نام پژوهشگر: ابوالقاسم اسماعیلی

ردیابی ژن های درگیر در تولید توکسین دستروکسینb و تعیین نقش این ژن ها دربیماری زایی قارچ alternaria brassicae در کلزا
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده کشاورزی 1388
  معصومه مصطفی   بهرام شریف نبی

لکه برگی آلترناریایی یکی از مهم ترین بیماری های قارچی گیاهان خانواده چلیپائیان است که همه ساله تولید این گیاهان را از نظر کمی و کیفی تحت تاثیر قرار می دهد. این بیماری در اغلب مناطق دنیا توسط سه گونه بذر زاد از قارچ آلترناریا به نام های alternaria brassicae ، brassicicola . aوa. raphani ایجاد می شود. آلودگی به وسیله این بیمارگرها عامل مهمی در کاهش جوانه زنی بذر به حساب می آید. گونه a. brassicae به عنوان عامل بیماری لکه برگی آلترناریایی در کانادا، آمریکا، هند و اغلب کشور های اروپایی شناخته شده است. در ایران نیز این گونه از مناطق کلزا کاری استان های گلستان، خوزستان و آذربایجان غربی جداسازی شده است. این قارچ همزمان با عفونی کردن بافت میزبان، تعدادی فیتوتوکسین را در اندام های آلوده تولید می کند. دستروکسین b فیتوتوکسین اصلی تولید شده توسط این قارچ در گیاه و محیط آزمایشگاه است. سنتز و انتشار این توکسین احتمالا با خوشه ژنیnrps-abc transporter در ژنوم این قارچ مرتبط می باشد. تجزیه و تحلیل بیشتر ژن های مرتبط با این خوشه ژنی می تواند نقش این ژن ها و فیتوتوکسین های سنتز شده توسط آن ها را در بیماری زایی، اکولوژی و فیزیولوژی این بیمارگر آشکارتر سازد. لذا در این تحقیق سعی شده تا با استفاده از روش های مولکولی، شیمیایی و زیستی، مکانیسم ایجاد بیماری در شش جدایه از قارچ a. brassicae بررسی شود، تا بدین وسیله باعث افزایش دانش موجود در این خصوص گردد. در تحقیق حاضر جدایه های قارچa. brassicae با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی این گونه مورد تأیید نهایی قرار گرفتند. به منظور ردیابی ژن های abrepsy1 و abreatr1 در جدایه های مورد مطالعه، حضور یا عدم حضور این دو ژن در واکنش pcr بررسی شد. میزان رونویسی دو ژن مذکور مرتبط با خوشه بیماری زایی nrps-abc-transporter نیز با استفاده از تکنیک real time pcr مورد بررسی قرار گرفت. برای تعیین توانایی تولید فیتوتوکسین در این جدایه ها، عصاره حاصل از این قارچ استخراج و به طور نسبی خالص سازی شد. سمیت فیتوتوکسین های تولید شده توسط هر جدایه، روی گیاهان کلزا رشد یافته در محیط کشت آزموده شد. از طرف دیگر شدت بیماری زایی نیز در مورد هر جدایه از قارچ در شرایط گلخانه سنجیده شد. به منظور ارزیابی بیان ژن های abreatr1 و abrepsy1 و تأیید نقش آن ها در بیماری زایی قارچ a. brassicae، همبستگی بین میزان رونویسی این ژن ها، میزان سمیت فیتوتوکسین ها و شدت بیماری زایی در جدایه ها بررسی شد. نتایج حاصل نشان داد که ظرفیت تولید فیتوتوکسین و شدت بیماری زایی در قارچ a. brassicae با میزان رونویسی ژن abreatr1 در این قارچ ارتباط بیشتری دارد و این در حالی است که در مطالعات پیشین بیشتر به نقش nrps در شدت بیماری زایی قارچ a. brassicae پرداخته شده بود. براساس اطلاعات بدست آمده در این تحقیق مشخص شد که میزان بیان ژن abreatr1 می تواند طور غیر مستقیم بیان ژن abrepsy1 را تحت تاثیر قرار دهد که به تبع آن تولید فیتوتوکسین ها و شدت بیماری زایی قارچ نیز به متاثر از عملکرد abc transporter خواهد بود.

مقایسه ی بیان ژن homer 1a در هیپوکمپ رات ?پس از یادگیری فضائی در ماز 8 بازوئی و 12 بازوئی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1389
  الهام شیرانی بیدابادی   ابوالقاسم اسماعیلی

مطالعه?ی یادگیری در سطح سلولی و مولکولی بر خلاف فرآیندهای فکری دیگر از قبیل تفکر، زبان و هوشیاری به میزان زیادی مورد توجه پژوهشگران بوده است. مطالعه?های اولیه?ی یادگیری و حافظه در نیمه?ی اول قرن 20 توسط pavlov ivan و edgar thorndike?? آغاز شد. در سال 1958 kandel ? به بررسی نقش هیپوکمپ در ذخیره?ی حافظه پرداخت . در دهه?ی 1960 دانشجویان رفتار مقایسه?ای مطرح کردند که الگوهای رفتاری انسان?ها تشابه زیادی با الگوهای رفتاری حیوانات ساده دارند، از این گذشته مسیرهای بیان ژن برای تشکیل حافظه?های جدید از بی?مهرگان تا پستانداران مشترک می?باشند. نواحی از مغز پستانداران که در فرآیندهای تشکیل حافظه نقش بسزائی دارند شامل هیپوکمپ، آمیگدالا، کورتکس مغزی و مخچه می?باشند. چندین مطالعه در دهه?ی 1960 نشان داده?اند که ممانعت از ساخت پروتئین و mrna در طول یا مدت کوتاهی پس از یادگیری باعث مهار حافظه?ی بلندمدت می?شود، بدون اینکه اثری بر روی حافظه?ی کوتاه مدت داشته باشند. حافظه?ی بلندمدت بیشتر از چند ساعت به طول می?انجامد و فرآیندی وابسته به ساخت پروتئین است، بنابراین رابطه?ی مهمی بین عملکرد ژنی و انعطاف پذیری نورونی وجود دارد. فواصل بین هر دوره?ی یادگیری باعث می?شود حافظه?ی بلندمدت قوی?تر و طولانی?تری نسبت به دوره?های یادگیری فشرده ایجاد شود. ژن?های پاسخ اولیه (gene early immediate, ieg)?? به دنبال تحریک?های سیناپسی از قبیل ???حداکثر شوک الکتریکی (mecs)? ،محرک با فرکانس بالای القاء کننده?ی ltp (potentiationterm long)?? یا پس از تجربه?ی رفتاری بیان می?شوند. ژن?های ieg??? به دو دسته?ی تنظیم کننده?ی رونویسی (rtf,factor transcription regulatory)????? و ژن?های موثر ieg?? تقسیم می?شوند که این ژن های موثر اعمال سلولی را به طور مستقیم تحت? تاثیر قرار می?دهند. a1-rhome? از دسته ژن?های موثر ieg??? می?باشد که در انعطاف پذیری سیناپسی و تثبیت سیناپسی نقش مهمی دارند. مطالعه?های انجام شده با استفاده از تکنیک fish? رونویسی ژن a1-homer را در نورون?های نواحی 3ca ,1ca? هیپوکمپ و کورتکس آهیانه?ای و کورتکس اینسولار و شکنج دندانه?ای (sgyru dentate)? به اثبات رسانده است?. امروزه از مازهای شعاعی به ویژه ماز 8 بازوئی برای بررسی یادگیری فضائی در جوندگان، کشف ژن?هائی که در یادگیری فضائی نقش دارند و بررسی ساختارهای مغزی که برای یادگیری ضروری هستند به فراوانی استفاده می?شود. به دلیل اینکه ماز 12 بازوئی در مقایسه با ماز8 بازوئی از پیچیدگی بیشتری برخوردار است در این مطالعه ?دو گروه از رات?ها به مدت 24 جلسه در ماز 8 بازوئی و 12 بازوئی قرار داده شد و رات?ها در سه مرحله?ی آغاز آزمایش?ها، جلسه?ی دوازدهم ونهایتاً جلسه?ی آخر قربانی شدند و پس از استخراج مغز ناحیه?ی هیپوکمپ جداسازی شد و بیان ژن a1-homer با استفاده از تکنیک real time pcr به منظور بررسی ? اثر پیچیدگی موضوع مورد یادگیری? بر میزان بیان ژن ? سنجیده شد، نتایج آشکار ساخت که بیان ژن در ماز 8 بازوئی به دلیل دست یابی سریعتر به کارائی مطلوب رفتاری افزایش بیشتری نشان ?می?دهد، از طرفی با انتقال 2 گروه دیگر از رات?ها از ماز 8 بازوئی به ماز 12 بازوئی و بالعکس?? مشخص شد که میزان بیان ژن a1-homer بلافاصله پس از مواجه شدن با محیطی با دشواری متفاوت ?افزایش معنی?داری نشان می?دهد.

