در این تحقیق ? کنفورماسیون های دی پپتید hco–gly –l–val–nh2 که در پروتئین های متعددی وجود دارد ? در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفته است . محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 3 و با بهره گیری از سطوح مختلف تئوری و سری های پایه زیر انجام شده است . ? hf/6-31g* ? hf/6–311++g** ? b3lyp/6–31g* ? mp2/6–31g* بدین صورت که ابتدا ساختارهای بهینه و انرژی برای کنفورماسیون های حاصل از چرخش زاویه (?) به فواصل 30 درجه از صفر درجه تا 360 درجه محاسبه شدند که سه مینیمم در ?= 60 و ? = 180 و ? = -60 بدست آمد که به ترتیب گوچ مثبت و آنتی و گوچ منفی نامگذاری شدند. سپس برای پایدارترین کنفورماسیون حاصل از چرخش( گوچ منفی) ? زوایای پیچشی ? انرژی و مقادیر ترمودینامیکی شامل انرژی آزاد گیبس ?آنتالپی و آنتروپی برای تعیین بهینه ترین حالت محاسبه شدند. بر اساس این محاسبات 1? و 1? و ?2و2 ? به ترتیب در مقادیر 180 و 180 و150 و -120 بیشترین پایداری را نشان دادند. همچنین نقشه ی راماچاندران این دی پپتید در حالاتی که زنجیره ی جانبی در حالت گوچ منفی و گوچ مثبت و آنتی قرار داده شده است در سطح محاسباتی hf و b3lypو mp2 و سری های پایه 6-31g* و 6–311++g** مورد بررسی قرار گرفتند و نتایج نشان می دهد کنفورمرl ? l? پایدارترین حالت می باشد.

چکیده : در این تحقیق ، کنفورماسیون های مختلف دی پپتید hco-gly-l-leu-nh2 در اثر چرخش زنجیر های جانبی و زوایای پیچشی اسکلت ، در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفته است . محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 2003 در سطح hfبا سری پایه 6-31g*و6-311++g** و در سطح b3lyp با سری پایه 6-31g* انجام شده است. در ابتدا از چرخش زاویه زنجیره جانبی (?1) ، به فواصل?30 از صفر تا ?360 درجه ساختار های بهینه و انرژی محاسبه شدند که سه مینیمم در180 ?1= ، 60?1= و 270 ?1= به دست آمد. سپس زاویه (?1) در این سه حالت ثابت و زاویه (?2) را به فواصل?30 از صفر تا ? 360 درجه چرخانده و ساختار های بهینه و انرژی محاسبه شدند که سه مینیمم در (180, ?1= 180 (?2= ? (60, ?1= 210 ?2= ) و (270, ?1= 300 ( ?2= به دست آمد شدند . سپس برای پایدارترین حالت (aa) ، زوایای پیچشی اسکلت ساختار های بهینه ، انرژی و مقادیر ترمودینامیکی انرژی آزاد گیبس ، آنتالپی و آنتروپی در فواصل ? 30 از صفر تا? 360 درجه محاسبه شدند . در پایدارترین حالت زوایای پیچشی180 , ?1=180 = , ?1 210 = ?2 , 150 ?2=یافت شدند . انرژی و توابع ترمودینامیکی طبق نقشه راماچاندران در حالت aa زنجیره ی جانبی در سطح hf و b3lyp و mp2 با سری پایه 6-31g* محاسبه شد که کنفومر?l?l در هر سه سطح به عنوان پایدارترین کنفومر یافت شد .

در این تحقیق، صورتبندی های مدل تری پپتید 2hco-gly-l-leu-gly-nh، که درساختار پلی پپتید پروتئین الاستین می باشد، در اثر چرخش زوایای دووجهی زنجیر جانبی و زوایای پیچشی اسکلت، در فاز گازی مورد مطالعه قرار گرفته است. همه محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 2003 و با بهره گیری از سطوح تئوری hf و b3lyp با سری پایه (d) g31-6 انجام شده است. این تحقیق شامل 3 بخش می شود: بخش اول: ابتدا طی دو مرحله ساختارهای بهینه و انرژی برای صورتبندی های حاصل از چرخش زوایای دووجهی زنجیر جانبی ( 1?، 2? ) به فواصل °30 از صفر درجه تا 360 درجه محاسبه شدند که طی مرحله اول سه مینیمم در 60- = 1?، 60+ = 1? و 180= 1? بدست آمدند که به ترتیب ( g- )، ( + g) و (a) نامگذاری شدند که از میان این 3 مینیمم، صورتبندی (g- ) پایین ترین مقدار انرژی را دارا بود. در طی مرحله دوم، زاویه 1? در هر یک از سه حالت پایدار خود ثابت نگه داشته شد و برای هر کدام، زاویه دوم زنجیر جانبی (2? ) تغییر داده شد که از میان کل صورتبندی ها، صورتبندی با ( °= -602? ,°= -601? ) به عنوان پایدارترین حالت برای زنجیر جانبی بدست آمد. بخش دوم: سپس برای صورتبندی ها ی حاصل ازچرخش زوایای پیچشی اسکلت، ساختارهای بهینه، انرژی و مقادیر ترمودینامیکی من جمله انرژی آزاد گیبس، آنتالپی و آنتروپی در فواصل °30 از صفر تا °360 محاسبه شدند که این محاسبات بر روی صورتبندی پایدارتر ) -- g - (gحاصل از چرخش ( 1?، 2? ) انجام گرفت. هنگامی که 1?، 1?، 3? و 3? در °180 قرار داشتند، پایدارترین حالت آنها می باشد. اما در مورد زوایای پیچشی لوسین، ( 2?، 2? )، هنگامی که ( 120- = 2?، 180= 2? ) و ( 180 = 2?، 150 = 2? ) باشند پایدارترین حالت آنها می باشد، که با بزرگتر شدن زنجیر جانبی متصل به c? اسید آمینه، انحراف زوایای دو وجهی از °180 بیشتر می شود. بخش سوم: ساختارهای بهینه، انرژی و توابع ترمودینامیکی صورتبندی های حاصل از چرخش زوایای دو وجهی اسکلت تری پپتید مذکور طبق نقشه راماچاندران در سه حالت (?l -x-(?l، ( ?l-?l- x) و (x -?l-?l ) در حالیکه زنجیره جانبی در پایدارترین حالت خود )-- g - (gثابت شده بود، محاسبه شدند، نتایج حاصل از این محاسبات نشان داد که صورتبندی l?l?l? در هر سه حالت، پایدارترین صورتبندی می باشد. در نهایت با توجه به نتایج، می توان گفت جاذبه دو قطبی ـ دو قطبی و آنتروپی در پایداری صورتبندی های معین دی آمید های اسید آمینه نقش اساسی ایفا می کنند.

