نام پژوهشگر: مریم قدمگاهی

شبیه سازی دینامیک ملکولی استخلافات پورفیرین و مطالعه ی کمی ساختار-ویژگی در آن ها
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم پایه دامغان - دانشکده شیمی 1389
  مریم قدمگاهی   داوود عاجلو

تجمع 85 استخلاف پورفیرینی مورد مطالعه قرار گرفته است. گزارشی از مطالعه ی ترمودینامیکی و سینتیکی تجمع با تغییر استخلافات پورفیرین داده شده است. برای این کار از شبیه سازی دینامیک ملکولی، رابطه ی کمی ساختار-ویژگی و داکینگ docking)) استفاده شد. در شبیه سازی دینامیک ملکولی، رسیدن سیستم به تعادل با سرد سازی شبیه سازی شده (simulated annealing) بررسی شد. برای انجام این کار، شبیه سازی در دما های مختلف تغییر یافته انجام شد. از داکینگ نیز برای به دست آوردن انرژی برهم کنش پورفیرین ها استفاده شد. از این انرژی ها برای به دست آوردن ثابت تعادل استفاده کردیم. رابطه ی کمی ساختار-ویژگی را برای 85 ترکیب انجام داده و از دو روش رگرسیون خطی چندگانه ((mlr و آنالیز مولفه های اصلی ((pca برای پیش بینی ها استفاده کرده و به پیش بینی های خوبی دست یافتیم. ضریب هم بستگی برای پیش بینی ثابت سرعت و تعادل 85 ترکیب به ترتیب 63/? و 92/0 شد و با روش pca با ضریب هم بستگی 90/0 توانستیم ثابت تعادل را پیش بینی کنیم. به منظور انجام پیش بینی بهتر ثابت سرعت، ترکیبات به دو دسته ی اکسیژن دار و بدون اکسیژن تقسیم شد و و به ترتیب ضرایب رگرسیون ??/0 و ?4/0 برای آن ها به دست آمد. نتایج ارتباط کمی ساختار-ویژگی نشان داد که استخلافات دارای گروه های هیدروکربن بیشتر، مسطح تر، بزرگ تر و هیدروفوب تر سرعت تجمع بالاتر ی دارد.

مطالعه دینامیک مولکولی برهم کنش نانولوله ها با برخی داروها
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم پایه دامغان - دانشکده شیمی 1394
  مریم قدمگاهی   داوود عاجلو

کاهش سمیت مواد دارویی یکی از اهداف سیستم های دارو رسانی در حال توسعه است که به وسیله نانولوله های کربنی بدون اثرات جانبی برای بافت های غیر سرطانی به دست می آید. در این مطالعه، دارو رسانی در محیط های مختلف شامل اتانول و اوره در غلظت های فیزیولوژیکی و دماهای مختلف مورد بررسی قرار گرفت. بر روی نانولوله کربنی می باشد. بعد از رساندن دارو dna مسئله مورد توجه دیگر در دارو رسانی، قرار گرفتن به سلول سرطانی هدف، مسئله مهم دیگر آزاد سازی دارو از نانولوله کربنی به مولکول های زیستی تحت شرایط اسیدی می باشد. انتخاب نانولوله ای با اندازه مناسب و بهینه نیز برای کارایی بهتر آن دارای اهمیت می باشد. در این تحقیق، برهم کنش دارو های جدید مختلف و کپسوله شدن یا جذب آنها بر نانولوله های کربنی با شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی شد و جذب و آزاد سازی دارو های جدید در محیط های خنثی و اسیدی به نشان داد که باز ها به سرعت dna طور تجربی تأیید گردید. بررسی تأثیر نانولوله های باردار روی جذب باز های جذب دیواره جانبی نانولوله های بدون بار می شوند و علت جذب، به دلیل وجود برهم کنش وان دروالس بین آنهاست. تغییر هندسه اتصال باز-نانولوله با تغییر بار، اجازه اتصال به سطح نانولوله به شدت باردار را نمی دهد و علت این امر رقابت بین اتم های باز و آب قطبیده در مقابل نانولوله کربنی نیز می باشد که منجر به ناپایداری بر نانولوله کربنی باردار می شود. کپسوله شدن ترتینوئین داخل نانولوله در حضور غلظت dna جذب بازهای بین اتم اکسیژن دارو و حلقه های آروماتیک نانولوله می باشد. در ?-? فیزیولوژیکی اوره به دلیل برهم کنش های حالیکه غلظت بالای اوره باعث پدیده جالب القای خشک کردن نانولوله و تشکیل زنجیره های اوره و تأثیر گذاری بر جریان آب روی نانولوله و ناپایداری ساختار کپسوله می شود، از آنجایی که فاکتور مهم در کپسوله شدن دارد، جریان آب داخل نانولوله می باشد