براساس خصوصیات ریختی زیر گونه جدیدی از میگوی ببری سبز با نام penaeus semisulcatus persicus معرفی شد. برای مطالـعه تفاوت های ژنتیکی میان گونه و زیر گونه مذکور، 16s rrna و coi به عنوان نشانگر میتوکندریایی مورد توجه قرار گرفتند. بدین منظور حدود 40 قطعه از گونـــه penaeus semisulcatus و 40 قطعه از زیر گونه آن p. semisilcatus persicus) ) بر اساس خصوصیات مورفولوژیک از سواحل هرمزگان و بوشهر جمع آوری و به آزمایشگاه بیوتکنولوژی مرکز مطالعات دانشگاه خلیج فارس منتقل شد. dna ژنومی از بافت ماهیچه بــــا استفاده از genomic dna purification kit (fermentas) استخراج و سپس کمیت و کیفیت dna استخراج شده با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد تعیین شد. سپس قطعــه ای از ژن 16s rrnaو coi به ترتیب با استفاده آغازگرهای جهانی 16sar/16sbr و coia/coif تکثیر و از هر دوطرف تعیین توالی شد. در یک مطالعه اولیه همردیفی توالـــــــــی ها با استفاده از clustalw انجام شد. نتایج حاصل از تعیین توالی نشان داد که قطعه تکثیر شده ژن 16s rrnaو coi به ترتیب 561 و 681 جفت باز طول دارد و غنی از at (4/66%) هستند. نتیجه همردیفی توالی ها از هر دو ژن با استفاده از clustalw حاکی از آن است که گونه penaeus semisulcatus از هر دو ناحیه بوشهر و بندر عباس دقیقا دارای توالی یکسان و زیرگونه p. semisilcatus persicus نیز از هر دو ناحیه بوشهر و بندر عباس دقیقا دارای توالی یکسان هستند. نتیجه همردیفی توالی 16s rrna از گونه و زیر گونه مذکور نشان داد که 18 جانشینی بازی در این دو رخ داده است که نسبت جانشینی ترانزیشن به ترانسورژن 5 است. فاصله ژنتیکی این دو بر اساس قطعه 561bp با استفاده از نرم افزار mega4.1? 8/3% محاسبه شد. همچنین نتیجه همردیفی توالی coi از گونه و زیرگونه مذکور نشان داد که آن دو مشابه یکدیگر بوده و فاصله ژنتیکی این دو نیز 00% محاسبه شد. درخت فیلوژنتیکی نیز بــر اساس روش های minimum evolution ?maximum parsimony ?upgma و neibour joining با استفاده از نرم افزار mega 4.1 رسم شد.

ماهی آزاد دریای خزر گونه بومی ارزشمند دریای خزر است که در معرض خطر انقراض می باشد. دارای دو فرم مهاجر بهاره و پاییزه است که از نظر خصوصیات ظاهری نیز تفاوت هایی در آنها وجود دارد. شناخت دقیق و تفکیک ماهیان مهاجر بهاره و پاییزه در امر بازسازی ذخائر و حفظ تنوع ژنتیکی این گونه ارزشمند ضروری است. در این تحقیق به منظور بررسی امکان تفکیک انواع مهاجر بهاره و پاییزه ماهی آزاد دریای خزر از نشانگر مولکولی aflp استفاده گردید. 12 ترکیب پرایمر ecori /msei ، در مجموع 807 باند قابل امتیاز دهی ایجاد کردند که 227 عدد ازآنها چند شکل بودند. درصد لوکوس های پلی مورفیسم در ماهیان مهاجر بهاره (02/85 %) نسبت به ماهیان مهاجر پاییزه (21/76 %) بیشتر بود. در سطح هتروزیگوسیتی تفاوت معنی داری بین انواع مهاجر پاییزه (207/0) و بهاره (227/0) وجود نداشت. اما این میزان در مهاجرین بهاره بیشتر از پاییزه ها بود که بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بیشتر در ماهیان مهاجر بهاره نسبت به مهاجر پاییزه است. میانگین پلی مورفیسم 62/80 در صد بیان شد. فاصله ژنتیکی بر مبنای ضریب nei، 034/0 و اختلاف بین دو جمعیت 6 در صد و درون جمعیت 94 در صد محاسبه شد. اختلاف ژنتیکی درون جمعیت بیشتر از اختلاف بین جمعیت بوده است. این امر را می توان با تفاوت بین افراد درون جمعیت ها و تأثیر عوامل محیطی توجیه کرد. نتایج نشان داد که اختلاف ژنتیکی معنی داری بین ماهیان مهاجر بهاره و پاییزه وجود ندارد احتمالاً انواع بهاره جزئی از جمعیت پاییزه می باشند که در این فصل سال اقدام به مهاجرت می کنند و تفاوت موجود را می توان به عوامل فیزیولوژیک و محیطی نسبت داد. به نظر می رسد این دو گروه ماهیان از یک جمعیت منشأ گرفته باشند.

