این پژوهش بر آن است که، مناسبات و علل چالش میان دستگاه سیاسی کشور و بخش هائی از روحانیت شیعه را در طی دوره قاجار بالاخص از دوره محمدشاه (1250ق) تا سلطنت محمدعلی شاه (1327 ق) را مورد بررسی قرار دهد. در این دوره عللی منجر به رویارویی علمای دینی با حکومت گردید؛ که متأثر از مقتضیات زمان و گذر جامعه از سنت به مدرنیته، توسعه نهادهای اداری و تحولات فرهنگی، اجتماعی بوده است. این تحولات نه تنها باعث، رشد افکار عمومی شد ، بلکه حضور و نفوذ اندیشه های نوین و بعضاً غربی را به دنبال داشت، و این امر موجبات نگرانی جناح سنتی را فراهم نموده بود؛ از طرفی با تغییر نگرش فقه شیعه به سلطنت و حاکمیت و تسلط مکتب اصولی، روحانیت شیعه از انسجام، اقتدار و پایگاه مردمی بیشتری برخوردار شده بودند؛ که این مساله زمینه ای شد تا نهاد دین و دولت در عرض هم قرار بگیرند؛ و از آنجایی که دیانت و عدالت شاهان و دولت قاجار زیر سوال رفته بود؛ مردم به رهبری روحانیت نسبت به سیاست های پادشاهان و نظام سیاسی وقت، واکنش نشان دادند. این پایان نامه با استفاده از روش های متداول در علوم انسانی، یعنی فیش برداری و پالایش و تجزیه و تحلیل مطالب، با استناد بر منابع و مآخذ و تحقیقات مستند و جدید صورت گرفته است. و هدف آن بررسی مهمترین عناصر شکل گیری چالش دولت و روحانیت؛ با تأکید بر تأثیر مدرنیسم و تحول فقه شیعه در باب رهبری جامعه می باشد. نتایج بدست آمده در این پژوهش بیانگر این مدعا است، که با تحول در فقه شیعه -که به سمت سلطنت مأذون (نصب سلطان عادل از طرف فقیه) پیش می رفت و همچنین پر رنگ شدن نقش مجتهد ، تشکیلات روحانیت شیعی از انسجام و اقتدار بیشتری برخوردار شد ؛ و از آنجا که جامعه عصر قاجار هم در حال گذر از سنت به مدرنیته بود و چنین دگردیسی باعث نفوذ افکار دگراندیشانه و نیز کاهش امتیازات سنتی روحانیون می شد؛ لهذا این تحول در شکاف بین دولت و روحانیت تأثیر گذار بوده است و شاید در بروز رویدادهای مهم سده 20 میلادی/14 خورشیدی در ایران بی تاثیر نبوده باشد