نام پژوهشگر: سیروس زینلی

بررسی مولکولی آسیب در کانال یونی سدیم دربیماران مبتلا به انواع نامشخص حملات صرع ژنرالیزه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری - دانشکده پزشکی 1389
  احمد ابراهیمی   سیروس زینلی

تشنج عارضه شایعی است که بدلیل اختلال در مسیر انتقال پیام در سلول های عصبی یا نرون های مغزی رخ داده وعلل گسترده ای برای آن متصور است. ادامه حملات تشنجی منجر به بیماری صرع گردیده که شیوعی بین 1-3 درصد در جوامع مختلف دارد. گروهی از حملات صرعی بدون دلیل مشخص به دنبال تب یا بدون تب رخ داده، پیشرونده هستند و به درمان داروئی پاسخ نشان نمی دهند. علت نامشخص،تنوع در شدت و نوع بالینی، عوارض و پیامدهای شدید ناشی از عدم کنترل بیماری و نیاز به تشخیص سریع، دقیق و کاربردی در حملات صرعی ما را بر آن داشت تا با بررسی شایع ترین علل ژنتیکی ضمن ارائه تشخیص دقیق و سریع، راهی مطمئن برای ارائه به متخصصین بالینی جهت انتخاب یا اصلاح پروتکل درمانی پیشنهاد کنیم. مواد و روش کار: از بین صدها پرونده مربوط به بیماران مبتلا به حملات صرعی براساس پروتکل پیشنهادی انجمن علمی مبارزه علیه صرع (ilae) و انجام مشاوره ژنتیک، تعداد 34 خانواده انتخاب و با هدف بررسی علل ژنتیکی حملات صرع ایدیوپاتیک، تمامی نواحی دو ژن scn1a و scn1b مورد بررسی مولکولی قرار گرفتند. نمونه خون از بیماران تهیه گردیده، dna مربوطه استخراج و در ابتدا با استفاده از روش mlpa جهت تغییرات ساختاری بزرگ نظیرحذف و اضافه و نیز تغییرات شایع طراحی شده مورد بررسی قرار گرفتند. در مرحله بعد تمام نواحی هر دو ژن بااستفاده از پرایمرهای اینترونی تکثیرو با روش توالی یابی مستقیم بررسی گردیدند. نتایج حاصل با روش های بیوانفورماتیکی و آماری آنالیز گردیدند.نتایج: بررسی نمونه ها وجود تغییرات ساختاری بزرگ را در دو ژن scn1bو scn1a تائید نکرد، اما بررسی توالی یابی در ژن scn1a چهار جهش شامل دو جهش جدید() و دو جهش گزارش شده() ، ناحیه تکراری پشت سرهم و تغییر پلی مورفیک را مشخص نمود. در عین حال بررسی ژن scn1b نیز وجود دو تغییر اگزونی جدید()، توالی تکراری پشت سرهم، و تغییر پلی مورفیک را مشخص نمود. نتیجه گیری: غربال مولکولی حملات صرعی ایدیوپاتیک ضمن کمک به تشخیص سریع، دقیق و کارآمد می تواند راهگشای خانواده و افراد در معرض خطر بویژه کودکان باشد. تشخیص زودرس می تواند ضمن ارائه راهکار درمانی مناسب و به موقع جلو عوارض بالینی بعدی را گرفته و پیشرفت علائم را پیش بینی نماید. واژه های کلیدی : صرع،جهش های ژنتیکی، کانالهای یونی سدیم، scn1a, scn1b, smei, mlpa

بررسی ژن های شایع عامل ناشنوایی اتوزوم مغلوب از طریق str های پیوسته به لوکوس های dfnb1, dfnb4, dfnb9
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1389
  عاطفه شیرکوند   سیروس زینلی

