نام پژوهشگر: محمد تقی اکبری

بررسی تغییرات ژنتیکی ناحیه تنظیمی ژن گاما گلوبین در بیماران تالاسمی اینترمدیا و ارزیابی عملکردی آنها در سازه های ژنی قابل بیان در سلول های رده اریتروئیدی k562
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری - دانشکده علوم پزشکی 1388
  محمد حمید   فروزنده محجوبی

تالاسمی اینترمدیا به دسته ای از انواع تالاسمی ها اطلاق می شود که در آن شدت علائم بیماری از تالاسمی ماژور خفیف تر و از تالاسمی مینور شدیدتر می باشد. افزایش بیان هموگلوبین f یکی از فاکتورهایی است که باعث کاهش شدت بیماری تالاسمی ماژور و تبدیل آن به تالاسمی اینترمدیا می شود. در این تحقیق تغییرات نوکلئوتیدی مربوط به نواحی پروموتری ژن های a ، g گلوبین و نواحی تنظیمی بالادست و پایین دست خوشه ژنی بتا گلوبین بنام های 3`hs1 و hs-111 در بیماران تالاسمی اینترمدیا، بیماران تالاسمی ماژور و افراد کنترل مورد بررسی قرار گرفت. ازمجموع پنج تغییر بدست آمده در نواحی تنظیمی ژن a گلوبین تغییر -588 (a>g) و ناحیه hs-111(-21a>g) در بالادست خوشه ژنی بتا گلوبین ارتباط معنی داری با افزایش هموگلوبین f در بیماران تالاسمی اینترمدیا داشتند. همچنین ارتباط کاملی بین آلل + مارکر xmni و آلل a جایگاه -588 مشاهده شد. برای بررسی نقش عملکردی آلل های a وg جایگاه -588 در افزایش بیان ژن aγ سه سازه دارای minilcr ، ژن های aγ و بتا گلوبین ساخته شد. تفاوت این سازه ها در ناحیه پروموتری ژن aγ می باشد که در جایگاه -588 دارای آلل a وg بودند. علاوه براین در سازه سوم در جایگاه 175- با استفاده از روش site directed mutagenesis تغییر c به t ایجاد شد تا بعنوان کنترل مثبت استفاده شود. بعد از ترانسفکشن سازه ها در سلول های رده اریتروئیدی k562 بیان ژن a? گلوبین از طریق real time rt-pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. در مقایسه با پلاسمید mock (pcdna3.1) بیان ژن aγ به ترتیب در سازه های همراه با آلل a و g در جایگاه -588 و آلل t در جایگاه 175- (3/2 و 6/4)، (2 و 3/4) و(2/9 و 6/22) بود. این داده ها نشان می دهد که نقش عملکردی آلل a در افزایش بیان ژن a? در مقایسه با کنترل مثبت اندک می باشد. همچنین در رابطه با بیان ژن aγ در سازه های دارای آلل های a وg در جایگاه -588 اختلاف معنی داری مشاهده نشد. از این مطالعه می توان نتیجه گرفت که آلل a جایگاه -588 ، آلل + مارکر xmni و آلل hs-111(-21a) مارکر های مناسب و کاربردی برای تمایز بیماران تالاسمی اینترمدیا از بیماران تالاسمی ماژور بحساب می آیند که به تنهایی عامل افزایش هموگلوبین f نبوده و احتمالا در شرایط اریتروپوئز در حضور فاکتورهای تنظیمی دیگر باعث افزایش بیان هموگلوبین f می شوند.

بررسی ارتباط بین چندشکلی های ژن های hla-drb و آنالیز آمینواسیدهای ملکول های dr? با دیابت نوع یک در بیماران ایرانی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  آرزو صیاد   محمد تقی اکبری

