نام پژوهشگر: راضیه پوراحمد

بررسی ‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍ژن marr در موتان های gyra مقاوم به سیپروفلوکساسین از لحاظ حضور موتاسیون ایجاد کننده فنوتیپ mdr
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1390
  ریحانه عبادی   راضیه پوراحمد

مقاومت چند دارویی به یک نگرانی بهداشت جهانی تبدیل شده که تأثیر درمان با آنتی باکتریال ها را تهدید می کند و همچنین تلاش برای تولید آنتی باکتریال های جدید را به چالش کشانده است. ظهور باکتری های مقاوم به عوامل ضد میکروبی باعث درد سر پزشکان و تهدید بهداشت جهانی است. باکتری های بسیار متفاوتی اکنون مقاوم چند دارویی شده اند. e. coli یکی از شایعترین علل عفونت مجرای ادراری است که اخیراً موارد زیادی از مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های گوناگون در این باکتری مشاهده شده است. در e. coli مقاومت آنتی بیوتیک چند گانه و تحمل حلال های آلی به تولید بیش از حد کمپلکس acrab-tolc نسبت داده شده است. در این باکتری بیان اپرون acrab به وسیله فعال کننده های رونویسی عمومی نظیر mara کنترل می شود. پروتئین mara در e. coli توسط اپرون مقاومت آنتی بیوتیک چند گانه marrab کد می شود که بیان این اپرون به صورت نرمال توسط marr، بازدارنده خودی اپرون mar، در یک سطح پایین باقی می ماند. اهداف این تحقیق جدا سازی موتان های دارای مقاومت آنتی بیوتیک چند گانه از موتان های gyra باکتری e. coli و همچنین تعیین محل موتاسیون های احتمالی در maror می باشد. برای این منظور، تحمل حلال آلی، مقاومت به تتراسیکلین و حضور جهش های احتمالی در maror در 10 موتان gyra با mic متفاوت برای سیپروفلوکساسین مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که بیشتر موتان های gyra شبیه سویه کنترل یعنی mg1655 رفتار کردند اما 3 موتان از 10 موتان نسبت به mg1655 به تتراسیکلین اندکی مقاوم تر بودند و رشد بهتری بر روی هگزان داشتند. در بین 3 موتان، 2 موتان یک جهش در maror داشتند. این 3 موتان در جدا سازی کلون های با mic بالاتر برای تتراسیکلین استفاده شدند. نتایج نشان داد که این کلون ها رشد بهتری بر روی هگزان، اما نه بر روی سیکلوهگزان به دست آوردند و همچنین آن ها جهش اضافی در ناحیه maror پیدا نکردند. به طور خلاصه ایجاد جهش در maror به تنهایی در تولید فنوتیپ مقاومت چند دارویی و فعال شدن کامل acrab-tolc کافی نیست.

جستجوی ژن های تولید کننده ی بتالاکتامازهای هیدرولیزکننده ی کرباپنم (کرباپنماز) در گونه های پزودوموناس و اسینتوباکتر جدا شده از بیماران سوختگی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده دامپزشکی 1390
  مریم یعقوبیان   غلامعلی کجوری

آنزیم های بتالاکتاماز مهم ترین عوامل مقاومت به آنتی بیوتیک های خانواده ی بتالاکتام در میان باکتری های گرم منفی می باشند. امروزه شاهد افزایش روز افزون عفونت های ناشی از آن ها در جهان هستیم که این امر به عنوان یک موضوع مهم، مورد توجه محققین در آمده است. هدف از این تحقیق تعیین میزان حساسیت آنتی بیوتیکی و بررسی شیوع ژن های متالوبتالاکتاماز در ایزوله های بالینی پزودوموناس و اسینتوباکتر از طریق تکثیر آن ها با روش pcr با استفاده از پرایمرهای imp-1، vim-2 و oxa-58 می باشد. پزودوموناس و اسینتوباکتر از مهم ترین عوامل عفونت زا به خصوص در بیماران بستری در بیمارستان به شمار می روند. تعداد 85 نمونه پزودوموناس و 15 نمونه اسینتوباکتر از بیماران سوختگی بیمارستان های دو استان تهران و اصفهان جمع آوری شده، سپس الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی آن ها به روش تست حساسیت آنتی بیوتیک (دیسک دیفیوژن (و واکنش زنجیره ای پلیمراز تعیین گردید. از مجموع 100 نمونه ای که از زخم های سوختگی جمع آوری شده بود، 22 نمونه واجد ژن های متالوبتالاکتاماز بودند. 20 نمونه دارای ژن imp-1 و 4 نمونه دارای ژن vim-2 بود که در این میان 2 ایزوله واجد هر دو ژن به صورت مشترک بودند اما ژن oxa-58 در هیچ کدام از ایزوله ها مشاهده نشد. این مطالعه نشان دهنده ی افزایش روند مقاومت آنتی بیوتیکی پزودوموناس و اسینتوباکتر در مقایسه با نتایج مطالعات دیگر محققان در سال های گذشته است. لذا با توجه به اهمیت بالینی این سویه های مقاوم در بیمارستان، شناسایی سریع ارگانیسم های تولید کننده ی این آنزیم ها و به کارگیری ابزارهای مناسب کنترل عفونت، جهت جلوگیری از انتشار بیشتر این ارگانیسم ها ضروری است و باید طرحی تازه برای مبارزه با آن و درمان مناسب تر اتخاذ نمود.

