در این تحقیق اثر ترکیب ژنتیکی بر الگوی رشد در بلدرچین ژاپنی مورد مطالعه قرار گرفت. در ابتدا پرنده های نر و ماده از دو سویه سفید خالص (p1) و وحشی خالص (p2) به عنوان نسل والدین انتخاب شدند و تلاقی دو طرفه بین آنها انجام گرفت. نتاج حاصل (f1) بطور تصادفی با همدیگر آمیزش داده شدند تا نسل دوم (f2) ایجاد شود. همزمان با گروه های f1 و f2، نتاج خالص از دو سویه به عنوان گروه های کنترل پرورش داده شدند. صفات رشد شامل وزنهای یک روزگی، 1 ، 2 ، 3 ، 4 و 5 هفتگی و همچنین صفات افزایش وزن روزانه در هفته های مختلف و سرعت رشد در کل دوره پرورش (35 روز) در گروه های مختلف ژنتیکی رکورد برداری شد. در مدل تجزیه آماری اثرات گروه ژنتیکی، جنس، مکان آزمایش و هچ بررسی شد. مقایسات متعامد شامل مقایسه میانگین والدین و میانگین نسل f1 (f1:p1,p2) و میانگین والدین و میانگین نسل f2 f2:p1,p2)) و همچنین مقایسه میانگین والدین و میانگین f1 و f2 (f1,f2: p1,p2) جهت بررسی معنی دار بودن هتروزیس انجام شد. گروههای ژنتیکی p2، f1، f2 و p1 به ترتیب بیشترین وزن را داشتند (001/0>p). اثر جنس بر دو صفت وزن 4 و 5 هفتگی معنی دار بود (01/0>p)، بطوریکه ماده ها نسبت به نرها وزن بیشتری داشتند. اثر مکان آزمایش و اثر نوبت هچ داخل مکان آزمایش نیز در تمام صفات وزن بدن معنی دار بود (0001/0>p). میانگین صفات وزن بدن و افزایش وزن روزانه در f1 ها نسبت به والدین بیشتر بود و اثر هتروزیس مشاهده شده بین 7/4 و2/9 درصد برای صفات مختلف بود (001/0>p). در بررسی صفات افزایش وزن روزانه مشخص شد که گروههای ژنتیکی p2، f1، f2 و p1 به ترتیب مقدار 2/5 ، 1/5 ، 5/4 ، 4/4 گرم را داشتند و این تفاوتها در تمام صفات معنی دار بود (01/0>p). بیشترین افزایش وزن روزانه مربوط به هفته سوم و چهارم بود. اثر جنس بر صفات افزایش وزن روزانه هفته چهارم و پنجم و افزایش وزن روزانه کل دوره معنی دار شد (01/0>p). همچنین تیپ های ابلق، وحشی، سیاه و سفید به ترتیب بیشترین افزایش وزن روزانه را با میانگین های 8/4 ، 7/4 ،6/4 و 4/4 گرم داشتند (01/0>p).

