زمانبندی را می توان در همه ی جنب? های زندگی نظیر کار، تعلیم و تربیت، نقل و انتقالات و سرگرمی مشاهده کرد. در واقع، تصور ‏کردن جوامع مدرن و سازماندهی شده بدون بهره گیری از زمانبندی سخت و مشکل خواهد بود. از طرف دیگر ورود کامپیوترها به ‏زندگی انسان باعث بالا رفتن سرعت وتسهیل در انجام کارها در اکثر زمینه های زندگی شده است. از جمله ی این کارها زمانبندی ‏و برنامه ریزی در اموری می باشد که با تعداد زیادی محدودیت برای بهینه سازی مواجه می باشند. به عنوان مثال برنامه ریزی درسی ‏که در اوایل هر نیمسال در دانشکده های یک دانشگاه انجام می شود از این جمله می باشد. انجام این کار به صورت دستی زمان بر و ‏جدول زمانبندی حاصل شده ممکن است که بهینه نباشد. یکی از مشکلات مهم در این مسأله تنوع محدودیت ها است که باعث می ‏شود برنامه ریزی در دانشکده های مختلف به گونه های متفاوتی انجام شود. کارهای زیادی برای حل این مسأله انجام شده، که اکثر ‏آنها از روش های فرامکاشفه ای(‏metaheuristic‏) بهره برده اند. در این پایان نامه یک روش مبتنی بر ترکیب الگوریتم ‏ممتیک(‏memetic algorithm‏) بهبود یافته و الگوریتم سردشدن شبیه سازی شده(‏simulated annealing‏) ارائه می شود. منظور از ‏بهبود در الگوریتم ممتیک، ایجاد جمعیت اولیه به شکل مکاشفه ای(‏heuristic‏) و همچنین تغییر عملگر تقاطع (‏crossover‏) در این ‏الگوریتم می باشد. عملگر تقاطع جدید با نام عملگر تقاطع حریصانه معروف می باشد. همچنین یک عملگر به نام ‏improvement‏ ‏جهت بهبود کروموزوم های تولید شده و کاهش تعداد نقض محدودیت ها طراحی شده است. استفاده از الگوریتم سردشدن شبیه ‏سازی شده باعث افزایش توانایی بهره برداری(‏exploiting‏) الگوریتم ممتیک خواهد شد. نتایج به دست آمده از انجام این روش بر ‏روی داده های استاندارد در مقایسه با برخی روش های جدید، کارآمدی این روش را نشان می دهند. این روش علاوه بر داده های ‏استاندارد بر روی داده های دانشکده برق و کامپیوتر نیز اعمال شده است. ترکیب های متفاوتی از الگوریتم ژنتیک(‏genetic ‎algorithm‏) و الگوریتم ممتیک با عملگرهای مطرح شده در این پایان نامه برای بررسی کارآیی الگوریتم پیشنهادی ارائه شده ‏است. نتایج به دست آمده از این مقایسه برتری روش پیشنهادی را نسبت به سایر روش های ترکیبی مطرح شده نشان می دهد.‏

در این پایان نامه، سه مسئله نزدیکترین رشته، دورترین رشته، و دور از بیشترین رشته مورد بررسی قرار می گیرند. این مسائل، در گروه مسائل رشته مورد توافق در حوزه بیوانفورماتیک دسته بندی می شوند. کاربرد اصلی این مسائل در بیوانفورماتیک در تولید دارو، به ویژه داروهای آنتی بیوتیک و ضد حساسیت، یافتن نقطه اثر داروها، و یافتن کاوشگر برای طراحی داروهای جدید می باشد. مسئله نزدیکترین رشته دارای کاربردهایی در نظریه کدینگ نیز می باشد. الگوریتم های مختلفی برای این مسائل ارائه شده اند. از آنجا که این مسائل به گروه مسائل np-سخت تعلق دارند و الگوریتم های ارائه شده برای این مسائل دارای پیچیدگی زمانی بالایی هستند، الگوریتمی که قادر به دستیابی به پاسخ دقیق آنها در زمان چندجمله ای باشد ارائه نشده است. الگوریتم های حل دقیق این مسائل همگی دارای زمان نمایی هستند. بنابراین، محققین برای ارائه الگوریتم هایی که قادر به دستیابی به پاسخ های نزدیک به بهینه در زمان قابل قبول باشند تلاش کرده اند. دو روش عمده برای یافتن راه حل های تقریبی برای مسائل پیچیده وجود دارد: تخمین و روش های مکاشفه ای. الگوریتم های تخمین، تضمینی از حد بالای خطای ممکن در پاسخ حاصل، ارائه می دهند و الگوریتم های مکاشفه ای، فاقد چنین تضمینی هستند. در عمل نشان داده شده است که الگوریتم های مکاشفه ای، علیرغم عدم ارائه حد بالای خطا در پاسخ، بهتر از الگوریتم های تخمین عمل می کنند. در این تحقیق، دو الگوریتم مکاشفه ای ممتیک و گرسپ، برای حل هر یک از مسائل ذکر شده، ارائه می شود. الگوریتم ممتیک، الگوریتمی است که با افزودن جستجوی محلی به الگوریتم های تکاملی سعی در بهبود عملکرد این الگوریتم ها دارد. الگوریتم های تکاملی نظیر ژنتیک به علت دانش محلی اندکی که دارند، ممکن است قادر به دستیابی به برخی پاسخهای خوب در نزدیکی پاسخهای موجود نباشند. افزودن جستجوی محلی، قابلیت دستیابی به این پاسخها را در الگوریتم ایجاد می کند. دومین روش مکاشفه ای ارائه شده، الگوریتم گرسپ می باشد که با استفاده از تولید اعداد تصادفی طی روند تولید پاسخ به روش حریصانه، با ایجاد تنوع در پاسخ های حاصل، احتمال دستیابی به پاسخ بهینه را افزایش می دهد. نتایج به دست آمده از اجرای این دو الگوریتم روی مسائل نزدیکترین رشته و مسئله دور از بیشترین رشته های ممکن با آخرین الگوریتم های مکاشفه ای ارائه شده برای حل این دو مسئله مقایسه شده و نشان داده شده است که الگوریتم های پیشنهادی برتری قابل توجهی نسبت به آنها دارند. برای حل مسئله دورترین رشته تا کنون الگوریتم مکاشفه ای مستقلی ارائه نشده است و دو الگوریتم ارائه شده در این پایان نامه اولین روش های مکاشفه ای پیشنهاد شده برای حل این مسئله می باشند. الگوریتم های ممتیک و گرسپ با یکدیگر مقایسه شده و نشان داده شده است که برای مسئله نزدیکترین رشته و مسئله دورترین رشته الگوریتم گرسپ و برای مسئله دور از بیشترین رشته، الگوریتم ممتیک به پاسخهای بهتری دست پیدا می کند. در هر سه مسئله، الگوریتم گرسپ زمان اجرای کمتری دارد.