بررسی بیان پمپ acrab-tolc در موتان های gyra مقاوم به سیپروفلوکساسین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1391
  نسیم جزایری   راضیه پوراحمد

اشرشیاکلای یکی از رایج ترین پاتوژن های ایجاد کننده عفونت های ادراری است. ایجاد مقاومت آنتی بیوتیکی در اشرشیاکلای به صورت یک مشکل جدی در درمان این بیماریها در آمده است. بیش بیان سیستم انتشار به خارج acrab-tolc به عنوان عامل مهم ایجاد مقاومت اشرشیاکلای به چندین آنتی بیوتیک گزارش شده است. بیان این کمپلکس به صورت نرمال توسط acrr در یک سطح پایین نگه داشته می شود. در این تحقیق اهداف، بررسی احتمال حضور موتاسیون در ژن acrr و همچنین بررسی بیان ژن acra در موتان های gyra مقاوم به سیپروفلوکساسین در اشرشیاکلای بود. برای این منظور حضور جهش های احتمالی در ژن acrr و بیان ژن acra به ترتیب توسط تکنیک های pcr و real time- pcr در 5 موتان gyra با mic های متفاوت برای سیپروفلوکساسین بررسی شد. نتایج نشان داد که سویه های موتان در ژن acrr جهشی نداشتند و هیچگونه اختلاف معنی داری بین دو گروه (موتان و کنترل mg1655) از نظر بیان ژن acra یافت نشد. بنابراین سطح پایین و متوسط مقاومت به سیپروفلوکساسین باعث افزایش بیان اپرون acrab نمی شود.

بررسی بیان ژن ompf در موتان های gyra مقاوم به سیپروفلوکساسین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1391
  فهیمه حیدری سورشجانی   راضیه پوراحمد

غشای خارجی باکتری های گرم منفی دارای پروتئین های مهمی مانند ompf و ompc می باشد. پورین ompf به عنوان کانال پروتئینی غیر اختصاصی برای ورود مواد غذایی و ترکیبات مختلف مانند آنتی بیوتیک ها به درون سلول عمل می کند و بیان آن در پاسخ به فاکتورهای استرسی مانند حضور آنتی بیوتیک و عوامل محیطی نظیر تغییر فشار اسمزی و دما تنظیم می شود. جذب بتالاکتام ها و فلوروکینولون هایی مانند سیپروفلوکساسین از طریق ompf به داخل سلول باکتریایی رخ می دهد، بنابراین تنظیم بیان ژن ompf به عنوان یکی از مکانیسم های موثر در مقاومت آنتی-بیوتیکی مورد توجه دانشمندان است. بیان این ژن در سطح ترجمه توسط rna آنتی سنس micf مهار می شود. بیان ژن micf توسط فعال کننده mara در پاسخ به آنتی بیوتیک های مختلف مانند فلوروکینولون ها القا شده و منجر به کاهش تولید پورین ompf و افزایش ناپایداری mrna ی آن می گردد. اهداف این تحقیق بررسی حضور موتاسیون احتمالی در ژن micf در نمونه های موتان gyra و موتان مضاعف gyra-marr و همچنین سنجش کمّی بیان ژن ompf در موتان های فوق الذکر نسبت به تیپ وحشی mg1655 ، سویه کنترل، با روش real time pcr می باشد. برای این منظور، 5 نمونه موتان با mic های متفاوت برای سیپروفلوکساسین و تتراسیکلین ارزیابی شد. بررسی نتایج حاصل از تعیین توالی ژن micf نشان داد که موتاسیون در این ژن وجود ندارد. بنابراین اطمینان حاصل شد که بیانompf در این نمونه ها بطور غیر مستقیم تحت کنترل mara می باشد. آنالیز آماری نتایج حاصل از واکنش real time pcr، اختلاف معنی داری را بین میزان بیان ompf در موتان ها و تیپ وحشی نشان نداد. به طور کلی می توان گفت فعالیت پورین ompf در مقاومت به سیپروفلوکساسین و ایجاد فنوتیپ mdr در این موتان ها موثر نمی باشد.

