هدف اصلی در اجرای این پروژه، تعیین مداوم شاخصهای بیولوژیکی تصفیه است که از طریق شناسایی و شمارش میکروارگانیسمها در میکروسکوپ با بزرگنمایی × 100 معین می شود. بطوریکه راهبران با آگاهی و تسلط بیشتر بسوی تصمیم گیریهای صحیح و سریع هدایت شوند. با پایش بیولوژیکی می توان نارسایی های احتمالی آینده را پیش بینی کرده و از وقوع آن جلوگیری نمود. زیرا قبل از آنکه کیفیت پساب تصفیه شده تنزل یابد، جمعیتهای میکروبی موجود در راکتور دچار تغییرات در تعداد و نوع می شوند. تصفیه خانه فاضلاب زرگنده که اخیرا با مشکلات عدیده راهبری مواجه بوده است طی اجرای پروژه فوق بعضی از نارسایی های پنهان خود را نشان داد. در ابتدا تصور می شد مشکل ته نشینی ضعیف لجن را شدیدا ضعیف کرده است ، چرا که به دلیل غالب بودن مژکداران ساقه دار و شناور، نسبت غذا به میکروارگانیسم نمی تواند بالا باشد ضمن اینکه تعداد تاژکدار و آسیب نیز کم بوده است . از طرفی مشاهده میکروسکوپی، تارهای دهم تنیده و متراکم فیلامنتوسها را بوضوح نشان می دهد یعنی ما با پدیده بالکینگ لجن مواجه هستیم که این می تواند دلیل ته نشینی ضعیف لجن باشد. علت بالکینگ احتمالا نوع رژیم هیدرولیکی حوض هوادهی و کمبود اکسیژن محلول در آن است . مطابق آزمایشات انجام شده غلظت اکسیژن محلول عموما کمتر از 0/5 میلی گرم در لیتر بوده است . با اصلاح سیستم هوادهی و نزدیک کردن رژیم هیدرولیکی اختلاط کامل به رژیم نهر گونه از طریق احداث یک انتخابگر بیولوژیک می توان مشکل فوق را رفع نمود. نکته قابل توجه آن که براساس آزمایشات فیزیکی و شیمیایی نسبت غذا به میکروارگانیسم حدود 0/2d-1 و سن لجن 28/5 روز بوده است که مشابه نتایج بیولوژیک می باشد. اجرای این پروژه نشان می دهد که پایشهای مداوم و منظم بیولوژیک در کنار روشهای دیگر راهبری موجب بالا رفتن کیفیت راهبری و در نتیجه بازده تصفیه می شود.