این پایان نامه به روند تشکیل کمپلکس بین یون های کادمیم با 2 عامل شلاته کننده ی توانمند 1- (2- پیریدیل آزو)-2- نفتول (pan) و 4- (2- پیریدیل آزو)- رزورسینول(par) در محیط های الکلی و میسل غیریونی اختصاص دارد. برای انحلال بیشتر کمپلکس های تشکیل شده برای اولین بار اثر یک سورفاکتانت غیر یونی (تریتون100x-) مورد بررسی قرار گرفته است. پس از بهینه سازی ph، تریتون100x-، درصد حجمی اتانول، غلظت های فلز و لیگاند، زمان و نسبت استوکیومتری در کمپلکس های cd:pan و cd:par با اعمال روش های تغییرات پیوسته و یو- جونز در حضور انواع مختلف نمک های زمینه در گستره ی قدرت های یونی برای هر دو کمپلکس 1:1 حاصل شد. با توجه به نتایج حاصل مشخص شد که کمپلکس های تشکیل شده از نظر ترمودینامیکی پایدار بوده و استفاده از محیط میسل برای انحلال کمپلکس های تشکیل شده جایگزین مناسبی برای حلال های آلی می باشد. در بخش دوم، مدل سازی و پیش بینی اندیس بازداری برخی از ترکیبات آلی برمبنای مطالعات ارتباط کمی ساختار-ویژگی (qspr) با استفاده از روش رگرسیون خطی چندگانه (mlr) صورت گرفت. در ابتدا مولکول هایی به عنوان سری داده ها انتخاب و سپس به طور تصادفی به دو سری آموزش و آزمون تقسیم شدند. به کمک روش های انتخاب متغیر، توصیف کننده های مولکولی مهم تر انتخاب و توسط رگرسیون خطی چندگانه مدل سازی انجام شد. نتیجه ی بررسی ها نشان از توانایی بالای پیش گویی روش رگرسیون خطی دارد.

بخش اول این پایان نامه، به روند تشکیل کمپلکس بین پالادیم(ii) با لیگاندهای، 4-(2-پیریدیل آزو)- رزورسینول(par)، 1و5- دی فنیل کاربازون(dpc) و سدیم دی اتیل دی تیو کاربامات(na-dtc) در محیط های مختلف آبی، الکلی و میسل غیر یونی با استفاده از روش اسپکتروفوتومتری مرئی- فرابنفش اختصاص دارد. کمپلکس های تشکیل شده در این تحقیق، در محیط آبی، کم محلول اما درحلال های آلی مانند اتانول محلول می باشند. در این تحقیق برای انحلال بیشتر کمپلکس های تشکیل شده، از تریتون 100- x ) یک سورفاکتانت غیریونی)، استفاده شده است. درابتدا، پارامترهای موثر برجذب کمپلکس ها بهینه، سپس روش های تغییرات پیوسته(جاب) و نسبت مولی در طول موج ها و قدرت های یونی مختلف اجرا گردید. با استفاده از اطلاعات بدست آمده، نسبت استوکیومتری لیگاند به فلز در کمپلکس هایpd:par ، pd:dpcو pd:na-dtcدر حضور انواع مختلف نمک های زمینه در گستره ی قدرت های یونی مختلف، به ترتیب معادل 1:1، 1:2 و 1:3 حاصل شد. در انتها با استفاده از مقدار جذب کمپلکس ها در نقطه ی ماکزیمم منحنی های روش جاب، نسبت استوکیومتری فلز به لیگاند، و معلوم بودن ضرایب جذب مولی، ثوابت تشکیل کمپلکس های تشکیل شده محاسبه و معلوم شد که با تغییر قدرت یونی، ثابت های تشکیل با روند مشخص تغییر می کنند. در بخش دوم، مدل سازی و پیش بینی ویژگی های برخی از ترکیبات آلی، بر مبنای مطالعات ارتباط کمی ساختار-ویژگی(qspr) صورت گرفته است. در ابتدا مولکول هایی به عنوان سری داده ها انتخاب، و سپس به منظور اعمال تکنیک های اعتبارسنجی، به دو سری آموزش و آزمون تقسیم شدند. به کمک روش های انتخاب متغیر، توصیف کننده های مولکولی مهم تر ،انتخاب و توسط روش رگرسیون خطی چندگانه مدل سازی انجام شد. نتیجه ی بررسی ها نشان از توانائی پیشگوئی بالای روش رگرسیون خطی چندگانه دارد.