بررسی مقایسه ای بیان ژن gyra در موتانهای gyra مقاوم به سیپروفلوکساسین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1391
  سید محمد لسانی   منصور ابراهیمی

مقدمه: ‏dna‏ ژیراز آنزیمی است که ابرمارپیچ مثبت را به منفی یا به حالت استراحت تبدیل می کند. این آنزیم باعث ‏می شود ‏dna‏ باکتریایی در حالت عادی دارای ابرمارپیچ منفی باشد و با حرکت در جلو چنگال همانند سازی و باز کردن ‏ابرمارپیچ های ‏dna‏ مانع توقف همانند سازی می شود. لذا این آنزیم می تواند هدف خوبی برای آنتی بیوتیک ها باشد؛ از ‏جمله سیپروفلوکساسین که به زیرواحد ‏gyra‏ متصل شده و از عمل اتصال مجدد آن جلوگیری می کند. باکتری ها اغلب با ‏ایجاد جهش در ناحیه اتصال کینولون ها در مقابل آن ها مقاومت می کنند. ‏ بررسی بیان ژن ‏gyra‏ کد کننده زیر واحد ‏a‏ در ‏dna‏ ژیراز در موتانهای مقاوم به سیپروفلوکساسین و بررسی ‏بیوانفورماتیکی خصوصیات آنزیم های ‏dna‏ ژیراز در باکتری های گرم منفی مهمترین اهداف این پایان نامه است. ‏ مواد و روش ها: در این بررسی از 5 موتان ‏gyra‏ با مقاومت های متفاوت نسبت به سیپروفلوکساسین استفاده شد. برای بررسی ‏بیان ژن ‏gyra‏ از روش ‏pcr‏ در زمان واقعی استفاده شد؛ برای این منظور پس از استخراج ‏rna‏ از سلول ها، از آن ها برای ‏سنتز ‏cdna‏ و نهایتاً تکثیر ژن ‏gyra‏ ویک ژن خانه زاد استفاده شد.‏ توالی کلیه ژنهای شناخته شده کد کننده زیر واحدهای ‏dna‏ ژیراز و خصوصیات مختلف ژنومی آن ها در باکتریهای گرم ‏منفی از پایگاه داده ی ‏ncbi‏ استخراج شد. خصوصیات توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی، پروموتورها و فاکتورهای نسخه برداری ‏توسط نرم افزارهای ‏clc‏ و ‏rapid miner‏ مورد بررسی قرار گرفت. ‏ نتایج: تعداد دی نوکلئوتیدهای ‏aa، ‏cc‏ و درصد نوکلئوتیدهای ‏a‏ و ‏c‏ از مهمترین خصوصیات ژنی و ضریب خاموشی و ‏جذب ‏cys‏ کاهش نیافته در ‏nm‏280، تعداد اسیدآمینه ی ‏leu، تعداد دی پپتید ‏gly gly، فراوانی باقیمانده های آبگریز، ‏شاخص چربی، تعداد دی پپتیدهای ‏lys ser ‎، ‏ala gln‏ و ‏glu ile‏ از مهمترین خصوصیات پروتئینی آنزیم های ژیراز ‏هستند.‏ همچنین بررسی ناحیه ی پروموتوری ژن های ‏gyra‏ و ‏gyrb‏ به ترتیب احتمال اتصال 15 و 13 پروتئین را نشان داد که ‏برخی از این پروتئین ها برای دو ژن مشترک بودند؛ از این میان، برای هریک از دو ژن یک فاکتور دارای اهمیت بوده است.‏ در بررسی بیان ژن ‏gyra‏ در موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین با روش ‏pcr‏ در زمان واقعی و آنالیز آماری مقادیر بیان ‏ژن، هیچ گونه اختلاف معنی داری بین سویه ی تیپ وحشی و موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین از نظر بیان ژن ‏gyra‏ ‏یافت نشد.‏ نتیجه گیری: سطوح پایین و متوسط مقاومت به سیپروفلوکساسین تأثیری بر بیان ژن ‏gyra‏ ندارد.‏ کارهای آتی پیشنهادی: می توان تأثیر پروتئین هایی که می توانند به ناحیه ی پروموتوری ژن ‏gyra‏ متصل شوند را بر بیان ‏gyra‏ در تحقیقات آینده بررسی نمود.‏ واژگان کلیدی: آنزیم ژیراز، ژن ‏gyra، پروتئین ‏gyra، سیپروفلوکساسین، خصوصیات ژنی، خصوصیات پروتئینی ‏

