نام پژوهشگر: مهشید رحمت

شناسایی بیوانفورماتیک و تجربی پروتئینهای پریونی احتمالی جدید غنی از سرین در مخمر ساکارومیسس سرویزیه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1388
  مهشید رحمت   حمیدرضا کلهر

هدف- پریونها پروتئینهای عفونی و مسئول بروز برخی از بیماریهای نورودژنراتیو می باشند که به این بیماریها "آنسفالوپاتیهای اسفنجی شکل قابل انتقال " اطلاق می گردد. این پروتئینها قادرند توده های آمیلوئیدی تشکیل دهند که ویژگی بارز آنها محتوای غنی از صفحات بتا می باشد. امروزه به دلیل سهولت دستکاریهای ژنتیکی و بیوشیمیایی، از مخمرها به عنوان مدلی جهت مطالعه پریونها استفاده می گردد. در این پایان نامه، از مخمر ساکارومیسس سرویزیه به عنوان مدلی جهت مطالعه شکل گیری پریونهای احتمالی جدید غنی از سرین استفاده شده است. به این منظور ابتدا پروتئوم مخمر ساکارومیسس سرویزیه به طور کامل تهیه شد و به کمک شش برنامه نوشته شده در matlab مورد بررسی قرار گرفت، سپس لیست بدست آمده برای بررسی تشکیل تجمعات پروتئینی توسط نرم افزارهای tango و waltz نیز مورد مطالعه قرار گرفت و در نهایت دو پروتئین srp40 و ypl229w جهت بررسی آزمایشگاهی انتخاب گردید. این دو ژن به کمک pcr تکثیر شده و در مرحله انتقال به مخمر ساکارومیسس می باشند. هم چنین جهت تهیه نمونه کنترل مثبت، قطعه ژنی sup35nm با pcr تکثیر شد و با کمک آنزیم های محدودالاثر در وکتور نوترکیب مخمری -که قبلا gfp را در آن کلون کرده بودیم- قرار گرفت و به سلول های مخمری منتقل گردید و در مرحله بعد از آن سریال رقت تهیه شد.. به نظر می رسد افزایش بیان نمونه کنترل مثبت در سویه مخمری جهش یافته [psi-] تا حدودی روی رشد و بقای این سلول ها در مقایسه با سویه وحشی اثر می گذارد، از سوی دیگر با افزایش دما از 30 درجه به 37 درجه این اثر تا حدودی تشدید می گردد.