پژوهش حاضر اثر چند شکلی ژن های kap1.1 و kap1.4 را بر صفات سفره پشم مورد بررسی قرار داده است. برای این منظور تعداد 106 رأس نژاد خالص افشاری و 39 رأس آمیخته افشاری×برولامرینو(نسلf1) که در مزرعه دانشگاه زنجان پرورش داده می شدند، مورد استفاده قرار گرفتند. از نواحی سینه، کپل و گردن نمونه پشم تهیه و وزن بیده اندازه گیری شد. جهت تهیه dna از هر کدام از دام ها نمونه خون گرفته شد. پس از نمونه برداری، میانگین قطر تارهای پشم، درصد الیاف کمپ و طول استاپل سینه در آزمایشگاه پشم و پوست دانشگاه تبریز اندازه گیری شد. جهت انجام واکنش های pcr برای هر ژن یک جفت آغازگر با استفاده از توالی های موجود در ncbi طراحی شد. محصولات حاصل از pcr نمونه ها با روش sscp مورد بررسی قرار گرفته و در ژل غیر واسرشته ساز اکریل آمید تفکیک شدند. با بررسی کامل باندها روی ژل، تمامی نمونه ها در 4 گروه ژنوتیپی aa، ac، ab و ad برای ژن kap1.1 و 4 گروه ژنوتیپیab، aa، d، ac برای ژن kap1.4 قرار گرفتند.نتایج حاصل نشان داد که بین طول استاپل سینه و ژنوتیپ ها در ژن kap1.1 تفاوت معنی داری(05/0p<) وجود دارد و ژنوتیپ aa بیشترین(81/35 میکرومتر) و ژنوتیپ ac کمترین(20/34میکرومتر) میانگین قطر تار پشم را دارند. طول استاپل سینه بطور معنی داری در ژنوتیپ aa(77/11) سانتی متر بیشتر از سایر گروه ها و در ژنوتیپ ab(98/9cm) از همه کمتر بود. ژنوتیپ ac کمترین درصد الیاف کمپ(54/7درصد) و انحراف معیار قطر تار(14/18) را داشت. نتایج حاصل از پژوهش نشان داد که بین میانگین قطر تار پشم و ضریب تغییرات قطر تار و ژنوتیپ ها در ژن kap1.4 تفاوت معنی داری وجود دارد. ژنوتیپ ab بیشترین میانگین قطر تار(04/37میکرون) و کمترین ضریب تغییرات قطر تار(17/52درصد) و کمترین درصد الیاف کمپ(29/7درصد) را نشان داد اما در مقابل ژنوتیپ aa کمترین میانگین قطر تار پشم را در میان ژنوتیپ ها را دارا بود. نتایج این مطالعه نشان می دهد که میانگین طول فتیله پشم آمیخته های افشاری×برولامرینوcm89/14 می باشد که این مقدار در نژادخالص افشاریcm63/9 می باشد که نشان می-دهد که میانگین طول دسته الیاف نسبت به نژاد بومی cm5 افزایش پیدا کرده است. درصد تارهای کمپ برای نژادهای افشاری و آمیخته های افشاری×برولامرینو بتریب 63/10 و 34/1 درصد بدست آمد که نشان دهنده کاهش کاملا محسوسی در آمیخته ها نسبت به نژاد خالص افشاری است. باتوجه به افزایش محسوس طول استاپل و کاهش قابل توجه درصد الیاف کمپ در آمیخته ها به نظر می رسد با توجه به اینکه گوسفند برولامرینو نژاد پشمی می باشد. علاوه بر ژن های مورد بررسی ژن های زیادی در آمیخته ها وجود دارد که شناسایی و حفظ و بهره برداری از آنها می تواند تغییرات قابل توجهی در کمیت و کیفیت پشم در گوسفندان بومی ایجاد کند