در این مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت های شیر ماهی (sccomberomorus commerson) در خلیج فارس با استفاده از نشانگر های میکروستلایت بررسی گردید. تعداد 115 عدد شیر ماهی طی اسفند87 تا اردیبهشت 88 از مناطق صیادی بندر دیر ، بندر بوشهر و بندر چوئبده صید و قطعه ای از باله دمی آن برای انجام مطالعات ژنتیکی به آزمایشگاه بیوتکنولوژی مرکز مطالعات و پژوهشهای خلیج فارس بوشهر منتقل گردید. dna ژنومی نمونه ها از بافت نرم باله دمی ماهی به روش استات آمونیوم استخراج و سپس کمیت و کیفیت dna استخراج شده با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز ژل آگارز 7/0 درصد تعیین شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از 5 جفت آغازگر میکروستلایتی بر روی 115 نمونه شیر ماهی صورت گرفت. محصولات تکثیر شده آن با استفاده از ژل پلی آکریل آمید 8% الکتروفورز و با نیترات نقره رنگ آمیزی شد. نتایج بدست آمده از این بررسی نشان می دهد که تمام 5 جفت آغازگر میکروستلایت بررسی شده در شیر ماهی پلی مورف بوده و 25 آلل پلی مورف را تولید نمودند. میانگین تعداد آللی واقعی و موثر به ترتیب 267/5 و 628/3 می باشد همچنین میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 988/0 و 708/0 محاسبه شد. در بررسی تعادل هاردی - واینبرگ جمعیت های دیر، بوشهر و چوئبده در تمامی جایگاه های ژنی مورد بررسی خارج از تعادل هاردی- واینبرگ بودند (001/0 > p). بر اساس آزمون amova حداکثر fst (057/0) بین نمونه های بندر دیر با نمونه های چوئبده که دارای کمترین میزان جریان ژنی (164/4) است مشاهده شد. حداقل fst (025/0) بین نمونه های بندر دیر با نمونه های بندر بوشهر که دارای بیشترین میزان جریان ژنی (818/9) است مشاهده گردید. میزان rst بر اساس آزمون amova برای پارامتر rst بیشترین میزان rst میان جمعیت دیر و چوئبده برابر با032/0 بود و میزان جریان ژنی محاسبه شده نیز برای این دو جمعیت برابر با287/13بدست آمد (01/0 > p). بیشترین فاصله ژنتیکی (163/0) و کمترین شباهت ژنتیکی (850/0) میان نمونه های مناطق دیر و چوئبده وجود دارد. همچنین کمترین فاصله ژنتیکی (088/0) و بیشترین شباهت ژنتیکی (915/0) میان نمونه های مناطق دیر و بوشهر وجود دارد که با فاصله جغرافیایی، کاملاً هماهنگی دارد. نتایج حاکی از آن است که احتمالاً یک جمعیت شیر ماهی در خلیج فارس وجود دارد و یک مدیریت یکپارچه ژنتیکی و منطقه ای برای استفاده پایدار از این منبع با ارزش لازم و ضروری است.