در این تحقیق اثر ژنوتیپ برصفات رفتاری وتولیدی در بلدرچین ژاپنی مورد مطالعه قرار گرفت. در ابتدا پرنده های نر و ماده از دو سویه سفید خالص (p1) و وحشی خالص (p2) به عنوان نسل والدین انتخاب شدند و تلاقی دو طرفه بین آنها انجام گرفت. نتاج حاصل (f1) بطور تصادفی با همدیگر آمیزش داده شدند تا نسل دوم (f2) ایجاد شود. همزمان با گروه های f1 و f2، نتاج خالص از دو سویه به عنوان گروه های کنترل پرورش داده شدند. صفات تولیدی در برگیرنده صفات لاشه شامل: وزن قبل از کشتار،وزن لاشه ،بازده لاشه و وزن اجزای مختلف لاشه وخصوصیات فیزیکی تخم شامل وزن تخم، طول و عرض تخم رکوردبرداری شد. همچنین صفت رفتاری tonic immobility (ti) ودمای رکتوم اندازه گیری شد. در مدل تجزیه آماری اثرات گروه ژنتیکی، جنس، سن،مکان آزمایش،رنگ و هچ بررسی شد. مقایسات متعامد شامل مقایسه میانگین والدین و میانگین نسل f1 (f1:p1,p2) و میانگین والدین و میانگین نسل f2 f2:p1,p2)) و همچنین مقایسه میانگین والدین و میانگین f1 و f2 (f1,f2: p1,p2) جهت بررسی معنی دار بودن هتروزیس انجام شد. اثرگروه ژنتیکی بر وزن کشتار، وزن لاشه و درصد لاشه معنی دار بود (01/0p<). f1ها دارای بیشترین وزن کشتار ولاشه بوده اما درصد لاشه در f2 ها بیشتر بود. میزان هتروزیس f1 ها نسبت به والدین برای وزن هنگام کشتار و وزن لاشه به ترتیب 09/10+ و 56/8+ درصد بود. اثرجنس بر وزن کشتار و درصد لاشه معنی دار بود(01/0p<) . ماده ها دارای وزن کشتار بیشتر نسبت به نرها و درصد لاشه کمتری بودند. وزن کشتار و وزن لاشه در سن 35 روزگی نسبت به 48 و 56 روزگی بیشتر و معنی دار بود (01/0p<). همچنین اثر مکان آزمایش بر ترکیبات لاشه معنی دار بود (0001/0p<). اثر گروه ژنتیکی بر ti معنی دار بوده، اما اثر جنس و سن معنی دار نبود (01/0p<). مدت زمان ti در سویه سفید روسی بیشتر از سویه وحشی و نسل اول مشاهده شده است. همچنین اثر گروه ژنتیکی، جنس و سن بر دمای رکتوم معنی داربود(0001/0p<) واثر گروه ژنتیکی و هچ بر وزن تخم معنی دار شده است(05/0p<) .

بیشتر صفات مهم و با ارزش اقتصادی در گیاهان و جانوران، صفات کمی می باشند. تجزیه این صفات از این نظرکه این صفات به وسیله تعداد زیادی ژن با اثر کم کنترل می شوند و علاوه بر آن تحت تاثیر ژنهای تغییر دهنده و همچنین عوامل محیطی قرار می گیرند، بسیار مشکل است. با استفاده گسترده از نشانگرهای ژنتیکی در کمک به شناسایی و کشف جایگاه صفات کمی (qtl)، داده های نشانگر درانسان و جمعیت دامی به طور فزاینده با ساختارهای شجره مجتمع قابل دسترسی میشوند. تجزیه و تحلیل qtl در چنین جمعیتی چالش برانگیز است، و روش هایی که به طور کامل روابط پیچیده بین افراد را محاسبه میکنند انتظار میرود قدرت بیشتری برای تشخیص qtl ارائه دهند. ازاینرو در این تحقیق از روش توام پیوستگی و عدم تعادل پیوستگی (ldla) استفاده شد. برای این منظور جمعیت هایی با حالات مختلف وراثت پذیری qtl، و تراکم نشانگر و هر کدام در 10 تکرار شبیه سازی شد. و اثر تراکم نشانگر و وراثت پذیری qtl بر دقت نقشه یابی qtl، بررسی شد. در این بررسی در تراکم cm 5/0 نشانگرها و با وراثت پذیری افزایشی qtl 08/0 دقیقترین نتیجه بدست آمد.

