به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی برخی گونه ها، زیر گونه ها و اکوتیپ های ماشک، 17 نمونه توسط الکتروفورز پروتئین های ذخیره ای دانه و 14 نمونه نیز در تجزیه rapd مورد مطالعه قرار گرفتند. کلیه نمونه ها از شهرستان اردبیل، مناطق و جنگل های هم جوار آن جمع آوری شده بود. پروتئین های ذخیره ای دانه از بذور جمع-آوری شده و dnaی نمونه ها از برگ بوته های کشت شده در گلخانه دانشکده کشاورزی استخراج شد. از میان 40 آغازگر rapd استفاده شده، 19 آغازگر، الگوی نواربندی مناسب داشتند و در کل 425 نوار چندشکل تولید نمودند. تعداد 38 نشانگر با وضوح بالا نیز از الکتروفورز پروتئین های ذخیره ای دانه حاصل شد. نوارهای حاصل به صورت وجود (1) و عدم وجود (0) امتیازدهی و در بررسی روابط خویشاوندی نمونه ها مورد استفاده قرار گرفتند. شاخص تنوع ژنی نی و شانون با استفاده از داده های مربوط به نشانگرهای rapd و پروتئین به طور جداگانه محاسبه شد. این دو تکنیک از نظر این شاخص ها تفاوت قابل ملاحظه ای نداشتند. درخت فیلوژنی با استفاده از روش neighubour-joining بر اساس داده های حاصل از نشانگرهای پروتئین و rapd به طور جداگانه و یک جا ترسیم شد. در درخت فیلوژنی براساس نشانگرهای پروتئینی، زیرگونه ها و اکوتیپ های گونه sativa در یک شاخه قرار گرفتند و در رده های بالاتر گونه های دیگر به این گروه پیوستند. در تجزیه rapd نیز این نمونه ها در یک شاخه بزرگ قرار گرفتند که در زیر شاخه های آن گونه های دیگر نیز قرار داشتند. در این درخت فیلوژنی دو اکوتیپ از گونه v. pannonica در یک شاخه و در رده بالاتر گونه v. cracca قرار گرفت. ترسیم درخت فیلوژنی با استفاده از ترکیب داده های دو سری نشانگر، نتایج بهتری ارایه کرد. این نشان می-دهد که با استفاده از تکنیک های مختلف می توان روابط گونه ها را بهتر مشخص کرد. گروه بندی نمونه ها با استفاده از روش تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی نیز انجام شد و نتایج حاصل از این روش با درخت فیلوژنی در هر سه حالت تاحدودی هم خوانی داشت. مقایسه میان دو ماتریس فاصله مربوط به نشانگرهای rapd و پروتئین توسط آزمون مانتل انجام گرفت و همبستگی جزیی معنی داری بین این دو دسته داده مشاهده شد.