چکیده در مطالعه کنونی، عدم استقرار الکترون در پیوندهای هیدروژنی کمک شده رزونانسی درون مولکولی از نوع o-h…o ، n-h…n، s-h…s در سطوح تئوری mp2 و b3lyp با استفاده از سری پایه استاندارد 6-311++g** و تئوری کوانتومی "اتمها در مولکولها" (qtaim) مورد بررسی قرار گرفته است. انرژی پیوندهای هیدروژنی درون مولکولی برای این سیستم ها از روش اسپینوزا که مبتنی بر پارامترهای توپولوژیکال مشتق شده از تئوری aim می باشد، محاسبه شدند. ارتباطات بین این پیوند هیدروژنی با پارامترهای توپولوژیکال و هندسی مورد بررسی قرار گرفت. جهت بررسی ارتباطات بین پارامترهای مختلف اندازه گیری عدم استقرار الکترون با پارامترهای انرژیتیک، هندسی و توپولوژیکال و معرفی بهترین پارامتر جهت اندازه گیری عدم استقرار الکترون ?، سه شاخص homa (مدل نوسانگر هماهنگ شاخص آروماتیسیته)، q (پارامتر جیلی)، nics (جابجایی شیمیایی مستقل از هسته) در نظر گرفته شدند. بر اساس نتایج، روند زیر برای این پارامترها بدست آمد: q>homa>nics. بدین ترتیب پارامتر q بهترین پارامتر برای اندازه گیری عدم استقرار الکترون در این سیستم ها معرفی می گردد. در بخش دیگری از بررسی ها، ارتباط بین شاخص های q، homa و nics نیز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان می دهند که برای پل o-h…o ارتباط بسیار خوبی بین شاخص های q و homa وجود دارد اما برای پل های n-h…n و s-h…s هیچ رابطه ای بین این سه پارامتر وجود ندارد.

در این تحقیق ? کنفورماسیون های دی پپتیدhco–l-ser-l-ala–nh2و hco–d-ser-d-ala–nh2که در پروتئین های متعددی وجود دارد ? در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفته است. محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 3 و با بهره گیری از سطح تئوری g*31-6b3lyp/انجام شده است. بدین صورت که ابتدا ساختارهای بهینه و انرژی برای کنفورماسیون های حاصل از چرخش زاویه (c) به فواصل30 درجه از صفر درجه تا 360 درجه محاسبه شدند که سه مینیمم در 180c=و60c = و60c = -برایدی پپتید hco–l-ser-l-ala–nh2بدست آمد که به ترتیب آنتی و گوچ مثبت و گوچ منفی نامگذاری شدند و سه مینیمم 180c=و 60c = -و60c =برای دی پپتید hco–d-ser-d-ala–nh2بدست آمد. سپس برای پایدارترین کنفورماسیون حاصل از چرخش? زوایای پیچشی ? انرژی برای تعیین بهینه ترین حالت محاسبه شدند و به بررسی ساختار turn-bها پرداختیم و پایدارترین کنفورماسیون را مشخص کردیم. از 243 کنفورماسیون مورد محاسبه برای دی پپتید hco–l-ser-l-ala–nh2، 104 تا از این کنفورماسیون ها یافت شدند که ?_l^+ ?_dبیشترین پایداری را نشان داد و 40 کنفورماسیون که به صورت turn-bظاهر شدند و کنفورمر ?_d^a ?_d پایدارترین حالت می باشد . و همچنین برای دی پپتید hco–d-ser-d-ala–nh2، 105 تا از این کنفورماسیون ها یافت شدند که ?_d^- ?_lبیشترین پایداری را نشان داد و 38 کنفورماسیون که به صورتturn-bظاهر شدند و کنفورمر ?_l^a ?_l پایدارترین حالت می باشد.

در این تحقیق مقادیر ترمودینامیکی و سینتیکی مربوط به حالت های گذار واکنش های توتومری5-آمینو-2و3-دی هیدرو-1و3و4-اکسادیازول-2-اون در سه بخش فاز گاز بدون مولکول آب ، فاز گاز در حضور یک تا سه مولکول آب و در حلال ، با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی در سطح b3lyp و سری پایه 6-311++g(d,p) تعیین گردید . ساختارهای گذار با استفاده از روشهای qst2 و qst3 بدست آمدند . سپس صحت ساختارهای حالت گذار بدست آمده با استفاده از محاسبات فرکانسی و irc مورد تایید قرار گرفت . به منظور در نظر گرفتن اثر حلال ، از روش میدان خودسازگار واکنش (scrf) و مدل pcm استفاده گردید. نتایج محاسبات نشان داد که در بین حالات در نظر گرفته شده در محاسبات ( فاز گاز بدون مولکول آب، فاز گاز در حضور یک تا سه مولکول آب و در حلال ) کمترین ثوابت سرعت و بیشترین مقادیر ?e#f&r ، ?g#f&r و ?h#f&r در حلال آب با بیشترین ضریب دی الکتریک و بیشترین ثوابت سرعت و کمترین مقدار ?e#f&r ، ?g#f&r و ?h#f&r در فاز گاز با حضور دو مولکول آب بدست آمده است . همچنین مشاهده گردید که در حلال با افزایش ضریب دی الکتریک مقادیر انرژیهای فعالسازی افزایش و ثوابت سرعت کاهش یافته است . در فاز گاز با افزایش یک تا دو مولکول آب مقادیر انرژیهای فعالسازی بطور چشمگیری کاهش یافته اند اما با افزایش سومین مولکول این روند کاهشی در مقادیر انرژی فعالسازی دیگر مشاهده نمی شود . کلید واژه : توتومری ، حالت گذار ، محاسبات مکانیک کوانتومی ، مقادیر ترمودینامیکی و مقادیر سینتیکی ، ضریب دی الکتریک حلال

در این پایان نامه با استفاده از روش های محاسباتی مکانیک کوانتومی از جمله روش b3lyp و استفاده از سری پایه6-311++g(d,p) ساختارهای ترکیبات 4،3،1- اکسادیازول ها در شش حلال مختلف به همراه فاز گازی و با 9 استخلاف متفاوت بهینه شده و نتایج ترمودینامیکی و ساختاری آن مورد بررسی قرار گرفته است. طول پیوندهای انتخاب شده در توتومرهای چهارگانه در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفت که اشکال ساختاری توتومرها را تائید کرد. انرژی مطلق توتومرها در فازهای مختلف و در استخلاف های مختلف بررسی شد که در آن روند پایداری توتومرها در هر استخلاف بدست آمد و در اکثر استخلاف ها بصورت 1>2>4>3 حاصل شد. با طبقه بندی استخلاف ها به دو گروه الکترون کشنده و دهنده از هر دو دیدگاه القائی و رزونانسی می توانیم واکنش های توتومری را تفسیر کنیم. همچنین این تفاسیر از طریق بارهای مولیکن اتم ها نیز بدست آمد. بنظر می رسد که عمده ترین نقش را وجود بار جزئی مثبت در اتم n7 در واکنش t1، وجود بار جزئی مثبت در اتم n1 در واکنش t2، وجود بار جزئی مثبت در اتم n2 و بار جزئی منفی در اتم n7 در واکنش t3 داشته باشند. در ضمن واکنش t2 به علت گذار از فرم کتونی به انولی دارای مقادیر تماماً مثبت ?g و ?h و واکنش t4 به علت گذار از فرم انولی به کتونی دارای مقادیر تماماً منفی ?g و ?h می باشند. همچنین نقش ضریب دی الکتریک حلال ها بر افزایش و یا کاهش پایداری واکنش های توتومری بررسی شد. به نظر می رسد که وجود برخی پیوندهای هیدروژنی درون مولکولی باعث افزایش پایداری استخلاف nh_3^+ در توتومر 2 می شود.