مسئله کوتاه ترین ابرتوالی مشترک (scs) از مسائل مهم بهینه سازی ترکیبیاتی است. مجموعه ای از رشته ها به عنوان ورودی به مسئله scs داده می شود و این مسئله به دنبال رشته ای می گردد که ابرتوالی تمام رشته ها بوده و دارای کوتاه ترین طول ممکن باشد. ابرتوالی یک رشته، از درج صفر یا تعداد بیشتری نماد در هر مکان از رشته مورد نظر به دست می آید. این مسئله در زمینه های مختلفی از جمله فشرده سازی داده، بهینه سازی پرسش در پایگاه داده ها، طرح ریزی و زیست اطلاعات کاربرد دارد. یکی از کاربرد های مهم این مسئله در زیست اطلاعات، کاهش زمان، هزینه و خطا در ساخت یکی از انواع ریزآرایه های dna می باشد. ریزآرایه های dna ابزارهای مفیدی هستند که در دسته بندی ژن ها، تشخیص ژن ها، تصویر سازی بیان ژنی و آشکارسازی snp، کاربرد دارند. تا به حال الگوریتم های دقیق برنامه نویسی پویا و شاخه و حد برای حل مسئله scs ارائه شده اند، اما این مسئله هنگامی که تعداد رشته ها بیشتر از 2 باشد یک مسئله np-hard می باشد، بنابراین تاکنون راه حل بهینه ای که در زمان چند جمله ای قابل اجرا باشد برای آن ارائه نشده است و در عمل الگوریتم های دقیق برای نمونه های بزرگ این مسئله قابل اجرا نیستند. به همین دلیل، اکثر الگوریتم های موجود برای حل این مسئله غیر دقیق می باشند، بدین معنی که این الگوریتم ها از شرط بهینگی پاسخ چشم پوشی کرده و سعی می کنند که جوابی نزدیک به بهینه در زمانی معقول به دست آورند. تا به حال الگوریتم های غیردقیق مختلفی از انواع الگوریتم های تقریبی، مکاشفه ای ساده و فرا مکاشفه ای برای مسئله scs ارائه شده اند. الگوریتم های تقریبی الگوریتم هایی هستند که جواب حاصل از آنها نسبت به جواب بهینه از حدی که با نسبت تقریب مشخص می شود، بدتر نمی باشد. الگوریتم های مکاشفه ای نیز، به الگوریتم هایی گفته می شود که بر مبنای یک مکاشفه عمل می کنند. این الگوریتم ها به دو دسته مکاشفه ای ساده و فرامکاشفه ای تقسیم می شوند. برای حل مسئله کوتاه ترین ابرتوالی مشترک تا به حال از الگوریتم های مکاشفه ای ساده و فرامکاشفه ای مختلفی استفاده شده است. تعدادی از این الگوریتم های مکاشفه ای به طور خاص برای رشته های dna طراحی شده اند. در این پایان نامه یک الگوریتم دقیق a* ارائه شده و برای آن توابع مکاشفه ای مختلفی بررسی شده است و در نهایت یک تابع مکاشفه ای ترکیبی ارائه شده که با تخمین حدی دقیق تر، از سایر توابع مکاشفه ای بهتر عمل می کند. در این الگوریتم برای کاهش فضای جستجو و در نتیجه کاهش زمان اجرا از راهبرد شاخه و حد و همچنین ایده هرس غالبانه استفاده شده است. با مقایسه این الگوریتم با دیگر الگوریتم های دقیق موجود، مشخص شد که الگوریتم ارائه شده منجر به کاهش قابل ملاحظه ای در فضای جستجو شده و دارای زمان اجرای بهتری می باشد. همچنین یک الگوریتم مکاشفه ای به همراه یک رویه پس پردازش در این پایان نامه ارائه شده است. این الگوریتم مکاشفه ای یک الگوریتم جستجوی پرتوی محلی است که مکاشفه ای مبتنی بر روابط بازگشتی را به کار گرفته و با استفاده از برنامه نویسی پویا یک آرایه از مقادیر احتمالاتی به صورت برنامه نویسی پویا تولید می کند که برای محاسبه سریع تر مقادیر مکاشفه ای مورد استفاده قرار می گیرد. همچنین این الگوریتم با استفاده از ایده هرس غالبانه فضای جستجو را هرس می کند. این الگوریتم با سه الگوریتم برتر اخیر بر روی رشته های تصادفی و واقعی مقایسه شده و نتایجی بهتر هم از نظر زمان اجرا و هم طول جواب به دست آورده است. رویه پس پردازش ارائه شده را نیز می توان بر روی هر پاسخ غیر بهینه از یک نمونه مسئله scs، اجرا کرد. این رویه با کاهش طول جواب موجود در حلقه ای تکرار شونده، جواب کوتاه تری که همچنان ابرتوالی مشترک رشته های ورودی می باشد، ارائه می کند. نتایج به دست آمده مشخص می کند که این رویه پس پردازش نسبت به رویه پس پردازش موجود، در زمان اجرای یکسان، دارای کیفیت جواب بهتری می باشد.