هدف مطالعه حاضر بررسی ناحیه تنظیم کننده یا آغازگر (5?utr) ژن dgat1 و ارتباط چندشکلی در این ناحیه با صفات چربی لاشه بود. در این مطالعه 97 رأس بره نر با سن تقریباً یکسان و 16 رأس آمیخته های افشاری×برولا مرینو (نسل f1) گله تحقیقاتی-آموزشی دانشگاه زنجان مورد استفاده قرار گرفتند. اندازه گیری های سونوگرافی برای ضخامت چربی، ضخامت و سطح مقطع عضله راسته بر روی دام زنده در ناحیه پشت بین دنده 12 و 13 انجام و ارتباط آن با اندازه های واقعی بر روی لاشه پس از کشتار ارزیابی گردید. لاشه ها پس از طی 24 ساعت نگهداری در سردخانه به دو نیمه راست و چپ تقسیم گردیدند. نیم لاشه راست به قطعات گردن، ران، سردست، قلوه گاه، راسته، دنبه تفکیک و ضایعات (چربی های اضافی) اندازه گیری شد. از تمام دام ها نمونه خون جهت استخراج dna و اندازه گیری پارامترهای خون مانند کلسترول، hdl، ldl، vldl و تری گلیسرید گرفته شد. پرایمرهای لازم برای نواحی 5?utr و اگزون شماره یک و نیز اگزون های 14 الی 17 که به ترتیب قطعاتی به طول bp 566 و bp 634 را تکثیر می-کردند، طراحی گردیدند. جهت بررسی چندشکلی در نواحی یادشده ابتدا توسط pcr نواحی موردنظر تکثیر و سپس محصولات به دست آمده پس از واسرشته سازی با استفاده از تکنیک sscp و بارگذاری بر روی ژل اکریل آمید 12 درصد مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج حاصل از sscp و تعیین توالی حاکی از وجود چندشکلی تک نوکلئوتیدی در نوکلئوتید 127 ناحیه 5?utr بود. بررسی ارتباط چندشکلی مشاهده-شده با صفات لاشه و نیز فاکتورهای خونی نشان داد که، چندشکلی در این ناحیه در صفات لاشه با وزن دنبه ، ران و سردست و در پارامترهای خونی با کلسترول و hdl در ارتباط بود.

تعیین سطح بهینه اقتصادی انرژی و پروتئین و سن کشتار جوجه های گوشتی نر سنگین

در تحقیق حاضر اقدام به تولید نرم افزار mas گردید. این نرم افزار برای پیش بینی ارزش ارثی از تلفیق اطلاعات کمی و مولکولی استفاده می نماید. بعضی از ژن هایی که یک صفت را کنترل می کنند، می توانند نسبت به بقیه دارای اثرات بزرگی باشند. این قبیل ژن ها، ژن های با اثر بزرگ نامیده می شوند که در -qtl ها (جایگاه صفت کمی) مکان یابی می شوند. دنبال کردن الگوی توارث این قبیل qtl ها می تواند برای کمک به انتخاب مورد استفاده قرار بگیرد. این موضوع مجالی برای افزایش برنامه های پیشرفت ژنتیکی حیوانات اهلی بوسیله انتخاب به کمک مارکرها (mas) را فراهم می سازد. کارایی انتخاب به کمک مارکرها بر شاخصی متشکل از اطلاعات فنوتیپی و مولکولی پایه گذاری شده است. نرم افزار mas براساس روش های مدل مختلط (mmm)، با زبان برنامه نویسی c# تهیه شد. در این نرم افزار از مدل دام برای پیش بینی ارزش ارثی به فرم ماتریسی استفاده گردید. با تعیین پلی مورفیسم ناحیه پروموتور ژن dgat1، پس از استخراج dna از نمونه های خون، مراحل pcr بر روی نمونه های dna انجام گرفت. فراوانی های آللی و ژنوتیپی حیوانات مشخص گردید. از نرم افزار mas برای پیش بینی ارزش ارثی تعداد 80 رأس از بره ها ی نر گله اصلاح نژادی طرح ملی اصلاح نژاد گوسفند افشاری مزرعه آموزشی دانشگاه زنجان استفاده گردید. جهت مقایسه نتایج پیش بینی ارزش ارثی با روش مذکور، از نرم افزار sas استفاده گردید. مقایسه نتایج پیش بینی ارزش ارثی با نرم افزار mas و sas، نشان دهنده اثر ورود نشانگرهای مولکولی در انتخاب براساس تلفیق اطلاعات کمی و مولکولی است.