تشخیص و انتخاب الگوهای مهم موجود در بانک های اطلاعاتی، یکی از مسائل مهم در علم داده کاوی می باشد. با توجه به افزایش روزافزون داده های پزشکی و حجیم شدن بانک های اطلاعاتی، استفاده از روش های هوشمند برای دستکاری و مدیریت آنها اجتناب ناپذیر است. پیدا کردن زیرمجموعه ای از ویژگی ها (ستون های داده ای موجود در مجموعه داده ها) از یک مجموعه بزرگ، مسأله ای است که در بسیاری از زمینه ها پیش می آید. از آنجایی که افزایش تعداد ویژگی ها هزینه محاسباتی یک سیستم را افزایش می دهد، طراحی و پیاده سازی سیستم ها با کمترین تعداد ویژگی ضروری به نظر می رسد. از طرف دیگر توجه به این موضوع بسیار مهم است که زیرمجموعه موثری از ویژگی ها انتخاب شود که کارآیی قابل قبولی برای سیستم ایجاد کند. کارهای اخیر نشان می دهند که انتخاب ویژگی، می تواند تاثیر مثبتی بر روی کارآیی الگوریتم های یادگیری ماشین داشته باشد. موفقیت بسیاری از الگوریتم های یادگیری در کوشش آنها برای ساخت مدلی از داده هاست که وابسته به شناسایی مطمئن مجموعه کوچکی از ویژگی های ورودی است. دارا بودن ویژگی های نامربوط و زائد در مرحله ساخت مدل می تواند به کارآیی ضعیف و محاسبات زیاد منجر شود. در این پایان نامه قصد داریم چهار روش ترکیبی جدید را برای شناسایی snpهای (single nucleotide polymorphism) کاندید ارائه دهیم. سه روش پیشنهادی اول دارای ساختار مشابهی بوده و از دو مرحله فیلتر و بسته بندی تشکیل شده اند. در این روش ها از الگوریتم فیلتر مبتنی بر همبستگی در مرحله اول و از سه الگوریتم k-نزدیک ترین همسایه، شبکه عصبی پیشخور و رگرسیون مرزبندی، در مرحله بسته بندی استفاده شده است. روش چهارم ساختار کاملا متفاوتی داشته و براساس رابطه بین معیارهای فیلتر و بسته بندی ارائه شده است. این روش از سه مرحله ایجاد بانک اطلاعاتی، آموزش شبکه عصبی و انتخاب snpهای کاندید تشکیل شده است. نتایج بدست آمده، نشان دهنده قدرت روش های ارائه شده در مقایسه با روش های قبل می باشد.

به دلیل پیچیدگی مکانیسم تاثیر عوامل ژنتیکی و غیر ژنتیکی مسئول بروز فنوتیپی صفت، منظور نمودن همه عوامل واقعی فوق در مدل کاربردی امکانپذیر نمی باشد. همچنین زمان بر و پر هزینه بودن تهیه جمعیت مناسب برای مطالعه، باعث گردیده است که از مطالعات شبیه سازی برای بررسی نحوه تاثیر برخی از شرایط بر روی نتایج مطالعات ژنومی استفاده شود. به دلیل زمان و هزینه بر بودن برخی از مطالعات شبیه سازی، مدلسازی و بسط مطالعه شبیه سازی با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی (ann) از دیگر اهداف این تحقیق می باشد. در این تحقیق سه مطالعه شبیه سازی جهت بررسی تاثیر پارامترهای آزمایشی بر روی نتایج مطالعه ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. در مطالعه شبیه سازی اول انحراف استاندارد qtl و اندازه جمعیت، فاصله مارکری میزان قدرت تشخیص qtl و صحت برآورد موقعیت و اثرات qtl را تحت تاثیر قرار داد. فواصل یک lod پشتیبان و بیزی کوچکتر بود و درصد بیشتری از آنها موقعیت qtl را در بر داشتند. در مطالعه شبیه سازی دوم مدل شبکه عصبی مصنوعی (ann) با r2 برابر 99/0 و rmse برابر 34/3 بهترین پیش بینی را نسبت به فرمولهای پیشنهاد شده ارائه داد. در مطالعه شبیه سازی سوم تاثیر برخی پارامترهای آزمایشی بر روی دقت ارزیابیهای ژنومی توسط روش glm و ann مدلسازی گردید. در کلیه مطالعات شبیه سازی نشان داده شد که مدلسازی ann بهتر از دیگر روشهای مدلسازی و فرمولهای پیشنهاد شده می باشد. کلیه مطالعات شبیه سازی با استفاده از بهترین مدل ann بسط یافته و مورد بررسی قرار گرفت. با مقایسه نتایج حاصل از مطالعات شبیه سازی اصلی و بسط یافته مشخص شد که در مطالعات بسط یافته روند تاثیر هر یک پارامترها مشابه با مطالعه اصلی می باشد و همچنین وضوح تاثیر سطوح مختلف پارامترهای آزمایشی و اثرات متقابل آنها در مطالعات بسط یافته بسیار بهتر می باشد.