مقایسه بیان ژن arc در هیپوکمپ رات پس از یادگیری فضائی در ماز 8 بازوئی و 12 بازوئی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1389
  بهاره زارعی   ابوالقاسم اسماعیلی

یکی از با اهمیت ترین چالش ها در علوم اعصاب، شناخت فرایند های سلولی مولکولی است که شالوده ی یادگیری و حافظه بلند مدت را تشکیل می دهد. در دهه اخیر پیشرفت های قابل توجهی در راستای درک تغییرات شکل دهنده یادگیری و حافظه صورت گرفته است که مدیون بکارگیری مدل های حیوانی مناسب، پروب های تعریف شده برای مسیرهای پیام رسانی داخل سلولی و تغییر در رونویسی ‍‍‍‍‍ژن و ابزارهای کارآمد برای مطالعه اشکال مختلف حافظه می باشد. استفاده از انواع ماز برای ارزیابی اساس عصبی رفتار یادگیری و حافظه فضایی در جوندگان، شناخت ژن ها و پروتئین های موثر در این فرایندها و اثرات سودمند داروهای جدید، متداول بوده است. ژن arc یکی از ژن های پاسخ اولیه عمل کننده است که بیان آن به شدت تحت تأثیر فعالیت نورونی است. نقش این ژن در انعطاف سیناپسی و تثبیت حافظه به اثبات رسیده است. در این تحقیق با استفاده از دو نوع ماز شعاعی که از لحاظ دشواری مضمون مورد یادگیری متفاوت هستند، عملکرد رفتاری رات ها و همچنین مقادیر القای بیان ژن arc طی مراحل مختلف یادگیری و حافظه، مورد ارزیابی قرار می گیرد. تعداد 33 رات نر از نژاد ویستار در 5 گروه قرار داده شدند. یک گروه به عنوان کنترل در نظر گرفته شد و 4 گروه دیگر به ترتیب در ماز 8 بازویی، 12بازویی، ابتدا 8 بازویی و سپس 12بازویی، ابتدا 12بازویی و سپس 8 بازویی قرار گرفتند. به منظور ارزیابی عملکرد رات ها و بیان ژن arc در مراحل مختلف یادگیری شامل قرارگیری در محیط جدید، یادگیری یک مهارت جدید به شکل ناقص و یادگیری کامل و بازیابی پایدار حافظه، رات های گروه 2 و 3 به ترتیب به 3 گروه: 1 جلسه یادگیری، 12 جلسه یادگیری و 25 جلسه یادگیری در ماز تقسیم شدند و به منظور بررسی تأثیر قرارگیری در محیط جدید در پی یادگیری قبلی در محیط ساده تر یا پیچیده تر برای اولین بار و یا پس از تکرار وظیفه، گروه 4 و 5 به دو گروه: 1 جلسه یادگیری پس از تغییر نوع ماز و 4 جلسه یادگیری پس از تغییر نوع ماز، تقسیم شدند. 30 دقیقه پس از هر آزمون رات ها قربانی شده و ناحیه هیپوکمپ مغز آنها جداسازی و در دمای c?70- ذخیره گردید. پس از استخراج rna هیپوکمپ و سنتز cdna، واکنش real time pcr به منظور تعیین مقدار بیان ژن در هر گروه انجام گرفت. یافته های این مطالعه نشان داد که در ماز 8 بازویی رسیدن به سطح بهینه عملکرد برای جانور با سهولت امکان پذیر است در صورتیکه افزایش تعداد بازوهای ماز (افزایش پیچیدگی مضمون مورد یادگیری)، و مواجه با چالش بیشتر، یادگیری را در سطح مولکولی و رفتاری متأثر می کند. چنانچه عملکرد مورد انتظار، در رات های ماز 12 بازویی پس از 25 جلسه یادگیری، مشاهده نگردید، علاوه بر اینکه سطح بیان ژن arc که رابطه مستقیم با مهارت در انجام وظیفه دارد در رات های ماز 12 بازویی به سطح قابل مقایسه در ماز 8 بازویی نرسید. تفاوت معنی دار بیان ژن arc در ماز 8 بازویی در گروهی مشاهده گردید که یادگیری کامل صورت گرفته بود اما در ماز 12 بازویی اولین قرارگیری در محیط، بیان این ژن را به طور قابل توجهی در مقایسه با سایر گروهها افزایش داد. همچنین افزایش قابل توجه بیان ژن در رات های منتقل شده از ماز 8 بازویی به ماز 12 بازویی فرضیه وابستگی مقادیر بیان ژن به میزان دشواری وظیفه را مورد تأیید قرار داد.

بررسی بیان ژنی ppar?1 در ضایعات نخاعی موش صحرایی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1390
  عصمت محمدی باغملایی   ابوالقاسم اسماعیلی

التهاب و آپوپتوز پس از آسیب طناب نخاعی منجر به تخریب برگشت ناپذیر بافت عصبی می شود. از این رو بررسی مولکولی مکانیسم پاسخ به آسیب سیستم عصبی مرکزی، جهت کنترل بعدی مسیر های مضر به راه افتاده پس از آسیب طناب نخاعی و راه اندازی مسیر های مفید می تواند سودمند باشد. در این مطالعه حضور و تغییرات بیانی ایزوفرم گامای گیرنده فعال کننده تکثیر پراکسی زومی و ایزوفرم آلفای گیرنده کبدی ایکس (lxr?) که اثر مهار کنندگی التهاب دارند و همچنین ژن القا کننده آپوپتوز bax پس از آسیب طناب نخاعی بررسی شده است. به منظور ایجاد آسیب نخاعی یک برش با مقطع عرضی در طناب نخاعی مهره نهم از بخش قفسه سینه ای (t9) موش صحرایی ایجاد شد و با استفاده از تکنیک های rt-pcr مرسوم و real-time pcr کمی میزان mrna این ژن ها، شش ساعت، یک روز، سه روز، هفت روز و ده روز پس از آسیب در هشت میلی متر از بافت مرکز ضایعه و هشت میلی متر بالا و پایین آن بررسی شد. نتایج نشان دهنده یک الگوی مکانی و زمانی نسبتاً پیچیده در تغییرات بیانی mrna گیرنده کبدی ایکس و bax بود. اما هیچ گونه بیانی از گیرنده فعال کننده تکثیر پراکسی زومی در مرحله اولیه تحقیق یافت نشد. گیرنده کبدی ایکس با یک اختلاف زمانی الگوی همسانی (موج افزایشی-کاهشی) را در سه ناحیه مختلف بررسی شده نشان داد. افزایش بیان lxr? پس از آسیب می تواند به علت افزایش واکنش های التهابی و هجوم ماکروفاژها به محل آسیب و افزایش فعالیت میکروگلیاها باشد. این افزایش ناگهانی پس از اینکه عوامل تحریک کننده التهاب کاهش یابند سیر نزولی پیدا می کند. در بررسی حاضر افزایش تدریجی بیان bax و عدم کاهش آن در محل بالای برش می تواند نشان دهنده فعال بودن رونویسی از این ژن، صرف نظر از چگونگی فعالیت پروتئینی آن باشد. به عبارت دیگر تنها انتقال این پروتئین از سیتوپلاسم به غشای بیرونی میتوکندری عامل آپوپتوز نبوده، بلکه افزایش رونویسی از این ژن هم در پایا ساختن مسیر آپوپتوز می تواند دخیل باشد. این امر نشان دهنده اهمیت تنظیم آپوپتوز حتی در سطح رونویسی است . از طرف دیگر آغاز سیر نزولی بیان ژن bax بعد از هفت روز در محل ضایعه می تواند به علت فعال شدن مسیر های بقای سلولی باشد.