دیابت نوع یک بیماری اتوایمیون و مولتی فاکتوریال می باشد. ژن های hla- drb1 ,-dqb1 (در منطقه hla واقع اند) قویترین ارتباط را با بیماری دیابت نوع یک نشان می دهند. ما در این تحقیق الل ها، ژنوتایپ ها و هاپلوتایپ های مستعدکننده و مقاوم کننده به بیماری دیابت نوع یک از ژن های hla- drb1 ,-dqb1 و همچنین نواحی آمینواسیدی بسیار پلی مورفیک ملکول های hla- dr?1 ,-dq?1 را در 105 فرد بیمار و 100 فرد سالم بررسی کردیم. نتایج نشان داد که الل های hla-drb1*0401, 301 و hla-dqb1*0302, 201 و ژنوتایپ های hla-drb1*0301/0401, 0301/1301 و hla-dqb1*0201/0302 و هاپلوتایپ های hla-drb1*0401-dqb1*0302 و hla-drb1*0301-dqb1*0201 ، hla-drb1*0701-dqb1*0303 ، ارتباط مثبتی با بیماری دیابت نوع یک دارند. به علاوه الل های hla-drb1*1501,1301 و hla-dqb1*0301,0601 و ژنوتایپ های hla-drb1*1101/1501 و hla-dqb1*0301/0601, 0301/0501 و هاپلوتایپ hla-drb1*1501-dqb1*0601 ارتباط منفی با این بیماری نشان می دهند. آنالیز توالی آمینواسیدی ملکول های hla- dr?1 ,-dq?1 نشان داد که hla- dr?1lys71+ ,-dq?1asp57- به طور معنی داری در بیماران فراوان تر از افراد سالم کنترل بود و تأثیر مستعدکنندگی قوی در ایجاد بیماری دیابت نوع یک دارد. آنالیز هاپلوتایپ نیز نشان داد که الل hla-dr?1lys71+ استعداد بسیار زیادی برای ابتلاء به دیابت نوع یک ایجاد می کند و الل hla-dqb1asp57- اثر افزایشی بر آن دارد. از آنجایی که الل hla-drb1lys71+ نقش اصلی در استعداد به دیابت نوع یک دارد، پرایمرهای اختصاصی الل طراحی کردیم که آسان، سریع و با هزینه اندک، الل های hla-drb1lys71+ را شناسایی می کند. در واقع 114 اللی که hla-dr?1lys71+ را کد می کنند، با 3 واکنش ساده pcr می توانند شناسایی شوند. همچنین pcppv و pcnpv نیز محاسبه شد و نشان داد که افرادی که حامل ژنوتایپ hla-dr?1lys71+/+ هستند یک درصد خطر مطلق ابتلاء به دیابت نوع یک دارند.

بررسی جهش های نقطه ای ژن دیستروفین در بیماران dmd و bmd
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1391
  مریم حق شناس مقدم   زیور صالحی

دیستروفی عضلانی دوشن و بکر (dmd وbmd) بیماری های عصبی- عضلانی وابسته به x هستند که با ضعف پیشرونده ی عضلانی و تخریب ماهیچه های اسکلتی شناخته می شوند. جهش در ژن دیستروفین علت بیماری dmd و bmd است. ژن دیستروفین بزرگترین ژن انسانی است که در ناحیه ی xp2.1 قرار گرفته است. نوع جهش در 2/3 بیماران مبتلا به dmd/bmdحذف و مضاعف شدگی های بزرگ می باشد. 1/3 باقی مانده دارای جهش های نقطه ای، حذف های کوچک و دخول هستند. تعیین جهش های نقطه ای به علت اندازه ی بزرگ ژن (mb 2.4) مشکل می باشد. در این مطالعه 27 بیمار مذکر مبتلا به dmd/bmd که عدم وجود حذف و مضاعف شدگی در آنها با روش های pcr چند گانه و mlpa به اثبات رسیده بود، جهت شناسایی جهش های نقطه ای مورد بررسی قرار گرفتند. 30 اگزون پایانی (79-50) ژن دیستروفین در هر بیمار pcr شد. سپس محصولات pcr مورد توالی یابی قرار گرفت. نتایج به دست آمده شامل 4 بیمار با جهش نقطه ای بی معنی در اگزون های 57، 58 ،62 و 66، 1 بیمار با جهش نقطه ای بد معنی در اگزون 54 و 1 بیمار با جهش نقطه ای از نوع تغییر جایگاه پردازش در اگزون 62 بود. نرخ جهش های نقطه ای در بیماران ایرانی 22/22 درصد بود. بنابراین بررسی جهش های نقطه ای در تشخیص بیماران مبتلا به dmd/bmd و زنان ناقل حائز اهمیت است.

بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژنb- وhla-a با لوسمی در بیماران ایرانی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1392
  مریم مهدی زاده   محمد تقی اکبری