یک هاپلوتیپ مجموعه ای از چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (اسنیپ ها)، و اسنیپ از معمول ترین تغییرات ساختاری می باشد. از آنجایی که برخی از بیماری های ژنتیکی ناشی از تغییرات در ساختار ژنوم است، بررسی هاپلوتیپ ها مورد توجه بسیاری از محققین قرارگرفته است. بدلیل محدودیت های تکنیکی در بدست آوردن هاپلوتیپ ها، در اغلب موارد به جای هاپلوتیپ ها از ژنوتیپ ها که اطلاعات کمتری را در بر دارند استفاده می شود. لذا مسئله بدست آوردن یک مجموعه هاپلوتیپ از روی ژنوتیپ ها، که استنباط هاپلوتیپ نامیده می شود، از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در صورتی که برای یک مجموعه ژنوتیپ به دنبال یافتن کمترین تعداد هاپلوتیپ مورد نیاز برای توصیف آن مجموعه باشیم مسئله استنباط هاپلوتیپ با دیدگاه صرفه جویی کامل را داریم. نشان داده شده است که مسئله استنباط هاپلوتیپ، در حالت صرفه جویی کامل، یک مسئله np-سخت می باشد. از زمان ارائه اولین الگوریتم توسط کلارک تا کنون روش های متعددی برای حل این مسئله مطرح شده، که به دو دسته الگوریتم های دقیق و غیر دقیق تقسیم می شوند. در حال حاضر بهترین الگوریتم دقیق برای این مسئله استنباط هاپلوتیپ در دیدگاه صرفه جویی کامل الگوریتمships می باشد که مسئله را به تعدادی مسئله ارضای بولین کاهش می دهد. متاسفانه زمان اجرای این الگوریتم، علی رغم بهبودهای صورت گرفته، برای اندازه های بزرگ مسئله زیاد بوده و هنوز روش های افزایش سرعت برای آن مورد نیاز می باشد. در الگوریتم های غیر دقیق نیز الگوریتم collhaps بهترین کارایی را دارد،که یک الگوریتم مکاشفه ای می باشد. اما می توان هنوز کارایی آن را بهبود بخشید. در این پایان نامه دو الگوریتم پیشنهاد شده است. یکی از این الگوریتم ها دقیق و دیگری غیر دقیق می باشد. در حقیقت الگوریتم دقیق ارائه شده بهبودی بر بهترین الگوریتم دقیق موجود می باشد. الگوریتم مکاشفه ای ارائه شده نیز بهبودی بر الگوریتم collhaps می باشد. سپس از الگوریتم مکاشفه ای پیشنهادی به عنوان بخش پیش پردازش در الگوریتم پیشنهادی دقیق ارائه شده استفاده می گردد. کارایی هر کدام از الگوریتم های پیشنهادی توسط آزمایشات متعدد برای روی چندین مجموعه داده تایید می گردد.

موضوع این پژوهش تفسیر تطبیقی روایی سوره های فجر و بلد با محوریت روایات تفاسیر نورالثقلین و درالمنثور است و روش آن کتابخانه ای است. مطالب در شش فصل ارائه شده است. فصل اول، کلیات است که به بیان مسأله، اهمیت و ضرورت آن از جهت نو بودن طرح و نیاز روز جوامع علمی به آن، سوالات اصلی و فرضیات می پردازد. در فصل دوم، ابتدا معنای لغوی واژگان اصلی مورد بررسی قرار می گیرد که در اکثر موارد دیدگاه های مشترکی راجع به لغات، ارائه شده است. سپس آراء مفسران شیعه و سنی مطرح می شود و در پایان به تفسیر روایی این دو سوره با محوریت روایات تفاسیر نورالثقلین و درالمنثور پرداخته شده است. مجموع مباحث در این فصل ما را به این سمت رهنمون می نماید که اکثر محورهای بحث در تفاسیر و روایات شیعه و اهل سنت واحد هستند و تفاوت تفاسیر آن ها بیشتر به اختلاف در مبانی و عقایدشان منتهی می شود. فصل سوم به گونه شناسی روایات دو تفسیر فوق الذکر می پردازد که در آن، نوع این روایات را از جهت این که برای تبیین مفهوم ظاهری کلمات یا مفهوم باطنی و تأویل آن ها یا بیان مصادیق واژه ها و آیات است، مشخص می نماید. فصل چهارم، آسیب شناسی روایات مذکور است که از جهت سند به بررسی آن ها می پردازد و نوع آن ها را از جهت صحیح، موثق، حسن یا ضعیف بودن و همچنین مسند یا مرسل بودن مشخص می نماید. لازم به ذکر است که روایات نورالثقلین از جهت سند و روایات درالمنثور از حیث محتوا مورد بررسی قرار گرفته اند. در نورالثقیلن؛ 15 درصد روایات، صحیح، 5/1 درصد موثق و 5/83 درصد ضعیف هستند. روایات درالمنثور که اکثر آن ها اقوال صحابه هستند نه روایت منقول از معصوم، مرسل بوده و با تکیه بر کتب مصدرشان نقل شده اند. همچنین از لحاظ محتوایی، به جز چند مورد از بیان مصادیق نفس مطمئنه که خلیفه اول یا سوم را مصداق آن دانسته است، روایتی که با قطعیات مذهب شیعه منافات داشته باشد، وجود ندارد. فصل پنجم به نوعی استنباط و استخراج مطالب هدایتی فصول قبل است که در آن آموزه ها و پیام های هدایتی سوره های فجر و بلد تبیین و به سه دسته پیام های اعتقادی، اخلاقی و اجتماعی تقسیم گردیده است. در مجموع دو سوره، 13 پیام اعتقادی، 12 پیام اخلاقی و 10 پیام اجتماعی بیان شده که می توان به صورت نمونه به برخی از آن ها اشاره نمود؛ رصد و دیده بانی همه جانبه و همیشگی خداوند از اعمال و رفتار انسان، عبرت آمیز بودن عاقبت اقوام پیشین که بیانگر عجز و ناتوانی انسان است، حکمت آمیز بودن امتحانات و ابتلائات الهی در همه موقعیتهای زندگی اعم از سختی و راحتی یا فقر و غناء، موثر بودن تمام اعمال انسان در رقم زدن سرنوشت دنیوی و اخروی او. در پایان، در فصل ششم به جمع بندی مباحث و نتیجه های بدست آمده از آن ها و همچنین پیشنهاداتی در جهت زمینه های تحقیق و پژوهش بیشتر در این موضوع خواهیم پرداخت.