بررسی اثرنانوذرات نقره در بیان ژن های پروکاسپاز 8، bax و bcl2 در مغز نوزادان موش صحرایی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1390
  زهرا طاهریان   جمال مشتاقیان

دستکاری و استفاده از مواد در مقیاس نانو برای بهره مندی از مزایای خواص فیزیکی و شیمیایی متفاوت آن ها در سـطح اتم یا مولکول و طراحی و اسـتفاده از سـاختارهای نانـو به عنوان فناوری نانو شـناخته شده است. با توجه به نسبت فوق العاده بالای سطح به حجم در ذرات نانو، خواص فیزیکی و شیمیایی آن ها کاملا متفاوت از مواد در اندازه معمولی است. بنابراین، استفاده از نانو مواد در زمینه های مختلف، به ویژه در زمینه پزشکی افزایش یافته است. اخیراً، استرس اکسیداتیو ناشی از تغییر در بیان ژن و القاء آپوپتوز در سلول های عصبی در موش تیمار شده با نانوذرات گزارش شده است. بیماری های تحلیل عصبی و اختلال در عملکرد مغز ناشی از استفاده فزاینده مواد نانو یک تهدید جدی برای سلامت انسان است. این مطالعه به منظور بررسی اثرات غلظت های مختلف نانوذرات نقره در بیان سه ژن درگیر در فرایند مرگ برنامه ریزی شده سلولی در تکوین سیستم عصبی موش صحرایی طراحی شده است. ژن های bax و bcl2 به عنوان شاخص های مسیر داخلی آپوپتوز وژن کاسپاز 8 به عنوان یک نشانگر مسیر خارجی آپوپتوز در نظر گرفته شدند. برای بررسی بیان این ژن ها ، توالی های mrna از وبگاه ncbi مورد استفاده قرار گرفت. آغازگرها با استفاده از نرم افزار beacon designer طراحی شدند. موش های صحرایی باردار در روز صفر حاملگی به سه گروه توزیع شد. هر یک از گروه ها به ترتیب غلظت های 0، 1 یا 10 پی پی اِم نانوذرات نقره دریافت نمودند. ذرات نقره محلول در اتیلن گلایکول در آب آشامیدنی تا حد دوز مورد نیاز برای تیمار رقیق شد. هر نوزاد رات بلافاصله پس از تولد بر روی یخ بی هوش و یوتانیزه شد و مغز آن جدا شده در ازت مایع منجمد شده در فریزر نگهداری شد. از فن آوری ریل تایم پی سی آر برای بررسی میزان بیان ژن استفاده شد. میزان بیان ژن های خانوادهbcl2 در اثر هر دو غلظت های آزمایش شده در مغز موش های صحرایی نوزاد تیمار شده با نانوذرات نقره تفاوت معنی داری نشان نداد. در حالیکه، بیان میزان بالایی از کاسپاز 8 ناشی از تیمار 10 پی پی اِم نانونقره در هر دو جنس نر و ماده ایجاد شده بود. این القاء آپوپتوز در مغز جنین می تواند با تکوین طبیعی مغز تداخل داشته باشد. این مشاهدات می تواند اینگونه تفسیر شود که نانو ذرات نقره از طریق فعال شدن گیرنده واسطه مرگ و فعال نمودن کاسپاز 8?اثرات خارج سلولی بُروز داده است. به عبارت دیگر ، با توجه به نتایج این مطالعه مسیر خارجی آپوپتوز مهم است.

بررسی اثرامگا-3 بر بیان ژن camkinase ii در التهاب القا شده به وسیله lps در ناحیه هیپوکمپ رت
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1391
  ندا غلامیان دهکردی   کامران قایدی

التهاب دستگاه عصبی از عوامل مهم بروز بیماری های نقص یادگیری و حافظه همراه با تخریب شدن نورون ها به شمار می رود. در واقع التهاب دستگاه عصبی زمینه ساز بروز انواع بیماری های نورولوژیکی مثل آلزایمر و مالتیپل اسکلروزیس می باشد. در جریان التهاب فعالیت سلول های دستگاه ایمنی مغز افزایش یافته و با تولید فاکتورهای التهابی سبب تخریب نورون ها می شوند. تحقیق های اخیر نشان داده اسیدهای چرب غیر اشباع مانند آلفا لینولئیک اسید، به عنوان پیش ساز اسیدهای چرب غیر اشباع امگا 3 دارای اثرات ضد التهابی در مغز بوده که می توانند نقش موثری بر تقویت حافظه ایفا کنند. یکی از ژن های موثر در مسیر یادگیری و حافظه مولکول پیام رسان کالمودولین کیناز-2 آلفا می باشد، که به عنوان مولکول حافظه به شمار می رود و در ایجاد و حفظ حافظه بلند مدت نقش اساسی دارد. هدف از این مطالعه برسی اثر اسیدهای چرب امگا 3 بر یادگیری احترازی غیر فعال و بیان ژن کالمودولین کیناز-2 آلفا در شرایط التهاب در ناحیه هیپوکمپ( به عنوان ناحیه اصلی درگیر در حافظه و یادگیری) می باشد. در این پژوهش به منظور ایجاد التهاب در دستگاه عصبی، لیپوپلی ساکارید(lps) به روش درون صفاقی و به دو صورت حاد و مزمن به رات ها تزریق شد. در روش حاد از تک دوز lps به میزان(0.5mg/kg) استفاده شد و در روش مزمن تزریق lps با دوزهای افزایشی، طی ده روز و روزانه دو بار صورت گرفت، سپس به بررسی اثر پیشگیری کننده امگا 3 بر اختلالات حافظه و یادگیری و بیان ژن کالمودولین کیناز-2 آلفا در رات هایی که lps دریافت کرده بودند، پرداختیم. در این تحقیق از دستگاه step-through shuttle box به منظور انجام تست رفتاری و از روش real-time pcr جهت بررسی بیان ژن مورد نظر استفاده گردید. همچنین با استفاده از آزمایش الایزا میزان فاکتور tnf-? به عنوان فاکتور التهابی در بافت هیپوکمپ طی شرایط مختلف اندازه گیری شد. نتایج این تحقیق بیان گر اثر تخریبی دوزهای حاد و مزمن lps بر مرحله به خاطر آوری حافظه و بیان ژن کالمودولین کیناز-2 آلفا و اثر پیشگیری کننده امگا 3 بر این اختلال بود. به طور خلاصه نتایج ما نشان داد که التهاب دستگاه عصبی می تواند توانایی های مرتبط با حافظه و یادگیری را کاهش دهد و به نظر می رسد اختلال در بیان ژن کالمودولین کیناز-2 آلفا نقش اساسی در این رابطه دارد. اسیدهای چرب امگا 3 احتمالاً از طریق تولید ترکیب های رزولوین باعث کاهش یا توقف تولید واسطه های التهابی مانند سایتوکین ها می شوند. بنابراین امگا 3 می تواند به عنوان عاملی موثر در بر طرف کردن مشکلات حافظه و سایر اختلال های نورولوژیک مطرح باشد که این امر نیازمند تحقیق بیشتر می باشد..