تنوع ژنتیکی هامور معمولی، epinephelus coioides (hamilton, 1822)، که عمده پراکنش آن از آبسنگ های مرجانی غرب اقیانوس هند تا غرب اقیانوس آرام می باشد، در خلیج فارس از نظر 6 جایگاه میکروستلایتی پلی مورف مورد بررسی قرار گرفت. 5-3 گرم از بافت نرمِ هر کدام از 120 نمونه صید شده (هر ایستگاه 30 نمونه) تهیه گردید. نمونه های تهیه شده از 4 ایستگاه (خوزستان، بوشهر، دیر و بندرعباس) در اتانول خالص (96 درصد) فیکس شده، به آزمایشگاه انتقال یافت. نمونه برداری طی ماه های خرداد و تیر 1389 صورت گرفت. استخراج dna با استفاده از روش استاندارد استات آمونیوم انجام و کمیت و کیفیت آن با روش های اسپکتروفتومتری و الکتروفورز بر روی ژل آگارز 1 درصد بررسی شد. قطعات dna با استفاده از 6 آغازگر میکروستلایت در دستگاه pcr تکثیر شد. جهت جداسازی آلل ها، قطعات dna بر روی ژل پلی اکریلامید رانده شده، رنگ آمیزی با کمک نیترات نقره صورت گرفت. مطابق نتایج بدست آمده، میانگین تعداد آلل های واقعی برای تمامی لوکوس ها در هر جمعیت بین 667/4 (خوزستان) و 333/6 (بندرعباس) متغیر بود. بررسی های آماری نشان داد میانگین پارامترهای ژنتیکی شامل آلل های واقعی و موثر برای تمامی لوکوس ها و جمعیت ها ، به ترتیب 458/5 و 793/3، همچنین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و قابل انتظار به ترتیب 500/0 و 649/0 می باشد. بررسی ها نشان داد تمامی جمعیت ها در تمامی لوکوس ها (به استثنای جمعیت خوزستان در لوکوس em-10) احتمالاً به دلیل هموزیگوسیتی بالا و یا جمعیت موثر کوچک، خارج از تعادل هاردی-واینبرگ هستند (05/0>p). آزمون amova بیشترین میزان fst، (086/0) و کمترین میزان جریان ژنی (652/2=nm) را بین دو جمعیت خوزستان و بوشهر، کمترین میزان fst، (034/0) و بیشرین میزان جریان ژنی (070/7=nm) را بین دو جمعیت دیر و بندرعباس نشان داد. نتایج بدست آمده، بیشترین فاصله (226/0) و کمترین شباهت ژنتیکی (798/0) را بر اساس معیار nei بین دو جمعیت خوزستان و بوشهر و کمترین فاصله (105/0) و بیشترین شباهت (900/0) را بین دو جمعیت دیر و بندرعباس نشان داد. بر اساس نتایج بدست آمده، جمعیت خوزستان جدایی نسبی را در قیاس با سایر جمعیت های مورد مطالعه نشان می دهد، بنابر این اعمال مدیریت شیلاتی جداگانه توصیه می شود. در نهایت نتایج نشان داد تمایز تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای میان مناطق و جمعیت های مطالعه شده وجود ندارد (8 درصد) و بیشترین تمایز تنوع ژنتیکی مربوط به تمایزات درون جمعیتی است (92 درصد).

از بررسی تنوع ژنتیکی در گیاهان با استفاده از روش های مولکولی می توان به مقدار تنوع در جمعیت های گیاهی پی برد. جنگل های مانگرو یکی از مهمترین اکوسیستم های جذر و مدی در مناطق ساحلی نواحی گرمسیری و نیمه گرمسیری می باشند. فهم الگو های پراکنش ژنتیکی جوامع مانگرو برای برنامه های حفاظت و طرح های احیا و جنگل کاری بسیار مورد نیاز می باشد. با توجه به اهمیت بیولوژیکی و اکولوژیکی اکوسیستم جنگل های حرا در منطقه خلیج فارس لزوم انجام مطالعات گسترده، متنوع و دقیق در جهت حفاظت از این منابع ارزشمند و حیاتی ضروری می نماید. در این پژوهش سعی شده است با بررسی مولکولی تنوع ژنتیکی در جمعیت های حرا, avicennia marina امکان مدیریت بهتر این اجتماعات گیاهی را جهت حفظ تنوع ژنتیکی آنها فراهم نماید. برای این منظور از نشانگرهای میکروستلایت استفاده گردید. 4 جمعیت مورد مطالعه شامل ( قشم، خمیر، تیاب و جاسک ) به کمک 5 جفت نشانگر ریزماهواره سطوح مختلفی از پلی مورفیسم را نشان دادند که حاکی از متفاوت بودن این جمعیت ها از یکدیگر بود. بر اساس نتایج حاصله نمونه های مربوط به بندر خمیر دارای بیشترین هتروزیگوسیتی بودند. تعداد کل آلل های هر جمعیت برای تمامی جایگاه ها بین 20 تا 23 آلل بود. هتروزیگوسیتی مشاهده شده بین 782/0 تا 960/0 با متوسط 864/0 برای هر جمعیت محاسبه گردید. فاصله ژنتیکی جمعیت های مختلف نیز محاسبه گردید که بر این اساس بیشترین فاصله میان جمعیت های خمیر و تیاب (482/0) و بیشترین نزدیکی بین جمعیت قشم و خمیر (827/0) مشاهده شد. بر اساس نتایج میزان جریان ژنی در بین جمعیت ها با توجه به موقعیت قرارگیری آنها نسبت به هم بسیار بالا بود و این امر سبب شده است که بیشتر تفاوت ژنتیکی مربوط به درون جمعیت ها باشد و نه بین جمعیت ها. بر اساس مقایسه های صورت گرفته با گزارشات سایر محققین جمعیت های مختلف حرای ایران avicennia marina علی رغم قرارگیری در حاشیه منطقه رویش مانگرو ها در جهان از تنوع ژنتیکی خوبی را نشان دادند و این امر لزوم حراست و حفاظت بیشتر از این ذخایر ارزشمند ژنتیکی را نمایان می سازد. اجرای برنامه های مانند تهیه کلکسیون بذور و نگهداری dna گونه ها و زیر گونه های موجود در سواحل ایران می تواند اقدامی پیشگیرانه برای حفاظت از تنوع ژنتیکی موجود در این جوامع محسوب شود.