چکیده ولایت تکوینی عبارتست از ولایت تصرف در امور تکوینی، همراه با علم به تمام تفاصیل و اسباب آنچه که در آن تصرف کرده، به گونه ای که بدون استفاده از اسباب طبیعی متعارف، حقیقتی را به حقیقت دیگر، یا صورتی را به صورت دیگر تبدیل کند، و اختیار این کارها نیز از این جهات به دست او باشد. ولایت تکوینی، شأنی از شئون اهل بیت (علیهم السلام) است که، در حدود و گستر? آن، اختلاف است، از این رو، بعضی از راویان و محدثانی که روایات حاکی از کرامتهای اهل بیت (علیهم السلام) را نقل می کرده اند، متهم به غلو شده اند. در این تحقیق، به بررسی دامنه این موضوع، در دو منبع، از منابع کهن روایی شیعه، پرداخته شده است. ولایت تکوینی، مظهری از ولایت خداوند، و به اذن او می باشد، از این رو نسبتی با غلو و تفویض وعناوینی از این قبیل ندارد. روایات متواتر با اسانید متعدد، مشتمل بر روایات صحیح و معتبر و...، در دو کتاب اصول کافی و بصائر الدرجات، ولایت کلی? اهل بیت (علیهم السلام) را اثبات می کند، این روایات، بعضی ناظر به دلیل عقلی، و بعضی ناظر به دلیل قرآنی و... می باشند. دانش و بینش اهل بیت (علیهم السلام)، از مهمترین مبادی ولایت تکوینی ایشان است، که مورد توجه ویژ? دو کتاب اصول کافی و بصائر الدرجات، واقع شده است، هر دو کتاب احادیث مربوط به مصادر علم امام (علیه السلام)، مانند: مطالع? جفر و جامعه و مصحف، معاشرت با ملائکه و... را روایت کرده اند. دلائل متعدد روایی در دو کتاب اصول کافی و بصائر الدرجات، عمومیت علم امام و علم غیب ایشان را اثبات می کند. از مقایسه گستر? ولایت تکوینی اهل بیت (علیهم السلام) در این دو کتاب، روشن می شود که، ولایت ایشان حوزه های متعددی را شامل می شود، که مرحوم صفار، روایات مربوط به زنده کردن مردگان، طی الارض، شفای بیماران، و... را به طور گسترده آورده و برای غالب آنها، عنوان باب مستقل قرار داده است، ولی مرحوم کلینی، در اصول کافی، اگر چه از قریب به اتفاق این حوزه ها، روایت نقل کرده، اما برای غالب آنها، عنوان باب مستقل، قرار نداده، و برای هر حوزه ای نیز، روایات کمتری را نسبت به استادشان، مرحوم صفار، نقل کرده است. از مهمترین نقاط افتراق این دو کتاب در بحث ولایت تکوینی، روایاتی است در بصائر با مضمون: دنیا تحت قدرت اهل بیت (علیهم السلام) است و ایشان قدرت دارند که زمام زمین را در دست بگیرند؛ مرحوم کلینی این گونه روایات را نقل نکرده، و آنجا هم که عنوان یکی از ابواب را: "تفویض امور به رسول الله (صلی الله علیه و آله) و ائمه (علیهم السلام)" قرار می دهد، بر خلاف بصائر، آن را مقید به "فی امر الدین" می سازد.