در این تحقیق می توان به نتایج زیر دست یافت : نتایج محاسبات برای کنفورماسیون های مختلف حاصل از چرخش زنجیر جانبی آمینواسید والین برای تری پپتیدهای val-gly-gly-nh2-hco ? hco-gly-gly-val-nh2 وhco-gly-val-gly-nh2 در دو فرم l و dدر سطح تئوری b3lyp با سری پایه (d)g31-6 به کمک نرم افزار گوسین ?سه مینیمم در زوایای ?60 =? ، ?180 = ? و? 60- = ? نشان داد ، که به ترتیب : گوچ مثبت (+g) ، آنتی (a) و گوچ منفی (g-) نامگذاری شدند . با توجه به محاسبات بدست آمده برای فرم l پایدارترین حالت ?60- ? ? و برای فرم d پایدارترین حالت شامل ?60 = ? می باشد . بررسی نقشه راما چاندران برای تری پپتید های مورد نظر در حالت های x-?l-?l ? x-?l-l? و x-l?-l? برای ?60 = ? ،?180 = ? و?60- = ? نشان داد که کنفورمر l?l?l? در هر سه حالت برای تری پپتیدهای val-gly-gly-nh2-hco و hco-gly-val-gly-nh2 پایدارترین کنفورمر می باشد . در ضمن برای تری پپتید hco-gly-gly-val-nh2 در حالت x-l?-l? برای ?180 = ? در فرم l کنفورمر l?l?l? و برای فرم d کنفورمرd ?l?l? به عنوان پایدارترین کنفورمرها بدست آمدند . همچنین با توجه به نتایج بدست آمده از کنفورمرهای بررسی شده در نقشه های راما چاندران برای دو فرم l و d مقایسه تری پپتیدها در این تحقیق برای این دو فرم نیز انجام شد و حالتهای انانتیومری مورد بررسی قرار گرفت .

پروپیل تیواوراسیل (ptu ) یکی از ترکیبات مهم در داروسازی است و مطالعه توتومری آن از نظر زیستی اهمیت دارد، بویژه دارویی برای پرکاری تیروئید است. در این تحقیق حالات گذار تعادلات توتومری مختلف آن مورد بررسی قرار گرفته است. بررسی حالت گذاربه منظورجستجوکردن یک حدواسط بین مواداولیه ومحصولات (مرزواقعی بین مواداولیه ومحصولات )است.حالت گذارماکزیمم نقطه روی منحنی ای است که توسط مختصه واکنش وانرژی توصیف می شود. دراین تحقیق حالات گذار پنج واکنش توتومریptu موردبررسی قرارگرفته است. پنج توتومر پروپیل تیواوراسیل وواکنش های موجود میان آنها درفاز گازی وحلال های دی متیل سولفوکساید ,کلروفرم ,استون ,کربن تتراکلرید و سیکلوهگزان که ضریب دی الکتریک متفاوتی دارند بررسی شده اند. کلیه محاسبات کوانتومی به روش dft در سطح و سری پایه 6-31g* درفازگاز وحلال مورد بررسی قرارگرفت. همچنین با استفاده از محاسبات فرکانس درسطوح مشابه مقادیر خواص ترمودینامیکی از قبیل انرژی فعال سازی (?e#)و انرژی آزادگیبس(?g#) وانرژی آزادآنتالپی( #) وثابت سرعت را محاسبه کردیم. کلیه محاسبات با استفاده از نرم افزارگوسین 3 در دمای 15/298 کلوین و فشاریک اتمسفر انجام شده است . نتایج نشان می دهد درفاز گاز و حلال های مختلف در واکنش رفت ptu2-ts-ptu1 پایدارترین ودر واکنش برگشت ptu4-ts-ptu5 پایدارترین واکنش پروپیل تیواوراسیل است. همچنین فرایندهای توتومری و حالات گذار پروپیل تیواوراسیل را با کمک یک مولکول آب نیز مورد بررسی قرار داده و انرژی آنها با استفاده از محاسبات کوانتومی درسطح b3lyp و سری های پایه 6-31g*و6-311++g** تعیین شده اند. نتایج نشان می دهدکه روندتغییرات واکنش رفت وبرگشت ptu2-ts-ptu1 پایدارترین و واکنش ptu4-ts-ptu5 ناپایدارترین مقدار می باشد .

