردازیم. در این راستا ابتدا با استفاده از متن¬کاوی الگوهای تکرارشونده از توالی ژنومی استخراج شدند. سپس با استفاده از وزن¬دهی الگوها، برای اولین بار دو بیومارکر cgggaggtctcgtagaccgt و aacctcaaagaaaaaccaac به ترتیب برای ژنوتیپ 1 و 2 معرفی شدند. در ادامه سه مدل القای درخت و مدل بیزی خام روی داده ها برازش داده شدند. مدل بیزی خام دقتی برابر 100 درصد داشت و در میان مدل¬های القای درخت، پرتکرارترین درخت دقتی برابر 98.8 درصد و دقیق¬ترین درخت دقتی برابر 99.6 درصد داشت. با وجود نتایج بهتر مدل بیزی خام، درمجموع با توجه به نوع داده های مورد بررسی، نتایج حاصل از مدل های القای درخت از اطمینان بیشتری برخوردارند. این نتایج نشان دادند که از توالی یابی می توان برای شناسایی ژنوتیپ¬های ویروس استفاده کرد.

ویروس نقص ایمنی در انسان (human immuno-deficiency virus) به بیماری مرگبار ایدز منجر می شود. این ویروس با حملات بی امان خود سیستم دفاعی بدن را چنان تضعیف می کند که حتی کوچکترین عفونت ها جان بیمار را به خطر می اندازد. تاکنون دست کم 32 میلیون نفر در سرتاسر جهان در اثر ابتلا به این ویروس جان خود را از دست داده اند. ویروس عامل نقص ایمنی در انسان به دو زیرگونه یک و دو تقسیم می شود و نوع غالب آن در جهان زیرگونه نوع یک می باشد. حوزه پزشکی و سلامت از بخش های مهم درجوامع صنعتی می باشد. استخراج دانایی از میان حجم انبوه داده های مرتبط با سوابق بیماری و پرونده های پزشکی افراد با استفاده از فرایند داده کاوی می تواند منجر به شناسایی قوانین حاکم بر ایجاد، رشد بیماری ها گردیده و اطلاعات ارزشمندی را به منظور شناسایی علل رخداد بیماری ها، پیش بینی و درمان بیماری ها با توجه به عوامل محیطی حاکم در اختیار متخصصین و دست اندرکاران حوزه سلامت قرار دهد. نتیجه این مسئله به معنای افزایش عمر و ایجاد آرامش برای افراد جامعه است. نتایج بدست آمده از الگوریتم های داده کاوی نشان می دهد که جنس مرد، تاهل، بیکاری، بیسوادی، سابقه سوء مصرف مواد و تماس جنسی از مهمترین عوامل معین در ابتلا سندروم نقص اکتسابی سیستم ایمنی در استان قم به شمار می رود. بررسی دلائل ابتلا بیماران بر اساس خود اظهاری نشان می دهد که، 54% رفتارهای جنسی، 37% فرو رفتن جسم نافذ و 9% پاشیدن ترشحات باعث انتقال بیماری شده است. همچنین نتایج نشان می دهد که وضعیت تحصیلات این افراد در سطح بسیار پایینی قرار دارد. ویروس hiv دو زیر گونه 1 و 2 دارد. شیوع ابتلا به زیرگونه 1 بیشتر بوده ولی دوره ابتلا تا ظهور بیماری در زیر گونه 2 بسیار طولانی تر است. از آنجا که زمان ابتلا تا بروز بیماری در این زیر گونه زیاد می باشد ارائه روشهایی برای شناسایی زیرگونه ها می تواند خطرات احتمالی را کم نماید. در این پایان نامه از الگوریتم های بیز ساده و درخت تصمیم برای شناسایی الگوهای پنهان در افراد مبتلا به سندروم نقص اکتسابی سیستم ایمنی در استان قم استفاده گردید همچنین از الگوریتم های وزن دهی،انتخاب ویژگی، شبکه های عصبی پرسپترون چند لایه و ماشین بردار پشتیبان برای تمایز بین زیرگونه های hiv در سطح مولکولی انجام و بهترین مدل در محیط متلب پیاده سازی و بهینه سازی شد. مدل پیاده سازی شده در محیط متلب در شناسایی زیرگونه های hiv با دقت (96درصد) و میزان خطای( 4 درصد) عمل می کند. کلمات کلیدی: ویروس مسبب نقص ایمنی، الگوهای پنهان، ابزار داده کاوی، شبکه های عصبی