هاپلوتایپ مجموعه ای از چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (اسنیپ ها) موجود در دیانای است و دربردارنده اطلاعات ارزشمند ژنتیکی میباشد. اسنیپها معمول ترین تغییرات ساختاری هستند که در دیانای کد میشوند. با توجه به این که برخی از بیماری های ژنتیکی ناشی از تغییرات در ساختار ژنوم است، اطلاعات موجود در هاپلوتایپها همواره مورد توجه پژوهشگران در زمینههای مختلف علم ژنتیک بوده است. به طوریکه مطالعه هاپلوتایپها و همچنین بازسازی آنها در سالهای اخیر مورد توجه طیف وسیعی از محققین واقع شده است. در این بین بازسازی هاپلوتایپ یک مسئله مطرح در بازسازی کل ژنوم است. از آنجاییکه بازسازی هاپلوتایپها به کمک روشهای الگوریتمی و استفاده از ماتریس اسنیپ نسبت به بدست آوردن مستقیم آنها به کمک تکنولوژیهای فعلی، هم به لحاظ زمانی و هم هزینه مقرون به صرفه است، لذا در بازسازی هاپلوتایپها استفاده از روشهای الگوریتمی توصیه میگردد. همواره توالی های بدست آمده از توالی یاب ها همراه با خطا هستند، که این قضیه ساخت هاپلوتایپ ها را پیچیده می کند. خصوصا رویکرد حداقل تصحیح خطا، که از معروفترین نسخه های این مسئله بوده و ثابت شده که از دسته مسائلnp -سخت است. تعریف رسمی مسئله بازسازی هاپلوتایپ بدین صورت است: با وجود مجموعهای از قطعات ناسازگار که با کمک روشهای توالییابی موجود به دست آمدهاند، خطاهای موجود در دادهها به نحوی یافته و اصلاح گردند که هاپلوتایپهای بدست آمده با قطعههای تصحیح شده حداکثر سازگاری را داشته باشند. از زمان ارائه اولین الگوریتم توسط لانسیا در سال 2001 تا کنون روش های متعددی برای حل این مسئله مطرح شدهاست . این روشها عموما به دو دسته الگوریتم های دقیق و غیر دقیق تقسیم می شوند. از آنجایی که حجم داده های واقعی بسیار بالاست، متاسفانه استفاده از الگوریتم های دقیق در مورد اینگونه داده ها عملی نیست. از این رو استفاده از الگوریتم های مکاشفه ای در مورد این داده ها توصیه می گردد. در حال حاضر بهترین الگوریتم مکاشفه ای موجود hapsat است، که با تبدیل مسئله بازسازی هاپلوتایپ به مسئله حداکثر ارضای بولین، هاپلوتایپهای موردنظر را محاسبه میکند. در این پایان نامه سه الگوریتم مکاشفه ای پیشنهاد شده است؛ که هر یک، به نوعی با تفکیک ستون های هوموزیگوت از هتروزیگوت، در صدد بهبودی بر بهترین الگوریتم مکاشفه ای موجود می باشند. عملیات جداسازی ستونها، پیش از مرحله تبدیل در الگوریتم hapsat انجام میشود. الگوریتم اول، errhapsat مبتنی بر نرخ خطای دستگاه توالی یاب می باشد. در این الگوریتم، نرخ خطا به عنوان مقدار آستانه برای تشخیص ستونهای هوموزیگوت به کار میرود. الگوریتم دوم، تحت عنوان boundhapsat با تحلیل آماری ماتریس اسنیپ به مشخص کردن مرزهایی برای تفکیک ستون ها از هم می پردازد. در الگوریتم سوم، minedhapsat، با کمک الگوریتم c4.5 در درخت تصمیم، که از روش های یادگیری ماشین به شمار می رود، مرزهای تفکیک محاسبه می شوند. کارایی الگوریتمهای پیشنهادی بر روی سه مجموعه داده مختلف مورد ارزیابی قرار گرفته است. این دادهها به دو گروه دادههای واقعی و دادههای شبیهسازی شده تقسیم میشوند. دسته اول دادههای واقعی برگرفته از فاز دوم پروژه هپمپ میباشند. مجموعه داده واقعی دیگر تحت عنوان دادههای هیورف میباشد که در آزمایشات مشابه مورد استفاده قرار گرفته است. نتایج حاصل از آزمایش ها نشان می دهد که هر سه این روش ها بدون تاثیر منفی بر روی سرعت، موجب افزایش دقت می شوند. با توجه به اینکه دقت هاپلوتایپ های بازسازی شده در حوزه ژنومیک بسیار حائز اهمیت است، این روش ها می توانند جایگزین بهترین روش مکاشفه ای فعلی برای بازسازی هاپلوتایپ شوند.

برای ایجاد امنیت در شبکه های کامپیوتر، سیستم های تشخیص نفوذ پیشنهاد شده اند تا در صورتی که نفوذگر از سایر تجهیزات امنیتی عبور کرد، بتواند آن را تشخیص داده و از پیش روی آن جلوگیری کند. سیستم های تشخیص نفوذ دارای چالش های زیادی هستند، از جمله این که این سیستم ها با گذر زمان کارایی خود را از دست می دهند. ما در این پایان نامه روشی را پیشنهاد داده ایم که هشدارهای تولید شده در سیسنم های تشخیص نفوذ را به پنج کلاس normal، dos، probe، r2l و u2r تقسیم می کند. همچنین سیستم پیشنهادی هر چند وقت یکبار به صورت خودکار و با کمک تحلیل گر سیستم به روز می شود.

چکیده این رساله با عنوان تفسیر روایی أهل بیت? با محوریت سوره های إنفطار، مطفّفین، إنشقاق و بروج می باشد. هدف از ارائه ی این تحقیق دستیابی به آراء تفسیری أهل بیت? و فهم آیات سوره های مورد نظر با توجه به روایات معصومین، با هدف تأکید و اهمیّت بخشی به نقشی که روایات در فهم و تفسیر قرآن می توانند ایفا کنند می باشد. تحقیق مزبور دارای دو دامنه ی قرآنی و روایی است که دامنه ی قرآنی آن طایفه های آیات در تفسیر المیزان، با انتخاب چهار سوره از قرآن می باشد و دامنه ی روایی آن مجموعه ی روایات تفسیری أهل بیت? از تفاسیر مأثور قمی، فرات کوفی، الصافی، البرهان، نورالثقلین و روایات تفسیری معصوم? در الدرالمنثور است. در این تحقیق هر سوره یک بخش را به خود اختصاص داده است و مطالب آن در سه فصل به مفاد ظاهری آیات و روایات تفسیری به همراه تحلیل روایات و همچنین گونه شناسی روایات تفسیری و بیان پیام های هدایتی آیات و روایات پرداخته شده است. آیات سوره ی إنفطار در مورد چگونگی آغاز رستاخیز و راهکارهای برون رفت از فریفتگی نسبت به کرم پروردگار بیان شده است و روایاتی که به شرح آیات این سوره پرداخته ذیل موضوعاتی چون، جهل علت غرور، انسان و فرشتگان بیان شده است. آیات سوره مطفّفین، بر محور موضوع تهدید شدید مطففین و جلوگیری از فتنه ی آنان بیان شده است که روایات شرح دهنده ی این آیات بر محور موضوعاتی چون، مطففین کم گذارندگان خمس، کم فروشی شاخه ای از کفر و دیگر موضوعات می باشد. آیات سوره ی إنشقاق، با موضوعاتی چون تغییرات زمینه ساز وقوع قیامت و ملاقات با خدا و دگرگونی انسان در راه ایمان بیان شده است که روایاتی با موضوعات چون، چگونگی حسابرسی اعمال و شکافتن آسمان و زمین به تفسیر این آیات پرداخته اند. آیات سوره ی بروج با موضوعات استقامت در طریق حفظ ایمان و تشدید تهدید کافران برای تثبیت قلب پیامبر? بیان شده و برای تفسیر آنها روایات در موضوع جریان اصحاب أخدود و بیان اوج استقامت در دین، بیان معنای بروج و ماهیت لوح محفوظ و دیگر روایات بیان شده است. فرضیه ی ارائه شده این بود که در پذیرش بسیاری از روایات تفسیری تردید وجود دارد بنا بر فرض اینکه روایات از نظر محتوا تفاوت بسیاری با آیات دارد، و بیشتر آنها تفسیر آیات نیست بلکه تأویل آیات می باشد. اما نتایج حاصل از تحقیق چیز دیگری را نشان داد؛ نتایجی که از این تحقیق حاصل شد از مجموعه روایات تفسیری در انواع گونه ها، 217 روایت ذیل 70 آیه از 105 آیه که مورد بررسی دلالی قرار گرفته است عبارتند از؛ مورد استفاده بودن أکثریّت روایات تفسیری در این چهار سوره و عدم تناقض میان آیات و روایات، همچنین حدود قابل توجهی از روایات در تفسیر الدرالمنثور وجه اشتراک زیادی با روایات شیعه داشت و در بعضی از موارد حلقه ی گمشده ای برای تفسیر روایات شیعه به شمار می رفت. بر خلاف فرضیه بیشترین حجم روایات متعلق به گونه ی تفسیر مفهومی و در آخر متعلق به گونه ی تأویلی می باشد. موضوعات بسیار جذابی در روایات به چشم می خورد که امکان تحقیق، به صورت تفسیر موضوعی ـ روایی را فراهم می کند. کلید واژه : إنشقاق، إنفطار، أهل بیت، بروج، تفسیر أثری، تفسیر روایی.