بررسی جهش ها در اگزونهای 12-15 و 19-23 ژن myh7 در بیماران کاردیومیوپاتی هایپرتروفی (hcm) در استان چهارمحال و بختیاری
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1391
  ثریا حیدری   راضیه پوراحمد

چکیده: زمینه و هدف: کاردیومیوپاتی هایپر تروفی (hcm) رایج ترین نوع از بیماریهای قلبی است که وراثت مندلی دارند، 2/0 درصد از جمعیت جهان را تحت تاثیر قرار داده، و همچنین رایج ترین علت مرگ قلبی ناگهانی (scd) در جوانان زیر 35 سال است. تا کنون بیش از 900 جهش در بیش از 20 ژن مربوط به این بیماری یافت شده که اغلب این ژنها نظیر: myh7، mybpc و tnnt2 پروتئین های سارکومری را کد می کنند. در حدود 35 درصد موارد بیماری اگزون های 8- 24 ژن myh7، که کد کننده زنجیره سنگین میوزین ? است، متاثر می باشند. هدف از مطالعه حاضر، بررسی احتمال حضور جهش های مربوط به ژن myh7 در اگزون های 12-15 و 19- 23، که جهش هایی قبلا در آنها گزارش شده، در 30 بیمار hcm در استان چهارمحال و بختیاری بود. روش کار: dnaبه روش استاندارد فنل- کلروفرم استخراج و سپس با استفاده از تکنیک pcr- sscp/ha بررسی شده، در نهایت موارد مشکوک دارای جهش های احتمالی برای تعیین توالی انتخاب گردیده و نتایج با نرم افزار chromas مشاهده شدند. یافته ها: در اگزونهای 13، 14، 15، 20، 21 و 23 تغییری مشاهده نشد اما دو چند شکلی، شامل c>t 5811 و g>a 5845 در اگزون 12، و دو جهش شامل c>t 9692 و g>a 10824 به ترتیب در اگزون های 19 و 22 مشاهده شد. نتیجه گیری: بر اساس مطالعه حاضر ما نتیجه گرفتیم که تغییرات اگزون های 12، 19 و 22 ژن myh7 در بیماران hcm در این استان تاثیر دارند. با این وجود مطالعه بیشتر در نمونه های بیشتر بیماری و سایر اگزون های این ژن ضرروری است تا نقش این ژن و رابطه اش را با hcm در این استان تعیین کند و اطلاعات لازم را برای پیشگیری و مدیریت علائم فراهم نماید.

مطالعات سینتیکی آنزیم پروتئیناز k در حضورحلال های آلی، اوره و گوانیدین هیدروکلرید
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1392
  عظیمه ربیعی   بهزاد شارقی

پروتئینازk (3.4.21.14ec ) یک اندوپپتیداز خارج سلولی است که به وسیله قارچ tritirachum album limber ترشح می شود و متعلق به رده سرین اندوپپتیداز هاست. این آنزیم دارای 279 اسید آمینه است. در جایگاه فعال این آنزیم سه اسید آمینه 39asp ، 69his و224 ser وجود دارد. پروتئیناز k تک زنجیره ای با وزن مولکولی 9/28 کیلو دالتون می باشد. این آنزیم در ph 3 تا 11 بسیار پایدار و فعال است. نقطه ایزوالکتریک این آنزیم 9/8 و ph بهینه آن 12-5/7 می باشد. در این مطالعه اثر اوره، گوانیدین هیدروکلراید، اتانول، متانول، ایزو پروپانول، نانوذرات اکسید نیکل و اکسید تیتانیوم بر سینتیک آنزیم پروتئیناز k، توسط دستگاه اسپکتروفتومتر uv-vis در دمای 40 درجه سانتی گراد و 4/7=ph (بافر فسفات سدیم) مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج حاصل نشان دهنده ی نقش دگرگون کنندگی گوانیدین هیدروکلراید بر ساختار آنزیم است. در حضور گوانیدین هیدروکلراید فعالیت کاتالیتیکی پروتئینازk کاهش می یابد. فعالیت پروتئینازk در غلطت های پائین اوره کاهش می یابد ولی در غلظت های بالای اوره فعالیت آنزیم افزایش می یابد. نانوذرات اکسید تیتانیوم و اکسید نیکل به عنوان یک فعال کننده سبب افزایش فعالیت آنزیم شده-اند. حلال های آلی، اتانول، متانول و ایزو پروپانول در درصد های پائین باعث افزایش فعالیت آنزیم شدند ولی با افزایش درصد این حلال ها فعالیت آنزیم کاهش می یابد.