زمینه و هدف: ناشنوایی شایع ترین نقص حسی عصبی در انسان است. جهش در دو ژن gjb2 و gjb6، عامل 50 درصد موارد ناشنوایی غیر سندرومی اتوزوم مغلوب (arnshl) می باشد. ناشنوایی یک اختلال ناهمگن است که به دو دسته سندرومی (30%) و غیرسندرومی (70%) تقسیم می شود و تقریباً 80% ناشنوایی غیرسندرومی به صورت اتوزوم مغلوب است. باید توجه داشت که میزان ازدواج فامیلی در جمعیت ایران بسیار بالا است. هدف اصلی این مطالعه یافتن سهم درگیری 3 لکوس ناشنوایی اتوزوم مغلوب (dfnb1, dfnb4, dfnb9) در 50 خانواده ایرانی بود. مواد و روش ها: در این مطالعه 50 خانواده ایرانی با ناشنوایی غیرسندرومی اتوزوم مغلوب مورد بررسی قرار گرفتند. ابتدا، جهش های ژن gjb2 با استفاده از روش تعیین توالی در این خانواده ها بررسی شد. بیمارانی که برای جهش های ژن gjb2 هموزیگوت بودند کنار گذاشته شدند و افرادی که دارای جهش در ژن gjb2 به صورت هتروزیگوت با جهش دوم نامشخص بودند به منظور بررسی سه حذف بزرگ ژن gjb6 با استفاده از روش real time pcr مورد مطالعه قرار گرفتند. در ادامه خانواده های هتروزیگوت برای جهش gjb2 با جهش دوم نامشخص و خانواده هایی که هیچ گونه جهشی در ژن gjb2 نداشتند به منظور آنالیز پیوستگی به سه لکوس (dfnb1, dfnb4, dfnb9) با استفاده از str ها مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: در این مطالعه، در 11 خانواده (22%) جهش در ژن کانکسین 26 مشاهده شد. در جمعیت مورد مطالعه، شایع ترین جهش 35delgبود (3/36%). جهش های دیگر ژن gjb2 عبارت بودند از: r184q،e110d ،v84a ،dele120 ،w24x ،v37i . هیچکدام از سه حذف شایع در افراد هتروزیگوت جهش ژن gjb2 مشاهده نشد. 39 خانواده برای بررسی str لکوس های (dfnb1, dfnb4, dfnb9) تعیین ژنوتیپ شدند و هیچ یک از خانواده ها به این سه لکوس پیوستگی نشان ندادند. نتیجه گیری: فراوانی پایین جهش در ژن gjb2 و عدم پیوستگی خانواده های مورد بررسی به این سه لکوس در این جمعیت، گویای این واقعیت است که ژنهای دیگری در بروز ناشنوایی غیر سندرومی در کشورمان نقش دارند.

هدف گیری ژن بتا گلوبین رده سلولی cos-7 بوسیله حامل لنتی ویروسی به روش نوترکیبی همسان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  داود نوری اینانلو   سیروس زینلی

ژن درمانی با استفاده از روش هدف گیری ژنی (gene targeting) یکی از بهترین روشهای درمان نقائص ژنتیکی نظیر بتا تالاسمی می باشد. بیماری بتا تالاسمی در اثر کاهش یا فقدان سنتز زنجیره بتا گلوبین به وجود می آید. یکی از روشهای درمان موثر برای این بیماری ژن درمانی توسط حامل های لنتی ویروسی می باشد. ظرفیت حامل های لنتی ویروس حدود 10 کیلو باز است. هدف از این تحقیق طراحی و ساخت حامل لنتی ویروس های نوترکیب فاقد عملکرد اینتگراز و حاوی سازه ژنی مناسب برای هدف گیری ژن بتا گلوبین با روش نوترکیبی همسان به منظور ژن درمانی بتا تالاسمی می باشد. آغازگرهای اختصاصی جهت تکثیر قطعات ژنی tk, ushbg, hyg, hbg, neo و dshbg با نرم افزار gene runner طراحی شد. پس از تکثیر قطعات با pcr و برش آنزیمی، این قطعات با استفاده از روش های کلونینگ در حامل های ptz57rt، plgt و plenti-dest به ترتیب کلون و کلون مجدد شدند. صحت کلونینگ قطعات فوق الذکر با استفاده از روش های تائیدی برش آنزیمی و pcr بررسی شد. با روش جهش زائی هدفمند و بهره گیری از روش overlap extension pcr جهشی در ناحیه کاتالیتیک ژن اینتگراز (d64v) ایجاد کرده و جایگزین قطعه طبیعی در پلاسمید plp1 شد. طی انتقال همزمان پلاسمید نهائی به همراه سه پلاسمید کمکی plp1 (طبیعی و نوترکیب)، plp2 و plp/vsv-g با لیپوفکتامین 2000 به درون رده سلولی 293t، لنتی ویروسهای نوترکیب حاوی سازه ژنی مورد نظر تولید شد. تیتر ویروسهای نوترکیب (اینتگراز جهش یافته) در رده سلولی cos-7 با استفاده از real-time pcr بدست آمد. تیتر لنتی ویروسهای اینتگراز جهش یافته پائین تر از اینتگراز طبیعی بود. سلولهای cos-7 با ویروس نوترکیب تراریخت شده و پس از سه هفته غربال آنتی بیوتیکی (هیگرومایسین b، g-418 و گان سیکلوویر) سلولهای cos-7 تراریخت باقی ماندند. dna کلونی های باقی مانده استخراج و با روش pcr انجام نوترکیبی همسان تائید شد. لنتی ویروسها یکی از مناسبترین سیستم ها برای انتقال سازه ژنی به سلولهای هدف در حال تقسیم و فاقد تقسیم مانند سلولهای بنیادی با هدف ژن درمانی بیماریهای خونی نظیر بتا تالاسمی می باشند. استفاده از حامل های لنتی ویروس دارای نقص در عملکرد اینتگراز همراه با نوترکیبی همسان معایب کارائی پائین هدف گیری ژنی و دخول تصادفی ژنوم لنتی ویروس در ژنوم میزبان را برطرف می کند.