برای بررسی ضریب هم خونی گاوهای هلشتاین استان کرمان، شجره تعداد 18206راس حیوان مربوط به 5 گله که طی سالهای 1370 تا 1390 توسط تولید کنندگان در نرم افزار مدیریت گاوداری’ مدیران’ جمع آوری شده، مورداستفاده قرار گرفت. میانگین ضریب هم خونی بر مبنای سال پایه 1370 برای کل جمعیت، 37/0 درصد برآورد شد. در این شجره تعداد 7771 راس حیوان (معادل 68/42 درصد کل شجره) هم خون بودند و متوسط ضریب هم خونی این گاوها 92/0 درصد بود. تعداد حیوانات ماده موجود در فایل داده 3332 رأس (30/18 درصد کل جمعیت) و متوسط هم خونی این گاوها 46/0 درصد بود. از جمعیت حیوانات هم خون، تعداد 1417 راس حیوان ماده بوده و میانگین هم خونی آنها 11/1 درصد بود. در بخش دوم تحقیق، برای بررسی اثر هم خونی بر تولید شیر و سقط و مرده زایی از تعداد 12550 رکورد شیر مربوط به اولین دوره شیردهی و 5608 رکورد نتیجه زایش در دوره اول تا پنجم زایش مربوط به 3332 حیوان در 5 گله استفاده گردید. برایبرآورد پارامتر های ژنتیکی (وراثت پذیری و تکرار پذیری) از یک مدل تابعیت تصادفی روزآزمون با درجه دوم چند جمله ایهای لژاندر و روش آماری reml برای تجزیه تک صفتی استفاده شد. در این مدل، ضریب هم خونی به عنوان منغیر کمکی در نظر گرفته شده بود. برآورد مولفه های واریانس در سطوح مختلف روزهای شیردهی دارای روندی نا منظم بود و وراثت پذیری و تکرار پذیری برای تولید شیر به ترتیب 06/0±301/0 و 04/0±795/0 و برای سقط و مرده زایی 01/0±118/0 و 07/0±344/0 برآورد شد. تابعیت خطی صفت تولید شیر و نتیجه زایش از ضریب هم خونی معنی دار نبود که ممکن است به دلیل عدم کامل بودن شجره و برآورد ضرایب هم خونی پائین در حیوانات مورد مطالعه در این تحقیق باشد.

به منظور برآورد میزان هم خونی و تاثیر آن بر روی تعداد روز های باز و تعداد سرویس به ازای هر آبستنی از اطلاعات جمع آوری شده در5گاوداری استان کرمان در طی سال های 1370 تا 1390 استفاده گردید. این اطلاعات برای تعداد روز های باز و تعداد سرویس به ازای هر آبستنی بترتیب 4431 و 6409 که از 1999 مادر و 445 پدر بودند. متوسط تعداد روز های باز و تعداد سرویس به ازای هر آبستنی بترتیب 94/135 و 06/2 برآورد گردید. و با استفاده از اطلاعات شجره، میانگین ضریب همخونی 377/0 درصد برآورد گردید. حداقل میزان همخونی صفر و حداکثر مقدار آن 25 درصد بود.این میزان همخونی برآورد شده روی تعداد روز های بازمعنی دار نبود اما روی تعداد سرویس به ازای هر آبستنی (01/0p<) معنی دار گردید. میزان افت هم خونی برای تعداد سرویس به ازای هر آبستنی به ازای هر یک درصد افزایش هم خونی 09/0+ بود. با استفاده از مدل تکرار پذیری، تک صفتی و روش reml وراثت پذیری تعداد روز های و تعداد سرویس به ازای هر آبستنی بترتیب 086/0 و 057/0 برآورد گردید. واژ های کلیدی: هم خونی ، تعداد روز های باز، تعداد سرویس به ازای هر آبستنی، گاوهای هلشتاین، استان کرمان