چکیده کراتینین یکی از ترکیبات مهم در بافت موجودات زنده می باشد و بررسی توتومری آن از نظر بیولوژیکی مهم و حائز اهمیت است در این تحقیق به بررسی توتومری مولکول کراتینین پرداخته می شود. در این مطالعه توتومرهای ناشی از انتقال هیدروژن بین اتمهای اکسیژن و نیتروژن و کربن مورد بررسی قرار گرفت. همچنین ساختار و انرژی این توتومرها با استفاده از محاسبات کوانتومی در سطح b3lyp/6-311++g** مورد بررسی قرار گرفت ابتدا ساختار توتومرهای محتمل در سطح b3lyp/6-311++g** بهینه سازی شده و با استفاده از محاسبات فرکانس در سطح محاسباتی مشابه توتومرهای پایدار از نظر ترمودینامیکی تعیین شدند . سپس تعادلات بین این توتومرها مورد بررسی قرار گرفت و مقادیر ترمودینامیکی از قبیل ?s , ?h , ?g ,?e آنها تعیین و با محاسبه ثابت تعادل آنها پایداری آنها مورد بررسی قرار گرفت. و پایدارترین تعادل و توتومر تعیین شد. سپس با استفاده از محاسبات در سطح مشابه حالت گذار مربوط به واکنشهای توتومری کراتینین تعیین و مورد بررسی قرار گرفت . در این بخش با استفاده از روشهای qst2 یا qst3 حالت گذار مربوط به واکنشهای توتومری کراتینین را به دست آورده و با استفاده از محاسبات ثابت نیرو در سطح b3lyp/6-311++g** حالت گذار به دست آمده بهینه شده و با استفاده از محاسبات فرکانس در این سطح در خصوص تایید حالت گذار اقدام شد. سپس با استفاده از داده های مربوط به مقادیر ترمودینامیکی مربوط به واکنشهای رفت و برگشت از قبیل انرژی فعالسازی و آنتالپی فعالسازی تعیین و در خصوص سرعت واکنشهای رفت و برگشت بحث شد. برای تعیین مسیر واکنش از محاسبات irc استفاده شد .در ادامه اثر حلالهای آب , متانول, استون, تتراهیدروفوران, کلروفرم و سیکلو هگزان طبق محاسبات بالا مورد بررسی قرار گرفت.در فاز گاز توتومر چهارم توتومر پایه شناخته شدولی در شش حلال بررسی شده توتومر هفتم توتومر پایه شناخته شد. از فاز گاز به حلال پایداری توتومرها افزایش پیداکرد و در حلال آب که ثابت دی الکتریک بالا دارد بیشترین پایداری را میبینیم. همچنین در آب کوچکترین ثابت سرعت را داریم. کلمات کلیدی: توتومری, کراتینین ,b3lyp/6-311++g** , qst2 ,qst3 ,irc

در این تحقیق مقادیر انرژی، زوایای دای هدرال، نوع مهاجرت ها و تاخوردگی صورت بندی های انواع lو d دی پپتید محافظت شده سیستئین – آلانین در فاز گازی با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی در سطح b3lyp و سری پایه 6-31g(d)تعیین گردید.ساختار های پایدار در حالت های متفاوت از مناطق 9 گانه ی نقشه راماچاندران بدست آمده اند. بدین ترتیب که یکی از آمینواسید ها در یک منطقه ثابت نگه داشته شده و آمینواسید دیگر در مناطق مختلف نقشه راماچاندران تغییر می-یافت. زنجیر جانبی آمینواسید در سه حالت آنتی، گوچ مثبت و گوچ منفی قرار داده شده که برای هر کدام از حالت های زنجیر جانبی، 81 حالت و در مجموع برای هر کدام از آمینواسید ها، 243 حالت محاسبه شده است. نتایج محاسبات نشان می دهد که در دی پپتید محافظت شده l و d سیستئین – آلانین، فرم های پایدار به عنوان یک تاخوردگی نوع بتا یا به اصطلاح بتا ترن، در نقشه ی راماچاندران وجود ندارند.

در این تحقیق مقادیر ترمودینامیکی و سینتیکی مربوط به حالت های گذار واکنش های توتومر 6-هیدروکسی 5-فلوئوروسیتوزین در دو بخش فاز گاز و حلال بدون مولکول آب، و در حضور یک تا سه مولکول آب با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی در سطح b3lyp و سری پایه 6-311++g(d,p) تعیین گردید. ساختار های گذار با استفاده از روش های qst2 و qst3 بدست آمدند. سپس صحت ساختار های حالت گذار بدست آمده با استفاده از محاسبات فرکانسی و irc مورد تایید قرار گرفت. در بین 14 توتومر ساختار 6-هیدروکسی 5-فلوئوروسیتوزین، توتومر 6h5f(8) پایدارترین و 6h5f(4) ناپایدارترین توتومرها هستند. نتایج محاسبات نشان می دهد که برای بیشتر تعادلات از 21 تعادل محتمل در فاز گاز با افزایش یک تا دو مولکول آب مقادیر انرژی ها بطور چشمگیری کاهش یافته اند اما با افزایش سومین مولکول این روند کاهشی در مقادیر انرژی، دیگر مشاهده نمی شود.

ترکیبات آلی ساختارهای گوناگونی دارند و بسیاری از این ساختارها واجد سیستم حلقوی هستند. اگر سیستم حلقوی کربن دار حداقل یک هترواتم داشته باشد این ترکیب هتروسیکل محسوب می شود. ترکیبات هتروسیکل کاربرد وسیعی در ترکیبات دارویی، شیمی گیاهی و ... دارند. یکی از دلایل استفاده وسیع از این ترکیبات آن است که می توان ساختار آنها را برای دستیابی به تغییر دلخواه در عملکرد، دستکاری کرد. گروه وسیعی از ترکیبات هتروسیکل پنج عضوی که دارای سه هترواتم هستند ، تری آزول ها می باشند. حلقه های تری آزول شامل سه اتم نیتروژن می باشد که به دو فرم اصلی 1و2و3 تری آزول و 1و2و4 تری آزول وجود دارد. با وقوع فرآیند توتومری شدن در تری آزول ها چندین فرم حاصل می شود. فرآیند توتومری شدن جزء واکنشهایی است که به سرعت انجام می پذیرد. این واکنشها نقش تعیین کننده در ساختارهای بیوشیمیایی و انواع دارو دارند. بنابراین شناخت مکانیسم آنها و سرعت انجام آنها خصوصاً در ترکیبات دارویی حائز اهمیت است. این واکنشها می-توانند به شدت تحت تاثیر حلال، خصوصاً حلال هایی که قدرت ایجاد پیوند هیدروژنی دارند، واقع -شوند. در این تحقیق واکنش توتومری شدن در 1و2و4 تری آزول 5- ان در فاز گاز و حلال با روش b3lyp با استفاده از سری پایه 6-311++g** مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. همچنین اثر حلالهای قطبی و پروتیک به ویژه آب بر تعادلات چه از نظر سینتیک و چه از منظر ترمودینامیک بررسی شد. در این مطالعه شاخص های بهینه مواد اولیه، محصولات و حالت گذر، همچنین توابع ترمودینامیکی و سینتیکی واکنش محاسبه شدند. علاوه بر این میزان تغییرات ممان دوقطبی در فاز حلال و اثرات شاخص آروماتیسیته نیز بررسی شد.