بررسی میزان بیان ژن abcg2/bcrp در کودکان مبتلا به سرطان خون لنفوبلاستی حاد
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم پایه 1391
  منصوره السادات انتظارقایم   سهیلا رهگذر

مقاومت دارویی چندگانه (mdr) در میان محققین به عنوان مانع اصلی در درمان سرطان های مختلف به وسیله شیمی درمانی قلمداد می شود. این پدیده از طریق مکانیسم های مختلف، درنهایت موجب کاهش اثر داروهای ضدسرطان بر علیه سلول های سرطانی می گردد. یکی از بارزترین این مکانیسم ها از طریق بالا رفتن میزان بیان پروتئین های گذرنده از غشاهای سلولی اِعمال می شود که عضو ابرخانواده انتقال دهنده های متصل شونده به atp (abc) می باشند. این پروتئین ها با استفاده از هیدرولیز atp، داروها را فعالانه از سلول توموری خارج و یا درون اندامک های داخل سلولی محصور می نمایند. بررسی های انجام شده بر روی اثر پیش آگهی ژن های ابرخانواده abc در لوسمی لنفوبلاستی حاد (all) که شایع ترین لوسمی در بین کودکان است، نتایج ضدونقیضی را نشان می دهند. بررسی های بیان سه ژن از ابرخانواده abc شامل abcg2/bcrp، abca3/abc3 و abca2/abc2 در انواع سرطان های انسانی، شواهدی را براساس تداخل بیان این ژن ها در ایجاد پدیده mdr گزارش نموده اند. این مطالعات درمورد all اندک و متناقض هستند. این پژوهش برای بررسی بیان mrna ژن های abcg2، abca3 و abca2 در کودکان مبتلا به all پیش از شروع درمان و نیز پس از گذشت یک سال از دوره درمان منظم طراحی شد. هدف از این مطالعه بررسی اثر پیش آگهی بیان این ژن ها در بروز مقاومت دارویی کودکان مبتلا به all بود. از تکنیک real-time pcr برای بررسی بیان نسبی سه ژن هدف، در نمونه خون محیطی و یا مغزاستخوان 28 کودک مبتلا به all و نمونه خون 15 کودک به عنوان کنترل استفاده شد. نمونه های خون از بیماران اراجاع شده به بیمارستان سیدالشهداء در شهر اصفهان و با رضایت والدین آن ها گرفته شد. ژن خانه گردان به عنوان کنترل داخلی، gapdh بود. میزان بیان ژن های هدف در دو گروه کنترل و بیماران با تشخیص اولیه بیماری، مقایسه شد. به-عنوان کیفیت پاسخ به درمان، وضعیت حداقل بیماری باقیمانده (mrd) در 14 نفر از بیماران پس از گذشت یک سال از شیمی درمانی بررسی شد و به عنوان دومین مرحله انجام پژوهش، میزان بیان ژن های هدف در دو گروه mrd+ و mrd- مقایسه گردید. با تعیین نقاط cut-off مناسب، تأثیر بیان بالا یا پایین mrna ژن های abcg2، abca3 و abca2 بر میزان خطر مثبت شدن mrd در بیماران بررسی شد. نتایج این پروژه پژوهشی تفاوت معنی داری بین میزان بیان mrna در ژن های abcg2، abca3 و abca2 در مقایسه بین بیماران با تشخیص اولیه all و گروه کنترل نشان نداد. میزان بیان ژن abcg2 در گروه mrd+ نیز تفاوت معنی داری با گروه mrd- نداشت. اما میزان بیان هر دو ژن abca2 و abca3 به صورت معنی داری در گروه بیماران mrd+ نسبت به گروه کنترل (درمورد abca3) و یا نسبت به گروه کنترل و بیماران mrd- (درمورد abca2)، بالاتر نشان داده شد. علاوه بر این، تعیین cut-off مشخص نمود که بیان بالاتر از 5/1در مورد ژن abca2 و بالاتر از 2 در مورد ژن abca3 خطر بروز مقاومت دارویی و عدم پاسخ مناسب به شیمی-درمانی را به ترتیب 15 و 25/6 برابر افزایش می دهد. هم چنین نتایج نشان داد که بیان هم زمان mrnaی این دو ژن بالاتر از حد تعیین شده، این خطر را به میزان 67/11 برابر افزایش می دهد. گرچه نتایج این مطالعه ممکن است در جهت ارزش پیش آگهی بیان mrnaبرایabcg2/bcrp در بیماری all کودکان باشد ولی به عنوان اولین بررسی اثر پیش آگهی میزان بیان ژن های abca2/abc2 و abca3/abc3 در کودکان مبتلا به all بر روی کیفیت پاسخ شیمی درمانی قابل توجه است. این نتایج امکان پیشرفت به سوی تعدیل و اصلاح پروتکل های منحصر به هر بیمار را درجهت کاهش اثرات جانبی داروهاجلوگیری از خطر عود بیماری نشان می دهد.

بررسی میزان بیان mrna گیرنده های نوروتروفین ها در سلول های بنیادی پالپ دندان انسان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1391
  آزاده پورویسه   ابوالقاسم اسماعیلی

مطالعات اخیر به خوبی نشان داده اند که سلول های بنیادی عصبی می توانند از بافت مغز و مغز استخوان به دست آیند، اما دسترسی به این بافت ها بسیار مشکل می باشد و جداسازی این سلول ها از منبع قابل دسترس، می تواند گام بزرگی را در پیشبرد پزشکی مدرن و در جهت بهبود بیماری های تخریب کننده عصبی بردارد. مطالعات اخیر نشان داده اند که سلول های بنیادی عصبی می توانند در پالپ دندان، مشابه دستگاه عصبی مرکزی و مغز استخوان وجود داشته باشند. سلول های بنیادی پالپ دندان، سلول های پرتوانی هستند که از تاج عصبی منشا می گیرند و ویژگی های نورونی شامل تولید فاکتورهای نوروتروفیک از قبیل ngf،bdnf ،nt3 و nt-4/5را دارا می باشند. یکی از فاکتورهایی که احتمالا در تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به سمت سلول های عصبی دخیل است، نوروتروفین ها می باشند. آبشار های پیام رسانی مربوط به نوروتروفین ها با واسطه دو گروه مشخص از گیرنده ها هدایت می شوند که عبارتند از گیرنده های تیروزین کینازیtrka, trkb, trkc) ) که به طور اختصاصی به نوروتروفین ها متصل می شوند و گیرنده p75ntr (p75 neurotrophin receptor) که با تمایل یکسانی به همه نوروتروفین ها متصل می شود. با توجه به اهمیت بالای گیرنده های نوروتروفینی در عملکرد نوروتروفین ها در تکامل سلول های عصبی و نیز تاثیر میزان بیان این فاکتور ها در بیماری های تخریب کننده عصبی، در این پروژه ما به بررسی میزان کمی بیان گیرنده های نوروتروفینی در سلول های بنیادی پالپ دندان پرداختیم. برای نیل به این هدف ابتدا پرایمرهای اختصاصی گیرنده های نورتروفینی trka، trkb، trkc و p75 با استفاده از نرم افزار های اختصاصی طراحی شده، از سلول های بنیادی پالپ دندان در مراحل مختلف تمایز و با بهره گیری از rneasy mini kit، rna استخراج و سپس به cdna تبدیل شد و سپس با استفاده از دستگاه real time pcr، مقایسه کمی از سطوح بیان این ژن ها انجام شد. نتایج حاصل از real time pcr، افزایش بیان هر یک از گیرنده های نوروتروفینی را متناسب با افزایش بیان نوروتروفین های مربوطه، در طی تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به عصب نشان داد. با توجه به این موضوع می توان نتیجه گرفت که گیرنده های نوروتروفینی همراه با فاکتور های نوروتروفیک مربوط، در تمایز سلول های فوق نقش بسزایی داشته و می توان از آن ها در زمینه های بالینی و درمانی به خصوص در زمینه نورولوژی و اختلالات عصبی نظیر آلزایمر و پارکینسون استفاده کرد.

