این تحقیق در یک مقدمه و دو فصل و یک نتیجه گیری نهایی سازمان داده شده است که فصل اول مشتمل بر دو بخش است : بخش اول فصل اول نیز خود در چهار مبحث ارایه شده است ، مبحث اول بطور خلاصه به ذکر پیشینه تاریخی آزادی فکر در مکتب توحید پرداخته و مبحث دوم تعاریف گوناگون آزادی فکر را مورد بحث و بررسی قرار می دهد و در مبحث سوم مفردات آزادی فکر تشریح می گردد. و در نهایت در مبحث چهارم آزادی مذهب ، وجدان و عقیده و ارتباط آنها با آزادی فکر مورد بحث و تحقیق قرار می گیرد. بخش دوم فصل اول به بیان جنبه های گوناگون آزادی فکر می پردازد. این بخش نیز در چهار مبحث ارایه شده است و جنبه های گوناگون آزادی فکر یعنی آزادی داشتن فکر، آزادی از تحمیل عقیده و ممنوعیت اجبار و اکراه در فکر، آزادی تعلیم و اجرای مراسم مذهبی و در نهایت آزادی ابراز و بیان افکار و عقاید گوناگون در این چهار مبحث بیان می گردند. فصل دوم این تحقیق تحت عنوان محدودیتهای آزادی فکر از دو بخش تشکیل یافته است . بخش اول فصل دوم در سه مبحث جداگانه ارایه گردیده است . مبحث اول بسترهای نامناسب فکر را از دیدگاه قرآن و حدیث بیان می کند. و مبحث دوم به بررسی مسئله ارتداد از دیدگاه حقوق اسلام می پردازد و مبحث سوم ارتداد را در حقوق موضوعه مورد بحث و بررسی قرار می دهد. بخش دوم فصل دوم نیز محدودیتهای آزادی فکر را در حقوق موضوعه مورد تجزیه و تحلیل قرار داده و نخست اهمیت و نقش آزادی فکر را بیان نموده و سپس به عوامل محدودکننده جنبه های گوناگون این آزادی می پردازد و در نهایت قبل از اعلام منابع و ماخذی که بطور مستقیم به آنها مراجعه شده و تلویحا یا مستقیما از آنها بهره برداری شده است ، نتیجه گیری نهایی ارایه می گردد.