شناخت تنوع ژنتیکی و طبقه بندی ذخایر توارثی یکی از فعالیت های مهم در زمینه به نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی در گیاهان است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی در 48 ژنوتیپ سویا تکثیر مکان های ژنی با استفاده از 10 آغازگر issr در آزمایشگاه ژنتیک و اصلاح نباتات دانشکده ی کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه گنبد کاووس انجام شد. از تعداد 68 قطعه ای که در کل ارقام تولید شد 34 قطعه چند شکل بودند. تعداد باند های چند شکل از 2 تا 5 به ازای هر آغازگر متفاوت بود. بیشترین باندهای چند شکل مربوط به آغاز گر prl-4 بود. مقادیر pic بین 147/0 تا 058/0 و شاخص نشانگری بین 39/8 تا 65/1 در هر آغازگر متغیر بود. بیشترین و کمترین درصد چند شکلی به ترتیب به آغازگر 2-prl با 66/66 و آغازگر prl-5 با 57/28 تعلق داشت. آغازگر prl-5 بیشترین میزان شاخص شانون را با مقدار 678/0 و آغازگر prl-1 کمترین میزان شاخص شانون را با مقدار 467/0 نشان دادند. بیشترین میزان تنوع ژنتیکی در آغاز گر prl-5 با مقدار 485/0 و کمترین میزان تنوع ژنتیکی در آغازگر prl-1 با مقدار 300/0 مشاهده شد. بیشترین تعداد آلل موثر برای آغاز گر prl-5 با مقدار 943/1 و کمترین تعداد آلل موثر برای آغاز گر prl-1 با مقدار 479/1 به دست آمد. بیشترین میزان شاخص نشانگری مربوط به آغازگر prl-6 با مقدار 39/8 به دست آمد که نشان دهنده قدرت تفکیک بالاتر این آغازگر نسبت به سایر آغازگر ها است و کمترین شاخص نشانگری در آغازگر prl-5 با مقدار 65/1 مشاهده شد. تجزیه ی خوشه ای به روش upgam و با استفاده از ضریب تشابه ژاکارد 48 ژنوتیپ را در چهار گروه مجزا گروه بندی کرد. تجزیه ی ارتباط نتایج حاصل نشان داد نشانگر issr یک سیستم نشانگری قابل اطمینان برای آشکار سازی سطح بالایی از چند شکلی است و می توان از آن به عنوان ابزار مفیدی در بررسی تنوع ژنتیکی و انجام برنامه های اصلاحی در سویا استفاده نمود.. کلمات کلیدی: تنوع ژنتیکی، چند شکلی، سویا، نشانگرissr