تمام سلول های موجود زنده چند سلولی توالی های ژنتیکی مشابهی دارند، اما با بیان ژن مخصوص خود برنامه ریزی می شوند. این امر به انواع سلول های مجزا با عملکردهای تخصصی مختلف منجر می شود. بیان ژن توسط مکانیزم های اپی ژنتیک مثل تغییرات هیستون کارگردانی می گردد. در سلول های یوکاریوتیک، توالی dna به طول 147 جفت باز به دور پروتئین های هیستونی هشت تایی پیچیده می شوند. این پروتئین های هیستونی دارای دُم هایی هستند که می توانند از لحاظ بیوشیمیایی دچار تغییر شوند و در نتیجه با تحت تأثیر قرار دادن ماشین آلات رونویسی، بیان ژن را تنظیم کنند. پیشرفت تکنولوژی های ریز آرایه و توالی یابی dna، محققان را به سوی شناسایی الگوهای اپی ژنتیک سوق داده است. مطالعات آن ها نشان داده است که الگوهای اپی ژنتیکی مهم با مراحل رشد و نمو و بعضی بیماری ها مثل سرطان مرتبط هستند. این مطالعات به طور عمده به الگوهای اپی ژنتیکی کانونی محدودشده اند و روش های آنالیز در سطح کل ژنوم هنوز هم ناقص می باشد. در قیاس با کدهای ژنتیکی، فرض شده است که کدهای اپی ژنتیکی کنترل کننده بیان ژن نیز وجود دارند. این کدها، در واقع الگوهایی از تغییرات هیستون ها هستند. بعضی مطالعات نشان داده اند ژن هایی که در یک چرخه تنظیمی مشابه حضور دارند دارای الگوهای مشابه از تغییرات هیستون هستند. شناسایی الگوهای ناشناخته که به طور متناوب در توالی dna اتفاق می افتد، یکی از مسائل چالش برانگیز در علم بیوانفورماتیک است. این پژوهش روی مدل های محاسباتی برای پیش بینی تغییرات هیستون و اشغال نوکلئوزوم در کل ژنوم مخمر و استفاده از الگوی کدهای اپی ژنتیک (یعنی، کد هیستون) برای دسته بندی ژن های چرخه ppar و ژن های تصادفی خارج از این چرخه در ژنوم انسان تمرکز می کند. این پایان نامه ابتدا، یک روش مبتنی بر یادگیری ماشین برای دسته بندی توالی های dna با سطح بالا و پایین تغییرات هیستون را پیشنهاد می دهد. طرح پیشنهادی در یک دیتاست استاندارد با روش های دیگر مقایسه شده است. مقایسه نشان می دهد که طرح پیشنهادی 30% دقت تشخیص روش های قبلی را افزایش داده است. در ادامه به شناسایی الگوهای تغییرات هیستون در ژن های چرخه ppar و استفاده از این الگوها برای دسته بندی ژن ها می پردازیم. روش پیشنهادی اولین پژوهشی است که از اطلاعات اپی ژنتیک (الگوهای تغییرات هیستون) برای دسته بندی ژن ها استفاده می کند و دقت دسته بندی آن 92.8% است.