مطالعه پلی مورفیسم های taq1ژن کلسیتونین و alui(rs1801197) ژن رسپتور کلسیتونین و (rs1800012) sp1 ژن کلاژن ? در زنان ?? سال و بالاتر و ارتباط آن با میزان تراکم استخوان، در استان چهارمحال وبختیاری
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1392
  فرزانه ضرغام پور   راضیه پوراحمد

زمینه و هدف: هورمون کلسیتونین یکی از هورمون هایی است که میزان کلسیم بدن و استخوان سازی را تنظیم می کند. برای این منظور هورمون به رسپتور خود، یعنی کلسیتونین رسپتور با تمایل بالا متصل می شود. همچنین کلاژن یکی از پروتئین های اصلی تشکیل دهنده ی ماتریکس استخوان می باشد. مطالعات قبلی نشان داد که پلی مورفیسم های موجود دراین ژن ها با میزان تراکم استخوان در ارتباط می باشند، از اینرو در این مطالعه پلی مورفیسمsp1(rs1800012)ژن col1a1، پلی مورفیسم taq1 ژنکلسیتونین و پلی مورفیسم alui (rs1801197) ژن کلسیتونین رسپتور مورد بررسی قرار گرفت. روش کار:پس از معاینه و سنجش میزان تراکم استخوان به صورت کمی با پرتونگاری اشعه ایکس و کسب رضایت و پر کردن پرسشنامه، نمونه گیری از خون زنان ?? سال وبالاتر از 45 سال، شامل 130 بیمار و 70 نمونه کنترل انجام شد، سپس dnaاز نمونه های خون با روش فنل-کلروفرم استخراجشد. پلی مورفیسمهای ذکر شده با کمک pcr-rflp بررسی شدند. به طور خلاصه ابتدا قطعه دارای پلی مورفیسم با روش pcr تکثیر شده سپس محصول pcr با آنزیم های محدودگر (msci، taq1 و alui) تیمار شد و نهایتا ً ژل الکتروفورز شدند. از روی اندازه باندها نوع پلی مورفیسم ها و ژنوتیپ ها مشخص گردید، سپس نتایج با کمک نرم افزار 19spss و آزمونهای آماری توصیفی و تحلیلی مورد تجزیه وتحلیل قرار گرفتند. یافته ها: در گروه کنترل توزیع ژنوتیپی پلی مورفیسمalui برای ژنوتیپ های tt، tc و cc به ترتیب 4/31%،6/38% و30 % بود و در گروه بیمار برای سه ژنوتیپ به ترتیب 4/25%، 4/55% و 2/19% بود. میزان p- value ارتباط این پلی مورفیسم با میزان تراکم استخوان نیز بیشتر از 05/0 بود. در گروه کنترل توزیع ژنوتیپی پلی مورفیسم sp1 برای ژنوتیپ های ss، ss و ss به ترتیب 1/57%، 4/31% و 4/11 % بود و در گروه بیمار برای سه ژنوتیپ به ترتیب 2/9%، 4/75 % و 4/15% بود. میزان p- value ارتباط این پلی مورفیسم با میزان تراکم استخوان نیزکمتر از 05/0 بود. در گروه کنترل و بیمار برای پلی مورفسیم taq1 فقط ژنوتیپ tt مشاهده شد. نتیجه گیری: با توجه به نتایج ذکر شده در بالا پلی مورفیسم alui و taq1 ارتباط معنی داری با میزان تراکم استخوان ندارند ولی پلی مورفیسم sp1 با میزان تراکم استخوان دارای ارتباط معنی داری می باشد. کلمات کلیدی: استئوپروز، پلی مورفیسم، کلسیتونین، کلسیتونین رسپتور.کلاژن i