هپاتیت سی، به معنای التهاب و تورمی است که به علل مختلف در بافت کبد به وجود می آید و یکی از مشکلات عمده بهداشتی در سطح جهان است. بنابه گزارش مرکز بهداشت جهانی، شیوع این بیماری درحدود 3درصد است و تقریباً 170 میلیون نفر از جمعیت جهان به این ویروس آلوده هستند. ویروس هپاتیت سی دارای شش ژنوتیپ اصلی است که امکان درمان فرد مبتلا به ژنوتیپ یک کمتر از 50درصد است و در ژنوتیپ دوم و سوم این احتمال به بالای 80 درصد می رسد. بنابراین تشخیص نوع ژنوتیپ ابتلایی دربار? ویروس هپاتیت، قدم اول در تعیین پروسه درمانی است. در این تحقیق با استفاده از ابزارهای داده کاوی همچون الگوریتم پنجر? لغزان، مهم ترین مشخصه های ژنومی متمایزکننده براساس محل تکرارهای سه تایی بین ژنوتیپ های اول و دوم هپاتیت سی را براساس مدل های آماری وزن دهی،خوشه بندی، پیش بینی، القای درخت و قوانین انجمنی روی دو نوع داده ی اسمی و عددی بررسی کردیم. نتایج حاصل از وزن دهی روی پایگاه داده اسمی سه موقعیت 75 و 231 و60 و مدل وزن دهی روی پایگاه داده عددی موقعیت های 81 و 25 و 68 و70 و اطراف آن ها را به عنوان مهم ترین متغیر های ژنی عنوان کردند. در روش های خوشه بندی k-means و k-medoids بالاترین درصد دقت برای خوشه بندی 72درصد بوده که نسبت به سایر روش های داده کاوی نتایج مورد توجهی نداشته است. نتایج حاصل از روش های پیش بینی bayse kernle و naive bayse نشان داد که این مدل ها روی داده های عددی می توانند با دقت 98درصد دو ژنوتیپ ویروس هپاتیت سی را شناسایی کنند. در نتایج القای درخت دقیق ترین درخت دقتی برابر 15/98درصد و پرتکرارترین درخت دقتی بالای 90درصد داشت و همچنین موقعیت 25 ،4، 68و 81 بالاترین تکرار را در ریشه درختان داشتند. باتوجه به نتایج قوانین انجمنی روشfp-growth روی داده های ما بهتر عمل کرد؛ چون با ضریب اطمینان و پشتیبان نزدیک 100درصد توانست ناحیه 3209 تا 3220 را به عنوان یکی از مهم ترین ناحیه در ژنوم این ویروس که برای زنوتیپ اول و دوم بیشترین تغییرات را داشته معرفی کند. این نتایج برای اولین بار نشان دهنده نقش برخی از موقعیت های الگوهای سه تایی در شناسایی ژنوتیپ های ویروس هپاتیت سی است.

