نمونه برداری از تمام مناطق دنبل خیز استان فارس شامل: داراب، فسا، شیراز، سروستان، لارستان، جهرم، استهبان، لامرد، سپیدان،خرامه، سیخ دارنگون، نورآباد و کازرون و همچنین استان های سیستان بلوچستان، کرمان، هرمزگان، یاسوج، لرستان، کرمانشاه، کردستان و تبریز از ماه های بهمن تا اردیبهشت 1385 تا 1390 در چندین نوبت صورت گرفت. نمونه ها از مراتعی برداشت شدند که گیاهان غالب این مراتع از خانواده ی cistaceae, cypraceae, brassicaceae, poaceae, zygophyllaceae و cypraceae بودند. بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی و مولکولی پنج گونه شامل terfezia claveryi, tirmania nivea, tirmania pinoyi, picoa lefebvrei و picoa juniperi تشخیص داده شدند که چهار گونه ی t. claveryi، t. nivea، p. lefebvrei و p. juniperi برای فلور قارچی ایران جدید می باشند. مطالعات مزرعه ای، آزمایشگاهی و آناتومیکی نشان داد که helianthemum ledifolium var. ledifolium, h. salicifolium var. salicifolium, h. lippii و carex stenophylla با پنج گونه ی دنبل، رابطه ی میکوریزی از نوع خارجی دارند. در بررسی جوانه زنی آسکوسپورها، بهترین درجه حرارت برای جوانه زنی آسکوسپورها در t. claveryi دمای ?c 15 و مدت زمان لازم برای جوانه زنی بین 35 تا 40 روز بود.. جوانه زنی آسکوسپورها در دماهای 5، 10، 30 و ?c 35 صورت نگرفت و بین دماهای 20 و ?c 25 نیز اختلاف معنی داری وجود نداشت. بهترین محیط کشت برای توسعه میسلیوم بعد از جوانه زنی fontana agar بود. در بررسی میکوفلور دنبل های ایران، 32 گونه قارچی متعلق به 21 جنس روی محیط کشت glucose-czapeks agar و %20 nacl-czapeks agar جدا سازی شد که گونه های penicillium و aspergillus فراوانترین گونه های جداسازی شده از خاک اطراف دنبل ها بودند. قارچ های جداسازی شده روی محیط کشت %20 nacl-czapeks agar طیف کمتری از جنس ها و گونه های قارچی نشان دادند که شامل 4 جنس و 10 گونه بود. نتایج آنالیز خاک های جمع آوری شده از مناطق مختلف دارای دنبل نشان داد که در ساختار و میزان آهک خاک اختلاف کمی وجود دارد و غالب خاک های جمع آوری شده بازی، غیر شور، با میزان مواد آلی کم، شنی و میزان آهک بالا داشتند. نتایج آنالیز تطبیق متعارفی نشان داد همبستگی معنی داری بین پارامترهای محیطی و ارتفاع از سطح دریا با پراکنش گونه ها وجود دارد، به طوری که گونه های tirmania در خاک هایی با سیلت و آهک بالا یافت می شوند و ارتفاع از سطح دریا در این مناطق کم هست. در صورتی که گونه های picoa در خاک های شنی یافت شدند و ارتفاع از سطح دریا در این مناطق غالبا بالاست. به منظور تشخیص مولکولی میزبان های گیاهیt. claveryi ، ریشه گونه های مختلف helianthemum و دیگر گونه های گیاهی از خانواده