در این تحقیق، انرژی انواع دی پپتیدها با استفاده از محاسبات کوانتومی در سطح تئوری dft با سری پایه 6-311g** محاسبه شده است . دی پپتیدهای مورد مطالعه از اتصال آمینو اسید سرین به آمینو اسیدهای دیگر ایجاد شده اند. برای انواع دی پپتیدها و ایزومرهای ساختاری آنها انرژی، ساختار بهینه طول پیوندها، زوایای پیوندها، زوایای دای هدرال، کربن های آلفا ,و سد چرخش سرین مورد بررسی قرار گرفته شده وپایدارترین ساختار تعیین شده و علت تفاوت در پایداری دی پپتیدها مورد بررسی قرار گرفته شده است و به کمک نتایج به دست آمده نشان دادیم که دی پپتیدهای ser-x نسبت به دی پپتیدهای x-ser پایدارترند.

در این تحقیق،کنفورماسیون های مدل تری پپتید gly- ser - gly که درساختار پلی پپتید مادر پروتئین فیبروئین می باشد،در اثر چرخش زنجیر جانبی و زوایای پیچشی اسکلت،در فاز گازی مورد مطالعه قرار گرفته است.همه محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 2003 و با بهره گیری از سطوح تئوری hf با سری پایه(d)g31-6 وg(d, f)++311- 6 و سطح b3lyp با سری پایه(d)g31-6 انجام شده است. ابتدا ساختارهای بهینه و انرژی برای کنفورماسیون های حاصل از چرخش زاویه(?)،به فواصل°30 از صفر درجه تا°360 محاسبه شدند که سه مینیمم در90- =? و180 =? و60 =? بدست آمد.سپس برای کنفورماسیون های حاصل ازچرخش زوایای پیچشی اسکلت ساختارهای بهینه،انرژی و مقادیر ترمودینامیکی انرژی آزاد گیبس،آنتالپی وآنتروپی درفواصل°30 ازصفر تا°360 محاسبه شدند که این محاسبات بر روی کنفورمر پایدارتر(90- =? )حاصل از چرخش(?)انجام گرفت.هنگامی که2?،2?،3?و3?در°180بودند پایدارترین حالت بدست آمد امّا در مورد زوایای پیچشی 30=1? و30=1?بودند پایدارترین حالت یافت شد که به علت وجود زنجیره جانبی سرین می باشد. همچنین ساختارهای بهینه، انرژی و توابع ترمودینامیکی کنفورمرهای حاصل از چرخش زوایای دو وجهی آمینواسید مرکزی(سرین)طبق نقشه راماچاندران در هرسه حالت (90- =?) ، (180 =?) و (60 =?) در سطح b3lyp و سری پایه (d)g31-6 محاسبه شدند که کنفورمر l?l?l? در هر سه حالت پایدارترین کنفورمر یافت شد. با توجه به نتایج، می توان چنین گفت که: جاذبه دو قطبی ـ دو قطبی و ایجاد پیوند هیدروژنی

در این تحقیق حلالها به دو دسته قطبی و غیرقطبی دسته بندی می شوند حلالهای سیکلوهگزان و تتراکلریدکربن غیرقطبی و حلالهای کلروفرم، استون و دی متیل سولفوکسید قطبی هستند. محاسبات نشان می دهند با کاهش ضریب دی الکتریک حلال تغییر انرژی آزاد گیبس فرایند تبدیل کنفورمر استوایی به محوری سیکلوهگزاتیون کاهش می یابد به عبارتی تمایل به محوری شدن با کاهش ضریب دی الکتریک افزایش می یابد. در واقع کنفورمر محوری ممان دوقطبی کمتری دارد و کنفورمر استوایی ممان دوقطبی بیشتری دارد درنتیجه کنفورمر محوری در حلالهای غیرقطبی پایداری بیشتری دارد و کنفورمر استوایی در حلالهای قطبی پایدارتر می شود. همچنین هالوژن فلویور بیشتر موقعیت استوایی را ترجیح می دهد زیرا حجم هالوژن کوچک است در مورد هالوژن برم که حجیم تر است بیشتر موقعیت محوری را ترجیح می دهد که علت برهم کنشهای دافعه ای بین گروه c=s و هالوژن است در مورد مقادیر ترمودینامیکی در کنفورمرهای 2-هالوسیکلوهگزاتیون در مورد حلال های مختلف از فلویور به سمت برم مقادیر منفی تر است در نتیجه درصد کنفورمر استوایی در فلویور بیشتر و درصد کنفورمر محوری در برم بیشتر است.

پیوند هیدروژنی یکی از مهمترین بر همکنش های متقابلی است که برخی از خصوصیات ماده را تعیین می کند و تقریبا تمام روش های شیمی فیزیکی و طیف سنجی و تفرق می توانند در شناخت و مطالعه پیوند هیدروژنی مفید باشند این پیوند ها ضعیف تر از پیوند های یونی وکووالانسی بوده اما قوی تر از پیوند های واندروالسی هستند. در جهان مادی پیرامون ما رفتار هریک از اجزاء ودر نهایت رفتار کل جهان توسط نیروهای بین ذرات کنترل می شود جهان پیوسته در حال تحول است و انرژی ها مدام در حال تبدیل به یکدیگرند لذا این نیروها باید آنقدر قوی باشند تا پایداری نسبی سیستم ها را فراهم کنند اما نه آنقدر قوی که مانع انجام واکنش ها و به وجود آمدن تغییرات شوند. در این روش تحقیق پیوند هیدروژنی درون مولکولی در ترکیب 5و8- دی آمینو نفتالن- 1و4- دی اون توسط روش نظری ab initio با تابع پایه g**311-6 و برنامه نرم افزار گوسین 09wدر سطح b3lyp/6-311g** به دست آمده و سپس اثر استخلاف h با گروه های oو n گروه های کشنده و دهنده الکترون و تاثیر آنها بر روی حلقه و در نتیجه پیوند هیدروژنی مولکول بررسی شده است. اثر این گروه ها بر روی طول پیوند ها و زوایای پیوندی درون مولکولی و همچنین انرژی ها و مقایسه آنها با مقادیر تئوری و تجربی به دست آمده می توان این نتیجه را گرفت که ساختار ایزومرc2v ?8و5 دی آمینو نفتالن 1و4دی اون) پایدارتر ازساختار d2h (4و8 دی آمینو نفتالن1و5 دی اون) است. محاسبات نظری برای انرژی ها نشان می دهد که وجود دیگر ساختارهای ممکن در نمونه غیر محتمل است.