بررسی مولکولی عقب ماندگی های ذهنی اتوزوم سندرمیک،غیر محیطی و غیر تک ژنی با استفاده از روش mlpa
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1390
  طاهره پورمصطفایی   سیروس زینلی

مقدمه: عقب ماندگی ذهنی یک چالش بزرگ برای جومع بشری است که تخمین زده میشود که حدود 1 – 3% از جامعه انسانی دچار آن باشند. عقب ماندگی های ذهنی به دو صورت سندرمیک و غیر سندرمیک وجود دارند که در نوع سندرمیک علاوه بر ناهنجاریهای ذهنی با دیگر علائم فیزیکی و رفتاری نیز همراه میباشند. اختلالات ژنتیکی متفاوتی از جمله اختلالات کروموزومی، اختلالات تک ژنی و یا چند ژنی در ایجاد عقب ماندگی ذهنی دخیل هستند. ریز حذف های کروموزومی و بازآرایی ناحیه تلومری از عوامل شایع هستند که با کاریوتایپ قابل شناسایی نیستند و نیاز به تکنیک های حساستر مانندmultiplex ligation-dependent probe amplification (mlpa) میباشد. در این مطالعه هدف برسی عقب ماندگی های ذهنی سندرمیک با استفاده از روش mlpa است. مواد و روشها: در این مطالعه 50 خانواده که با معاینه پزشک و پر کردن پرسشنامه دارای علائم سیندرمیک بودند انتخاب شده واز آنها رضایت نامه دریافت شد و سپس از اعضای خانواده و پروباند خونگیری به عمل آمد،در مرحله بعد کاریوتایپ برای پروباند انجام شد و بعد برای افرادی که کاریوتایپ آنها نرمال گزارش شد از 3 کیت mlpa، p036e1.p070b&p245a2 در غربالگری استفاده شد. نتیجه و بحث: در مطالعه این 50 خانواده در مرحله کاریوتایپ 2 مورد دارای سندرم داون و سندرم x شکننده بودند و از 48 مورد دیگر که برای آنها mlpa انجام گرفت 5 مورد ناهنجاری گزارش شد که عبارتند از: یک مورد سندرم ویلیامز، یک مورد سندرم اسمیت - مگنیس، یک مورد سندرم انجلمن و یک مورد نادر از دوپلیکاسیون ناحیه کروموزومی 4p16.3 و یک ترانسلوکاسیون کروموزوم 8 و 13. خلاصه: یافته های ما در این مطالعه درصد بالای تطابق بین نتایج mlpa و علائم کلینیکال افراد بیمار را نشان میدهد و بنابراین می توان mlpaرا به عنوان اولین روش اسکرینینگ بیماران عقب مانده ذهنی سندرمیک پیشنهاد کرد که روشی سریع و در عین حال مقرون به صرفه از نظر زمان وهزینه است.

تشخیص مولکولی ناشنوایی غیرسندرمی آتوزومی مغلوب در 10 خانواده ایرانی دارای فرد مبتلا با استفاده از مارکرهای میکروستلایت موجود در4 لوکوس ناشنوایی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علم و فرهنگ - دانشکده علوم پایه 1394
  مریم تقوی باسمنج   سیروس زینلی