زمینه وهدف : لکوس hla در منطقه ای به طول حدودkb 4000 در موقعیت p21.3 6واقع شده است که مسئول کد کردن حدود 224 ژن (128 ژن فعال و 96 ژن کاذب) که بسیاری از آن ها در سیستم ایمنی دخیل اند می باشد. این ناحیه بر اساس ملکول پروتئینی که تولید می کند به 3 منطقه بزرگ تقسیم می شود که شامل ناحیه ای به طول حدوداًkb 2000 که مسئول کد کردن hlai است و ژن –b و hla-aدر این ناحیه واقع است و دو ناحیه دیگر، هر کدام به طول حدودkb 1000 برای کد کردنhlaiii و hlaii می باشد. این طرح، با هدف تعیین ارتباط بین آلل های -bو hla-aو استعداد به نوع خاصی از انواع بیماری لوسمی در بیماران ایرانی انجام شده است. روش تحقیق: این تحقیق به صورت مطالعه مورد- شاهد صورت گرفته است که از 50 نفر بیمار مبتلا به لوسمی و 50 فرد سالم به عنوان شاهد حدود 4 میلی لیتر خون در لوله های آغشته به edta گرفته می شود و بر اساس تکنیک ssp-pcr با استفاده از کیت ready gen از شرکت اینوترین آلمان تعیین نوع b- وhla-a انجام می شود. بعد از انجام pcr بر اساس پروتکل استاندارد موجود در کیت با استفاده از نرم افزار اختصاصی این کیت باندهای ایجاد شده در هر چاهک در صورت مثبت شدن تفسیر خواهند شد و ژنوتایپ هر فرد اختصاصاً تایپ خواهد شد. نتایج: بر اساس این بررسی که بر روی تعداد 39 بیمار مبتلا به aml و 11 بیمار مبتلا به all می باشد، فراوانی الل hla-b*07 در گروهaml و فراوانی الل hla-a*11 در گروه all به طور معنادار افزایش نشان داده است. فراوانی الل hla-b*07در کل بیماران نسبت به سایر الل ها بیشتر از گروه کنترل بود که البته این تفاوت در سطح نزدیک به معنی دار گزارش شد. p < 0.05 معنی دار گزارش شده است. نتیجه گیری: استعداد ابتلا به لوسمی توسط بعضی از الل های hla-a , -b ایجاد می شود که نتایج تحقیق حاضر، شباهت ها و تفاوت هایی با نتایج بعضی جمعیت ها نظیر نتیجه چند مطالعه برروی جمعیت ترکیه و برزیل و چین دارد و برخی الل های ژن hla-a, -b می تواند استعداد ابتلا به انواعی از لوسمی را ایجاد نماید.

تشخیص پیش از تولد تالاسمی بتا با استفاده از dna آزاد جنین موجود در خون مادر
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1392
  سهیلا استاد محمدی   محمد تقی اکبری

بتا تالاسمی ها یک گروه از اختلال های خونی ارثی هستند که از طریق سنتز غیر معمول زنجیره های بتا هموگلوبین به وجود می ایند. نتیجه ان فنوتیپ هایی است که از انمی تا افرادی بدون علامت کلینیکی را شامل می شوند. بار ژنتیکی این بیماری به دلیل هزینه بالا و درگیری سیستم بهداشتی پزشکی در ارائه خدمات درمانی ترانسفوزیون منظم خون و کیلاتور آهن به بیماران بسیار بالاست و تشخیص پیش از تولد به عنوان روش مناسب پیشگیری در کشورهای پر شیوع از جایگاه ویژه ای برخوردار است. در ایران که یکی از کشورهای پر شیوع برنامه ملی پیشگیری تالاسمی بتا سالهاست که اجرا می شود و محور اصلی آن شناسایی زوجین ناقل و انجام تشخیص پیش از تولد برای جنین آنهاست. نمونه برداری از پرزهای کوریونی و یا امینو سنتز که به منظور تهیه dna جنینی برای تعیین ژنوتیپ جنین استفاده می شود یک روش تهاجمی است که احتمال سقط ناشی از به کارگیری ان،در صورتیکه شخص تجربه و ماهر باشد،یک درصد بیش از احتمال سقط خودبه خودی است و اغلب زنان باردار از این روش بیم و هراس دارند،پس نیاز به استفاده از یک روش جایگزین غیر تهاجمی مقبولیت بالائی دارد. امروزه مشخص شده است که dna ازاد جنینی در پلاسما مادر وجود دارد و منبع بسیار خوبی از مواد ژنتیکی برای تشخیص های مولکولی پیش از تولد جنین می باشد.هدف از این مطالعه ارائه یک روش غیر تهاجمی برای تشخیص پیش از تولد بتا-تالاسمی بر اساس بر رسی نحوه انتقال پلی مورفیسم های به ارث رسیده از پدر به جنین می باشد . زوج هاییکه جنین انها در معرض ابتلا به بتا-تالاسمی قرار دارند مورد بررسی قرار می گیرند. مقرهای پلی مورفیک پیوسته به ژن بتا-گلوبین برای هر خانواده با استفاده ازrflpبررسی می شوند ومقرهای گویا شناسایی می شوند.الل به ارث رسیده از پدر به جنین در dna ازاد پلاسما مادر که مخلوطی از dna ازاد جنینی و dna ازاد مادری می باشد شناسایی می شودو در مورد زوج هاییکه امکان تعیین فاز کروموزومی پدر وجود داشته باشد وضعیت جنین از نظر ابتلا به بتا-تالاسمی تعیین خواهد شد. در اینجا مطالعه تعدادی خانواده با ریسک جنین تالاسمی که الگوی rflp آنها را از قبل مشخص نموده بودیم امکان بررسی انتقال ژن تالاسمی پدری برای آنها وجود داشت . از مادر باردار در سن حاملگی 10 تا 12 هفته 10 سی سی خون وریدی گرفته و پلاسمای آن را جدا نموده و dna آزاد (غیر سلولی) آن را که حاوی dna مادری و جنینی بود برای مقرهای گویای rflp ژن گلوبین بتا مورد بررسی قرار دادیم. با آنکه dna جنینی نسبت به dna مادری از مقدار بسیار کمتری برخوردار است توانستیم الگوی ویژه rflp جنین را شناسایی نموده و نوع آلل انتقال پدر به جنین را مشخص کنیم.