های مختلف گیاهی، از مراتع مختلف استان فارس و دیگر استان های ایران جمع آوری شدند. زیر واحد کوچک ریبوزومی دی ان ای ژنومی استخراج شده از ریشه گیاهان، به روش واکنش زنجیره ای پلی مراز تو در تو با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی طراحی شده بر اساس توالی های جدا کننده ی نسخه برداری شده ی داخلی 1، 2 و ژن 8/5 اس دی ان ای ریبوزومی t. claveryi تکثیر شدند. کارایی واکنش زنجیره ای پلی مراز تو در تو نشان داد که این روش قادر به تکثیر مجدد محصول واکنش زنجیره ای پلی مراز و ردیابی دی ان ای ژنومی تا دو فمتو گرم می باشد. چند شکلی طولی قطعات برشی با استفاده از دو آنزیم برشی hinf i و alu i صورت گرفت. نتایج توالی نوکلئوتیدی نشان داد که توالی ها از گیاهان آلوده گل آفتاب همولوژی بسیار بالا با توالی t. claveryi دارند. با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز تو در تو ده نمونه از هر گونه گیاهی بررسی شد و در نهایت دو گونه helianthemum lippii و h. salicifolium به عنوان میزبان های این گونه قارچی در گیاهان مایه زنی شده در شرایط گلخانه و مراتع مختلف استان فارس و دیگر استان ها تشخیص داده شدند. برای تشخیص گونه های picoa دو آغاز گر اختصاصی برای (fju/rju) p. juniperi و دو آغازگر اختصاصی برای p. lefebvrei (fpl/rpl) طراحی شد. به منظور ایجاد بیشترین اختصاصیت و کارایی، دمای هم جوشی و زمان گسترش برای هر یک از مجموعه ها بهینه سازی گردید. کلیه ی آغازگرها نسبت به گونه ی خودی شان اختصاصی بودند و هیچ کدام، دی ان ای خالص شده از سایر دنیل ها و برخی از آسکومیست ها را تکثیر نکردند. حساسیت آغاز گر اختصاصی p. juniperi، 200 فمتو گرم و حساسیت آغازگر اختصاصی p. lefebvrei، 10 فمتو گرم بود. آغازگر اختصاصی fju/rju، با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز تو در تو و به کمک آغازگرهای عمومی its1 و its4 قادر به ردیابی p. juniperi در ریشه گیاه میزبان (helianthemum ledifolium) بود. آغازگرهای طراحی شده برای درک اکولوژی دنبل های بیابانی و مدیریت کاشت مفید هستند. تنوع بین و فراگونه ای در میان 30 جدایه از دنبل های ایران، به وسیله ی آنالیز چند شکلی طولی قطعات برشی توالی های جداکننده ی نسخه برداری شده ی داخلی دی ان ای ریبوزومی بررسی شد. بعد از هضم آنزیمی، قطعات برشی حاصله برای تعیین فاصله زنتیکی بین جدایه ها امتیاز دهی شدند (صفر عدم باند و یک حضور باند). این فواصل برای کلاستر بندی جدایه ها به روش upgma با ضریب تشابه جاکارد با استفاده از نرم افزار mvsp مورد ارزیابی قرار گرفتند. آنزیم های برشی alu i, msp i, hinf i و mse i بیشترین چند شکلی را در قطعات تکثیری ایجاد کردند. الگوی بدست آمده برای پنج گونه اختصاصی بود.