به منظور مطالعه ژنتیکی جمعیت های خیار دریاییholothuria atra در مناطق بستانه و خلیج نایبند با استفاده از روش مولکولی rapd، تعداد 60 نمونه خیار دریایی از گونه غالب موجود در منطقه (holothuria atra ) جمع آوری شد. مقداری از بافت ماهیچه جدا و پس از فیکس کردن در الکل اتانول 96 درصد به آزمایشگاه بیوتکنولوژی در دانشگاه علوم و فنون دریایی منتقل شد. dna ژنومی نمونه ها به روش استات آمونیوم استخراج گردید و کمیت و کیفیت dna استخراجی با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد و رنگ آمیزی توسط اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرار گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) با استفاده از 9 پرایمر rapd صورت گرفت. محصولات تکثیر شده با استفاده از ژل پلی اکریل آمید 6% الکتروفورز و با نیترات نقره رنگ آمیزی شدند. و با استفاده از نرم افزار ژنتیکی genealex و popgene مقادیر مربوط به تنوع ژنتیکی، شاخص شانون، میزان شباهت، فاصله ژنتیکی بر اساس nei’s (1972, 1978)، جریان ژنی و تنوع ژنتیکی بر اساس تست amova در سطح خطای 01/0 مورد محاسبه قرار گرفت. نتایج بدست آمده از این بررسی نشان داد که تعداد کل باند های تولید شده 95 باند می باشد که دامنه تعداد باندها بین 6 تا 15 باند با میانگین 5/10 باند برای هر پرایمر بدست آمد. درصد باندهای پلی مورفیسمی محاسبه شده در جمعیت بستانه 53/70% بود در حالی که درصد باندهای پلی مورفیسم در منطقه نایبند 00/80 % بدست آمد. میانگین باندهای پلی مورفیسم در دو جمعیت 26/75 % می باشد. بر اساس داد های فراوانی اللی، مجموعا 17 الل اختصاصی یافت شد که 5 تا از آن در نمونه های منطقه بستانه و 12 تا از آن در منطقه نایبند مشاهده شد. نتایج نشان داد که میانگین تنوع ژنتیکی در جمعیت بستانه 187/0 با انحراف معیار 018/0 می باشد در حالی که میانگین میزان تنوع ژنتیکی در منطقه نایبند 275/0 با انحراف معیار 018/0 بدست آمد. با استفاده از نرم افزار popgene میانگین شاخص اطلاعات شانون برای جمعیت بستانه و نایبند محاسبه شد که به ترتیب 3406/0 و 4187/0 بود در حالی که میانگین شاخص شانون محاسبه شده برای این دو جمعیت برابر با 4550/0 بود. طی این بررسی میانگین میزانgst بدست آمده در 44 نمونه برابر با 1693/0 و میانگین جریان ژنی برابر با 4538/2 بود. ماتریس فواصل و شباهت ژنتیکی با استفاده از معیار فاصله ژنتیکی (1972) nei و بوسیله نرم افزارgene alex محاسبه شد که بر اساس این مشاهدات میزان شباهت ژنتیکی بین دو جمعیت 825/0 و میزان تفاوت ژنتیکی بین این دو منطقه 192/0 می باشد. بر اساس تست amova و در سطح احتمال خطای 01/0 میزان تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و در داخل جمعیت ها مورد بررسی قرار گرفت که میزان تنوع و اختلاف ژنتیکی در سطح معنی داری 01/0 بین دو جمعیت بستانه و نایبند برابر با 28% و میزان تنوع و اختلاف در داخل جمعیتها در سطح معنی داری01 /0 برابر با 72 % بود. نتایج نتایج این بررسی نشان داد که دو جمعیت مورد بررسی از هم جدا می باشند و در واقع دو جمعیت مجزا می باشند و متعلق به دو کلاستر می باشند.