همسانه سازی ژن گلوتامات دکربوکسیلاز باکتری اسید لاکتیک و ساخت وکتور بیانی آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1391
  بهجت خیری یگانه آذر   ابوالقاسم اسماعیلی

گاما آمینوبوتیریک اسید(گابا) یک اسیدآمینه غیر پروتئینی است که به عنوان یک نوروترانسمیتر مهاری در بافت مغز پستانداران عمل می کند. گابا چندین عملکرد فیزیولوژیکی مشتمل بر انتقال دهنده عصبی، اثرات کاهندگی فشار خون و مدری دارا می باشد. اگر گابا خوراکی در مقادیر مناسب به مغز برسد، گابا به عنوان یک آرامبخش اثر می کند. گابا به عنوان یک نوروترانسمیتر پالس های عصبی را بلوکه می کند و انتقال عصبی را کاهش داده و می تواند اضطراب و افسردگی را تحت تاثیر قرار دهد. در انسان، گابا به وسیله 2 ایزوفرم از آنزیم گلوتامات دکربوکسیلاز وابسته به پیریدوکسال فسفات تولید می شود. بعضی از باکتری ها مثل سویه های لاکتوباسیلوس، قادر به تولید گابا هستند. دراین تحقیق، تولید گابا توسط سویه-های لاکتوباسیلوس جدا شده از ماست، مطالعه شد. بررسی های فیلوژنتیک مبتنی بر توالی 16srdna و مطالعات بیوشیمیایی نشان داد که آن ها متعلق به جنس لاکتوباسیلوس برویس هستند. این سوش ها در محیط کشت mrs حاوی 1% اسید گلوتامیک در 30 درجه سانتیگراد به مدت 24 ساعت کشت داده شدند و سپس تولید گابا با روش hplc بررسی شد. قطعه dna حاوی ژن gad از ncbi بدست آمد. برای همسانه سازی ژن gad از این سویه ها، pcr با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده با اولیگو6 انجام شد. محصول pcr از ژل استخراج شد و در وکتور pgem-t توسط لیگاز t4 ، الحاق شد و به داخل باکتری ای کولای xl1blue ترانس فورم شد. سپس کلنی های سفید انتخاب شده و پس از استخراج پلاسمید و برش با آنزیم های محدود کننده، ژن gad به یک وکتور pet الحاق شد و در باکتری ای کولای bl21 ترانس فورم شد. ژن gad در باکتری های ای کولای بیان شد. نتایج این مطالعات نشان داد که این سویه ها را می توان در صنعت برای تولید گابا به کار برد. در نهایت چنین سویه هایی می-توانند سرعت تولید غذاهای تخمیری آرامبخش را افزایش دهند. کلمات کلیدی: گابا، گلوتامات دکربوکسیلاز، لاکتوباسیلوس، همسانه سازی، hplc

جداسازی، همسانه سازی و بیان توالی جزیی ژن آمیلاز در باکتری بومی exiguobacterium sp. sh3
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - پژوهشکده فناوری های نو 1391
  ابراهیم ترکتاز   ابوالقاسم اسماعیلی

بیش از 30 درصد از آنزیم های تولید شده در دنیا متعلق به خانواده آمیلازها است. در صنایع مختلفی مانند نساجی، صنایع هیدرولیز نشاسته، تولید شربت های شیرین و غیره، آنزیم آمیلاز نقش کلیدی دارد. از آنجا که بهینه دمای فعالیت آمیلازهای موجود در صنعت معمولا بالا است و بالا بردن دما جهت رسیدن به دمای بهینه فرایندی انرژی خواه است، لذا استفاده از آمیلازهای سرمادوست در صنعت رو به افزایش است. هدف اصلی این تحقیق پیدا کردن منبع ژنی آمیلاز جدید از باکتری کمتر شناخته شده بومی ایران است. برای این منظور باکتری اگزیگواباکتریوم sp. sh3 انتخاب شد. این باکتری برای اولین بار توسط پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری جداسازی و ثبت شده است. برای پیدا کردن ژن آمیلاز از این باکتری سرمادوست، از تکنیک های ساخت کتابخانه ژنی و انجام واکنش زنجیره پلیمراز به وسیله آغازگرهای لغزشی استفاده شد. طی این تحقیق تکنیک دقیق ساخت کتابخانه ژنومی برای این باکتری ارائه گردید. همچنین با استفاده از آغازگرهای لغزشی توالی جزیی ژن آمیلاز این باکتری جداسازی شد. برای بیان این توالی جزیی از ناقل پلاسمیدی pqe استفاده شد. همچنین پس از دست یابی به توالی کامل، همسانه سازی ژن مورد مطالعه در ناقل pet 26b انجام شد. پس از القای بیان و با استفاده از کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل، پروتئین نوترکیب خالص سازی شد. آزمون های بیوشیمیایی نمایان نمود که ph بهینه برای فعالیت این آنزیم 5/6 است. همچنین km و vm این آنزیم به ترتیب برابر 264165/0 و 52833/0 محاسبه شد. در پایان مدل سه بعدی این آنزیم به روش های تشخیص فولد و مدل مخفی مارکوو شبیه سازی شد و به وسیله موتاسیون مجازی و داک گذاری سعی گردید تا تمایل مدل سه بعدی آمیلاز به نشاسته افزایش یابد. این تحقیق پیشنهاد می کند که با اعمال موتاسیون های مجازی عنوان شده در شرایط آزمایشگاه می توان به آنزیم فعال تری دست پیدا کرد.

همسانه سازی ژن گلوتامات دکربوکسیلاز باکتری لاکتو باسیلوس کازئی و ساخت وکتور بیانی آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  یاسمن توکلی   ابوالقاسم اسماعیلی

گاما آمینو بوتیریک اسید (گابا) یک اسیدآمینه ی غیرپروتئینی است که به عنوان یک ترکیب داروئی مهم در درمان بسیاری از اختلالات عصبی به کار می رود. گابا توسط آنزیم وابسته به plp گلوتامات دکربوکسیلاز gad)) تولید می گردد. این آنزیم در هردو دسته ی باکتری های بیماریزا و همزیست لوله ی گوارش با مصرف پروتون در ایجاد مقاومت اسیدی نقش دارد. لذا همسانه سازی ژن کدکننده ی آنزیم gad از منابع مختلف به منظور مقایسه ی توالی ژنی آن با ژن های gad موجود در سایر موجودات، ساخت ناقل بیانی به منظور خالص سازی و تولید انبوه آنزیم و نیز دستکاری پروتئین به منظور بهبود خواص آن، همگی اقدامات موثری در جهت تولید انبوه محصول ارزشمند گابا می باشند. با توجه به این که آنزیم gad در پاتوژن هایی مانند لیستریا مونوسایتوژنز هم در ایجاد مقاومت اسیدی نقش دارد، در نتیجه پیدا کردن یک ترکیب شبه داروئی با قابلیت مهار فعالسازی آنزیم می تواند راهکار مفیدی در جهت مختل کردن مسیر مقاومت اسیدی در این پاتوژن باشد. در این تحقیق تلاش جهت جداسازی ژن gad از 5 سویه ی باکتری های اسید لاکتیک، لاکتوباسیلوس کازئی زیرگونه ی کازئی ptcc 1608، لاکتوباسیلوس روتری dsm 20016، لاکتوباسیلوس فرمنتوم ptcc 1638، لاکتوباسیلوس دلبروکی زیر-گونه ی دلبروکی ptcc 1333 و لاکتوکوکوس لاکتیس ptcc 1336، صورت گرفت. پس از pcr با آغازگرهای اختصاصی قطعات به دست آمده جهت توالی یابی وارد ناقل همسانه سازی pgem-t گردیدند. پس از توالی یابی قطعات ژنی gad به صورت جداگانه وارد ناقل بیانی pet-32a(+) شدند. ناقل بیانی نوترکیب سپس وارد باکتری اشرشیا کلی سویه ی top10 ،به عنوان میزبان همسانه سازی، گردید. جهت بهبود خواص آنزیم با اعمال جهش نقطه ای به صورت مجازی از آنزیم gada اشرشیا کلی به عنوان پروتئین هدف استفاده شد. ابتدا تأثیر جهش های تک نقطه ای مختلف در سرتا سر پروتئین بر پایداری حرارتی آنزیم توسط وب گاه popmusic 2.1 بررسی شدند. جهش ها ی پایدار کننده به صورت مجازی در نواحی غیرحفاظت شده ی جایگاه فعال آنزیم اعمال شدند. تمایل اتصالی آنزیم به کوفاکتور و سوبسترا در جهش یافته ها و آنزیم اصلی از طریق داک گذاری مولکولی بررسی شد. جهت مهار تشکیل فرم فعال آنزیم gad لیستریا مونوسیتوژنز پس از پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین به صورت مجازی، از طریق غربالگری مجازی تمایل اتصالی 13059 ترکیب شبه داروئی برگرفته از پایگاه داده های zinc به جایگاه دایمریزاسیون آنزیم بررسی شد. نتایج توالی یابی قطعات به دست آمده بیانگر عدم وجود ژن gad در ژنوم باکتری لاکتوباسیلوس کازئی زیرگونه ی کازئی ptcc 1608 بودند. حال آنکه ژن مورد نظر در سایر سویه ها وجود داشت. قطعات ژن gad با موفقیت در ناقل بیانی pet-32a(+) همسانه سازی شدند. ناقل نوترکیب ساخته شده می تواند در مطالعات بعدی جهت تولید انبوه و خالص سازی راحت تر آنزیم به کار رود. در اثر اعمال جهش در جایگاه فعال آنزیم gad اشرشیا کلی مشخص شد در 5 جهش یافته ی d301a، d301t، r395m، s393c و k84t علاوه بر افزایش پایداری حرارتی آنزیم، تمایل اتصالی آن به کوفاکتور و سوبسترا نیز افزایش می یابد. نتایج غربالگری مجازی نشان داد ترکیب شبه داروئی با شماره دسترسی zinc22781062 دارای تمایل اتصالی بالا به جایگاه دایمریزاسیون زیرواحد های آنزیم است. از آنجایی که کوچکترین واحد الیگومری مورد نیاز برای شکل گیری فرم فعال در آمینواسید دکربوکسیلازهایی مانند gad به صورت همودایمر می باشد، لذا پیش بینی می شود ترکیب مذکور با اتصال به جایگاه دایمریزاسیون و ممانعت از اتصال زیرواحد ها به هم می تواند مانع فعال سازی آنزیم شود.

