در انسان، خانواده ژنی fox بیش از 40 عضو دارد که در بیش از دوازده زیر خانواده مجزا دسته بندی می شوند. همه اعضای خانواده fox دارای یک دومین اتصال به dna بسیار محافظت شده به نام forkhead هستند و در فرآیندهای بیولوژیکی بسیار متنوعی اعم از کنترل چرخه سلولی (به عنوان مثال اعضا خانواده foxo) تا قابلیت های ادراکی ( به عنوان مثال اعضا خانواده foxp) دخیل هستند. معلوم شده است که برخی از فاکتورهای fox به ویژه اعضا خانواده foxo با تاثیر بر تکثیر سلولی و آپوپتوز در پیشرفت سرطان دخیل هستند و هدف های جذابی برای تعدادی از داروهای ضد سرطانی هستند. از جمله ژن های اعضا خانواده fox که می توانند به واسطه عملکرد شان در سرطان دارای نقش باشند، ژن های foxa2، foxc2 و foxq1 می باشند. در واقع هر سه به نوعی با بیان e-cadherin همراه هستند. در مطالعات معلوم شده است که، بیان foxa2 با افزایش بیان e-cadherin و بیان ژن های foxc2 و foxq1 با کاهش بیان این ژن همراه هستند. در این مطالعه 30 نمونه توموری به همراه بافت حاشیه تومور از بانک تومور ایران جمع آوری شد. rna از نمونه ها استخراج شدند. به منظور حذف هر گونه آلودگی به dna ژنومیک rna تحت تیمار dnase i قرار گرفتند سپس به cdna تبدیل شد و سپس بررسی بیان ژن ها با تکنیک real time pcr انجام شد. در این مطالعه ما کاهش بیان قابل توجهی را برای ژن foxa2 مشاهده کردیم و هم چنین برای ژن های foxc2 و foxq1 افزایش بیان را مشاهده کردیم.

‏ سرطان ریه اولین عامل مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان است که آمار ابتلای آن در ایران نیز رو به افزایش ‏است. یکی از مهمترین دلایل ناکارآمد بودن درمان سرطان ریه عدم وجود روش های حساس و اختصاصی برای ‏تشخیص به موقع وجود تومور، نوع آن و شناسایی ویژگی های مولکولی آن می باشد. ‏microrna‏ ها دسته ای از ‏مهمترین تنطیم کننده های ژنتیکی هستند که تغییر بیانشان با بسیاری از بیماری ها ازجمله سرطان در ارتباط است. ‏مطالعات نشان داده اند که دسته ای از ‏microrna‏ ها که در دوران تکوین جنینی، افزایش بیان می یابند ویژگی ‏های انکوژن ها را دارا بوده و محرک های مسیرهای رشد و تقسیم سلولی هستند، و در مقابل ‏microrna‏ های ‏کاهش بیان یافته مهارکننده های رشد و سرکوب گر تومور می باشند. با توجه به باز بیان برخی از ژن های درگیر در ‏تکوین جنینی طی تومورزایی، به نظر می رسد، بررسی وضعیت بیان ‏microrna‏ های درگیر در تکوین ریه در ‏نمونه های سرطانی، از اهمیت ویژه ای برخوردار باشد. بر این اساس، ‏mir-134‎، ‏mir-187‎‏ و ‏mir-296‎‏ که دارای ‏بیان تغییر یافته ای طی تکوین جنینی ریه نسبت به ریه بالغ بودند انتخاب شدند و تغییر بیان آن ها در نمونه های ‏توموری و نرمال ریه بررسی شد.‏ مواد و روش ها: پس از استخراج ‏rna‏ از نمونه های پارافینه ی توموری و حاشیه ی نرمال تومور ریه، ‏cdna‏ ‏ساخته و ‏real-time qpcr‏ بر روی آن ها انجام شد. برای تایید صحت واکنش ‏pcr، محصولات ‏pcr‏ توالی یابی ‏شدند. در نهایت، تحلیل آماری داده توسط نرم افزار های ‏rest 2009‎‏ و ‏graphpad prism 6‎‏ انجام شد.‏ یافته ها: داده های ‏qpcr‏ حاکی از آن بود که بیان ‏mir-134‎‏ در بافت توموری ریه نسبت به نرمال، افزایش ‏معنی داری داشته است(‏p value:0.0419‎‏). ‏mir-187‎‏ نیز در نمونه های توموری در مقایسه با بافت نرمال، کاهش ‏بیان یافته بود(‏p value:0.0487‎‏). ‏mir-296‎، در تومورهای با درجه تمایز یافتگی ‏g4‎،به طور میانگین 2/7 برابر ‏افزایش بیان یافته بود(‏p value ?0.0001‎‏) و بیان آن در تومورهایی با درجه ی تمایز یافتگی ‏g1-g3‎‏ کاهش معنی ‏داری داشت (‏p value: 0.0183‎‏).‏ نتیجه گیری: این پژوهش، تغییر بیان ‏microrna‏ های دخیل در تکوین ریه را در سرطان، نشان داد. افزایش ‏بیان ‏mir-134‎، همسو با تغییر بیانش در دوران تکوین و کاهش بیان ‏mir-187‎‏ نیز در راستای بیان کاهش یافته ‏ی آن طی تکوین نسبت به ریه ی بالغ می باشد. بنابراین، مطالعه ی این دو ‏microrna‏ به عنوان مارکرهای ‏تشخیصی سرطان ریه از اهمیت ویژه ای برخوردار است. رفتار دوگانه ی ‏mir-296‎‏ در تومورهایی با درجه ی تمایز ‏یافتگی متفاوت نشان دهنده ی نقش متفاوت آن در دوره های مختلف تومورزایی است و بیان افزایش یافته ی آن در ‏تومورهای ‏g4‎‏ حاکی از نقش آن در مراحل گسترش و پیشرفت سرطان است. بر این اساس می توان ‏mir-296‎‏ را به ‏عنوان هدف درمانی جدیدی برای سرطان ریه پیشنهاد داد.‏

با توجه اهمیت و عملکردهای مهم mirnaها، شناسایی mirnaهای جدید و نقش آن ها ما را در درک بهتر فرایندهای داخل سلولی یاری می کند. بنابراین استفاده از روش هایی که قادر باشد ما را سریعتر به این مهم برساند ضروری است. رویکردهای کامپیوتری بر اساس ویژگی های ساختاری، حفظ شدگی در طول تکامل و همچنین میزان انرژی آزاد ساختارهای پیش بینی شده طراحی شده اند. در این رویکردها از چندین نرم افزار و سایت به موازات هم استفاده می شود تا در نهایت به ساختاری دست یابیم که بیشترین امتیاز را برای واقعی بودن پیش ساز mirna داشته باشد. همچنین با توجه به نقش های مهم ژن trkc و ویژگی های مهمی که این ژن دارد، از جمله وجود اینترون های بسیار طویل که دربردارنده توالی های حفاظت شده ای است که دارای ویژگی های شبه ساختارهای mirna هستند، احتمال اینکه این ژن میزبان برخی از mirnaهای مهم در سلول باشد دور از انتظار نیست و بررسی و تأئید این ساختارها ضروری است. پس از کشف این mirnaها، بررسی عملکرد آنها در بافت هایی که trkc در آن بیان می شود ضروری است. همچنین از آنجائیکه ژن trkc دارای عملکردهای متناقضی است که هنوز دید مشخصی برای مکانیسم آن وجود ندارد این احتمال وجود دارد که rnaهای غیرکدکننده ای در این امر دخیل باشند. لذا بررسی رابطه فعالیت این mirnaها با فعالیت های متناقض trkc ضروری است.