جستجوی کلامیدوفیلا آبورتوس در موارد سقط جنین گوسفند و بز در استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده دامپزشکی 1392
  شبنم گلبوی داغداری   محمدرضا محزونیه

کلامیدوفیلا آبورتوس یکی از علل مهم سقط انزئوتیک میش ها و از دست دادن بره ها در هنگام آبستنی در بعضی مناطق محسوب می شود. در عفونت با این باکتری، سقط جنین معمولا در 3-2 هفته آخر آبستنی رخ می دهد و یا بره-های مرده و ضعیف متولد می شوند. از آن جا که باکتری کلامیدوفیلا در شرایط آزمایشگاهی (in vitro) رشد نکرده و معمولاً با آزمایش های تشخیصی روتین متوجه حضور آن نمی شوند، جستجوی آنتی ژن یا ژنوم آن توصیه می شود. هدف از این مطالعه بررسی حضور این باکتری در جنین های سقطی گوسفند در استان چهارمحال و بختیاری و اصفهان بود. برای این منظور 53 نمونه محتویات آسپیره شده شیردان جنین های سقط شده در فاصله زمانی سال 1391-1390 با روش nested pcr جهت شناسایی ژن s rrna 16، مورد آزمایش قرار گرفت. میزان آلودگی در نمونه های بررسی شده 47 درصد بود. این میزان آلودگی نشان دهنده اهمیت این باکتری در موارد سقط جنین می-باشد که تاکنون کمتر به آن اهمیت داده شده است و با توجه به تعداد گوسفند در ایران و میزان فراوانی سقط جنین و خسارات اقتصادی همچنین خطر عفونت انسانی، نیازمند توجه ویژه ای برای وسعت بخشیدن به تحقیقات و اجرای اقدامات پیشگیری و کنترل دارد.

مطالعه پلی مورفیسم های taqi (rs731236)، bsmi (rs1544410) و apai (rs7975232) در ژن رسپتور ویتامین d در زنان 45 سال و بالاتر و ارتباط آن با میزان تراکم استخوان در استان چهارمحال و بختیاری
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1392
  اکرم شه پری   مرتضی دهقان

پوکی استخوان یک اختلال استخوانی جدی است که با کاهش در استحکام و تراکم بافت استخوانی (bmd) ، منجر به افزایش شکستگی استخوان ها می گردد. مطالعات مختلف گزارش کرده اند که پلی مورفیسم های ژن رسپتور ویتامین d (vdr) نقش مهمی در متابولیسم استخوان و تراکم استخوان دارند. از این رو هدف از این مطالعه بررسی ارتباط سه پلی مورفیسم bsmi، apai و taqi ژنvdr با میزان تراکم استخوان بود. ژنوتیپ های این سه پلی مورفیسم در 200 زن 45 سال و بالاتر استان چهارمحال و بختیاری (130 بیمار و 70 کنترل) بوسیله روش pcr-rflp تعیین شد و سپس توسط نرم افزار spss ویرایش 17 تجزیه و تحلیل های آماری مجذور کای و آنالیز واریانس anova انجام شد. تاثیر این پلی مورفیسم ها به طورجداگانه و در ترکیب با هم روی میزان تراکم استخوان مهره های کمر و استخوان گردن ران گروه کنترل و بیمار بررسی شد. آنالیز های آماری نشان داد که بین پلی مورفیسم های bsmi و taqi با میزان تراکم استخوان گردن ران ارتباط معنی داری وجود داشت (05/0>p- value) و بین این پلی مورفیسم ها و میزان تراکم استخوان مهره های کمری ارتباط معنی داری وجود نداشت (05/0<p- value). هم چنین بین پلی مورفیسم apai و تراکم استخوان گردن ران و مهره های کمری ارتباط معنی داری وجود نداشت (05/0<p- value). از میان سه ترکیب ژنوتیپی سه پلی مورفیسم که در گروه بیمار و کنترل اختلاف معنی داری داشتند (05/0>p- value) ، بیماران دارای ژنوتیپ aabbtt بیشترین میزان تراکم استخوان مهره های کمر و بیماران دارای ژنوتیپ aabbtt کمترین تراکم استخوان گردن ران را داشتند. از آنجائیکه نتایج حاصل از ترکیب سه تایی متناقض با نتایج تکی مربوط به پلی مورفیسم ها نبود، بررسی همزمان سه پلی مورفیسم توصیه می شود.