یکی از صفات مهم در اصلاح کیفی گندم ارزش نانوایی آن است.تقریبا در تمام برنامههای مدرن اصلاحی ،کیفیت از اولویت بالایی بر خوردار است. یکی از مهمترین عواملی که در کیفت نان گندم تاثیر به سزایی دارد پروتئین های ذخیرهای دانه گندم گلوتنین و گلیادین است.گلیادینها پروتیئنهای مونومریکی هستند که در حدود 30 تا40 درصد از کل پروتئین های ذخیره ای دانه گندم را به خود اختصاص میدهند وباعث خاصیت کشسانی والاستیسیته خمیر آرد گندم میشوند. هدف از انجام این تحقیق مطالعه تفاوت توالیهای ژن گلیادین دربرخی از گندمهای نانوایی ایران است که این تفاوت توالیها با کیفیت نانوائی گندم ارتباط دارند. در این تحقیق 30 رقم گندم نان ایرانی با استفاده از نه نشانگر مورد بررسی قرارگرفت که تمامی آغازگرها پلی مورف بوده اما دو آغازگر tc85303 و be427655 بالاترین پلی مورفیسم را برای ارقام گندم نان ایرانی(مرودشت، شاه پسند، سرداری، کویر، سپاهان، مارون، بولانی، سبلان، بیات، طبسی و عدل) نشان دادند. در مرحله بعد باندهای مورد نظر به وسیله کیت خالص سازی از روی ژل آگارز جداسازی شده و محصولات pcrپس از الکتروفورز مجدد برای انجام توالی یابی فرستاده شد، توالیهای بدست آمده با توالیهای موجود درپایگاه اطلاعاتی ncbi و از طریق نرم افزارهایblast،clc،mega4 مقایسه شدند. نتایج حاصل ازبلاست توالی نوکلئوتیدی توسط قطعه تکثیر شده پرایمر be427655 برای ارقام(مرودشت، شاه پسند، سرداری، کویر، سپاهان) نشان داد که رقم کویر بالاترین شباهت و رقم شاهپسند کمترین شباهت را با توالیهای ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi را داشت. همچنین نتایج بلاست توالی نوکلئوتیدی توسط قطعه تکثیر شده پرایمر tc85303برای ارقام(مارون، بولانی، سبلان، بیات، طبسی، عدل) با توالیهای ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi نشان داد که رقم مارون و رقم سبلان به ترتیب بیشترین وکمترین شباهت را دارا میباشند. مقایسه توالی اسیدآمینه ای ارقام گندم نان ایرانی با توالیهای اسیدآمینهای ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi نشان داد ارقامی که قطعه مورد نظر توسط پرایمر be427655تکثیر شده بالاترین شباهت رارقم مرودشت وکمترین شباهت را رقم سپاهان و همچنین ارقامی که قطعه مورد نظر در آنها توسط پرایمر tc85303 تکثیر شده بود بیشترین وکمترین شباهت به ترتیب ارقام طبسی و عدل نشان دادند.ماتریس شباهتها و نمودار درخت فیلوژنتیکی برای توالی نوکلئوتیدی و اسیدآمینهای تایید کننده نتایج حاصل از این کار بود. با توجه به نتایج میتوان به پتانسیل بالای تنوع در ارقام ایرانی از پروتیئنهای گلیادین پی برد و به عنوان منبع تنوع ژنی در برنامههای اصلاحی جهت اصلاح کیفیت نانوایی این ارقام را مورد استفاده قرار داد.