ارزیابی روش های مختلف جذب dna در اسپرم جوجه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1392
  هاجر قلی یان امیری   ابوالقاسم اسماعیلی

چکیده حیوانات تراریخت امکان و فرصت های مناسبی در راستای تولید فرآورده های نوترکیب فراهم کرده اند. زیست فناوری حیوانات در تولید انبوه پروتئین های نوترکیب در شیر، خون، ادرار، پلاسمای مایع سمینال و پیله کرم ابریشم نقش مهمی دارد. سال های متمادی تکنیک های مختلفی جهت تولید هر چه بهتر این موجودات استفاده شده است. از جمله این روش ها می توان تزریق مستقیم dna، تکنیک تولید کایمرا، روش های ویروسی، همسانه سازی و استفاده از سلول های زایای نر و ماده را نام برد. معرفی ژن خارجی به اسپرم قبل از لقاح می تواند روش مناسبی باشد زیرا اسپرم بعنوان یک وکتور طبیعی اطلاعات ژنتیکی را به اووسیت منتقل می کند، این روش تحت عنوان انتقال ژن به واسطه اسپرم می باشد. از آنجا که انتقال ژن به واسطه اسپرم به تنهایی بازدهی کمی دارد، از روش های مکملی جهت بهبود هرچه بیشتر این روش جهت انتقال ژن استفاده می شود؛ از جمله الکتروپوریشن، استفاده از یک مولکول اتصال دهنده، تزریق اسپرم به سیتوپلاسم اووسیت، تیمار اسپرم با دترجنت های ضعیف یا سیکل های مکرر انجماد-ذوب، ادغام به واسطه آنزیم محدودالاثر و لیپوفکشن. هر یک از این روش ها به گونه ای به افزایش بازدهی انتقال ژن به واسطه اسپرم کمک می کنند. در مطالعه ی حاضر از روش انتقال ژن به واسطه اسپرم جهت انتقال dna نشان دار به اسپرم خروس استفاده شده است. به این منظور روش انتقال ژن به واسطه اسپرم همراه با چند روش مکمل دیگر استفاده شده تا بیشترین بازدهی ترانسفکشن حاصل شود. جهت بررسی این امر dna مورد استفاده که آغازگرهای ژن ccrl1 بوده است توسط کیت label it نشان دار شده و پس از ترانسفکشن با هریک از روش ها توسط فلوسایتومتری ردیابی شده و همچنین در پایان هر آزمایش ترانسفکشن، آزمایش سنجش حیات سلول اسپرم انجام شد. نتایج به دست آمده نشان داد که استفاده از لیپوزوم جهت انتقال ژن به اسپرم بازدهی تکنیک را تا میزان زیادی بالا برده است.

بررسی میزان بیان mrna انواع نوروتروفین ها در سلول های بنیادی پالپ دندان انسان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1391
  صدیقه عالی فرجا   نصرت نوربخش

سلول های بنیادی پالپ دندان شیری (shed) به عنوان یک جمعیت نو از سلول های بنیادی شناخته شده است که قادرند به انواعی از سلول ها شامل سلول های عصبی تبدیل شوند. سلول های بنیادی پالپ دندان از تاج عصبی منشا می-گیرند و ویژگی های نورونی شامل تولید فاکتورهای نوروتروفیک از قبیل ngf(nerve growth factor)،bdnf (brain derived neurotrophic factor) ، nt3 (neurotrophin 3) و nt4(neurotrophin 4) را دارا می باشند. تاثیرات حفاظت نورونی این فاکتورها به خوبی بررسی شده است. یکی از فاکتورهایی که احتمالا در تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به سمت سلول های عصبی دخیل است نوروتروفین ها می باشند. نوروتروفین ها عوامل رشد هستند که در فعالیت های متفاوت دستگاه عصبی شامل تداوم بقا (survival)، تکثیر(proliferation)، تمایز(differentiation)، میلیناسیون(myelination)، رشد آکسون (axonal growth) ، مرگ سلولی(apoptosis) و پلاستیسیتی سیناپسی(synaptic plasticity) شرکت می کنند. هدف از این مطالعه بررسی بیان کمی نوروتروفین ها در بافت پالپ، سلول های بنیادی پالپ دندان و سلول های عصبی تمایز یافته از این سلول-های بنیادی است. میزان بیان فاکتور های نوروتروفیک درسلول های ذکر شده، اهمیت و نقش این فاکتور ها را در تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به سلول های عصبی مشخص می کند. روش انجام این مطالعه بر پایه تکنیک real time pcr استوار است. پس از کشت و جداسازی سلول های بنیادی پالپ دندان و تمایز آن ها به عصب، rna کل از هر مرحله اسخراج شده و به cdna تبدیل شد. سپس پرایمر های مربوط به هر کدام از ژن های نوروتروفین طراحی شده و real time pcr انجام شد. سپس با استفاده از آزمون های آماری anova نتایج بررسی شد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که تمامی فاکتور های نوروتروفیک در سلول های عصبی تمایز یافته از سلول های بنیادی پالپ دندان، بیان قابل توجهی دارند. افزایش بیان معنی داری را در سلول های تمایز یافته نسبت به پالپ و سلول های بنیادی شاهد هستیم. و بیان فاکتور nt-3 نسبت به دیگر فاکتور ها در سلول های تمایز یافته بالاتر است. با توجه به مطالعاتی که توسط دانشمندان انجام گرفته بود، نوروتروفین ها در طول تکامل دندان مورد نیاز می باشند. فاکتور ngf در عصب زایی دندان لازم و ضروری است. bdnf تمایز عصبی را در کشت های سلولی تاج عصبی افزایش می دهد و در پالپ دندان بیان بالایی دارد. nt-3 به عنوان فاکتور تمایزی در سلول های پالپ دندان عمل می کند و nt-4 بقای نورون ها را در دستگاه عصبی مرکزی و محیطی موجب می شود. با توجه به نتایج حاصل از این مطالعات و مقایسه آن با نتایج این مطالعه، می توان نتیجه گرفت که فاکتور های نوروتورفیک نقش مهمی را در سلول های عصبی ایفا می کنند و عاملی برای تمایز سلول های بنیادی پالپ دندان به عصب می باشند.