استان کرمانشاه یکی از مهم ترین مناطق کشت نخود در کشور می باشد. هرچند، بیماری برق زدگی به عنوان مهم ترین بیماری این محصول در کشور به حساب می آید، اما وقوع این بیماری در مزارع نامنظم است، حال آن که، بیماری های مخرب پژمردگی و پوسیدگی ریشه نخود به طور معمول، همه ساله و در تمامی مزارع نخود بروز می یابد، تا کنون عوامل مختلف قارچی از جمله گونه های مختلفfusariumبهخصوصfusarium oxysporum وfusarium solani، rhizoctonia solani، macrophomina phaseolina، pythium ultimum، phytophthora drechsleri و phoma medicaginisبه عنوان عوامل بوته میری و پژمردگی نخود معرفی شده اند، با این حال، همچنان ابهامات زیادی در مورد جایگاه تاکسونومیکی و بیماریزایی برخی از این گونه های قارچی وجود دارد. از این رو، مطالعه ی حاضر با هدف شناسایی گونه های قارچی مسبب پژمردگی، زردی و پوسیدگی ریشه در استان کرمانشاه، شناسایی گونه ی غالب و تعیین میزان شیوع بیماری در مناطق مختلف استان به اجرا در آمد. به این منظور، طی فصل زراعی 91، از اردیبهشت تا خردادماه، 130 مزرعه نخود در مناطق مختلف کشت محصول در استان کرمانشاه مورد بازدید قرار گرفته و از هر مزرعه، حداقل 10 نمونه ی مشکوک به بیماری به منظور جداسازی بیمارگر مورد استفاده قرار گرفت. جدایه های قارچی به دست آمده مورد بررسی قرار گرفته و بر اساس خصوصیات ماکروسکوپی و میکروسکوپیهشت گونه ی قارچی شاملfusarium oxysporoum، f. solani،f. proliferatum، f. equiseti،f. verticillioides،f. culmorum،macrophomina phaseolinaوrhizoctonia solaniشناسایی گردید. با توجه به فراوانی جدایه های قارچی جداسازی شده متعلق به گونه هایf. oxysporumوf. solaniاز بین جدایه های متعدد با ویژگی های ریخت شناختی مشابه، فقط یک جدایه از هر مزرعه انتخاب شده و جهت مطالعات بیشتر مورد استفاده قرار گرفت. جدایه های منتخبf. oxysporumوf. solaniو کلیه جدایه های سایر گونه های قارچی، در آزمون بیماریزایی مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج آزمون بیماریزایی نشان داد که به استثنایگونه ها یf. verticillioidesوf. culmorumسایر گونه ها بیماریزا شناخته شدند. همچنین ارزیابی شدت بیماری نشان داد که جدایه هایf. oxysporumوf. solaniاز شدت بیماریزایی بیشتری برخوردار بوده و عوامل اصلی زردی و پژمردگی و پوسیدگی ریشه نخود محسوب می شوند.

مخمرها دارای اهمیت اکولوژیکی، صنعتی و اقتصادی زیادی هستند. شناسایی مخمرها اساس و ضرورت اولیه برای تمام این کاربردهاست. هدف از این تحقیق جدا سازی مخمرها از منابع غذایی، خاک، گیاه و میوه ها از مناطق مختلف استان کرمانشاه، شناسایی مورفولوژیکی و مولکولی مخمرها، فیلوژنی، پراکنش و بررسی اثر هم ستیزی آن ها علیه بیمارگر عامل بیماری کپک خاکستری در استان کرمانشاه بود. نمونه برداری از مواد غذایی شامل ترشی جات، خیارشور، مربا، دوغ پنیر و از اندام های 20 گونه گیاهی و خاک های بکر از نقاط مختلف استان کرمانشاه صورت گرفت. از مواد غذایی 39 جدایه، از اندام های گیاهی 35 جدایه و از خاک 28 جدایه مخمری جداسازی گردید. کل جدایه های مخمری جداسازی شده 102 عدد بود که در کلکسیون بخش گیاه پزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه رازی نگه داری شدند. بررسی پراکنش مخمرها در نقشه ژئورفرنس با استفاده از نرم افزار gis نشان داد که تعداد مخمرهای بازیدیومیستی در خاک پراکنش و فراوانی بیشتری نسبت به مخمرهای آسکومیستی دارند. نتایج آنالیز تطبیق متعارفی نشان داد که همبستگی معنی داری بین پارامترهای محیطی و ارتفاع از سطح دریا با پراکنش مخمرها