در این تحقیق به منظور بررسی اهمیت اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی میزان پروتئین شیر، از رکوردهای 305 روز صفت پروتئین شیر مربوط به یک دوره شیردهی 25894 رأس گاو هلشتاین از 121 پدر و 21924 مادر استفاده شد . این داده ها طی سالهای 1387-1378 توسط مرکزاصلاح نژاد دام کشور از 38 گله جمع آوری شده بود . آنالیز ژنتیکی با استفاده از مدل دام یک متغیره به کمک نرم افزار asreml محاسبه شدند . در این مدل اثرات ثابت شامل اثرات گله – سال- فصل زایش، سال تولد، ماه تولد ، ماه زایش اثر معنی داری برروی میزان تولید پروتئین شیر داشتند ولی سن حیوان برحسب ماه اثرمعنی داری بروی میزان تولید پروتئین شیر نداشت (p<0.01 ). در تحقیق حاضراز پدرها به عنوان ژنوتیپ استفاده شد . همچنین محیط های مورد بررسی شامل استان رکوردگیری، سال زایش ، سال تولد ،گله ، اندازه گله، میانگین تولید شیرگله ومیانگین تولید چربی گله و میانگین پروتئین گله بودند .اضافه کردن اثر متقابل پدر سال زایش، سال تولد ، گله ،اندازه گله، میانگین چربی شیر گله، میانگین تولید شیر گله باعث بهبود معنی دار لگاریتم حداکثر درستنمائی مدل آنالیز ژنتیکی شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که تعریف محیط ها بر اساس گله ها در مقایسه با سایر ملاک های مورد استفاده کارایی بیشتری دارد . بطوریکه این اثر 78/11 کیلوگرم برآورد گردید. لحاظ کردن اثر متقابل پدر در گله موجب کاهش وراثت پذیری از 25/0 به 24/0 شد . با توجه به نتایج حاصل از این تحقیق افزودن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در آنالیز ژنتیکی پروتئین شیر در دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران در ارزیابی ژنتیکی آنها اثر قابل ملاحظه ای ندارد. واژه های کلیدی :اثر متقابل ژنوتیپ و محیط ? گاوهای هلشتاین ایران ? آنالیز ژنتیکی میزان پروتئین شیر

پرورش بلدرچین امروزه جایگاه خاصی در صنعت پرورش طیور پیدا کرده است که با توجه به تقاضای مردم از نظر مصرف گوشت و تخم بلدرچین و اقتصادی بودن آن از نظر تولید پیش بینی می شود که در آینده توسعه بیشتری پیدا کند . اما اطلاعات ژنتیکی بلدرچین ژاپنی به عنوان حیوانی مهم در صنعت دامپروری برای کمک به توسعه برنامه های ژنتیکی آن در مقایسه با دیگر گونه های پرندگان بسیار اندک است و دارای نقشه ژنومی بسیار ناقص می باشد. استفاده ازژن های کاندیدا برای صفات رشد و وزن بدن در این پرنده از اهمیت بالایی برخوردار است. هدف از انجام این تحقیق، ابتدا تکثیر و سپس بررسی ارتباط بین چند شکلی ژن های آپولیپوپروتئین b1 و b2 با صفات رشد ، چاقی و وزن بدن بلدرچین ژاپنی در یک جمعیت f2 می باشد. برای انجام آزمایشات مولکولی این پژوهش، از یک طرح سه نسلی، f2 حاصل از تلاقی متقابل دو سویه متفاوت بلدرچین ژاپنی (تخمگذار یا سفید و گوشتی یا وحشی) و تشکیل نسل دوم استفاده گردید. با تلاقی 34 پرنده از نسل دوم با یکدیگر، 422 پرنده نسل سوم ایجاد شد. با استفاده از تکنیک های pcr-rflp و pcr-sscp ونشانگرهای ریز ماهواره ای جهت تشخیص snp، هر دو ژن مذکور( برای اولین بار در دنیا با استفاده از پرایمرهای مرغ ) مورد آزمایش قرار گرفتند و نتایج بدست آمده نشان دهنده مونومورف (یک شکل) بودن dna ژنومی برای ژن های آپولیپوپروتئین b1 و b2در جمعیت بلدرچین ژاپنی می باشد.