ارزیابی بیان ژن ccrl1 انسانی در سطح سلول‎های کلیه‎ی جنین انسان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1392
  بهاره پارسی   ابوالقاسم اسماعیلی

در چند سال اخیر پروتئین‎هایی مشابه با گیرنده‎های معمول کموکاینی شناسایی شده اند که با به دام انداختن کموکاین‎ها و به عنوان گیرنده‎های decoy، باعث تنظیم شبکه‎ی کموکاینی می‎شوند. این گروه از پروتئین‎ها به واسطه‎ی به درون کشاندن و تخریب کموکاین، انتقال و یا ارائه‎ی آن به گیرنده‎های معمول، فعالیت گیرنده‎های کموکاینی را تحت تأثیر قرار می‎دهند. با وجود این قابلیت‎ها و همچنین عدم توانایی در ایجاد مسیرهای پیام رسان درون سلولی توسط این پروتئین‎ها، این گروه گیرنده‎های کموکاینی غیرمعمول یا خاموش نامیده می‎شوند. با وجود شناسایی گیرنده‎های کموکاینی خاموش، عملکردهای دقیق اعضای این گروه در حال بررسی است. گیرنده‎ی کموکاینی ccrl1 (ackr4) یکی از این نوع گیرنده‎هاست که قابلیت اتصال به کموکاین‎های ccl19,ccl21 و ccl25 را داراست و با درون‎سازی و تخریب این کموکاین‎ها می‎تواند باعث تنظیم میزان این کموکاین‎ها در محیط شود. به علاوه با توجه به نقشی که این کموکاین‎ها در رشد و متاستاز سلول‎های سرطانی دارند، ccrl1 می‎تواند با کاهش این کموکاین‎ها به عنوان عاملی درمانی در نظر گرفته شود. همچنین ccrl1 با ایجاد هترودایمر با برخی از گیرنده‎های کموکاینی معمول، باعث ممانعت از برقراری مسیرهای پیام‎رسان درون سلولی و مهاجرت سلول‎ها می‎شود. برای شناسایی بیشتر این پروتئین و فهم عملکردهای دقیق آن، اولین مرحله به دست آوردن سلول‎هایی است که قادر به بیان این پروتئین باشند. به این منظوردر این پژوهش ابتدا قطعه‎ی کد کننده‎ی این پروتئین با استفاده از آنزیم‎های محدودالاثر hindiii و xbai و آنزیم dna لیگاز t4در ناقل بیانی حاوی برچسب مولکولی flag وارد شد. پس از ترانسفکشن سلول‎های کلیه‎ی جنینی انسان از نوع hek293t با روش لیپوفکشن، بیان ccrl1 در سطح mrna با استفاده از rt-pcr تأیید شد. در سطح پروتئین نیز با روش‎های مختلف دات بلات، وسترن بلات و فلوسیتومتری با کمک آنتی‎بادی اولیه‎ی anti-flag و آنتی‎بادی‎های ثانویه‎ی مناسب، بیان ccrl1 مشاهده گردید. نتایج این پژوهش نشان می‎دهد این سلول‎ها قادر به بیان ccrl1 بوده و در مراحل بعدی تحقیقات می‎توان از این سیستم استفاده کرد.

بررسی اثر روغن زیتون بکر بر حافظه و میزان بیان ژن camkinase iv در شرایط التهاب القا شده به وسیله lps در ناحیه هیپوکمپ رات
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - پژوهشکده علوم 1392
  منیره وشیرنیا   مریم نوربخش نیا

التهاب دستگاه عصبی از عوامل مهم بروز بیماری های نقص یادگیری و حافظه همراه با تخریب نورون ها بشمار می رود. در واقع التهاب دستگاه عصبی زمینه ساز بروز انواع بیماری های نورولوژیکی مثل، اختلال در حافظه، آلزایمر و مالتیبل اسکلروزیس می باشد. در جریان التهاب، فعالیت سلول های دستگاه ایمنی مغز افزایش یافته و با تولید فاکتورهای التهابی سبب تخریب نورون ها می شوند. تحقیقات اخیر نشان داده، اسیدهای چرب غیراشباع و مواد آنتی اکسیدان اثرات ضدالتهابی در مغز داشته و می توانند نقش موثری بر تقویت حافظه داشته باشند. روغن زیتون بکر حاوی ترکیبات مذکور بوده و همچنین در طب سنتی اعتقاد بر این بوده که روغن زیتون بکر باعث تقویت حافظه می گردد. حافظه و یادگیری پدیده ای پیچیده بوده و مکانیسم های مختلف درگیر در آن هنوز کاملا شناخته نشده است یکی از ژن های موثر در این پدیده مولکول سیگنالینگ کلسیم/کالمودلین پروتئین کیناز4 (camkiv) می باشد که در ایجاد و حفظ حافظه بلند مدت نقش اساسی دارد. ، هدف از این مطالعه بررسی اثر روغن زیتون بکر بر یادگیری احترازی غیر فعال و بیان ژن camkiv در شرایط التهاب در ناحیه هیبوکمپ (به عنوان ناحیه اصلی درگیر در حافظه و یادگیری) می باشد. به طور خلاصه نتایج ما نشان داد که، التهاب دستگاه عصبی می تواند توانایی های مرتبط با حافظه و یادگیری را کاهش دهد و به نظر می رسد اختلال ایجاد شده در بیان ژن camkiv توسطlps نقشی مهمی در این رابطه دارد و روغن زیتون بکر به علت داشتن ترکیبات منحصر به فرد باعث کاهش یا توقف تولید واسطه های التهابی مانند سایتوکین ها می شود واز این طریق اثرات مخرب lps بر موارد مورد بحث در این تحقیق را بهبود می بخشد. بنابراین روغن زیتون بکر می تواند به عنوان عاملی موثر در بر طرف کردن مشکلات حافظه و سایر اختلال های نورولوژیک مطرح باشد که این امر نیازمند تحقیقات بیشتر می باشد.

بررسی جایگزینی پودر ماهی با پودر جلبک اسپیرولینا (spirulina platensis) بر عملکرد رشد و تولیدمثل ماهی زینتی گورامی سه خال (trichopodus trichopterus)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده مرتع و آبخیزداری و شیلات و محیط زیست 1393
  مصطفی خان زاده   ابوالقاسم اسماعیلی

1- کشت و آماده سازی جلبک اسپیرولینا ابتدا استوک خالص جلبک اسپیرولینا (spirulina platensis) در محیط گیلارد (guillard, 1975) به کشت انبوه رسیده و توسط روش سانتریفیوژ از آب جداسازی می گردد. سپس محلول غلیظی از اسپیرولینا در درون آون به مدت 24 ساعت با دمای 60 درجه قرار گرفته تا پودر اسپیرولینا آماده گردد (lavens and sorgeloos, 1996). 2- آماده سازی و سازگاری ماهی گورامی سه خال تعداد 200 قطعه بچه ماهی 5/1 گرمی گورامی سه خال از مرکز معتبر (آکواریوم آیسان) خریداری و به طور تصادفی در 10 آکواریوم 100 لیتری توزیع و به مدت 14 روز با غذای موجود در بازار (cp9910 با میزان پروتئین 30 درصد و چربی 4 درصد) تغذیه می شوند. درجه حرارت آب در محدوده 28 درجه سانتی گراد و غذادهی به صورت روزانه در 3 نوبت و در حد سیری انجام می شود (oliviotto et al., 2006). ابعاد آکواریوم های استفاده شده در این مرحله از آزمایش 40×40×50 سانتیمتر می باشد. 3- تهیه و آماده سازی جیره های غذایی پنج جیره غذایی متشکل از غذاهای حاوی پودر جلبک اسپیرولینا در سطوح جایگزینی 5/2، 5، 10 و 20 درصد از پودر ماهی و یک جیره شاهد (حاوی پودر ماهی) آماده می شوند. برای تهیه هر یک از این جیره ها ابتدا مقدار مورد نیاز از هر ماده غذایی توزین و بعد از مخلوط شدن غذا به صورت رشته ای درآمده و به مدت 24 ساعت در آون با دمای 60 درجه خشک می شوند. سپس ذرات غذایی از الک 2 میلی متری عبور تا اندازه ای در محدوده 2-5/1 میلی متر به دست آیند. میزان پروتئین و چربی جیره های آزمایشی برای تغذیه بچه ماهیان و مولدین ماهی گورامی در طول دوره آزمایش به ترتیب 32 و 12 درصد تنظیم می گردد. 4- تغذیه مولدین با جیره های آزمایشی در این مرحله، 5 تیمار (هر تیمار در 2 تکرار 12 قطعه ای از بچه ماهی) در یک مقطع زمانی 5/2 ماهه با جیره های مختلف آزمایشی تغذیه شده تا به مرحله بلوغ برسند (oliviotto et al., 2006). سپس از هر تیمار 5 قطعه مولد نر و ماده به طور انفرادی جداسازی و در یک آکواریوم به ظرفیت حدوداً 80 لیتر قرار می گیرند. در این مرحله، ابتدا ماهی نر برای تحریک ماده اقدام به ساخت لانه های حبابی شکل روی سطح آب نموده و عمل تخم ریزی بعد از آماده شدن ماده در ساعات شب انجام می گیرد. تخم های واقع در سطح آب توسط یک پلاستیک با ابعاد 25×25 سانتیمتر مربع جمع آوری و نهایتا به وسیله توری با چشمه 100 میکرون جدا می گردند (axelrod et al., 2007). تخم ها با نمونه برداری تصادفی بر اساس روش zhou et al. (2011) برای تعیین هماوری مطلق، نسبی و درصد تخم گشایی (در مقطع 24 ساعته) شمارش می شوند. اندازه تخم و قطر زرده توسط میکرومتر مدرج و طول و وزن لاروهای شکفته شده به ترتیب توسط کولیس مدرج و ترازوی یک ده هزارم اندازه گیری می شوند. 5- آنالیز آماری: این مطالعه در قالب طرح کاملا تصادفی انجام و آنالیز داده ها با آنالیز واریانس یکطرفه (one way anova) با استفاده از نرم افزار spss صورت می گیرد. برای مقایسه میانگین داده های حاصل از اجرای تیمارهای آزمایشی از آزمون چند دامنه دانکن در سطح معنی داری 5 درصد استفاده می شود. ترسیم نمودارها با نرم افزار excel انجام می گردد.