اسانس گیاهان خشک شده در سایه haplophyllum acutifolium، salvia chloroleuca به دو روش1.تقطیر با آب 2. روش میکرواستخراج فاز جامد با نمونه برداری از فضای فوقانی گرفته شد و سپس به روشgc/ms مورد آنالیز و شناسایی قرار گرفت. عمده ترکیبات اسانس گیاه haplophyllum acutifolium: stem oil (%) flower oil (%) leaf oil (%) ri compound with head space area %)) ri compound with hydrodistillation 19.19 17.55 32.23 939 pinene<alpha> 20.27 1550 elemol 43.41 72.04 39.42 975 sabinene 17.15 975 sabinene 9.52 ....... 10.31 1029 limonene 16.07 1419 caryophyllene(e) 4.84 ....... ....... 1031 >1,8cineole< 8.18 939 alpha>>pinene 5.99 ....... 10.59 1419 caryophyllene(e) 5.39 1177 terpinen-4-ol عمده ترکیبات اسانس گیاه salvia chloroleuca rech.f and aellen: area (%) ri compound with head space area (%) ri compoundwith hydrodistillation 30.85 975 sabinene 11.59 1485 germacrene-d 19.66 979 pinene <beta> 8.45 1500 bicyclogermacrene 18.75 939 pinene<alpha> 7.76 1419 caryophllene(e) 14.66 1031 cineole<1,8> 7.23 939 pinene<alpha> 4.75 1485 germacrene-d 6.97 1031 cineole<1,8> 3.50 1419 caryophllene(e) 6.27 1342 1,5,5-trimethyl-6-methylene-cyclohexene همین طور که ملاحظه می شود منوترپن ها بیشترین مقدار ترکیبات اسانس را در هر دو گیاه مورد بررسی تشکیل می-دهند. در روش فضای فوقانی ترکیبات منوترپن با درصد بالاتری بدست آمده و ترکیبات سزکو ئی-ترپن به این روش قابل شناسایی نمی باشند. اما در اسانس-گیری با روش تقطیر با آب ترکیبات بیشتری شناسایی می شود، که شامل منوترپن ها و سزکوئی ترپن-ها می باشد. به نظر می رسد دو روش مکمل یکدیگر ند و با استفاده از هر روش می-توان به ترکیبات مورد نظردسترسی پیدا کرد.

کمپلکس بیس (تری فلوئورو استیل استونات) مس(ii)تهیه و طیف زیرقرمز و رامان این ترکیبات ثبت شده است.در این پروژه همه محاسبات با استفاده از بسته نرم افزاری گوسین? g09w و برنامه aim و nbo05 انجام شده است.ساختار مولکولی و طیف ارتعاشی کمپلکس بیس (تری فلوئورو استیل استونات) مس(ii) با استفاده از نظریه تابعی چگالی? dft ? با روش b3lyp با استفاده از تابع پایهg**311-6 مورد بررسی قرار گرفتند. مقایسه نتایج تجربی شامل طیف های رامان و زیرقرمز با اطلاعات حاصل از محاسبات مشخص نمود با جایگزینی گروه cf3 به جای ch3 اثر رزونانس افزایش پیدا کرده است و طول پیوند c-c? c-o? cu-oکاهش می یابد. فرکانس ارتعاشی o-cu-o در طیف رامان برای cu(tfaa)2 و cu(aa)2 به ترتیب درcm-1599 ?450 مشاهده شده است در این ارتعاش فلز حرکتی نداشته و بنابراین? ارتعاش فوق برای برآورد قدرت پیوند فلز-اکسیژن است و اندازه ای از پایداری کمپلکس را نشان می دهد در نتیجه قدرت پیوند cu-o در این دو کمپلکس به صورت زیر است. cu(tfaa)> cu(aa)2

دراین تحقیق با استفاده ازمدل ساده نظری، استیل استون ، اثرقدرت پیوند هیدروژنی روی ساختار، فرکانس ارتعاشی oh وجابه جایی شیمیایی مطالعه می شود. فاصله o…o درمدل استیل استون از3/2 تا 6/2 آنگستروم، با تغییر å0/02درهرمرحله، تغییر داده شدو با تثبیت فاصله o…o سایرپارامترهای مولکولی این ترکیب به طورکامل بهینه شد. برای هرنقطه ساختار، فرکانس ارتعاشیoh وجابه جایی شیمیایی nmr در سطح b3lyp/6-311++g**محاسبه شد. بستگی بین ساختاروپارامترهای طیف بینی مربوط به فرم انولی پیوندهیدروژنی درون مولکولی استیل استون به دست آمد.دربین این بستگیهای بررسی شده، بستگی بین فاصله o…o با فاصله h…o و o-hوبستگی هریک از این پارامترها با مقادیرطیف بینی مانند ارتعاش کششی وخمش خارج صفحه oh وجابه جایی شیمیایی nmrبا اهمیت ترند.

