نانو تکنولوژی بهترین توصیف از فعالیت هایی است که در سطح اتم ها و مولکول ها در دنیای واقعی انجام می شود.یک نانو متر یک بیلیونیوم یک متر است که معادل حدودا ً80000/1 ضخامت موی انسان می باشد.لازمه دست یابی به اثرات ارزشمند در نانو تکنولوژی مکانیزه کردن فرآیند های مولکولی می باشد.مهندسی فرآیند های تولیدات مولکولی نیاز به انجام و کنترل، توسط تجهیزات رباتیک دارد که با عنوان نانو رباتیک شناخته می شوند.نانو ربات اصولاً ماشین قابل کنترلی در مقیاس نانو متر است که از اجزاء نانو مقیاس ساخته می شود.شاخه ای از نانو رباتها که از المانهای بیو لوژیکی ساخته می شوند بیو نانو ربات نامیده می شوند.شاخه بیو نانو رباتیک مطالعات اساسی در زمینه طراحی،ساخت،برنامه ریزی و کنترل ربا ت های نانو مقیاس را در بر می گیرد. بررسی و تحلیل رفتار مواد در مقیاس اتمی با ابزار قدرتمند شبیه سازی دینامیک مولکولی کلاسیک انجام می شود.در حال حاضر ابزار اجرائی این روش در تعدادی بسته های نرم افزاری وابسته تهیه شده است.بیو نانو ربات با اجزاء کاملاًمصنوعیهنوز در دنیا ساخته نشده است و همه تلاشها در این زمینه به شناسایی المان های اولیه مورد استفاده در ساخت انها معطوف است. در این پژوهش ما با انتخاب یک المان پروتئینی به نام پریفولدین بتا یک، قابلیت آن برای استفاده در بیو نانو ربات ها بعنوان المان اولیه را بررسی می کنیم. برای رسیدن به هدف مذکور، به المان مذکور نیروی مکانیکی خارجی اعمال می کنیم.با توجه به اعمال محدودیت حرکتی برای شاخه ای از اتم های پروتئین از دینامیک مولکولی هدایت شده، استفاده می شود. مدلسازی در نرم افزار گرومکسانجام شده است. واژه های کلیدی:عملگر پری فولدین بتا یک، دینامیک مولکولی کلاسیک،شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده،نرم افزار گرومکس

هدف از شبیه سازی دینامیک طول قطار، محاسبه سرعت و جابجایی تک تک واگنهای یک قطار و همچنین نیروی وارد بر آنها در راستای طول قطار است . از آنجا که بررسی سرعت و جابجایی از روشهای آسانتر نیز امکانپذیر است ، لذا هدف اصلی از مطالعه دینامیک طولی، محاسبه نیروهای طولی می باشد. این بررسی در سه حالت مهمتر است ، که عبارتند از زمان شروع حرکت و شتابگیری قطار، زمان ترمزگیری و زمانی که واگنها به منظور تشکیل قطار با یکدیگر برخورد می کنند. در این تحقیق نیروهای طولی در هر سه حالت با کمک نرم افزاری که به همین منظور تعیه شده، مورد بررسی قرار گرفته است . در نتیجه نیروی وارد بر واگنهای جلویی، وسطی و انتهایی قطار بدست آمده است و عوامل موثر بر مقدار حداکثر نیروی طولی ایجاد شده در قطار، به هنگام شروع حرکت و ترمزگیری مطالعه دشه است . در فصل آخر (فصل پنجم) نیز دو مورد از کاربردهای این تحقیق در صنعت راه آهن بررسی شده است . این موارد شامل بررسی اثر نحوه آرایش قطار (نحوه توزیع واگنها در طول قطار) در وقوع پدیده خروج از خط و بررسی ضربه های وارد به واگنها هنگام اتصال آنها به یکدیگر، می باشد. در مورد اول توصیه شده است که از قرار دادن واگنهای خالی در وسط قطار زمانی که واگنهای جلو و عقب پر هستند، خودداری شود. در مورد دوم حداکثر سرعت برخورد مجاز واگنهای خالی و پر مجهز به قلاب یونی کوپلر (unicopler) محاسبه شده است .