بررسی ارتباط پلی مورفیسم های ژن ace و pai-1 در بیماران مبتلا به سقط مکرر
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1392
  فاطمه شاکرمی   محمد تقی اکبری

چکیده بررسی ارتباط پلی مورفیسم های ژن ace و pai-1 با سقط مکرر جنین فاطمه شاکرمی با توجه به شیوع حدود 5% سقط در زنان، اثرات مخرب روانی سقط بر زندگی خانوادگی افراد و اینکه علت بخشی از این سقط ها مشکلات انعقادی است، در این مطالعه پلی مورفیسم ژن های مهار کننده فعال کننده پلاسمینوژن ـ1 (pai-1)و آنزیم تبدیل کننده آنژیوتانسین (ace) مورد بررسی قرار گرفت و ارتباط آن با سقط خودبه خودی در بیماران ایرانی و گروه کنترل سالم ارزیابی شد. 100بیمار با سابقه سقط(حداقل دو بار) به عنوان گروه بیمار و 100 خانم سالم بدون سابقه سقط به عنوان گروه کنترل مورد مطالعه قرار گرفتند. برای بررسی پلی مورفیسم های (4g/5g) pai-1 و (d/i) ace واکنش زنجیره پلی مراز همراه با استفاده از آنزیم های محدود کننده (pcr-rflp) طراحی شد. به منظور تجزیه و تحلیل آماری از نرم افزار spss ویرایش 18 و از آزمون های t، x2 و آزمون دقیق فیشر استفاده شد. p<0.05به عنوان سطح معنی داری در نظر گرفته شد. در مطالعه ی حاضر برای بررسی پلی مورفیسم (4g/5g) pai-1 فراوانی آلل موتانت 4g در زنان دچار سقط مکرر 42% و در زنان گروه شاهد30% بود؛ که نشان می دهد الل4g در جمعیت بیمار نسبت به گروه کنترل افزایش معنی داری(012/0p= ) دارد و میزان خطر نسبی برای آن در جمعیت تقریبا 83/1 می باشد. این نتایج در مورد ژنوتیپ 4g/4g با فراوانی 17% در گروه بیمار و 5% در گروه شاهد(006/0 p= و میزان خطر نسبی 63/4) نیز صدق میکند. در ارتباط با پلی مورفیسم (d/i) ace، به طور غیرمنتظره ای فراوانی الل i در جمعیت بیمار و شاهد به ترتیب 6/36% و 24%محاسبه گردیدکه نشان می دهد الل i در جمعیت بیمار نسبت به گروه کنترل افزایش معنی داری (007/0p= ) دارد و میزان خطر نسبی برای آن در جمعیت تقریبا 82/1 می باشد. این نتایج در مورد ژنوتیپ i/i با فراوانی 7% در گروه بیمار و 0% در گروه شاهد(034/0 (p= نیز صدق میکند. با توجه به این نتایج می توان گفت در این مطالعه شواهدی مبنی بر ارتباط مابین ژنوتیپ d/d و الل d با سقط مکرر جنین یافت نشده است. با توجه به نتایج بدست آمده از آنجا که پلی مورفیسم (4g/5g) pai-1 احتمالا از طریق اختلال در سیستم انعقادی می تواند باعث سقط جنین در این افراد شود. بررسی وجود این جهش همراه با سایر عوامل مشکوک مثل mthfr، فاکتور 5 لایدن در بیماران مبتلا به سقط مکرر توصیه می شود.