چکیده اکسادیازول ها ، دسته ی مهمی از ترکیبات ناجور حلقه هستند که کاربردهای بسیار وسیعی دارند. در بین این ترکیبات 1,3,4- اکسادیازول ها از اهمیت بسیار بالایی در بین سایر ایزومرهای اکسادیازول ها برخوردار است. این ترکیبات به همراه فرمهای توتومری آنها و سایر مشتقاتشان در علوم پزشکی و داروسازی کاربردهای متعددی دارند. در این تحقیق با استفاده از روشهای محاسباتی مکانیک کوانتومی در سطح b3lyp/6-311++g(d,p) توتومرهای مختلف ترکیب 5- x آمینو -1,3 ,4 – اکسادیازول -2(3h )اون (xaoo) را در شش حلال مختلف به همراه فاز گازی و با 7 استخلاف متفاوت بهینه شدند و سپس حالت گذار آنها را بدست آوردیم و نتایج سینیتیکی و ترمودینامیکی حالات گذار از جمله انرژی فعالسازی، آنتالپی و انرژی آزاد گیبس فعالسازی و ثابت های سرعت در حالتهای رفت و برگشت مورد بررسی قرار گرفته است. چهار توتومر پایدار (a، b، c و d) مربوط به ترکیب xaoo و حالات گذار تعادل های توتومری آنها مورد بررسی قرار گرفته، ثابت سرعت در فازهای مختلف و با جایگزینی استخلاف های مختلف بررسی شد که در آن روند ثابت سرعت در توتومرها و در هر استخلاف بدست آمد و در اکثر استخلاف ها به صورت c?d?b?a حاصل شد.در فاز حلال هرکدام از استخلافها با افزایش ضریب دی الکتریک از گاز به سمت آب مقادیر سینیتیکی نظم خاصی داشتند از جمله ثابت سرعت رفت دراین واکنشها با افزایش ضریب دی الکتریک کاهش پیدا می کند و بیشترین مقدار ثابت سرعت را در واکنش رفت با حالت گذار 4ts داریم و در ادامه با قرار دادن استخلافهای مختلف دریک حلال خاص و مقایسه آن ها با یکدیگر تغییراتی حاصل شد که با بررسی استخلافها در یک نگاه کلی می بینیم که بیشترین ثابت سرعت رفت را در استخلاف+ nh3 نسبت به بقیه استخلافها داریم.

در این مطالعه مقادیر پارامترهای ترمودینامیکی و سینتیکی توتومرهای مختلف تیوسیتوزین در فاز گازی، فاز محلول (7 حلال با ثابت دی الکتریک متفاوت) و در حضور یک تا سه مولکول آب با استفاده از روش محاسباتی lyp3dft-b و مجموعه پایه ++g**311-6 مورد بررسی قرار گرفت. ترتیب پایداری این توتومرها در فاز گازی و فاز محلول به صورت a > b > c > d > e می باشد که نشان می دهد که فرم های کتونی از انولی پایدارترند که این به علت پایداری ذاتی فرم های کتونی از انولی به علت پایداری پیوندهای آنهاست. همچنین تبدیل توتومرهای مختلف مولکول تیوسیتوزین از نظر ترمودینامیکی و سنتیکی در واکنش های رفت و برگشت در فاز گاز و حلال ها بررسی شدند .نتایج بررسی نشان داد هر چقدر ثابت دی الکتریک حلال بیشتر می شود، توتومر پایدارتر می شود و این امر باعث افزایش سد انرژی و کاهش سرعت تبدیل توتومرها به یکدیگر می شود. همچنین اثر مولکولهای آب بر روی میزان انرژی فعالسازی مورد نیاز برای تبدیل این توتومرها به یکدیگر نیز مورد مطالعه قرار گرفت و نتایج نشان دادند که حضور یک تا سه مولکول آب کمک به کاهش میزان انرژی فعالسازی می کند.

در این تحقیق مقادیر ترمودینامیکی و سینتیکی حالت های گذار واکنش های توتومری پیریمیدین-2و4(1hو3h)-دی تیون در فاز گازی و حلال بدون مولکول آب، و در حضور مولکول های آب با استفاده از محاسبات کوانتومی در سطح 6-311++g(d,p)/b3lyp محاسبه شد. ساختار های گذار با استفاده از روش های qst2 و qst3 بدست آمدند. سپس صحت ساختار های حالت گذار بدست آمده با استفاده از محاسبات فرکانس و irc در سطح مشابه مورد تایید قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان می دهند پایدارترین توتومر در فاز گاز و حلال های مختلف a ، و ناپایدارترین توتومر برای فاز گاز و حلال به ترتیب c و eمی باشند. همچنین در حضور مولکول های آب سد انرژی برای مسیرهای رفت و برگشت کاهش می یابند و افزایش ثابت دی الکتریک حلال باعث افزایش سد انرژی برای مسیرهای رفت وبرگشت تعادلات t2 و t5 و مسیر رفت تعادل t4می شود و همچنین با افزایش ثابت دی الکتریک حلال سد انرژی برای مسیرهای رفت وبرگشت تعادلات t1 و t3 و مسیر برگشت تعادل t4کاهش پیدا می کند.

روشهای خطی و غیر خطی ارتباط کمی ساختار- خاصیت( qspr ) برای پیش بینی ضریب توزیع برخی از ترکیبات شیمیایی مورد مطالعه قرار گرفته شده یک دسته ی مناسب از توصیف کننده ها محاسبه شد و مناسب ترین و بهترین آنها که بیشترین ارتباط را با پارامتر مورد نظر (ضریب توزیع) داشت توسط روش الگوریتم ژنتیک انتخاب گردید در ابتدا مدل سازی توسط رگرسیون خطی چندگانه انجام شد سپس برای حصول نتایج بهتر توصیف کننده های انتخاب شده به عنوان ورودی به روش های شبکه عصبی مصنوعی و ماشین بردار پشتبان داده شد نتایج به دست آمده به وسیله شبکه عصبی مصنوعی و ماشین بردار پشتیبان و مقایسه آن با روش رگرسیون خطی چندگانه نشان دهنده برتری مدل ماشین بردار پشتیبان نسبت به دو روش دیگر می باشد

بررسی تعادلات توتومری مولکول 3- آمینو - 1 و 2و 4 - اکسا دیازول – 5 (h4) – اون در فاز گاز و محلول با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومیبه روش dft

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.