موضوع این پژوهش، تفسیر تطبیقی روایی سوره مزمل بر اساس روایات تفاسیر نور الثقلین و الدر المنثور می باشد و روش آن کتابخانه ای است. در ابتدا کلیات و سپس به بیان مفاد ظاهری آیات با محوریت تفسیر المیزان پرداخته، تفسیر روایی آنها از تفاسیر نور الثقلین و الدر المنثور استخراج و افتراقات آنها بیان شده است. بر اساس بررسی بعمل آمده، بیش از 50 در صد گونه های روایات این دو تفسیر، به بیان مصداق و مفهوم آیات می پردازند و مابقی از قبیل تبیین عملی آیات، شرح الفاظ و بیان آیات منسوخ می باشند؛ در بخش آسیب-شناسی 21 درصد اسناد روایات نور الثقلین صحیح السند، 5 درصد موثق و 74 درصد ضعیف السند هستند. آموزه های هدایتی این سوره عبارت اند از: حکمت قیام شبانه و اهمیت نماز شب، هماهنگی احکام اسلام با توان انسان، تلاش برای امرار معاش، هم ردیف جهاد در راه خدا.

چکیده این رساله با عنوان تفسیر روایی أهل بیت ? پیرامون آیات 55 تا 67 سوره ی مائده، با هدف تأکید و أهمیّت دادن به نقش روایات در فهم و تفسیر قرآن نوشته شده است؛ با توجه به اهمیّت نقش روایات در فهم دقیق قرآن هدف از نگارش این رساله فهم آیات مورد نظر با استفاده از آراء تفسیری ایشان و مقایسه تفاسیر اجتهادی و روایی، همچنین مقایسه روایات شیعه و أهل تسنن و سپس فهم پیام های مورد تأکید آیات و روایات می باشد. لذا آیات با توجه به موضوع به سه دسته و در دو دامنه قرآنی و روایی مورد بررسی قرار گرفته است. ابتدا با کمک تعدادی از تفاسیر اجتهادی و کتب لغت، مفاد ظاهری آیات بررسی شده و سپس با بهره مندی از روایات اهل بیت? در برخی از تفاسیر مأثور، مفاد روایی آیات نیز مورد بررسی قرار گرفته است. با توجه به مفاد روایی 92 روایت بررسی شده ذیل آیات مورد نظر و مقایسه با مفاد ظاهری آیات، مشاهده شد در اکثر موارد با یکدیگر تطابق داشته و در بسیاری از موارد نیز معصوم? زوایای مختلفی از متن آیه را بیان نموده است که در آیات به آن اشاره نشده است. بطور کلی روایات وارده ذیل آیات مورد نظر سبب وضوح در مفهوم آیات و تبیین آنها جهت فهم بهتر گردیده است. در مواردی نیز به مباحث مطرح شده در روایت ایراداتی وارد بوده است که باتوجه به قرائن نقلی و عقلی تحلیل ها یا نقدهایی ارائه شده است. بخش گونه شناسی روایات، به بررسی 19 روایت سوره شناخت، 33 روایت جری و تطبیق، دو روایت تأویلی، و یک روایت معنا شناخت پرداخته است. بیشترین فراوانی روایات، گونه ی جری و تطبیق سپس شأن نزول، و بعد تأویل آیه را شامل می شود. در إستخراج آموزه های هدایتی آیات و روایات نیز، به تنوع آموزه ها دست یافتیم و آموزه های إعتقادی به دلیل آیات مورد بحث در مورد توحید، امامت و نبوت با 90 آموزه بیشترین حجم را به خود إختصاص داده است؛ آموزه های اجتماعی، فقهی، تربیتی، اخلاقی، سیاسی در رده های بعدی قرار دارند. از نتایج این تحقیق مورد استفاده بودن أکثر روایات تفسیری در این آیات است، آیه ی ولایت دلالت بر حصرِ ولایت در خدا و رسولش ? و حضرت علی ? دارد. «ولیّ» در این آیه، به معنای سرپرستی است. فسق و انحراف ایمان ظاهری، و شتاب به سوی إثم و عدوان، نسبت دادن بخل به خداوند مخصوص یهودیان می باشد. آیه ی 67، به تفصیل به ماجرای غدیر می پردازد. کلید واژه: تفسیر روایی، سوره مائده، آیه ی ولایت، آیه ی تبلیغ، گونه شناسی روایات، پیام آیات و روایات.