تهیه بارکد ژنتیکی کپورماهیان قنات های اردستان و نائین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده منابع طبیعی 1393
  اسامه بابایی   ایرج هاشم زاده سقرلو

گونه¬های جنس سیاه¬ماهی (capoeta) در اکثر حوضه¬های آب¬های داخلی به¬خصوص در قنات¬های مرکزی ایران پراکنش یافته¬اند. مطالعاتی که تاکنون بر اساس صفات ریخت¬شناسی صورت گرفته، گونه¬های این جنس را به¬عنوان گونه¬های مشخص معرفی کرده¬اند. اگر چه در زمینه روابط تکاملی و منشأ ژنتیکی آن¬ها اطلاعات اندکی در دسترس است. امروزه تهیه توالی¬های بارکد برای شناسایی گونه¬ها و همچنین کشف گونه¬های جدید در حال گسترش است. به-منظور تهیه بارکد ژنتیکی کپورماهیان در مهرماه 1392 نمونه¬برداری در 8 قنات در محدوده اردستان و نائین (استان اصفهان) انجام شد. پس از بیهوش کردن ماهیان در عصاره گل¬میخک، باله سینه¬ای سمت راست بدن قطع و در الکل اتانول 96 درصد تثبیت شد و برای انجام مطالعات مولکولی به آزمایشگاه انتقال یافت. پس از استخراج dna و تهیه توالی با استفاده از ژن coi نمونه¬ها برای توالی¬یابی به خرج از کشور ارسال شد. پس از دریافت توالی¬ها بوسیله نرم-افزارهای رایج از جمله bioedit v7.2.5 و mega6 توالی¬ها ویرایش و روابط خویشاوندی نمونه¬ها مورد مطالعه قرار گرفت. گونه¬های پراکنش یافته در این مناطق c. aculeata بود که به¬منظور مقایسه گونه¬های قنات، با گونه¬های نواحی دیگر، توالی 2 نمونه از گونه¬های c. aculeata در قناتی واقع در حوضه نمک (استان تهران) و 4 نمونه از رودخانه¬های ماربر، چنارخشکه، آب¬ونک و دوپلان (حوزه کارون و دز) هم برای مقایسه مورد بررسی قرار گرفت. جمعا 15 قطعه از گونه c. aculeata، 9 قطعه از قنوات نائین و اردستان در استان اصفهان (از یکی از قنات¬ها دو نمونه)، 2 قطعه از قنوات حوضه نمک و 4 قطعه از رودخانه¬های حوضه کارون به¬منظور تهیه توالی بارکد مورد استفاده قرار گرفتند. در مجموع 5 هاپلوتیپ به دست آمد که میزان تمایز توالی بارکد در سطح درون گونه¬ای جمعیت¬های نواحی ذکرشده بر پایه ضریب تمایز k2p برابر 2/0 تا 7/0 درصد بود. نتایج نشان داد که گونه c. aculeata گروه تک شجره¬ای بوده و در مقایسه با دیگر گونه¬های مورد بررسی به گونه luciobarbus albanicus نزدیک¬تر بود. ماهیان قنات های جهان آباد، کدنوئیه هنفش و محمدیه در محدوده نائین هاپلوتایپ متفاوتی را در مقایسه با ماهیان صید شده از منطقه اردستان دارند و ماهیان منطقه اردستان از نظر ژنتیکی در توالی های مورد بررسی با ماهیان قنوات استان تهران تفاوتی نداشتند. بر پایه این نتایج می¬توان ماهیان قنوات نائین را به علت تفاوت های هاپلوتایپی از ذخایر ژنتیکی متفاوت گونه مورد مطالعه دانست که باید نسبت به حفاظت از آن¬ها دقت شود. علاوه بر موارد یادشده در بین هاپلوتایپ های حوضه نمک و حوضه کارون علی رغم جدایی جغرافیایی، فاصله ژنتیکی قابل توجهی وجود نداشت که این امر می تواند نشان¬دهنده رابطه حوضه¬های یاد شده در گذشته باشد. انشقاق این گونه از c. capoeta در حدود 42/4 تا 1/5 میلیون سال قبل، همچنین انشقاق آن از c. barroisi به 6/12 تا 2/14 میلیون سال قبل بر می¬گردد. زمان انشقاق این گونه با سایر گونه¬های جنس سیاه¬ماهی زمانی ما بین 4 تا 14 میلیون سال پیش است.