چکیده هدف از انجام این تحقیق شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی موجود در ژن های فاکتور رشد و تمایز9 (gdf9) و پروتئین مورفوژنتیک استخوانی 15 (bmp15) در گوسفند نژاد ایران بلک وتاثیر آنها بر میزان بره زایی درگوسفند ایران بلک بود.نمونه های خون از140 میش ایران بلک جمع آوری شد. استخراج dna به روش استخراج نمکی از خون کامل انجام شد.دراین تحقیق از روش pcr-rflp ارائه شده توسط هانراهان و همکاران برای شناسایی ژنوتیپ ها استفاده شد. قطعه 139 جفت بازی و 153 بازی توسط پرایمر های اختصاصی به ترتیب برای gdf9و bmp15 طی واکنش های pcr تولید شد. هضم آنزیمی با ddei برای محصولات pcr ژن gdf9 درحیوانات با ژنوتیپ وحشی منجربه تولید دو قطعه با اندازه 31و 108 جفت بازی گردید. در حالیکه قطعه dnaحاوی نوکلئوتید t یک قطعه تولید کرد (139 جفت بازی). حیوانات هتروزیگوت برای جهش قطعاتی با هر سه اندازه داشتند (31،108و 139جفت بازی). فراوانی آلل وحشی 53/0و فراوانی آلل موتانت 46/0 بود و فراوانی های ژنوتیپی برای ژنوتیپ های g/+, +/+ و g/g به ترتیب برابر با 34/0، 40/0 و27/0 بودند. هضم آنزیمی با ddei برای محصولات pcr ژن bmp15 درحیوانات با ژنوتیپ وحشی منجر به تولید دو قطعه با اندازه123 و30 جفت بازی گردید. در حالیکه قطعه dnaحاوی نوکلئوتید t یک قطعه تولید کرد(153جفت بازی). حیوانات هتروزیگوت برای جهش قطعاتی با هر سه اندازه داشتند (30،123و 153جفت بازی). فراوانی آلل وحشی 64/0 و فراوانی آلل موتانت 36/0 بود و فراوانی های ژنوتیپی برای ژنوتیپ های +/+ ، +/bوb/b به ترتیب برابر با 52/0، 25/0 و23/0 بودند نتایج آنالیز آماری ارتباط چند قلوزایی و با جهش در این جایگاه ها را بی معنی نشان داد لذا پلی مورفیسم مشاهده شده در این دو جایگاه هیچ تاثیری بر میزان چند قلوزایی در جمعیت مورد بررسی گوسفند ایران بلک ندارد ونیز مشاهده شد که جمعیت مورد مطالعه برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی ونبرگ قرار ندارد.

این تحقیق برای شناسایی جایگاه های ژنی مرتبط با صفات رشد در گوسفند کرمانی انجام شد. . از روش نقشه یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون حداقل مربعات برای آنالیز جایگاه های ژنی مرتبط با صفات کمی (qtl) استفاده گردید. qtl مرتبط با صفات وزن تولد، وزن 3 ماهگی و وزن 6 ماهگی روی کروموزوم یک به ترتیب در نواحی 34-30، 91-90 و71-68 سانتی مورگان نسبت به سانترومر مکان یابی شدند

. هدف از انجام این پژوهش، پویش کروموزم شماره 5 بلدرچین ژاپنی و شناسایی qtl های موثر بر رشد در یک جمعیت f2 می باشد. به منظور شناسایی qtl های موثر بر صفات رشد و برآورد میزان اثر آنها، از یک طرح سه نسلی، f2 حاصل از تلاقی متقابل دو سویه متفاوت بلدرچین ژاپنی (تخمگذار یا سفید و گوشتی یا وحشی) و تشکیل نسل دوم استفاده گردید. با تلاقی 34 پرنده از نسل دوم با یکدیگر، 422 پرنده نسل سوم ایجاد شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن های هفتگی، میانگین افزایش وزن روزانه و نسبت کلیبر ثبت شدند. تمامی پرندگان هر سه نسل (472 پرنده) برای 3 نشانگر ریزماهواره تعیین ژنوتیپ شدند. داده های حاصل با استفاده از روش نقشه یابی درون فاصله ای آنالیز شده و qtl مربوط به 5 صفت شناسایی شد

چکیده ندارد.