چکیده این رساله که با عنوان «تفسیر روایی سوره غافر بر پای? روایات اهل بیت ?» عرضه شده، پژوهشی است برای بازشناسی و بررسی احادیث تفسیری، و هدف آن دست یابی به صحیح ترین تفسیر سوره بر مبنای روایات اهل بیت ? است. این پژوهش دارای دو دامنه قرآنی و روایی است. دامنه قرآنی آن آیات سوره غافر است که خود به چند دسته از آیات طبقه بندی شده است. دامنه روایی آن نیز مجموعه روایات تفسیری أهل بیت ? برگرفته از تفاسیر مأثور قمی، فرات کوفی، الصافی، البرهان، و روایات تفسیری اهل بیت ? در تفسیر الدر المنثور است. مباحث مطرح شده در این سوره بر محور بلندپروازی های کفار، و جدال باطل آنان برای از بین بردن حق است. از دیگر موضوعات بیان شده در این سوره استغفار ملائکه حامل عرش برای مومنان و بیان داستان "مومن آل فرعون" است. این مباحث، به طور خلاصه در ذیل مفاد ظاهری در فصل دوم آورده شده است. در بخش مفاد روایی که هدف آن ارائه تفسیر روایی از آیات است، در حدود 50 روایت تفسیری مورد بررسی دلالی قرار گرفته که شامل موضوعاتی از قبیل محمول نبودن خداوند متعال، معنای عرش، مراد از دو اماته و دو احیا، فضلیت دعا، شرایط استجایت دعا، خصوصیات مومن آل فرعون و امثال آن است. در روایات بررسی شده در ذیل آیات سوره غافر (در فصل سوم) در گونه های تطبیقی به ذکر مصادیق "الذین آمنوا" و حاملان عرش و پیرامونیان عرش و تعیین مصداق "آل" و ذکر دیگر مصادیق پرداخته شده و در بخش سوره شناخت، آثار قرائت و کتابت این سوره آمده است. بقیه روایات در گونه های معناشناخت و مرتبط و مستفاد طبقه بندی شده است. در پایان پیام های هدایتی مورد تأکید روایات و آیات بیان شده و با توجه به داستان مومن آل فرعون و تبلیغ دین حضرت موسی ع توسط او برای فرعونیان به آموزه های تبلیغی برداشت شده از آیات نیز اشاره شده است. نتایج بررسی دلالی روایات در این تحقیق که شامل 89 روایت در تفسیر البرهان و 120 روایت در تفسیر نور الثقلین است نشان می دهد اکثر روایات تفسیری در این سوره قابل استفاده است و تناقضی میان آیات و روایات دیده نمی شود و مفاد روایی به توسعه معنایی آیات کمک می کند. کلیدواژه : روایت تفسیری، تفسیر روایی، تفسیر اثری، سوره غافر، گونه ها، آموزه ها.

ژنوم انسان ها در مکان های مشخصی با یک دیگر تفاوت دارند. چندریختی تک نوکلئوتیدی یا به اختصار اسنیپ، متداول ترین نوع این تفاوت هاست. اسنیپ ها نقش مهمی در کاربردهای وسیعی مانند تشخیص پزشکی و طراحی دارو ایفا می کنند و علاوه بر آن امکان ردیابی ژن های بیماری را فراهم می آورند. در موجودات دیپلوئیدی مانند انسان، دو کپی از هر کروموزوم وجود دارد (یکی از مادر و دیگری از پدر به ارث می رسد)؛ توالی اسنیپ ها روی هرکدام از دو کپی، هاپلوتیپ نامیده می شود. تکنولوژی های توالی یابی فعلی فقط می توانند قطعه هایی از ژنوم را به طول چند هزار جفت باز در اختیار قرار دهند اما نمی توانند مشخص کنند هر قطعه به کدام کپی تعلق دارد. بنابراین از روش های محاسباتی برای بدست آوردن هاپلوتیپ ها، از روی این قطعه ها استفاده می شود. تکنولوژی های توالی یابی مقدار کیفیت q را به عنوان نگاشت صحیحی از احتمال اشتباه بودن باز در اختیار قرار می دهند. بهترین روش ارائه شده مبنی بر فرموله سازی مسأله با استفاده از max-sat می باشد. در این پایان نامه، روش جدیدی ارائه شده که در آن از max-sat وزن دار و هم چنین مدل wmlf به جای max-sat و مدل mec به منظور به کار بردن مقادیر کیفیت برای دستیابی به دقت بالاتر استفاده شده است. مدل های مختلفی برای مسأله ی بازسازی هاپلوتیپ های یک فرد وجود دارد. در این پایان نامه نشان داده شده که یک مدل مبتنی بر محتمل ترین، پس از اعمال تقریب های عمدتاً معقولی به مدل mec تبدیل می شود که این امر نشان دهنده ی منطقی بودن این مدل علیرغم برخی از انتقادات در ادبیات مربوطه است. معیار ارزیابی جدیدی نیز به نام نرخ بازسازی وزن دار معرفی کرده ایم و به منظور ارزیابی روش پیشنهادی، آن را با دو روش دیگر براساس معیارهای پیشنهادی و mec مقایسه کرده ایم. نتایج این مقایسه روی داده ی واقعی متعلق به na12878 بهبود جزئی را نشان می دهد. لازم به ذکر است که دقت الگوریتم ها بالای 90% می باشد.