اثر منابع مختلف چربی روی رشد و ترکیب اسید چرب بدن بچه ماهی سفید دریای خزر
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1392
  میترا جمشید پوده   ابوالقاسم اسماعیلی

چکیده: این آزمایش به منظور تعیین اثرات جایگزینی روغن ماهی با روغن گیاهی سویا و کانولا در جیره غذایی بچه ماهیان سفید (rutilus kutum) بر شاخص های رشد، بازماندگی و ترکیب اسید چرب بدن در تیر ماه 1391 انجام شد.ماهیان به مدت 56 روز با شش جیره غذایی مختلف به ترتیب شامل 100 درصد روغن ماهی (شاهد)، 100 درصد روغن کانولا، 100 درصد روغن سویا، مخلوط 50:50 درصدی روغن ماهی-کانولا، مخلوط50:50 درصدی روغن ماهی-سویا و مخلوط 50:50 درصدی روغن سویا-کانولا تغذیه شدند. نتایج نشان داد که میانگین وزن نهایی بدن در بچه ماهیان تغذیه شده با روغن های انفرادی کانولا (07/1±74/1 گرم) و سویا (09/0±63/1 گرم) بیشتر از سایر تیمارها (بین 02/0±53/1- 1/0±38/1 گرم) بود (05/0>p)؛ میانگین درصد افزایش وزن بدن بچه ماهیان تغذیه شده با جیره حاوی روغن کانولا (180 درصد) و سویا (158 درصد) اختلافات معنی داری را با جیره های حاوی مخلوط منابع روغن (بین 141-122 درصد) نشان داد (05/0>p). بچه ماهیان تغذیه شده با روغن های کانولا و سویا بهترین ضریب تبدیل غذایی (بترتیب 19/2 و 5/2) را داشتند (05/0>p). بالاترین سرعت رشد ویژه در جیره های حاوی روغن های کانولا و سویا (به ترتیب 85/1 و 74/1) و همراه با اختلاف معنی دار در مقایسه با سایر جیره ها بود (05/0>p). میزان بازماندگی بچه ماهیان تحت تاثیر نوع منبع روغن قرار گرفت (05/0>p)؛ بطوریکه بازماندگی بالاتری در جیره های حاوی روغن انفرادی (بین 94-87 درصد) در مقایسه با جیره های مخلوط منابع روغن (بین 85-69 درصد) دیده شد (05/0>p). نتیجه پروفیل اسید چرب بدن نشان داد که اسیدلینولنیک و اسید لینولئیک در لاشه ماهیان تغذیه شده با رژیم غذایی کانولا و سویا بالاتر از گروه شاهد بود اما نسبت n-3/n-6 و dha (22:6n-3) در لاشه با افزودن روغن های گیاهی به جیره بطور معنی داری کاهش یافت (05/0>p). به طور کلی ترکیب اسید چرب لاشه تحت تاثیر اسید چرب منابع چربی افزوده شده به جیره های غذایی قرار گرفت. با بررسی نتایج پیشنهاد می شود که بچه ماهیان سفید قابلیت استفاده و سازگاری در تغذیه جیره های دارای روغن های کانولا و سویا را داشته و جایگزینی کامل روغن ماهی توسط روغن های گیاهی مذکور اثرات منفی بر رشد و بازماندگی بچه ماهیان ندارد.

همسانه سازی ژن گلوتامات دکربوکسیلاز باکتری لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس و ساخت وکتور بیانی آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم و فناوری های نوین 1392
  مهسا طاهرزاده   ابوالقاسم اسماعیلی

گاما آمینوبوتیریک اسید (گابا) یک اسیدآمینه غیر پروتئینی است که علاوه بر نقش عصب میانجی مهاری در بافت مغز پستانداران، دارای چندین عملکرد کاراندام شناختی (فیزیولوژی) مانند کاهش فشارخون و اثرات مدری دارا هست. گابا تقریبا در تمامی موجوذات زنده تولید می شود. در انسان، گابا به وسیله 2 ایزو فرم از زی مایه گلوتامات دکربوکسیلاز وابسته به پیریدوکسال فسفات تولید می شود. این دو ایزوفرم gad65 و gad67 می باشند که هردو ایزوفرم در مغز و در سلولهای لوزالمعده بیان می شوند. مشابهت ساختار مولکولی اینها با پروتئین 2c (p2c) ویروس کوکساکی می تواند سبب تحریک دستگاه ایمنی شده و بنابراین در ایجاد دیابت نوع یک نقش داشته باشد. بعضی از باکتری ها مانند سویه های لاکتوباسیلوس، قادر به تولید گابا هستند. در این تحقیق، همسانه سازی ژن gad در باکتری های لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس، لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه بولگاریکوس و استرپتوکوکوس سالیواریوس زیرگونه ترموفیلوس مطالعه شد. بررسی های فیلوژنتیک مبتنی بر توالی 16srrna و مطالعات بیوشیمیایی نشان داد که آن ها متعلق به خانواده لاکتوباسیلوس هستند. این سوش ها در محیط کشت mrs حاوی 1% اسید گلوتامیک در 30 درجه سانتی گراد به مدت 24 ساعت کشت داده شدند. سپس قطعه dna حاوی ژن gad از ncbi به دست آمد. برای همسانه سازی ژن gad از این سویه ها، pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده با اولیگو 7 انجام شد. محصول pcr از ژل استخراج شد و در وکتور pgem-t توسط لیگاز t4، الحاق شد و به داخل باکتری ای کولای xl1blue ترانس فورم شد. سپس کلنی های سفید انتخاب شده و پس از استخراج پلاسمید و برش با زی مایه های محدودکننده، ژن gad به یک وکتور pet الحاق شد و در باکتری ای کولای bl21 ترانس فورم شد. وجود ژن gad در باکتری با روش کلنی pcr تائید شد. نتایج این مطالعات نشان داد که این سویه ها را می توان در صنعت برای تولید غذاهای تخمیری حاوی گابا به کاربرد.

بررسی عملکرد حرکتی و بیان ژنی bdnf در موش های صحرایی(رات های) نخاعی شده
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1384
  ریحانه کجوری   کامران قایدی

چکیده ندارد.

اندازه گیری نیمه کمی تزاید ژن her-2/neu به روش differential pcr در بیماران با سرطان سینه در جمعیت اصفهان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1388
  زینب حلاجیان   ابوالقاسم اسماعیلی

چکیده ندارد.

بررسی عملکرد حرکتی و بیان ژنی ngf در موش های صحرایی (رات های) نخاعی شده
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1388
  مهشید زارعی   ابوالقاسم اسماعیلی

چکیده ندارد.

کلون کردن cdna ایزوفرم (activated receptor y1 peroxisome proliferator) ppary1 موش و ساخت پلاسمید بیانی ppary1 در حامل محتوی egfp
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1387
  ثریا قاسمی   کامران قایدی

چکیده ندارد.