ویروس هپاتیت سی یکی از شایع ترین علل نارسایی مزمن کبد و پیوند کبد در جهان محسوب می شود. تقریباٌ 3 درصد جمعیت جهان یعنی بیش از 170 میلیون نفر آلوده به این ویروس هستند. ویروس هپاتیت سی دارای 6 ژنوتیپ است که احتمال پاسخ به درمان در بیماران بسته به ژنوتیپ ابتلایی متفاوت است. در روش های درمانی حال حاضر تنها برای 40% از افرادی که به ژنوتیپ 1 مبتلا شده اند پاسخ مثبت می دهد. همچنین 80% از افرادی که به ژنوتیپ 2 مبتلا هستند به این درمان پاسخ مثبت می دهند و علاوه بر هزینه های گزاف درمان، از نظر روانی نیز تاثیر مخربی بر امید به آینده بیماران دارد. تشخیص ژنوتیپ مورد ابتلا قبل از درمان به عنوان یک گزینه مهم مد نظر محققان قرار گرفته است. در این تحقیق ما بر آنیم که بر اساس ساختار ژنی یا توالی نوکلئوتیدی هر ژنوتیپ و با استفاده از ابزارهای داده کاوی و طراحی شبکه های عصبی هوشمند، مشخصه های متمایز کننده بین ژنوتیپ های ویروس هپاتیت در سطح نوکلئوتیدی را مشخص نموده که بتوان قدم بسیار موثری در این زمینه ایفا نماییم. برای تحقق این مهم با جمع آوری پایگاه داده مناسب، پیش پردازش ها و استفاده از الگوریتم های مختلف وزندهی، 11 پایگاه داده مناسب فراهم شد که با اجرای الگوریتم های دسته بندی نظیر k-means و k-mediods به دسته بندی مناسب دست یافته و با استفاده از روش های یادگیری ماشین همچون درخت تصمیم، الگوریتم بیزین، ماشین بردار پشتیبان و شبکه عصبی، بهترین پایگاه داده روی بهترین مدل به جهت تشخیص نوع ژنوتیپ تعیین شد. در نهایت با استفاده از مدلهای مختلف شبکه عصبی و پیاده سازی آن در نرم افزار rapidminer بهترین مدل در نرم افزار matlab طراحی شد، که آن مدل شبکه عصبی چند لایه پرسپترون (mlp) با 2 لایه مخفی است، که با خطای 0.5% در تعیین ژنوتیپ 1 و 2 ویروس هپاتیت سی عمل می کند.

اهمیت آنفلوانزا در سرعت انتشار بیماری، وسعت و تعداد مبتلایان و شدت عوارض آن می باشد. ویروس آنفلوانزا تقریبا هر 10 تا 20 سال یکبار به دنبال انحراف آنتی ژنی و تولید ویروس جدیدی که جامعه نسبت به آن مصونیت ندارد، تبدیل به پاندمی یا همه گیری مرگبار می شود. بررسی گونه های پاندمیک و غیرپاندمیک ویروس میتواند نقش عمده ای را در درک بهتر این ویروس و درمان موثرتر آن ایفا نماید. در این پایان نامه با استفاده از ابزارهای داده کاوی و طراحی شبکه ی عصبی هوشمند مدل پیش بینی ای ارائه می نماییم که بر اساس ساختار ژنی یا توالی نوکلئوتیدی هر ژنوم ویروس آنفلوانزا قادر به تشخیص پاندمیک و یا غیر پاندمیک بودن آن ویروس باشد. ازینرو با ایجاد پایگاه داده ی مناسب و استفاده از 10 الگوریتم وزن دهی صفات روی این پایگاه داده، 10 پایگاه داده بدست آمد که با اعمال الگوریتم های دسته بندی بیزین، ماشین بردار پشتیبان و شبکه های عصبی روی این پایگاه ها و مقایسه ی آنها با یکدیگر به این نتیجه رسیدیم که پایگاه داده ی حاصل از الگوریتم وزن دهی صفات "svm" روی مدل " شبکه ی عصبی" توانست بهترین خروجی را داشته باشد. مدل پیشنهادی یک شبکه ی عصبی پرسپترون چند لایه (mlp) با یک لایه ی مخفی و یازده نرون است که توانست با خطای 0.1% در تعیین نوع سویه ی ویروس آنفلوانزای a بهترین پیش بینی را انجام دهد که در محیط متلب پیاده سازی گردید.