دارد، به طوری که گونه های مخمری آسکومیستی در خاک هایی با درصد شن بیشتر یافت می شوند. از میان پارامترهایی محیطی اندازه گیری شده شامل پ. هاش، ارتفاع از سطح دریا، طول و عرض جغرافیایی، بافت خاک، نمک محلول در خاک، اندازه گیری شده ارتفاع از سطح دریا بیشترین تاثیر را در پراکنش مخمرها داشت. بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی و مولکولی 25 گونه از مخمرها شامل meyerozyma guilliermondii، pichia galeiformis، p. kudriavzevii، galactomyces candidum، issatchenkia orientalis، saccharomyces cerevisiae، zygoascus meyerae، g. geotrichum و دو نمونه در حد جنس geotrichum sp. از مواد غذایی و گونه های rhodotorula mucilaginosa، candida boidinii، c. parapsilosis و دو نمونه در حد جنس pichia sp. و metschnikowia sp. از اندام های گیاهی و گونه های rhodosporidium toruloides، trichosporon coremiiforme، cryptococcus uzbekistanensis، c. catenulata ، m. guillermondii و یک نمونه در حد جنس lecythophora sp. شناسایی شدند. گونه های pichia galeiformis، p. kudriavzevii، issatchenkia orientalis، zygoascus meyerae، g. geotrichum، candida boidinii، rhodosporidium toruloides و c. catenulata برای فلور قارچی ایران جدید و اولین بار گزارش می شوند. بر اساس آنالیز فیلوژنتیکی اکثر گونه ها با درست نمایی بالا (100-90%) در تبار خود نسبت به گونه های مرجع قرار گرفتند. آنالیز فیلوژنتیکی جنس lecythophora sp. بر اساس ناحیه d1/d2 زیر واحد بزرگ ریبوزومی نشان داد که این جدایه در هیچ یک از آرایه های گونه ای مورد مقایسه قرار نگرفتند و به احتمال زیاد گونه جدید می باشد. از بین گونه های شناسایی شده بر اساس منابع، هفت گونه قابلیت صنعتی و سه گونه پتانسیل بیماری زایی در انسان را داشتند.

در حال حاضر نماتود مولد زخم ریشه ی چای (pratylenchusloosi)، در بسیاری از کشورهای چای خیز جهان از جمله سری لانکا، چین، هندوستان، ژاپن و بنگلادش مهم ترین عامل خسارت زا است. در کشور ما نیز در سال های اخیر این نماتود به عنوان بیماری کلیدی و خسارت زای چای محسوب می شود؛ به طوری که میزان رشد گیاهان آلوده شدیداً کاهش یافته و به علت عدم توانایی ایجاد شاخه و برگ جدید، میزان محصول افت شدید پیدا می کند. در این پژوهش،قارچ های مورد آزمایش از خاک ناحیه فراریشه ی چای جداسازی شدند. پس از شناسایی و خالص سازی جدایه ها، آزمایش های مربوط به همستیزی این قارچ ها با نماتود مولد زخم ریشه ی چای(p. loosi) در محیط آب آگار صورت گرفت. از میان 11 جدایه مورد آزمایش، قارچ paecilomycesmarquandii با میزان مرگ ومیر 6/35 درصد از نوزادان و 17 درصد از بالغین p. loosi، نسبت به سایر قارچ ها برتری داشته است.ضمناً با توجه به میزان انگلی شدن نماتود،شش جدایه ی قارچی p. marquandii، paecilomyces lilacinus، acremonium strictum، clonostachys rosea، fusarium sp. و paecilomyces sp.برای انجام آزمایش های بعدی در محیط های کشت مایع زاپک داکس و مالت و همچنین آزمون گلخانه ای انتخاب شدند. در محیط کشت مایع زاپک داکس، قارچ p. marquandii پس از 72 ساعت، موجب غیر فعال شدن 01/13 درصد از نوزادان p. loosi گردید؛ در حالی که هیچ یک از جدایه ها، تأثیری روی مرگ ومیر بالغین از خود نشان ندادند. در محیط کشت مایع مالت، قارچ p. marquandii پس از 72 ساعت، 3/13 درصد از نوزدان و 28/10 درصد از بالغین p. loosi را غیر فعال نمود. در آزمایش های گلخانه ای، حضور هر شش جدایه قارچ در خاک، در شاخص ارتفاع نهال های چای تأثیر مطلوبی داشته است.