بررسی اثر عصاره گیاه تلخ بیان روی مهار پمپ acrab-tolc در باکتری e. coli
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1383
  پروین محمدی   راضیه پوراحمد

acrab–tolc اهمیتی برجسته در ایجاد فنوتیپ مقاوم چند دارویی در باکتری اشریشیاکلای دارد. مهار این پمپ راهکاری برای مقابله با مقاومت دارویی است. هدف این پژوهش بررسی اثر عصاره حاوی کل آلکالوئیدهای دانه گیاه تلخ بیان بر مهار پمپ acrab–tolc در موتان های اشریشیاکلای بوده است. نتایج نشان داد که عصاره به تنهایی اثر ضد باکتریایی دارد و در غلظتی کمتر از حداقل غلظت مهاری (mic) ،در ترکیب با سیپروفلوکساسین،دارای اثر سینرژیستی است. همچنین در پیش تیمار 36 ساعته موجب کاهش mic سیپروفلوکساسین شد. نتایج pcr زمان واقعی نشان داد که تیمار 36 ساعته با عصاره منجر به کاهش بیان ژن acra شد. در نتیجه، عصاره حاوی کل آلکالوئیدهای دانه گیاه تلخ بیان در موتانهای اشریشیاکلای مقاوم چند دارویی، احتمالاً همانند یک مهارکننده پمپ عمل می کند. بنابراین جداسازی بهتر آلکالوئیدهای این گیاه و بررسی اثرات آنها می تواند راهکاری را جهت ساخت داروی جدید فراهم کند.

بررسی بیان ژن های reca و lexa مرتبط با سیستم ترمیمی sos در موتان های e.coli مقاوم به سیپروفلوکسازین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1393
  شیرین پسند   راضیه پوراحمد

استفاده بی رویه و نادرست از آنتی بیوتیک ها به پیدایش و گسترش باکتری های مقاوم به اتواع آنتی بیوتیک کمک کرده است و درمان بیماری های باکتریایی را در سراسر جهان تهدید می کند. پاسخ sos به عنوان یک عامل حیاتی در پاسخ به استرس های محیطی از جمله آنتی بیوتیک ها شناخته شده است. در باکتری های گرم منفی مثل e.coli، dna ژیراز هدف اصلی فلوروکینولون ها می باشد. اتصال فلوروکینولون ها به dna ژیراز ، همانندسازی را متوقف می کند و پاسخ استرسی sos را القا می کند. این پاسخ توسط دو پروتئین تنظیمی reca و lexa کنترل می شود. این پروتئین ها بیان ژن های دیگر سیستم sosرا تنظیم می کنند. القای sos میتواند همراه با موتان زایی باشد

جداسازی و بررسی موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین از اشریشیاکلی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1388
  احسان محیطی اردکانی   راضیه پوراحمد

ظهور باکتری های مقاوم به عوامل ضد میکروبی تهدیدی علیه سلامت جامعه بوده و پزشکان را با مشکل مواجه کرده است. افزایش سریع مقاومت باکتری ها به این عوامل، درمان بیماری های عفونی را مشکل ساخته است. e. coli یکی از شایعترین باکتری های مولد عفونت های دستگاه ادراری بوده که بوسیله آنتی بیوتیک های گروه کینولون نظیر سیپروفلوکساسین درمان می شود. اگرچه گزارشاتی مبنی بر ظهور انواع مقاوم آن نسبت به سیپروفلوکساسین به چاپ رسیده است. هدف از این تحقیق جداسازی موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین و همچنین تعیین محل موتاسیون ها در این موتان ها در ژن gyra بود. موتان های مقاوم روی محیط کشت دارای سیپروفلوکساسین جداسازی شد. pcr برای تکثیر ژن gyra در این موتان ها و تعیین توالی برای تعیین جایگاه موتاسیون در این ژن استفاده شد. نتایج نشان داد که اکثر موتان های مقاوم به سیپروفلوکساسین دارای موتاسیون در ناحیه qrdr زیرواحد a آنزیم dna جیراز و بطور دقیق تر در سرین-83 بودند. اگرچه موتاسیون خارج از این ناحیه در مکان های تایروزین-50 و آلانین-119 نیز یافت شد. در نهایت این تحقیق تأیید نمود که علت اصلی مقاومت به سیپروفلوکساسین در باکتری گرم منفی نظیر e. coli موتاسیون در زیرواحد a آنزیم dna جیراز است و بغیر از ناحیه qrdr مکان های دیگری در این زیرواحد برای فعالیت آنزیم اهمیت دارد.