ناشنوایی یک اختلال ناهمگن حسی¬- عصبی می¬باشد که حدود 1 در هر 1000 تولد را در بر¬می-گیرد. به دو دسته سندرومی و غیر¬سندرومی تقسیم می¬شود و80% ناشنوایی غیرسندرومی به صورت آتوزوم مغلوب می¬باشد. میزان ازدواج خویشاوندی در کشور حدود 36/6 درصد می¬باشد که این مسئله می¬تواند بستر مناسبی را برای بروز بیماریهای آتوزوم مغلوب همچون ناشنوایی ایجاد کند. هدف از این مطالعه تشخیص مولکولی ناشنوایی آتوزوم مغلوب در 10 خانواده ایرانی با استفاده از strهای موجود در لوکوس¬های dfnb3، dfnb4، dfnb42 و dfnb53 و نیز بررسی جهش-های ژن gjb2 واقع در لوکوس dfnb1می¬باشد. مواد و روش¬ها: در این مطالعه 13 خانواده دارای ناشنوایی غیر¬سندرومی آتوزوم مغلوب مورد بررسی قرار گرفتند. در ابتدا بررسی جهش¬های ژن gjb2 از طریق تعیین توالی انجام گرفت. سپس بیمارانی که واجد جهش به صورت هموزیگوت بودند، کنار گذاشته شدند. در نهایت افراد دارای جهش هتروزیگوت و یا فاقد آن بودند توسط روش نقشه¬کشی اتوزیگوسیتی در لوکوس¬های ¬-dfnb3، dfnb4، dfnb42 و dfnb53 از طریق مارکرهای str مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: در این مطالعه در 3 خانواده، ناشنوایی وابسته به ژن gjb2 بود و در یک خانواده نیز جهش در این ژن به صورت هترزیگوت مشاهده گردید. جهش¬های بدست آمده در خانواده¬¬ها عبارت¬ بودند از: ¬35delg¬،ivsi-i ، r184q وt8m . در یک خانواد نیز ارتباط با لوکوس dfnb42 پیدا شد. بحث و نتیجه¬گیری: با توجه به ارتباط بین لوکوس dfnb42 و ناشنوایی آتوزوم مغلوب در یک خانواده¬، این مسئله حاکی از سهم این لوکوس در جمعیت ایرانی می¬باشد که باید مورد بررسی قرار گیرد. با توجه به هتروزیگوسیتی بالای برخی از مارکرها می¬توان از آنها در تست¬های تعیین هویت و آنالیز پیوستگی استفاده نمود. همچنین مارکرهای انتخاب شده توسط برنامه map¬viewer قابل اعتمادتر از دو نرم افزار دیگر بوده و شاخص¬های آن با هتروزیگوسیتی مشاهده شده در این بررسی مطابقت بیشتری دارند.

بررسی مولکولی ژنهای دخیل در بیماران مبتلا به سندروم گلانزمن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  فاطمه ظفرقندی مطلق   سیروس زینلی

بیماری گلانزمن (gt) یک سندروم خونریزی دهنده ی نادر با الگوی توارث اتوزومال مغلوب است که به دلیل فقدان تجمع پلاکت ایجاد می شود. اساس مولکولی این بیماری نقص در پروتئین کمپلکس ?iib?3 integrin می باشد که توسط ژنهای itga2b و itgb3 کدگذاری می شود. این ژنها بر روی نواحی 17q21.31 و17q21.32 واقع اند. شیوع این بیماری نادر در برخی جمعیت ها مانند عراق، اردن، ایران، فلسطین، هند و کولی های فرانسه به دلیل فراوانی ازدواجهای خویشاوندی، بیشتر است. جهش های متنوعی (بیش از 150 جهش مختلف) در این دو ژن گزارش شده است. جهش های نقطه ای، حذف، اضافه شدگی و با شیوع کمتر حذفهای بزرگ از جمله انواع جهش های مسبب ایجاد این بیماری می باشند. در مطالعه ی حاضر با استفاده از روش تعیین توالی مستقیم و روش long pcr وجود جهش نقطه ای و یا حذف در افراد معرفی شده با شک به بیماری گلانزمن، بررسی شد. در بررسی 10 بیمار غیر خویشاوند به روش تعیین توالی مستقیم دو ژن itgb3 و itga2b، 9 جهش c.2t>c،c.2301 +9 c>t ، c.1657-1659delctc،c.405dela ،c.1305 g>t، c.156 g>t، c.540 g>a،c.1902delt و c.409-3 c>g مشخص گردید و نیز با روش long pcr یک حذف در اگزون 2 و 3 ژن itga2b به صورت هموزیگوت دیده شد. از میان جهش های شناسایی شده، 3 جهش c.1657-1659delctc، c.2t>c، c.1305 g>t و حذف c.189-317-c.240del367nt گزارش نشده بودند که بیماریزا بودن آنها با بررسی اعضای خانواده و روشهای بیوانفورماتیک به تایید رسید. با توجه به اینکه نوع جهش دو ژن درگیر در این بیماری و فراوانی آن در بین بیماران ایرانی تاکنون مورد بررسی قرار نگرفته است، و با توجه به نیاز مفرط جامعه ی پزشکی جهت ارتقاء روشهای تشخیص، شناسایی و پیشگیری از تولد نوزادان مبتلا به این بیماری در کشورمان، بررسی مولکولی افراد مبتلا و اعضای خانواده شان به عنوان امری ضروری مورد توجه می باشد.