برای برآورد مولفه¬های واریانس-کوواریانس و پارامتر¬های ژنتیکی مقدار متوسط و کل وزن تولد بره¬های هر میش، مقدار متوسط و کل وزن شیرگیری بره¬های هر میش و اوزان 12 و24 ماهگی از تعداد 3542 رکورد مربوط به سال¬های 1384 الی 1389 گله¬های تحت پوشش مرکز تحقیقات استان قم جمع آوری شده بود، استفاده گردید. برآورد اجزاء واریانس با روش حداکثر درستنمایی محدود شده بی نیاز از مشتق¬گیری و با استفاده از مدل دام توسط مدل 1، 2، 3، 4، 7 و8 با نرم افزار wombat (میر و همکاران،2005) صورت گرفت. عوامل سال تولد، فصل تولد، جنس بره و نحوه تولد(تک قلو و دوقلو) و گله در تمام صفات مورد بررسی اثر معنی داری (05/0 > p) نشان داد، لذا به عنوان اثرات ثابت در مدل گنجانده شدند. مقدار الگوریتم درست¬نمایی log l برای مدلهای ششگانه برای تمام صفات برآورد شد. برای صفات فوق به ترتیب مدلهای 3، 3، 2، 2 ،2، 2 بیشترین logl را داشت و برای اطمینان بیشتر از برآورد ثابت آکائیک (aci) هم استفاده شد و نتایج برآورد بهترین مدل هر صفت گزارش شد. مقادیر وراثت¬پذیری مستقیم صفات مورد مطالعه ترتیب برای میانگین وکل وزن تولد، میانگین وکل وزن شیرگیری و اوزان 12و 24 ماهگی به ترتیب 18/0، 17/0، 29/0، 23/0، 18/0 و 1/0 برآورد گردید. همبستگی ژنتیکی افزایشی مستقیم بین اوزان مختلف در همه موارد مثبت و در دامنه 23/0 الی87/0 قرار دارند. همبستگی باقی مانده بین اوزان مختلف نیز در دامنه 01/0 الی 51/0 برآورد شدند. میانگین فنوتیپی و ارزش ارثی مستقیم و محیطی صفات مورد مطالعه در هر سال به روش بهترین پیش بینی نااریب خطی(blup) با استفاده از wombat برآورد و روند ژنتیکی صفات مورد مطالعه در طی شش سال بررسی شد. روند ژنتیکی مستقیم میانگین وکل وزن تولد بره¬های یک میش و میانگین و کل وزن شیرگیری و اوزان 12 و 24 ماهگی با استفاده از تجزیه تک صفتی به ترتیب05/0±5/9، 01/0±6/9، 05/0±3/1، 05/0±2/1، 07/0±9/8 و 01/1±11/11 گرم در سال بود.

چکیده ندارد.

نرم افزار ‏‎mt.pbv‎‏ ، نرم افزار پیش بینی ارزش اصلاحی چند صفتی است که در محیط ‏‎matlab‎‏ نوشته شده است. اساس کار این نرم افزار تشکیل معادلات مدل مختلط چندصفتی و برآورد اثرات ثابت و پیش بینی ارزشهای اصلاحی با استفاده از دو مدل دام و پدری است که با دریافت داده ها ، شماره ستون اولین اثر ثابت ، تعداد صفات مورد بررسی ، شماره ستون رکوردها، واریانسهای ژنتیکی افزایشی و واریانسهای فنوتیپی و در صورت نبود ایندو با دریافت همبستگیهای ژنتیکی و فنوتیپی و وراثت پذیریها و واریانسهای فنوتیپی مربوط به صفات شروع به محاسبه کرده و در طی دریافت داده ها نیز کنترلهایی را برای خطاهای احتمالی انجام می دهد . محاسبات با تشکیل ‏‎lhs‎‏ و ‏‎rhs‎‏ شروع شده و در صورتی که ابعاد این ماتریسها بزرگ نباشد با استفاده از پیش ضرب معکوس ماتریس ‏‎lhs‎‏ و ‏‎rhs‎‏ جوابها بدست می آیند. در غیراینصورت معادلات مدل مختلط با استفاد از روش تکرار گوس-سایدل حل خواهند شد. جوابهای نهایی به صورتهای مختلفی مرتب شده و در ‏‎workspace‎‏ ذخیره می شوند و کاربر می تواند بسته به نیاز به هر کدام از این جوابها دسترسی داشته باشد.