آنفلونزا بیماری ویروسی حاد دستگاه تنفسی است. مهمترین گونه آن آ است که باعث بروز پاندمی و مرگ و میر گسترده در سطح جهان می شود. از این رو با شناسایی و تشخیص ویژگی های مهم ژنی متفاوت و تجزیه و تحلیل توالی های آنفلونزا آ می توان نسبت به پیش بینی سویه های جدید پاندمیک در آینده اقدام نمود. در این پژوهش، توالی های پاندمیک و غیرپاندمیک ویروس آنفلونزا آ به منظور دسته بندی، کشف قوانین و تشخیص متغییرهای مهم در هر گونه از توالی ها،مورد بررسی قرار گرفته است. الگوریتم های پنجره لغزان، وزن دهی، خوشه بندی، قوانین انجمنی، درخت تصمیم، بیزین، ماشین بردار پشتیبان و شبکه عصبی بر روی پایگاه داده توالی های ژنومی پاندمیک و غیرپاندمیک آنفلونزا آ جرا شده است. ترکیب های نوکلئوتیدی و موقعیتهای برتر از اجرای الگوریتم وزن دهی شناسایی شده است.

با پیشرفت علم ژنتیک، ژن به عنوان فاکتور اصلی در برنامه ریزی عملکرد سلول و به دنبال آن کنترل ویژگی های موجود زنده شناخته شده است. بیان ژن ها توسط نواحی تنظیم کننده که پروموتر نامیده می شوند کنترل می شوند. شناسایی دقیق تر این نواحی می تواند ما را در شناسایی روش های ایجاد سرطان در سطح ژنی کمک نماید. به منظور شناسایی ژن های موثر در سرطان از چندین مقاله که در زمینه ژنوم های سرطانی کار کرده بودند و همچنین سایت هایی که به عنوان اطلس ژنی مشهور هستند استفاده شد

بیماریهای انگلی با ضایعاتی همچون مرگ دام در آلودگیهای سنگین، کاهش میزا تولید،ضعف و لاغری مفرط اثر مستقیمی برکاهش تولیدات دامی کشوردارند دراین راستا،تعیین میزان آلودگی انگلی، پراکندگی فصلی آن در حیوانات و بررسی ضایعات حاصله،قدم اول در برنامه ریزی جهت مبارزه با آلودگی انگلهامیباشد. تعداد 102 نمونه ریه و مدفوع گوسفند،ازکشتارگاههای شیراز و مجتمع صنعتی گوشت فارس گرفته شد.مدفوع به روش برمن جهت تعیین آلودگی به لاروهای ریوی کشت داده سپس مجاری ریوی بازشده،وانگلهای بالغ آن جداگشتند برای دیدن تخم یالارو انگل موجود درمجاری شسته شده و به روش فلوتاسیون موردبررسی قرارگرفت .انگلهای بالغ جداشده ازمجاری و پلاکهای ریوی، شفاف شده و شناسایی گردید.از محل استقرار انگل اسلاید آسیب شناسی گرفته شده وضایعات مورد بررسی قرار گرفت . از 102 نمونه گرفته شده، 84 عدد آن 82/35 - درصد - حداقل به یکی از چهارانگل دیکتیوکولوس ، پروتوسترونگیلوس ، مولریوس و کیست هیداتید آلوده بودند مولری با 35/67 درصد بیشترین مقدار آلودگی، وسپس کیست هیداتید با 22/81 درصد، دیکتیوکولوس با 21/10 درصد و پروتوسترونگیلوس با 20/47 درصد در رده های بعدی قرار میگیرند . نتایج بدست آمده در استان فارس 82/35 - درصد، به مراتب بیشتر از نتایج گزارش شده از تهران 42/18 - درصد میباشد . درمورد انگلهای دیکتیوکولوس و پروتوسترونگیلوس ، علائمی از پنومونی انگلی در اسلایدهای آسیب شناسی دیده نشد.عدم تغییرات پاتولوژیک میتواند بعلت حرکت انگ در مجاری و ثابت نبودن آنها ذکر گردد.اما در اسلایدهای گرفته شده از پلاکهای مولریوس ، ذات الریه بینابینی، افزایش بافت پیوندی که مشخصه التهاب مزمن میباشد، هیپرپلازی برونکیولها و پنوموسیت ها،افزایش ائوزینوفیلها وسلولهای غول آسا مشاهده شد .