با توجه به نقش پایه در میزان رشد رویشی، زودرسی، میزان عملکرد و مقاومت در برابر بیماری ها و ...، انتخاب پایه مناسب نقش به سزایی در برنامه مدیریت باغ خواهد داشت. در این آزمایش، از نشانگر rapd برای بررسی 30 ژنوتیپ پاکوتاه گزینش شده محلب که از کلکسیون محلب واقع در مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی انتخاب شده بودند، استفاده شد. جهت تکثیر dna نمونه ها در واکنش pcr از 21 آغازگر ده نوکلئوتیدی انتخاب شده از سایر مطالعات، استفاده شد که در نهایت 17 آغازگر تولید باندهای چند شکل نموده و برای تجزیه و تحلیل نهایی مورد استفاده قرار گرفتند. در مجموع ?? باند در محدوده 2?0 تا 1000 bp بدست آمد. تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها بر اساس ضریب تشابه جاکارد و با استفاده از روش upgma انجام شد و ضریب تشابه ژنتیکی بین ژنوتیپ ها در محدوده 00?/0 تا 8?/0 با متوسط ?8/0 بدست آمد. دندروگرام بدست آمده بر اساس ضریب تشابه، سه گروه اصلی را نشان داد که این گروه های بدست آمده همبستگی مناسبی را با رده بندی تاکسونومی محلب داشتند. در نهایت نتایج به دست آمده نشان داد که از تکنیک rapd-pcr می توان به عنوان یک نشانگر ژنتیکی مناسب جهت تمایز ژنتیکی ژنوتیپ های محلب استفاده کرد.