بررسی ارتباط کاهش میزان hdl-c با مناطق کروموزومی 8(q22.1-q24.3), 11(q23.3-q25), 12(q13.12-q15), 16(q23.3-q24.3) در خانواده بیماران مبتلا به سندرم متابولیک
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری - دانشکده پزشکی 1388
  مریم السادات دانشپور   فریدون عزیزی

مقدمه: سندرم متابولیک یک فنوتیپ مرکب است که 32 درصد از افراد ایرانی به آن مبتلا می باشند. این بیماری با افزایش ریسک ابتلا به بیماری های قلبی- عروقی همراه می باشد. فراوانترین فنوتیپ این بیماری کاهش میزان hdl-c می باشد. برای شناسایی دلیل کاهشhdl-c نیاز به شناسایی ژنهای اثر گذار بر متابولیسم آن می باشد . مواد و روش ها: در مطالعه حاضر 107 خانواده با الگوی سندرم متابولیک و کاهش میزان hdl-c جهت بررسی نواحی کروموزومی 8(q22.1-q24.3), 11(q23.3-q25), 12(q13.12-q15), 16(q23.3-q24.3) انتخاب گردیده اند. 12 میکروستلایت جهت بررسی این مناطق با روش fragment analysis بررسی شدند. یافته ها: مقایسه فراوانی اللی این مارکر ها با بانک اطلاعاتی فراوانی اللی نشان داد که الل های جدیدی در جمعیت ایرانی وجود دارد. در مارکر d8s1132 در این جمعیت برای اولین بار مشاهده گردیدند. همین عامل باعث شد که این مارکر بیشترین هتروزیگوسیتی را نشان دهد. نتایج آزمون fbat و لینکاژ نشان داد که در ناحیه 8q23 6 خانواده با این ناحیه ارتباط دارند که 4تای آن با مدل dominant و دوتای آن با مدل recessive ، این ارتباط را نشان داده اند. بیشترین میزان نمره لود در این خانواده ها در خانواده 11004 با مدل dominant است، که یک خانواده 8 نفری هستند و 5 نفر آنها الگوی کاهش hdl را دارند. مادر بزرگ خانواده الگوی سندرم متابولیک را نیز دارد و در مارکر d8s1132 الل 1 در هر پنج فرد مبتلا وجود دارد. نمره لود محاسبه شده برای این خانواده 08/1 می باشد که در ناحیه 119.22 مارشفیلد کروموزومی قرار دارد. این مارکر در محاسبه نمره لود تجمعی میزان نمره لود بیشتری از 5/1 نشان می دهد. همین مارکر در خانواده 33218 که اعضای آنها 6 نفر هستند و دو نفر دچار کاهش hdl و مادر خانواده دچار الگوی سندرم متابولیک است، با نمره لود 64/0 ارتباط نشان می دهد. مارکر d8s1779 در دو خانواده با مدل dominant و مارکر d8s514 در یک خانواده با مدل recessive و مارکر دیگر در ناحیه 9/161 با نمره لود 85/0 و مدل recessive ارتباط نشان می دهد. بحث و نتیجه گیری: نتایج این مطالعه شواهدی از ارتباط بعضی از نواحی کروموزومی با کاهش میزان hdl-c را نشان داد. ارتباط حضور بیشتر الل کوتاه در مارکر d8s1779 و همچنین حضور کمتر الل متوسط در مارکر d8s514 در افراد دچار سندرم متابولیک میتواند نشانگر ارتباط تغییراتی در این ناحیه کروموزوم 8 باشد. از میان 12 میکروستلایت بررسی شده، 10 تای آن در 16 خانواده ارتباط نشان دادند. محاسبه نمره لود تجمعی نتایج حاصل از آزمون fbat و لینکاژ را تایید نمود. بررسی عمیق تر این نواحی بر روی خانواده های انتخاب شده نتایج روشنی از ناحیه دقیق تر ارتباط بدست خواهد داد.