این تحقیق طی سال های1390-1389 در آزمایشگاه بیوتکنولوژی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی و آزمایشگاه سیتوژنتیک مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی کرمانشاه روی 14 اکوتیپ مختلف آویشن انجام شد. طرح آزمایشی مورد استفاده برای مطالعه صفات کاریوتیپی طرح کاملاً تصادفی با 5 تکرار بود. تنوع ژنتیکی آویشن با استفاده از نشانگرهای مولکولی issr و rapd و صفات کاریوتیپی مورد ارزیابی قرار گرفت. از 28 آغازگر issr مورد استفاده بیست آغازگر نوارهای مختلفی را تکثیر کردند. میزان چندشکلی حاصل از نشانگر issr برابر با 76/96 درصد بود. تجزیه خوشه ای با روش upgma بر اساس نشانگر مولکولی issr اکوتیپ ها را بر اساس مکان جغرافیایی گروه بندی کرد. بیست آغازگر rapd نیز نوارهای مختلفی تکثیر کردند. میانگین چندشکلی آغازگرهای rapd، 94/31 درصد بود. با انجام تجزیه خوشه ای به روش upgma با استفاده از داده های ژنوتیپی نشانگر rapd اکوتیپ ها مطابق با مکان جغرافیایی دسته بندی شدند. میزان چندشکلی حاصل از ترکیب این دو نشانگر برابر با 28/95 درصد بود. با ترکیب داده های دو نشانگر مولکولی نیز اکوتیپ ها مطابق با مکان جغرافیایی گروه بندی شدند. میانگین شاخص نشانگر، نسبت چندشکلی موثر و قدرت تفکیک آغازگرهای rapd بیشتر از آغازگرهای issr بود. میانگین شاخص محتوای چندشکلی دو نشانگر یکسان بود (43/0). بیشترین شباهت ژنتیکی بر مبنای هر دو نشانگر بین اکوتیپ های 27800 (نمونه شماره 4 جمعیت سرعین، اردبیل) و 27814 (نمونه شماره 6 جمعیت پارس آباد مغان، اردبیل) مشاهده شد. آزمون مانتل بین داده های نشانگرهای issr و rapd حاکی از همبستگی معنی دار بین این دو نشانگر بود. در نتیجه می توان گفت که هر دو نشانگر ارزیابی مشابهی از روابط ژنتیکی اکوتیپ های آویشن را نشان دادند. نتایج حاصل از تجزیه واریانس و مقایسه میانگین ها برای صفات کاریوتیپی اختلافات بین اکوتیپ ها را آشکار کرد. تمام صفات کاریوتیپی مورد مطالعه دارای اختلاف معنی دار در سطح احتمال 1% بودند. گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای با روش upgma بر اساس صفات کاریوتیپی اکوتیپ ها با سطح پلوئیدی نمونه های آویشن مطابقت داشت. با انجام تجزیه به مولفه های اصلی برای صفات کروموزومی، دو مولفه مهم شناسایی شد که 92/88 درصد تنوع کل داده ها را تبیین کردند. آزمون مانتل بین داده های مولکولی و کاریوتیپی حاکی از وجود همبستگی پایین و غیرمعنی دار بود.