در این پژوهش، نقشه پیوستگی نشانگرهای ssr و aflp در یک جمعیت ril(f7)152 فردی حاصل از تلاقی دو رقم برنج ایرانی به نام های سپیدرود و غریب تهیه و از نقشه حاصل جهت شناسایی qtlهای کنترل کننده صفات مورفولوژیک مرتبط با عملکرد دانهو کیفیت دانه استفاده شد.طول نقشه 111نشانگری حاصل، شامل ?? نشانگر ssr و?? نشانگرaflp، 2/830 سانتی مورگان با متوسط فاصله 48/7 سانتی مورگان بین نشانگرهای مجاور بود. در تجزیه qtl بر مبنای روش تجزیه تک نشانگری،چون فاصله شناسایی نمی شود، بلکه هر نشانگر به صورت انفرادی بررسی می شود. بنابراین، در مجموع 55نشانگر شناسایی شد که احتمالاً با qtlهای کنترل کننده ??صفت مورفولوژیک مرتبط با عملکرد دانه دانه پیوسته بودند. این درحالی بود که در روش مکان یابی فاصله ای، تعداد 28 فاصله واجد تعداد 31qtlو در روش مکان یابی فاصله ای مرکب، تعداد 22 فاصله نشانگری واجد تعداد 37qtl که کنترل ?? صفت مورفولوژیک مرتبط با عملکرد دانهرابر عهده داشتند، شناسایی شد. از سی و هفت qtl شناسایی شده در روش مکان یابی فاصله ای مرکب، دوqtl برای عملکرد دانه در هکتار، پنج qtl برای تعداد خوشه چه پوک در خوشه، یک qtl برای تعداد دانه یا خوشهچه پر در خوشه، ششqtl برای وزن هزاردانه، دوqtl برای تاریخ گل دهی، ششqtl برای تعداد خوشه در بوته، هشتqtl برای طول خوشه و پنجqtl برای ارتفاع بوته مکان یابی شد. برای صفات مرتبط باکیفیت دانه در روش تجزیه تک نشانگری، در مجموع 21نشانگر شناسایی شد که احتمالاً با qtlهای کنترل کننده5 صفت مورد نظر پیوسته بودند، درحالی که در روش مکان یابی فاصله ای، 12 فاصله واجد تعداد 27qtlبرای 5 صفت مورد نظر شناسایی شد و این در حالی بود که در روش مکان یابی فاصله ای مرکب، نیز در مجموع14 فاصله واجد تعداد 29qtl که کنترل 5 صفت مربوطه را بر عهده داشتند، شناسایی شد.از بیست و نه qtl شناسایی شده در روش مکان یابی فاصله ای مرکب، هفتqtl برای مقدار آمیلوز، هفت qtl برای قوام ژل، هفتqtl برای دمای ژلاتینی شدن، دوqtl برای طول دانه و ششqtl برای عرض دانه بودند. qtlهای مکان یابی شده در برخی از نواحی کروموزومی خاص، درصد بالایی از تنوع فنوتیپی صفات مربوطه را توجیه کردند که این امر امکان استفاده از این qtlها و نشانگرهای دارای پیوستگی قوی با آن ها را در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر (mas) میسر می سازد.