در این پژوهش، با توجه به حجم گسترده ی کاربرد روایات تفسیری در بصائر الدرجات، به بن مایه های قرآنی در اجزاء یک، چهار و پنج بصائر الدرجات، آموزه های نهفته در آن، آسیب شناسی این گونه روایات و راههای برون رفت از این آسیب ها پرداخته شده است. در مجموع 171 روایت تفسیری اجزاء یک، چهار و پنج بصائر الدرجات، 81 آیه وجود دارد و اغلب گونه های تفسیری در این اجزاء، جری و تطبیق، مستفاد، تفسیر مفهومی، مرتبط و تأویل می باشد. محور اصلی آموزه های قرآنی، بیان وسعت علمی ائمه اطهار? و اهمیت و جایگاه مقام امامت است. آسیب های متنی موجود در اجزاء یک، چهار و پنج بصائر الدرجات، شامل اضطراب و تقطیع می باشد و آسیب های سندی آن عبارتند از: نقل روایت از راویان مجهول، مهمل و ضعیف، ارسال، انقطاع، رفع، موقوف بودن سند و تصحیف. از جمله ی راهکارهای برون رفت از این آسیب ها می توان به گردآوری اسناد مشابه، یافتن طریقی دیگر برای حدیث و راه حل فقه الحدیثی و به دست آوردن اطمینان عرفی و عقلایی از طریق سنجش روایت با سنت و قرآن اشاره کرد. بیشتر احادیث ضعیف از طریق مشابه یابی در ابواب کتاب بصائرالدرجات و دیگر کتب حدیثی به گردونه ی اعتبار درآمدند. پس از آن بیشترین حجم احادیث ترمیم شده مربوط به راه حل فقه الحدیثی و سپس گردآوری اسناد مشابه است. کلید واژه : بصائر الدرجات، روایات تفسیری، بن مایه های قرآنی، آسیب شناسی سندی.

پیدا کردن طولانی ترین زیر دنباله مشترک بین چند رشته، یکی از مسائل مهم بهینه سازی ترکیبیاتی می باشد. اگر مجموعه ای از رشته ها داشته باشیم، این مساله به دنبال رشته ای می گردد که زیردنباله تمامی رشته های این مجموعه بوده و بیشترین طول ممکن را داشته باشد.اگر تعداد رشته ها از دو رشته بیشتر باشد، این مساله، از نوع مسائل np-hard خواهد بود. هدف از این پایان نامه، ارائه الگوریتم جدیدی است که بتواند از الگوریتمهای غیرکامل موجود بهتر عمل کند. ما در این پایان نامه، الگوریتم مکاشفه ای جدیدی که یک الگوریتم جستحوی پرتوی محلی است ارائه داده ایم.

پروتئ?ن ها به عنوان واحد های اصلی فرآ?ند های ز?ستی ، از اهم?ت خاصی برخوردار هستند. ا?ن کارخانه های ز?ستی کوچک در فرآ?ند ها?ی همچون رشد و تقس?م سلول ها ، تکث?ر dna و تسر?ع واکنش های ز?ستی نقش اساسی دارند. از آنجا?ی که ا?ن واحد های ز?ستی به صورت گروهی فعال?ت می کنند و عملکرد های متفاوتی در گروه های مختلف از خود نشان می دهند ، شناخت آن ها وابسته به شناخت گروه های کوچک ?ا بزرگ پروتئ?نی حاوی آن ها می باشد. نکته قابل توجه در ا?ن باب وجود هزاران پروتئ?ن گوناگون می باشد که هر کدام توانا?ی تعامل با پروتئ?ن های د?گر را دارند. به ا?ن ترت?ب مشکل بزرگ پ?ش رو ، تشخ?ص گروه های پروتئ?نی اصلی از م?ان م?ل?ون ها گروه پ?شنهادی می باشد. از م?ان روش های متعددی که برای رس?دن به ا?ن مهم معرفی گرد?ده اند ، روش های مبتنی بر تجز?ه و تحل?ل شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی ، از جا?گاه و?ژه ای برخوردار هستند. ا?ن روش ها که به عنوان پا?ه اصلی بس?اری از روش های د?گر به حساب می آ?ند ، سعی می کنند از طرق مختلف ، گروه های پروتئ?نی اصلی را از شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی استخراج کنند. به ا?ن دل?ل که ا?ن شبکه ها را می توان به صورت ?ک گراف بس?ار بزرگ مدل کرد ، ا?ن توانا?ی وجود دارد تا مسئله اصلی به مسئله خوشه بندی گراف ها در علوم کامپ?وتر تقل?ل پ?دا کند. وجود نو?ز بس?ار در چن?ن گراف ها?ی و ناقص بودن داده های اول?ه برای تشک?ل ا?ن گراف ها ، سبب ت?ش های بس?ار و معرفی روش های مختلفی برای فا?ق آمدن به چن?ن مشک?تی شده است. متاسفانه بس?اری از ا?ن روش ها محدود?ت های بس?ار ز?ادی دارند که برای استفاده از شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی مناسب ن?ستند. بعضی از آن ها تنها برای گراف های بدون وزن طراحی شده اند و برخی د?گر هر پروتئ?ن را تنها به ?ک گروه اختصاص می دهند ؛ درحالی که شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی به صورت گراف های وزن دار مدل می شوند و ثابت شده است که بس?اری از پروتئ?ن ها به ب?شتر از ?ک گروه اصلی متعلق هستند. در ا?ن تحق?ق ما با معرفی ?ک روش جد?د چهار بخشی مبتنی بر حذف هاب ها توانست?م مقدار قابل توجهی از نو?ز موجود در شبکه را کاهش ده?م و به ا?ن ترت?ب گروه های پروتئ?نی را با دقت ب?شتری روی مجموعه داده های مختلف تشخ?ص ده?م.

در این رساله یک روش دسته بندی جدید نیمه نظارتیِ جویبار داده های نامتعادل برای تشخیص نفوذ ارائه شده قابلیت دسته بندی و به روزرسانی توسط نمونه های محدود برچسب خورده بصورت افزایشی را است که دارا است. در این روش نمونه های ورودی بصورت افزایشی خوشه بندی و سپس با استفاده از یادگیری نمونه مبنا و نمونه های محدود ذخیره شده، دسته بندی می گردند. برای دسته بندی جویبار داده ها، روشی جدید برای یادگیری فعال پیشنهاد شده است که با استفاده از آن نمونه هایی که دارای ارزش اطلاعاتی زیاد هستند تشخیص داده شده و پس از بدست آوردن برچسب ها، از آن ها برای یادگیری نیمه نظارتی استفاده می شود. علاوه بر این، روش پیشنهادی دسته بندی از رانش مفهوم و تکامل مفهوم پشتیبانی می کند.